REGULASI EKSPRESI GEN

Dr. rer. nat. Kartika Senjarini

Pendahuluan
Perbedaan morfologi sel...lebih lanjut pada morfologi satu
organisme....apakah = berbeda gen/ada gen yang hilang???

R.G.E.: Kontrol selluler terhadap perubahan jumlah (amount)

maupun waktu (timing) pada sintesis produk fungsional suatu
gen (ekspresi gen)
Produk fungsional gen: protein atau RNA, tetapi mekanisme
regulasi ekspresi yang banyak diketahui adalah pada gen
pengkode protein

Cellular Differentiation

Dimana dapat dikontrol??

Struktur dan komposisi kimiawi DNA atau
khromatin
Jalur sintesa Protein
(DNA RNA Protein)

Modifikasi kimia DNA: Metilasi

Metode yang umum untuk gene silencing

Oleh enzyme methyltransferase, pada basa
nukleotide Cytosine, umumnya pada promoter
Cytosine termetilasi biasanya dengan perlakuan =
unchanged, sedangkan yang tidak termetilasi
dapat diubah menjadi Uracil
Pola metilasi abnormal terlibat dalam proses
Karsinogenesis

Modifikasi kimia DNA: Metilasi

Modifikasi Struktur DNA

Struktur DNA = template untuk transkripsi o.k.

densitas strukturnya merupakan indikator frekuensi
transkripsi (keseringan)
Histon : protein yang bertanggung jawab pada
supercoiling DNA. Kompleks ini dapat termodifikasi
oleh fosforilasi dan metilasi perubahan pada
lebih banyaknya atau sedikitnya level ekspresi gen
Histone Acetylation by Histone Acetyltransfer-ase
enzyme : disosiasi DNA dari kompleks supercoiling

Modifikasi Struktur DNA

Kombinasi dari DNA

methylation dan Histone
Acetylation = Densitas
pengepakan DNA lebih
tinggi sehingga ekspresi
gen lebih rendah

Regulasi Jalur Sintesa Protein

DNA
1. transcriptional control
Primary RNA transcript
2. processing control
mRNA

NUCLEUS

3. transport control CYTOPLASM

mRNA
4. translational control
Protein
6. protein activity control
inactive Protein

5. mRNA degradation control

inactive mRNA

Regulasi Jalur Sintesa Protein

Pengendalian kapan dan seberapa sering gen itu

ditranskripsi (transcriptional control)
Pengendalian bagaimana RNA primer ditranskripsi
(splicing atau pemrosesan lebih lanjut) (RNA-processing
control)
Seleksi terhadap mRNA nukleus yang akan ditransport ke
sitoplasma (RNA transport control)
Seleksi terhadap mRNA sitoplasma yang akan ditranslasi
oleh ribosom (translational control)
Destabilisasi mRNA sitoplasma tertentu secara selektif
(mRNA degradation control)
Pengaktifan, Peng-in-aktifasi, lokalisasi molekul protein
setelah sintesa (protein activity control)

Regulasi Jalur Sintesa Protein

Regulasi dapat bersifat:
1. positif : aktivasi ekspresi gen
2. negatif : in-aktivasi ekspresi gen
Penting: Regulatory protein dan Regulatory nukleotide
domain

Regulasi Jalur Sintesa Protein

Transcriptional Control

Regulasi terhadap kapan dan seberapa tinggi transkripsi

RNA Polymerase :
faktor-faktor spesifik: menentukan kemampuan pengikatan RNA
Polymerase terhadap daerah promoter DNA template (exp: faktor
sigma pada sel prokariotik):
1. repressor: mengikat pada daerah non-coding dekat/overlape
promoter, menginhibisi pengikatan RNA Polymerase
2. Basal Factor: memposisikan RNA Polymerase pada start sekuen DNA
pengkode protein
3. Activator: meningkatkan interaksi RNA Polymerase dengan promoter
dengan merubah struktur DNA atau berikatan dengan sub unit RNA
Polymerase
4. Enhancer : sisi pengikatan activator pada DNA helix yang bekerja
dengan membentuk loop DNA dan menginduksi terbentuknya kompleks
inisiasi

Transcriptional Control

DNA-Loop
Enhancer

RNA-poly. Promoter

operator

GEN

Arah transkripsi
represor

Aktivator

Transcriptional Control: Prokariot

Molecular pathogenesis of Streptococcus pyogenes
Mga as Activator

mga

P
emm, scpA
(faktor virulensi)

Transcriptional Control: Prokariot

Transcriptional Control: Eukaryot

Pada eukaryot regulasi transkripsi melibatkan interaksi

transcription factors (TF), dgn TATA Box (upstream
promoter) menginduksi kompleks RNA-Polymerase (I,II dan
III) transkripsi.
Eukaryot juga lebih banyak menggunakan enhancer yang
mengendalikan gen-gen bahkan yang berjarak sampai
ribuan nukleotida.
Adanya membran inti pada eukaryot menyebabkan
terhalanginya transkripsi dan translasi yang berlangsung
terus menerus

Enhancer pada kebanyakan eukaryot

Post Transcriptional Control

Capping: melindungi mRNA dari 5-eksonuklease yang dapat

mendegradasi RNA asing dengan merubah basa nukleotida
pada 5 melalui mekanisme 5'-5' linkage. Cap ini juga
membantu pengikatan pada ribosom
Splicing: pemotongan introns = noncoding regions yang
ditranskripsi menjadi RNA. Spliceosome akan berikatan
dengan intron membuat bentukan loop menjadi circle dan
memotongnya. 2 Ujung extrons kemudian akan bergabung
(eukaryot)
Penambahan ekor poly(A): junk RNA ditambahkan pada 3'
untuk memperlambat degradasi oleh eksonuklase sehingga
memperpanjang paruh hidupnya

Post Transcriptional Control

Perbedaan Kontrol Transkripsi

Prokariota

1 RNA Polimerase

Eukariota

Regulasi Operon
Produk: langsung berupa mRNA
mature
Translasi dapat terjadi secara
bersamaan dengan transkripsi

Pol I (rRNA); Pol II (mRNA,

snRNA); Pol III (tRNA und rRNA)
Regulasi: Transkription factors,
cis-& trans-acting elements
Produknya immature mRNA
(perlu posttranscription
processing
Trnaslasi hanya terjadi setelah
eksport dari nukleus

OPERON, polycistronic mRNA

Eukariotik

Regulasi Transkripsi
lebih komplek
Adanya Faktor
Transkrisi dan RNA
Polimerase yang
berbeda
Ada faktor faktor
yang lain yang juga
berperan

Contoh mekanisme Enhancer

Regulasi Translasi

Post Translational Control

Modifikasi kimiawi dari protein setelah disintesis