Sesungguhnya kami melahirkan rasa kesyukuran atas kurniaan-Mu
Jadikanlah kami Hamba-hamba-Mu yang sentiasa bersyukur atas nikmat yang Melimpah-limpah kepada kami Ya Allah, Ya Rahman, Ya Rahim. Sesungguhnya Engkau Maha mengetahui bahawa kami di SMK Seri Permaisuri ingin menimba ilmu-Mu yang sangat luas bagi mengembangkan potensi kami sebagai hamba-Mu yang Engkau redhai. Sinarilah hati-hati kami dengan cahaya hidayah-Mu semoga dengannya kami mudah menerima dan menghayati serta mengamalkannya.
Allahumma antalAziz zuljalil
Kurniakanlah kepada kami pelajar-pelajar yang cergas mindanya, mempunyai ketenangan jiwa dan kekuatan semangat bagi menghadapi sebarang cabaran, berdaya saing serta mampu mengangkat martabat diri, masyarakat dan negara.
Yaa zaljalaa liwal ikraam
Ampunilah segala dosa kami, dosa kedua-dua ibu bapa kami Dan dosa guru-guru kami. Permudahkanlah segala urusan kami di dunia dan di akhirat.