BIOINFORMATIKA

LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI

Oleh :
NAMA

: Erika Dwi Rahmawati

NIM

: 142210101017

KELOMPOK : B2
KELAS

:B

BAGIAN BIOLOGI FARMASI FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS JEMBER
2016

BAB I
PENDAHULUAN

1.1

Latar Belakang

Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting

dalam

lahirnya

bioinformatika.

Te k n o l o g i

DNA

r e k o m b i n a n m e m u n c u l k a n s u a t u pengetahuan baru dalam

rekayasa genetika organism yang dikenal dengan bioteknologi.
Perkembangan
bioteknologi

bioteknologi
modern

dari

salah

bioteknologi
satunya

tradisional

ditandai

ke

dengan

kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme,

sekuensing DNA dan manipulasi DNA. Kemampuan untuk memahami dan
memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknolog
informasi melalui perkembangan hardware dan software. Baik pihak
pabrikan software dan hardware maupun pihak ketiga dalam produksi
perangkat lunak.
Salah

satu

contohnya

dapat

dilihat

pada

upaya

Celera

Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan

pembacaan sekuen genom

manusia

yang

secara

maksimal

memanfaatkan teknologi informasi sehingga bias melakukan

pekerjaannya dalam waktu yang singkat. Kemajuan teknik biologi
molekuler

dalam

mengungkap

sekuens

biologi

protein

(sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali

perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi.
Pangkalan data s e ku e n s p ro t e i n m u l a i d i ke m b a n g k a n p a d a
t a h u n 1 9 6 0 a n d i A m e r i k a S e r i k a t , sementara pangkalan data
sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman

pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology

Laboratory).
Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan
1970an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA
yang dapat diungkapkan pada 1980an dan 1990an. Hal ini menjadi
salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom,
yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dananalisis sekuens
dan

pada

akhirnya

menyebabkan

Perkembangan
mendukung

lahirnya

jaringan

bioinformatika.

internet

berkembangnya

juga

bioinformatika. Pangkalan

data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan

ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan
data

tersebut

serta

memperoleh

sekuens

biologi

sebagai

bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi

bioinformatika

melalui

internet memudahkan

ilmuwan

dalam

mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan

pengembangannya
B i o i n f o rm a t i k a m e r u p a k a n i l m u t e r a p a n y a n g l a h i r
dari

p e r ke m b a n g a n

Pembahasan

dibidang

perkembangan

teknologi

bioinformatik

biologi

informasi
ini

molecular

dibidang

tidak

modern,

molekular.

terlepas
salah

dari

satunya

peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang

terdapat dalam molekul DNA. Mempelajari penerapan teknik komputasi
untuk mengelola dan menganalisis informasi

hayati.

Bidang

ini

mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika,

dan

informatika

untuk

memecahkan

masalah-masalah

biologi,

terutama yang terkaitdengan penggunaan sekuens DNAdan asam amino.

1.2

Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang masalah yang ada, maka perumusan

masalah dalam makalah ini adalah sebagai berikut:
1. Apa yang dimaksud dengan DNA, gen, dan genom ?
2. Apa yang dimaksud dengan dogma sentral dalam bioteknologi ?
Jelaskan !
3. Bagaimana proses perubahan yang terjadi dari DNA hingga
menjadi protein?
4. Bagaimana deskripsi singkat tentang protein transkripsi / gen NFKB ?
5. Bagaimana fungsi dan mekanisme kerja, dan juga alur signaling
serta target gen yang ditranskripsi ?

1.3

Tujuan

Dalam penulisan makalah ini terdapat beberapa tujuan yang ingin

dicapai antara lain:
1. Mahasiswa mengetahui dan mampu melakukan penelusuran
bioinformatika di internet
2. Mahasiswa dapat menentukan DNA, sekuen gen dan protein, serta
jalur yang berperan dalam proses transduksi sinyal yang melibatkan
protein tersebut

BAB II
METODE KERJA DAN TINJAUAN PUSTAKA
2.1

METODE KERJA
Pencarian Sekuen DNA, Sekuen Asam Amino, Struktur
Protein, dan Domain Fungsional Protein

Dibuka situs www.genenames.org . Dimasukkan mana protein yang ingin

dicari. Diklik bagian search.
Diklik bagian protein yang ingin dicari. Klik beberapa link pada laman
tersebut seperti Entrez Gene, GenBank, NCBI Sequence Viewer, dan
OMIM.
Diklik link protein untuk memperoleh informasi lebih lanjut mengenai
sekuens protein tertentu.
Diklik link pathways untuk mengetahui pathways suatu protein

Diklik link Protein ID, selanjutnya klik link CDD search result untuk
mengetahui domain fungsional protein.

Pencarian struktur sekunder suatu protein

Dibuka situs pdb di www.pdb.org lalu dimasukkan protein yang ingin

dicari
Dipilih salah satu hasil pencarian dengan cara meng-klik link tersebut
Setelah diperoleh struktur kuarterner suatu protein lalu dibuka situs pdb
sum di www.ebi.ac.uk/pdbsum

Diklik protein chain untuk memperoleh struktur sekunder protein. Pada

laman tersebut dapat pula diketahui motif protein

Pencarian transduksi sinyal terkait dengan protein tertentu.

Dibuka situs http://cgap.nci.nih.gov/pathways. Setelah laman tersebut

muncul lalu diklik pathway searcher pada kolom keyword dan diklik Go.
Setelah laman hasil pencarian tersebut muncul lalu dipilih H (human)
untuk melihat transduksi sinyal di manusia.
Diklik legend untuk melihat keterangan pathways. Pathways yang
berkaitan dengan protein tersebut dapat dijelaskan dengan melihat
keterangan pada legend.

2.2

TINJAUAN PUSTAKA
Bioinformatika, sesuai dengan asal katanya yaitu "bio" dan "info

rmatika", adalah gabungan antara ilmu biologi dan ilmu Teknologi

Informasi
sebagai

(TI).
aplikasi

Pada
dari

umumnya,
alat

Bioinformatika

komputasi

dan

didefenisikan
analisa

untuk

menangkap dan menginterpretasikan data data biologi. Ilmu ini

merupakan ilmu

baru yang merangkup berbagai disiplin ilmu

termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu

kedokteran, dimana kesemuanya saling menunjang dan saling

bermanfaat satu sama lainnya.
Ilmu bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu computer
berdasarkan artificial intelligence. Mereka berpikir bahwa semua
gejala yang ada di alam ini bias dibuat secara artificial melalui
simulasi dari gejalagejala tersebut. Untuk mewujudkan

hal

ini

diperlukan datadata yang menjadi kunci penentu tindaktanduk

gejala alam tersebut, yaitu gen yang meliputi DNA atau RNA.
Bioinformatika ini penting untuk manajemen datadata dari dunia
biologi dan kedokteran modern. Perangkat utama Bioinformatika
adalah

program

software

dan didukung oleh kesediaan internet (Utama, 2002).

Bioinformatika adalah organisasi dan analisis komplek data
yang

dihasilkandarianalisa

molekuler

dan

teknik

biokimia.

Disamping itu bioinformatika merupakan teknologi untuk koleksi,

peyimpanan analisis, interprestasi,

pelepasan dan aplikasi untuk

informasi biologi. Analisi dilakukan dengan cara membandingkan data

yang masuk dengan ribuan data lain yang tersedia di dalam
pangkalan data (Nuswantara, 2000). Seiring dengan perkembangan
bioinformatika yang amat pesat, informasiinformasi baru dalam
bidang ini terus bermunculan. Pangkalan data urutan DNA, RNA dan
protein

sanga

berperan

untuk

mendukung

berbagai

kegiatan

penelitian bioteknologi termasuk menggali berbagai potensi biologis

di tengah beraneka ragamnya organism (Nuswantara, 2000). Secara
rutin para peneliti mengirimkan urutanurutan DNA, RNA atau asam
amino kepada bank data dan diolah menurut kebutuhan. Hasil yang
diperoleh umumnya berupa analisis kesamaan dan 1 beberapa jenis
statistic dari urutan basanya yang dilakukan secara cepat oleh
computer dengan membandingkan data yang di input dengan data
yang disimpan oleh bank data (Nuswantara, 2000).

Pada suatu proyek penelitian biologi molekuler khususnya

yang berkaitan dengan analisis urutan DNA, RNA atau asam amino,
esensi

keberadaan

bank

data

DNA

sangat besar sehingga keberhasilan eksperiman sangat bergantung

pada tersedianya pangkalanpangkalan data ini. Tanpa pangkalan
data urutanurutan DNA tidak dapat

disimpulkan

(Lewitter, 1987).

Selain analisa kesamaan, bank data biasanya menyediakan pula

fasilitas perangkat lunak yang dapat mengolah DNA, RNA

atau

protein menjadi bentuk dua dimensi hingga struktur tiga dimensi

yang dapat diputar dan dilihat dari berbagai sudut (Lewitter, 1987).
Analisis

keragaman

bentuk

untuk

asam

nukleat

dan

protein

dendogram

dalam

merupakan

salah satu fasilitas lain dari bank data. Perangkat analisis lainnya adal
ah untuk pembuatan harr plot, peta restriksi, analisis hidrofobisitas
suatu

protein

dan

masih

banyak

fasilitas

lain

yang

dapat

mempermudah kerja seorang peneliti (Nuswantara, 2000).

Pada praktikum kali ini saya menggunakan protein NF-KB yang
nantinya

akan

dilakukan

penelusuran

bioinformatika

mengenai

protein tersebut. NF-KB ( Nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of

activated B cell)

adalah komplek protein yang mengontrol proses

transkripsi DNA. NFkB ditemukan di hampir semua tipe sel binatang

dan

berperan

mengendalikan

sebagian

besar

proses

seluler

organisme normal seperti respon imun dan respon inflamasi, proses

perkembangan, pertumbuhan sel dan proses apoptosis. NF-kB terlibat
dalam respon seluler terhadap berbagai stimuli seperti stress, sitokin,
radikal bebas, iradiasi ultraviolet, LDL teroksidasi dan antigen viral
atau bakterial. Faktor transkripsi ini juga aktif secara terus menerus
dalam beberapa kondisi penyakit seperti kanker, arthritis, inflamasi
kronis , asma, penyakit saraf degeneratif dan penyakit jantung.
NF-kB secara luas telah digunakan oleh sel eukariotik sebagai
pengatur ( regulator ) gen gen yang bertugas mengendalikan

proliferasi sel dan survival sel. Pada umumnya berbagai jenis tumor
pada manusia

didapatkan kesalahan

dalam regulasi NFkB, yaitu

NFkB berfun gsi terlalu aktif. NF kB yang aktif

ekspresi gen-gen yang yang membuat sel

menghidupkan

terus berproliferasi dan

melindungi sel dari kematian sel melalui jalur apoptosis. Defek pada
NFkB

meningkatkan

sehingga

kerentanan

meningkatkan

suatu

kematian

sel.

sel
Hal

terhadap
ini

apoptosis

karena

NFkB

mengendalikan gen anti-apoptotic khususnya gen TRAF1 dan TRAF 2.

Pada praktikum kali ini digunakan penelusuran secara online
melalui beberapa website yang ada yaitu www.ncbi.nlm.nih.gov ,
www.genenames.org , www.pdb.org ,dan www.ebi.ac.uk/pdbsum.

BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN
Simbol resmi
: NFKB1
Nama lengkap resmi
: Nuclear Factor of Kappa light polypeptide
Sumber utama
Tipe gen
RefSeq status
Organisme
Garis keturunan

gene enhancer in B-cells 1

: HGNC:HGNC:7794
: protein coding
: telah diperiksa
: Homo sapiens
:Eukaryota;
Metazoa;
Vertebrata;

Euteleostomi;

Chordata;
Mammalia;

Craniata;
Eutheria;

Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini;

Sinonim

Hominidae; Homo
: p50; KBF1; p105; EBP-1; CVID12; NF-kB1; NFKBp50; NFkappaB; NF-kappaB; NFKB-p105; NF-kappaB

ENTREZ GENE
Tampilan entrez gene yang mencakup informasi-informasi
spesifik mengenai NF-KB. Informasi-informasi tersebut antara lain
simbol protein, nama lengkap resmi, jenis gen, nama lain, dan
orthologi. Pada informasi entrez gene dijelaskan bahwa gen NFkB
adalah regulator transkripsi yang diaktifkan oleh berbagai rangsangan
intra dan ekstra-seluler seperti sitokin, radikal bebas oksidan, iradiasi
ultraviolet, dan produk bakteri atau virus. NF KB yang telah aktif
ditranslokasikan ke nukleus dan merangsang ekspresi gen yang
terlibat dalam berbagai fungsi biologis. Aktivasi yang tidak tepat dari
NFkB telah dikaitkan dengan sejumlah penyakit inflamasi sementara
penghambatan

terus-menerus

dari

NFkB

menyebabkan

perkembangan sel kekebalan tubuh atau pertumbuhan sel yang

tertunda. Hasil splicing alternatif di beberapa transkrip varian
pengkodean isoform yang berbeda, setidaknya satu dari yang
proteolitik diproses. [Provided by RefSeq, Feb 2016]

PATHWAYS NF-KB
NF-kB telah lama dianggap sebagai target untuk obat antiinflamasi yang baru. Namun, data dari studi genetik pada tikus
menunjukkan bahwa NF-kB bisa menjadi sasaran terapi yang sulit
dalam penyakit inflamasi. Pathway NF-kB memang mengatur produksi
sitokin pro inflamasi, perekrutan leukosit, atau kelangsungan hidup
sel, yang merupakan kontributor penting untuk respon inflamasi. Tapi,
fungsi anti apoptosis NF-kB dapat melindungi terhadap peradangan,
dalam kasus kelangsungan hidup sel epitel dan integritas penghalang
mukosa, dan juga mempertahankan respon inflamasi melalui aktivasi
leukosit

secara

terus-menerus.

Sebaliknya,

NF-kB

dapat

mempromosikan leukosit apoptosis dalam konteks tertentu dan

memberikan kontribusi pada resolusi peradangan. Hal ini juga jelas
bahwa kontribusi NF-kB untuk kontrol peradangan oleh berbagai
mekanisme

untuk

mempengaruhi

besarnya

dan

durasi

respon

inflamasi.

OMIM NF-KB
NF-kappa-B

telah

terdeteksi

di

berbagai

jenis

sel

yang

mengekspresikan sitokin, kemokin, faktor pertumbuhan, molekul

adhesi sel, dan beberapa protein fase akut dalam kesehatan dan
penyakit di berbagai negara. NF-kappa-B diaktifkan oleh berbagai
rangsangan, seperti sitokin, radikal oksidan bebas, partikel yang
dihirup, iradiasi ultraviolet, dan produk bakteri atau virus. aktivasi
yang tidak pantas dari NF-kappa-B telah dikaitkan dengan peristiwa
inflamasi yang terkait dengan arthritis autoimun, asma, syok septik,
fibrosis paru, glomerulonefritis, aterosklerosis, dan AIDS. Sebaliknya,
penghambatan lengkap dan terus-menerus dari NF-kappa-B telah
dikaitkan langsung dengan apoptosis, pantas perkembangan sel
kekebalan tubuh, dan pertumbuhan sel tertunda.

a. Pada praktikum kali ini saya menggunakan protein NF-KB, maka

setelah membuka laman web www.genenames.org diketikkan
nama protein NF-KB pada kolom search lalu tekan enter
b. Setelah hasil pencarian terkait protein NF-KB keluar lalu pilih salah
satu diantaranya
c. Tampilan setelah salah satu link yang telah kita pilih tadi terbuka.
Pada laman tersebut terdapat beberapa pilihan sublink antara lain
:
Entrez gene
OMIM
d. Tampilan GenBank

NCBI Sequence Viewer

GenBank
yang berisi informasi mengenai

sekuen

nukleotida. Pada link ini kita dapat mengetahui sekuen protein (1)
dan juga sekuen gen (2) sehingga dapat ditentukan kodon start
dan kodon stop nya. Kodon start yaitu gct yang terletak pada
urutan ke 1 dan kodon stopnya berupa taa yang terletak pada
urutan ke 233.
a) Pada pencarian mengenai protein NF-KB pada laman website
www.pdb.org akan didapatkan gambaran dari struktur quarterner
protein
b) Apabila

penelusuran

mengenai

struktur

quarterner

protein

tersebut ditelusuri lebih lanjut dengan web www.ebi.ac.uk/pdbsum

maka akan dapat diketahui struktur sekunder protein. Selain
struktur

sekunder

protein

dapat

diketahui

pula

informasi

mengenai motif dari protein NF-KB melalui laman web ini.

SOAL LATIHAN
1. Apa yang dimaksud dengan DNA, gen, dan genom ?
DNA adalah materi genetik yang menyimpan informasi pada organisme. DNA
pada organisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan, dan tumbuhan terdapat
di dalam inti sel, dan beberapa organ lain di dalam sel seperti mitokondria dan
kloroplas. Informasi dalam DNA disimpan sebagai kode terdiri dari empat basa
yaitu adenine (A), guanine (G), sitosin (C), dan timin (T). Urutan basa pada
DNA menentukan informasi yang tersedia untuk membangun dan memlihara

suatu organism. Basa DNA berpasangan satu sama lain, adenine (A) dengan
timin (T), dan sitosin (C) dengan guanine (G). untuk membentuk unit yang

disebut pasangan basa.

Gen adalah unit pewarisan sifat bagi organisme hidup. Bentuk
fisiknya

adalah

urutan DNA yang

suatu protein, polipeptida,

memiliki fungsi bagi

atau

organisme

menyandi

seuntai RNA yang

yang

memilikinya.

Gen

diwariskan oleh satu individu kepada keturunannya melalui

suatu proses reproduksi, bersama-sama dengan DNA yang
membawanya. Dengan demikian, informasi yang menjaga
keutuhan bentuk dan fungsi kehidupan suatu organisme dapat

terjaga.
Genom adalah keseluruhan informasi genetik yang dimiliki
suatu selatau organisme, atau khususnya keseluruhan asam
nukleat yang memuat informasi tersebut. Secara fisik, genom
dapat terbagi menjadi molekul-molekul asam nukleat yang
berbeda (sebagai kromosom atau plasmid), sementara secara
fungsi, genom dapat terbagi menjadi gen-gen. Istilah genom
diperkenalkan
Hamburg, Jerman,
gabungan

dari

oleh Hans
pada

Winkler dari Universitas

tahun 1920,

mungkin

kata gen dan kromosom atau

sebagai

dimaksudkan

untuk menyatakan kumpulan gen.

2. Apa yang dimaksud dengan Dogma Sentral dalam bioteknologi ?
Jelaskan !
Dogma sentral biologi menjelaskan mengenai proses perubahan
gen dari DNA menjadi RNA, dan RNA menjadi protein. Dogma ini
menjelaskan

bagaimana

proses

pembacaan

materi

genetik

menjadi protein yang berperan di setiap tahap metabolisme di

dalam tubuh suatu organisme. Dogma sentral biologi molekuler
menyatakan bahwa DNA berisi instruksi untuk membuat protein,
yang disalin oleh RNA. RNA kemudian menggunakan petunjuk

untuk membuat protein. Singkatnya: DNA RNA Protein, atau

DNA ke RNA ke protein.
3. Bagaimana proses perubahan yang terjadi dari DNA hingga
menjadi protein ?
Mekanisme mengenai perubahan yang terjadi dari DNA hingga
menjadi protein dapat dijelaskan melalui dogma sentral. Proses
tersebut terbagi menjadi 3 tahapan utama yaitu replikasi,
transkripsi,

dan

translasi.

Ketiga

tahap

ini

memungkinkan

penyalinan materi genetik menjadi protein.

Replikasi
Replikasi merupakan proses duplikasi DNA menjadi DNA
dengan bantuan DNA polimerase. Beberapa jenis protein dan
enzim

yang

terlibat

dalam

adalah helikase, single

replikasi

strand

DNA

DNA-binding

protein, primase, DNA polimerase, girase, dan ligase. Fungsi

utama dari replikasi adalah untuk menggantikan sel yang tua
dengan sel yang baru dan segar. Selain itu, replikasi juga

berperan dalam penurunan sifat dari orang tua ke anaknya.

Transkripsi
Transkripsi merupakan proses perubahan DNA menjadi RNA
dengan bantuan RNA polimerase. Transkripsi terjadi di nukleus
dan hasil RNA akan dibawa menuju sitoplasma untuk tahap
translasi. Perbedaan DNA dan RNA adalah keberadaan gugus
basa Timin (T) pada DNA yang digantikan oleh gugus basa
Urasil (U). Tiga tahapan utama transkripsi yaitu penempelan

RNA polimerase pada DNA (Inisiasi), elongasi, dan terminasi.

Translasi
Translasi merupakan proses sintesis RNA menjadi protein
dengan bantuan ribosom. Pada eukariot, proses ini terjadi
di retikulum endoplasma sedangkan pada prokariot proses ini
terjadi

di sitoplasma. Tidak

semua

RNA

dapat

disintesis

menjadi protein, salah satu jenis RNA yang tidak dapat

ditranslasi

adalah mRNA.

Yang

diperlukan

dalam

translasi adalah mRNA, ribosom, tRNA, dan asam amino.

proses

DAFTAR PUSTAKA

Basak, S., Kim, H., Kearns, J. D., Tergaonkar, V., O'Dea, E., Werner, S. L., Benedict,
C. A., Ware, C. F., Ghosh, G., Verma, I. M., Hoffmann, A. A fourth I-kappa-B
protein within the NF-kappa-B signaling module. Cell 128: 369-381, 2007.

Smahi, A., Courtois, G., Rabia, S. H., Doffinger, R., Bodemer, C., Munnich, A.,
Casanova, J.-L., Israel, A. The NF-kappa-B signalling pathway in human
diseases: from incontinentia pigmenti to ectodermal dysplasias and immune
deficiency syndromes. Hum. Molec. Genet. 11: 2371-2375, 2002. [PubMed:
12351572,

LAMPIRAN
1) Tampilan pada laman utama www.genenames.org

2) Tampilan setelah pencarian terkait protein NF-KB telah keluar

3) Laman yang muncul setelah kita mengklik salah satu dari hasil
pencarian tadi

4) Tampilan dari entrez gene

5) Tampilan dari NCBI Sequence Viewer

6) Tampilan dari OMIM

7) Tampilan pathways dari protein NF-KB

8) Sekuen protein dari NF-KB yang bisa kita lihat pada laman
GenBank

9) Sekuen DNA dari NF-KB yang bisa kita lihat pada laman GenBank

10)

Tampilan pada laman utama www.pdb.org

11)

Hasil pencarian protein pada web www.pdb.org . Disini dapat

diketahui pula struktur kuarterner dari protein tersebut.

12)

Tampilan pada laman utama www.ebi.ac.uk/pdbsum. Dari web

ini kita dapat mengetahui struktur sekunder protein, promotif dan

juga motif

13)

Hasil tampilan find pada pdbsum yang mencakup informasi

tentang struktur sekunder protein

14)

Pada laman ini dapat diketahui motif dari protein NF-KB

15)

Tampilan laman utama dari situs

http://cgap.nci.nih.gov/pathways

16)

Tampilan signaling pathways dari protein NF-KB

17)

Tampilan legend yang memuat keterangan-keterangan yang

terdapat pada pathways tersebut