A.

Bioteknologi (Aplikasi Dalam Bidang Pangan)

Aplikasi nyata dari asam nukleat adalah bioteknologi. Bioteknologi secara umum
berarti meningkatkan kualitas suatu organisme melalui aplikasi teknologi. Aplikasi teknologi
tersebut dapat memodifikasi fungsi biologis suatu organisme dengan menambahkan gen
dari organisme lain atau merekayasa gen pada organisme tersebut.
Pada masa ini, bioteknologi berkembang sangat pesat. Kemajuan ini ditandai
dengan ditemukannya berbagai macam teknologi semisal rekayasa genetika, kultur
jaringan, DNA rekombinan, pengembangbiakan sel induk, cloning, dan lain-lain. Teknologi ini
memungkinkan kita untuk memperoleh penyembuhan penyakit-penyakit genetic maupun
kronis yang belum dapat disembuhkan, seperti kanker ataupun AIDS. Kemajuan di bidang
bioteknologi tak lepas dari berbagai kontroversi yang melingkupi perkembangan
teknologinya.
B. Aplikasi Rekayasa Genetika
Teknologi DNA rekombinan atau rekayasa genetika telah melahirkan revolusi baru
dalam berbagai bidang kehidupan manusia, yang dikenal sebagai revolusi gen. Penerapan
rekayasa genetika dalam kehidupan manusia menghasilkan berbagai produk yang dapat
meningkatkan kesejahteraan umat manusia sesuai dengan kebutuhannya. Produk teknologi
tersebut berupa organisme transgenik atau organisme hasil modifikasi genetik (OHMG),
yang dalam bahasa Inggris disebut dengan Genetically Modified Organism (GMO). Namun,
sering kali pula aplikasi teknologi DNA rekombinan bukan berupa pemanfaatan langsung
organisme transgeniknya, melainkan produk yang dihasilkan oleh organisme transgenik.
Berikut ini akan dikemukakan beberapa contoh pemanfaatan organisme transgenik
dan produk yang dihasilkannya dalam berbagai bidang kehidupan manusia.
B.1.

Bidang Pertanian dan Peternakan

Teknologi pemindahan gen atau transformasi gen untuk mendapatkan organisme
transgenik dapat dibedakan menjadi dua, yaitu langsung dan tidak langsung.
1) Metode Elektroporasi : Langsung
Metode transfer DNA yang umum digunakan pada tanaman monokotil adalah
elektroporasi dari protoplas, perlakuan polythyleneglycol (PEG) pada protoplas dan
kombinasi antara dua perlakuan tersebut diatas. PEG memudahkan presipitasi DNA dan
membuat kontak lebih baik dengan protoplas, juga melindungi DNA plasmid mengalami
degradasi dari enzim nuklease. Sedangkan elektroporasi dengan perlakukan listrik voltase
tinggi meyebabkan permeabilitasi tinggi untuk sementara pada membran sel dengan
membentuk pori-pori sehingga DNA mudah penetrasi kedalam protoplas. Salah satu
kelemahan penggunaan protoplas sebagai eksplan untuk transformasi adalah sulitnya
regenerasi dari protoplas, dan variasi somaklonal akibat panjang periode kultur.
2)

Karbid Silikon (Silicon Carbide) : Langsung

Suspensi sel tanaman yang akan ditransformasi dicampur dengan serat silicon
carbide dan DNA plasmid dari gen yang diinginkan dimasukkan kedalam tabung Eppendorf,
kemudian dilakukan pencampuran dan pemutaran dengan vortex. Serat karbid berfungsi
sebagai jarum injeksi mikro (micro injection ) untuk memudahkan transfer DNA kedalam sel
tanaman. Metode ini telah digunakan dan menghasilkan tanaman jagung transgenik yang
fertil.
3)

Penembakan Partikel (Particle bombardment) : Langsung

Metoda gene gun atau particle bombardment merupakan teknik paling modern
dalam transformasi tanaman. Metode transfer gen ini dioperasikan secara fisik dengan
menembakkan partikel DNA-coated langsung ke sel atau jaringan tanaman. Dengan cara
partikel dan DNA yang ditambahkan menembus dinding sel dan membran, kemudian DNA
melarut dan tersebar dalam secara independen. Penggunaan senjata gen memberikan hasil
yang bersih dan aman, meskipun ada kemungkinan terjadi kerusakan sel selama proses
penembakan berlangsung. Penggunaan particle bombardment membuka peluang baik

dalam memproduksi tanaman transgenik dari berbagai spesies yang sebelumnya sukar
ditransformasi dengan Agrobacterium, khususnya tanaman monokotil.
4)

Metode transformasi yang dilakukan atau diperantara oleh Agrobacterium

tumefaciens. : Tidak Langsung
Teknik ini paling sering digunakan untuk melakukan transformasi tanaman, terutama
tanaman kelompok dikotil. Bakteri ini mampu mentransfer gen kedalam genom tanaman
melalui eksplan baik yang berupa potongan daun atau bagian lain dari jaringan tanaman
yang mempunyai potensi beregenerasi tinggi.

Gambar B.1. Transformasi dengan Perantara Agrobacterium tumefaciens.

Gen yang ditransfer terletak pada plasmid Ti (tumor inducing). Segmen spesifik DNA
plasmid Ti disebut t-DNA (transfer DNA ) yang berpindah dari bakteri ke inti sel tanaman dan
berintegrasi kedalam genom tanaman. Karena Agrobacterium tumefaciens merupakan
patogen tanaman, maka A. Tumefaciens yang digunakan sebagai vektor untuk
transformasi tanaman adalah jenis bakteri yang plasmid Ti telah dilucuti virulensinya,
sehingga sel tanaman yang ditransformasi oleh Agrobacterium dan yang mampu
beregenerasi akan membentuk suatu tanaman sehat hasil rekayasa genetik. Teknik
transformasi melalui media vektor Agrobacterium pada tanaman dikotil telah berhasil
dengan baik tetapi sebaliknya tidak bagi monokotil.
Di bidang peternakan hampir seluruh faktor produksi telah tersentuh oleh teknologi
DNA rekombinan, misalnya penurunan morbiditas penyakit ternak serta perbaikan kualitas
pakan dan bibit. Di samping itu, juga telah dihasilkan hormon pertumbuhan untuk sapi
(recombinant bovine somatotropine atau rBST), babi (recombinant porcine somatotropine
atau rPST), dan ayam (chicken growth hormone).
B.1.1. Klona Embrio
Klona embrio telah digunakan untuk produksi hewan ternak yang secara genetic
identik. Pada sapi atau domba, setiap kehamilan biasanya hanya mengandung seekor
anak. Dengan teknik klona embrio akan memungkinkan bagi peternak untuk
meningkatkan jumlah hewan ternaknya.
Tahapan klona embrio adalah sebagai berikut. Pertama, sel telur yang diambil dari
sapi betina dibuahi dengan sprema dari sapi jantan terbaik. Pembuahan dilakukan di
dalam cawan petri. Pembuahan ini disebut sebagai fertilisasi in-vitro. Sel telur yang telah
dibuahi akan membentuk kumpulan sel-sel. Pada tahapan ini embrio muda tersebut
dipisah-pisahkan menjadi beberapa bagian. Setiap bagian embrio merupakan klon yang
secara genetic identic (meskipun gennya separuh berasal dari induk sapi jantan dan

separuhnya lagi dari induk sapi betina). Embrio-embrio tersebut kemudian ditanamkan
pada rahim sapi-sapi betina dewasa lainnya (atau induk angkat yang akan melahirkan
anak-anak sapi). Embrio-embrio akan tumbuh menjadi anak-anak sapi yang siap
dilahirkan dengan sifat yang sama seperti induknya.
Gambar B.1.1. Klona Embrio

B.1.2. Klona dengan Transfer Inti

Teknik klona dengan transfer inti adalah klon-klon dihasilkan dari satu individu.
Prinsip klona dengan transfer inti adalah dengan memasukkan donor DNA dari hewan
yang karakternya diinginkan ke dalam sel telur hewan yang intinya (DNA-nya) telah

dihilangkan. Setelah terbentuk embrio, lalu embrio ditanamkan ke rahim induk hewan
yang akan membesarkannya.
Namun, klona dengan transfer inti tidak selamanya memberikan hasil positif
seperti yang diinginkan. Klona domba Dolly melalui sebuah kesulitan yang belum dapat
diatasi sepenuhnya. Kesulitan pertama, tingkat keberhasilan klona transfer inti sangat
rendah. Dari 277 sel telur yang diisi dengan inti sel donor, yang berhasil membentuk
blastosis hanya beberapa saja. dari sejumlah induk pengganti yang hamil, domba yang
lahir normal hanya Dolly saja. sedangkan lainnya mati sewaktu lahir ataupun mengalami
aborsi selama kehamilah. Kesulitan kedua, kelahiran janin hasil klona beresiko tinggi
mengalami kelainan pada sistem kekebalan tubuh, gejala penuaan dini, kelainan pada
fungsi hati dan jantung, serta gangguan darah.

Gambar B.1.2. Klona dengan Transfer Inti

B.2.

Bidang Perkebunan, Kehutanan, dan Florikultur

Perkebunan kelapa sawit transgenik dengan minyak sawit yang kadar karotennya
lebih tinggi saat ini mulai dirintis pengembangannya. Begitu pula, telah dikembangkan

perkebunan karet transgenik dengan kadar protein lateks yang lebih tinggi dan perkebunan
kapas transgenik yang mampu menghasilkan serat kapas berwarna yang lebih kuat dan
juga ketahanan tanaman terhadap hama, dengan mengintroduksi gen Bt yang berhubungan
dengan ketahanan serangga hama hasil isolasi bakteri tanah Bacillus thuringiensis yang
dapat memproduksi protein kristal yang bekerja seperti insektisida (insecticidal crystal
protein) yang dapat mematikan serangga hama (Macintosh et al., 1990). Bacillus
thuringiensis (Bt) adalah bakteri gram positif yang berbentuk batang, aerobik dan
membentuk spora. Banyak strain dari bakteri ini yang menghasilkan protein yang beracun
bagi serangga. Sejak diketahui potensi dari protein kristal atau cry Bt sebagai agen
pengendali serangga, semakin banyak dikembangkan isolasi Bt yang mengandung berbagai
jenis protein kristal. Dan sampai saat ini telah diidentifikasi protein kristal yang beracun
terhadap larva dari berbagai ordo serangga yang menjadi hama pada tanaman pangan dan
hortikultura. Kebanyakan dari protein kristal tersebut lebih ramah lingkungan karena
mempunyai target yang spesifik yaitu mematikan serangga dan mudah terurai sehingga
tidak menumpuk dan mencemari lingkungan (Agus Krisno,, 2011).
B.3.

Bidang Farmasi dan Industri

Di bidang farmasi, rekayasa genetika terbukti mampu menghasilkan berbagai jenis
obat dengan kualitas yang lebih baik sehingga memberikan harapan dalam upaya
penyembuhan sejumlah penyakit di masa mendatang. Bahan-bahan untuk mendiagnosis
berbagai macam penyakit dengan lebih akurat juga telah dapat dihasilkan.
Teknik rekayasa genetika memungkinkan diperolehnya berbagai produk industri
farmasi penting seperti insulin, interferon, dan beberapa hormon pertumbuhan dengan cara
yang lebih efisien. Hal ini karena gen yang bertanggung jawab atas sintesis produk-produk
tersebut diklon ke dalam sel inang bakteri tertentu yang sangat cepat pertumbuhannya dan
hanya memerlukan cara kultivasi biasa. Dengan mentransfer gen untuk produk protein yang
dikehendaki ke dalam bakteri, ragi, dan jenis sel lainnya yang mudah tumbuh di dalam kultur
seseorang dapat memproduksi protein dalam jumlah besar, yang secara alami hanya
terdapat dalam jumlah sangat sedikit (Chambell et all, 2000)

B.3.1. Pembuatan Insulin Manusia oleh Bakteri

Insulin merupakan suatu protein yang bertugas mengatur metabolisme gula di
dalam tubuh manusia. Gen insulin adalah suatu daerah di dalam DNA yang memiliki
informasi untuk menghasilkan insulin. Penderita diabetes tidak mampu membentuk
insulin dalam julah yang dibutuhkan. Insulin buatan biasa didapatkan dari kelenjar
pancreas sapid an babi. Untuk memperoleh 0,45 kg insulin yang dibutuhkan oleh 750
pasien diabetes selama satu tahun, diperlukan 3.600 kg kelenjar pancreas yang berasal
dari 23.000 ekor hewan. Dengan teknik rekayasa genetic para peneliti berhasil
memanipulasi bakteri untuk membentuk insulin yang mirip dengan insulin manusia. Biaya
pembuatan insulin dari bakteri menjadi jauh lebih murah.

Gambar B.3.1.
Pembuatan Insulin
Manusio oleh
Bakteri

Teknik pencangkokan gen dalam

pembuatan insulin manusia oleh bakteri
berlangsung sebagai berikut. Insulin
manusia tersusun dari dua rantai
protein, yaitu rantai A dan rantai B.
urutan basa dalam molekul DNA yang
mengkode masing-masing rantai dibuat
dalam
tabung
reaksi
dengan
menggunakan struktur yang sudah
diketahui dari insulin. Tiap molekul DNA
kemudian dihubungkan dengan gen
bakteri (yang mengkode enzim galaktosidase), sehingga membentuk
gen hybrid. Bila gen-gen ini secara
terpisah dimasukkan ke dalam sel-sel
bakteri, tiap gen hybrid menunjukkan
ekspresinya dan bakteri membuat suatu
hybrid protein -galaktosidase-insulin A
(atau B). protein hybrid dipisahkan dari
protein bakteri lainnya, dan rantai insulin
dibebaskan dengan perlakuan kimia.
Dua rantai peptide tersebut kemudia
bersatu
dan
terbentuklah
insulin
manusia yang aktif.

B.3.2. Terapi Gen

Setiap kelainan genetic yang disebabkan alel tunggal yang rusak, secara teoritis
mungkin untuk diganti dengan alel yang masih berfungsi normal menggunakan teknik
DNA rekkombinan. Alel baru tersebut dapat disisipkan ke dalam sel somatic (sel tubuh)
jaringan yang dipengaruhi kelainan dalam diri pasien atau bahkan mungkin juga ke dalam
sel germinal (sel benih penghasil gamet) atau sel embriotik.
Agar terapi gen sel somatic bersifat permanen, sel yang menerima alel normal
harus senantiasa memperbanyak diri di sepanjang hidup si pasien, sehingga alel
pencangkokan akan bereplikasi dan terus diekspresikan. Dari percobaan terapi gen yang
sedang dilakukan manusia, terapi yang paling menjanjikan adalah terapi yang melibatkan
sel sumsum tulang. Sel sumsum tulang, termasuk stem cell yang menghasilkan semua
sel darah dan sistem imun, merupakan kandidat utama sel yang menerima alel normal.
Sebagian besar percobaan saat ini masih dalam taraf pendahuluan, yang didesain untuk
keamanan dan kelayakan prosedur, bukan untuk menyembuhkan.

Gambar B.3.2. Proses Terapi Gen

B.3.3. Antibodi Monoklonal

Antibodi merupakan protein yang dihasilkan oleh sistem imunitas vertebrata
sebagai
sistem pertahanan untuk melawan infeksi. Masing-masing antibody memiliki tempat
pengikatan yang spesifik, yang hanya mengenali molekul target yang juga spesifik
(antigen). Antibody dapat dihasilkan dengan menyuntikkan beberapa kali suatu
sampel yang berisi antigen ke dalam seekor hewan kelinci dan kambing. Kemudian
serum darah hewan tersebut diambil karena banyak mengandung antibody
(antiserum). Antiserum tersebut mengandung campuran antibody yang dihasilkan
oleh limfosit-B.
Pada tahun 1976 masalah heterogenitas antiserum dapat diatasi dengan
mengembangkan suatu teknik yang merevolusi kegunaan antibody. Prinsipnya yaitu
mengembangbiakkan suatu klon-klon sel limfosit-B yang mensekresikan satu jenis
antibody. Masalahnya adalah sel-sel limfosit-B memiliki rentang waktu hidup yang
terbatas dalam suatu kultur. Keterbatasan ini dapat diatasi dengan menggabungkan
sel-sel tumor limfosit-B yang menghasilkan satu jenis antibody dari tikus atau mencit
yang telah diimunisasi dengan sel-sel tumor limfosit-B yang kekal (immortal).
Berdasarkan campuran sel-sel hybrid tersebut, dapat dihasilkan hybrid yang
memiliki kemampuan untuk menghasilkan antibody tertentu dan kemampuan
memperbanyak kultur sel tertentu dengan tak terhingga. Hibridoma tersebut
kemudian diperbanyak sebagai klon individu yang stabil dan permanen untuk
menghasilkan antibody monoclonal. Antibody ini dapat mengenali satu jenisantigen,
misalnya antigen yang terdiri dari protein dengan lima rantai samping asam amino.
B.3.4. DNA Microarray
DNA microarray adalah teknologi yang digunakan untuk melihat urutan sekuens
asam nukleat yang berada pada lokasi tertentu dan dapat digunakan untuk
menganalisa beribu-ribu sampel pada waktu yang bersamaan. Prinsipnya adalah
mengandalkan kemampuan DNA sampel yang telah dilabel dengan zat fluorescent
untuk melakukan rekombinasi dengan probe yang telah ada pada chip microarray
(Stekel 2003).
Aplikasi microarray banyak digunakan dalam deteksi kanker, dimana sel kanker
mengalami abnormalitas dalam mengekspresikan gennya. Teknologi ini juga
memungkinkan untuk mengetahui tahapan perkembangan sel kanker dengan
melihat level ekspresinya terhadap probe spesifik yang telah terdapat pada chip
microarray.

Dalam analisa ini digunakan sampel DNA normal dan DNA kanker atau tumor.
Kedua jenis DNA ini kemudian diamplifikasi dan masing-masing diberi pewarna
fluorescent yang berbeda satu sama lain. Pada contoh yang ditampilkan, DNA
normal diberi warna hijau, dan DNA tumor memiliki warna merah. Setelah proses
hibridisasi, tiap DNA akan memancarkan cahaya sesuai dengan zat warna yang
dibawa masing-masing. Bila DNA membawa ekspresi normal dan tumor, maka akan
muncul wana lain, seperti kuning. Namun bila tidak ada DNA yang mampu
melakukan hibridisasi dengan probe, pewarna tidak terekspresi dan terlihat
berwarna hitam. Warna tersebut kemudian dibaca oleh detektor dan diubah menjadi
data grafik sehingga dapat dianalisis secara kuantitatif (Cowell & Howthorn 2007).

Gambar B.3.4. Hibridisasi DNA Probe Array

B.4.

Lingkungan
Rekayasa genetika ternyata sangat berpotensi untuk diaplikasikan dalam upaya
penyelamatan keanekaragaman hayati, bahkan dalam bioremidiasi lingkungan yang sudah
terlanjur rusak. Sebagai contoh, sejumlah pantai di salah satu negara industri dilaporkan
telah tercemari oleh metilmerkuri yang bersifat racun keras baik bagi hewan maupun
manusia meskipun dalam konsentrasi yang kecil sekali. Detoksifikasi logam air raksa
(merkuri) organik ini dilakukan menggunakan tanaman Arabidopsis thaliana transgenik
yang membawa gen bakteri tertentu yang dapat menghasilkan produk untuk
mendetoksifikasi air raksa organik.
Pabrik pengolahan air kotor mengandalkan kemampuan mikroba untuk
mendegradasi berbagai senyawa organik menjadi bentuk nontoksik. Akan tetapi,
peningkatan jumlah senyawa yang secara potensial berbahaya yang dilepas ke lingkungan
tidak lagi bisa didegradasi oleh mikroba yang tersedia secara alamiah, hidrokarbon klorinasi
merupakan contoh utamanya. Para ahli bioteknologi sedang mencoba merekayasa mikroba
untuk mendegradasi senyawa-senyawa ini. Mikroba ini dapat digunakan dalam pabrik
pengolahan air limbah atau digunakan oleh para manufaktur sebelum senyawa-senyawa itu
dilepas ke lingkungannya (Chambell et al, 2000)
B.5.

Bidang Hukum dan Forensik

B.5.1

DNA Profilling
Pada kriminalitas dengan kekerasan, darah atau jaringan lain dengan jumlah kecil
dapat tertinggal di tempat kejadian perkara atau pada pakaian atau barang-barang lain

milik korban atau penyerangnya. Jika ada perkosaan, air mani dalam jumlah kecil dapat
ditemukan dari tubuh korban. Pengujian yang digunakan biasanya menggunakan antibodi
untuk menguji protein permukaan sel yang spesifik. Namun pengujian ini membutuhkan
jaringan yang agak segar dengan jumlah yang relatif banyak. Pengujian DNA dapat
mengidentifikasi pelaku dengan derajat kepastian yang jauh lebih tinggi karena urutan
DNA setiap orang itu unik. Analisis RFLP (Restriction Fragment Length
Polymorphims) dengan Southern blotting merupakan metode ampuh untuk pendeteksian
kemiripan dan perbedaan sampel DNA dan hanya membutuhkan darah atau jaringan lain
dalam jumlah yang sangat sedikit. Misalnya dalam kasus pembunuhan metode ini dapat
digunakan untuk membandingkan sampel DNA dari tersangka, korban, dan sedikit darah
yang dijumpai di TKP. Probe radioaktif menandai pita elektroforesis yang mengandung
penanda RFLP tertentu. Biasanya saintis forensik menguji kira-kira lima penanda, dengan
kata lain hanya beberapa bagian DNA yang diuji.

Akan tetapi, rangkaian penanda dari suatu individu yang demikian sedikitpun sudah
dapat memberikan sidik jari DNA atau pola pita spesifik yang berguna untuk forensik
karena probabilitas bahwa dua orang akan memiliki rangkaian penanda RFLP yang tepat

sama adalah kecil. Autoradiografi meniru jenis bukti yang disajikan kepada para juri
dalam pengadilan percobaan pembunuhan.
Gambar B.5.1. DNA Profilling