BIOTEKNOLOGI

• Pengertian Bioteknologi
Bioteknologi adalah ilmu yang menggunakan makhluk hidup untuk
menyelesaikan suatu masalah.
Reverensi :
Bioteknologi adalah cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan makhluk
hidup (bakteri, fungi, virus, dan lain-lain) maupun produk dari makhluk hidup
(enzim, alkohol) dalam proses produksi untuk menghasilkan barang dan jasa.
Dewasa ini, perkembangan bioteknologi tidak hanya didasari pada biologi semata,
tetapi juga pada ilmu-ilmu terapan dan murni lain, seperti biokimia, komputer,
biologi molekular, mikrobiologi, genetika, kimia, matematika, dan lain
sebagainya. Dengan kata lain, bioteknologi adalah ilmu terapan yang
menggabungkan berbagai cabang ilmu dalam proses produksi barang dan jasa.
Bioteknologi juga mengandung pengertian-pengertian lain, diantaranya
sebagai berikut :
1. Suatu penerapan asas-asa ilmu pengetahuan alam dan rekayasa atau teknologi
pada pengolahan suatu bahan yang melibatkan aktivitas bagian jasad hidup
untuk menghasilkan barang dan jasa.
2. Pemanfaatan prinsip-prinsip ilmiah dengan menggunakan
makhluk hidup untuk menghasilkan produk atau jasa guna kepentingan manusia.
3. Ilmu pengetahuan tentang berbagai proses produksi yang berdasarkan pada
kerja mikroorganisme serta komponen aktifnya dan pada proses produksi yang
melibatkan penggunaan sel dan jaringan dan suatu organisme yang Lebih tinggi.
Komponen dari Bioteknology adalah :
- Gen ( DNA )
- Vektor
- Enzyme

Reverensi :
• Komponen-komponen dalam bioteknologi meliputi:
1. bahan yang diproses sebagai bahan masukan (input);
2. organisme yang menyelenggarakan proses;
3. prinsip ilmu yang melandasi proses;
4. produk atau jasa sebagai keluaran (output).
Louis Pasteur dikenal sebagai Bapak Bioteknologi karena telah
mengembangkan bioteknologi dengan memanfaatkan mikroorganisme untuk
melakukan fermentasi yang selanjutnya berkembang pesat dalam biologi
molekuler. Bioteknologi dapat dibedakan menjadi bioteknologi tradisional dan
bioteknologi modern.
Bioteknologi tradisional menggunakan mikroorganisme bakteri dan jamur
untuk memproduksi alkohol, asam asetat, dan bahan makanan, seperti kecap,
tempe, dan tapai. Adapun bioteknologi modern memanfaatka mikroorganisme
dengan menggunakan prinsip-prinsip ilmiah untuk memperoleh produk danjasa.
Bioteknologi modern dapat diproduksi secara massal dan dapat dilakukan
rekayasa genetika sesuai duduk sifat-sifat yang diinginkan manusia.
• Tahap pengembangan bioteknologi meliputi empat Iangkah sebagai
berikut :
1. Bioteknologi produksi makanan dan tanaman.
Contoh: pemanfaatan mikroorganisme (ragi) untuk pembuatan roti, anggur, bin,
keju, tapai, tempe, oncom, dan yoghurt.
2. Bioteknologi produksi asam-asam organik, zat pelarut, dan biomassa di bawah
kondisi nonsteril.
3. Proses-proses bioteknologi di bawah kondisi steril.
4. Aplikasi keilmuwan dalam bioteknologi.

GEN
• Pengertian Gen
Gen adalah pembawa sifat keturunan yang dimiliki oleh semua makhluk
hidup. Struktur atau bahan dari gen adalah DNA. DNA disebut sebagai materi
genetik. DNA merupakan materi genetik bagi manusia dan sifatnya diturunkan.
Sedangkan RNA merupakan materi genetik tapi Cuma terhadap virus. Pada DNA
terdapat 2 bakteri, yaitu : bakteri halus( patogen atau virulen ) dan bakteri kasar
( avirulen ).
 Jika bakteri patogen dipanaskan pada suhu lebih dari 100ºC, maka sifat
patogen dari bakteri tersebut akan hilang dan tidak akan berbahaya bagi makhluk
lain.
DNA dibangun oleh gula, basa-basa nitrogen dan P. Basa-basa nitrogen
tersebut diantaranya : Guanin, Adenin, Timin dan Citosin. Diman A dan T
mempunyai 2 ikatan H, sedangkan G dan C mempunyai 3 ikatan H.
Denaturasi DNA yaitu : lepasnya ikatan hidrogen antara basa untai 1 dan basa
untai 2 dalam 1 susunan menjadi 1 untaian tunggal.
Yang menentukan denaturasi :
• Temperatur diatas normal
Temperatur suhu normal yang dibutuhkan DNA = 25ºC
• Sinar X ( cahaya yang kuat )
• Enzim
• Asam dan basa kuat
Sedangkan renaturasi adalah proses penggabungan antara untai tunggal DNA
menjadi untai ganda yang dilalui oleh penggabungan atau pemasangan basa-basa
komplemen antara G dan C atau A dan T.
Reverensi :

DNA dan RNA

• Sejarah DNA
DNA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuwan
Swiss Friedrich Miescher di Tubingen, Jerman, yang menamainya nuclein
berdasarkan lokasinya di dalam inti sel. Namun demikian, penelitian terhadap
peranan DNA di dalam sel baru dimulai pada awal abad 20, bersamaan dengan
ditemukannya postulat genetika Mendel. DNA dan protein dianggap dua molekul
yang paling memungkinkan sebagai pembawa sifat genetis berdasarkan teori
tersebut.
Dua eksperimen pada dekade 40-an membuktikan fungsi DNA sebagai
materi genetik. Dalam penelitian oleh Avery dan rekan-rekannya, ekstrak dari sel
bakteri yang satu gagal men-transform sel bakteri lainnya kecuali jika DNA dalam
ekstrak dibiarkan utuh. Eksperimen Hershey dan Chase membuktikan hal yang
sama dengan menggunakan pencari jejak radioaktif (radioactive tracers).
 Misteri yang belum terpecahkan ketika itu adalah: bagaimanakah struktur
DNA sehingga ia mampu bertugas sebagai materi genetik? Persoalan ini dijawab
oleh Francis Crick dan koleganya James Watson berdasarkan hasil difraksi sinar-x
DNA oleh Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin. Crick, Watson, dan Wilkins
mendapatkan hadiah Nobel Kedokteran pada 1962 atas penemuan ini. Franklin,
karena sudah wafat pada waktu itu, tidak dapat dianugerahi hadiah ini.
• Penggunaan DNA Dalam Teknologi
 DNA dalam forensik
Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah,
semen, kulit, liur atau rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk
mengidentifikasi kemungkinan tersangka, sebuah proses yang disebut
fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA profiling). Dalam pemrofilan
DNA panjang relatif dari bagian DNA yang berulang seperti short tandem repeats
dan minisatelit, dibandingkan. Pemrofilan DNA dikembangkan pada 1984 oleh
genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari Universitas Leicester, dan pertama kali
digunakan untuk mendakwa Colin Pitchfork pada 1988 dalam kasus pembunuhan
Enderby di Leicestershire, Inggris. Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari
kejahatan tertentu untuk menyediakan sebuah contoh DNA untuk dimasukkan ke
dalam database komputer. Hal ini telah membantu investigator menyelesaikan
kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui dan hanya contoh DNA yang
diperoleh dari tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak
dikenal). Metode ini adalah salah satu teknik paling terpercaya untuk
mengidentifikasi seorang pelaku kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misalnya
bila tidak ada DNA yang dapat diperoleh, atau bila tempat kejadian
terkontaminasi oleh DNA dari banyak orang.
 DNA dalam komputasi
DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai masalah riset
dan sebagai sebuah cara komputasi.
Riset dalam algoritma pencarian string, yang menemukan kejadian dari
urutan huruf di dalam urutan huruf yang lebih besar, dimotivasi sebagian oleh
riset DNA, dimana algoritma ini digunakan untuk mencari urutan tertentu dari
nukleotida dalam sebuah urutan yang besar. Dalam aplikasi lainnya seperti editor
text, bahkan algoritma sederhana untuk masalah ini biasanya mencukupi, tetapi
urutan DNA menyebabkan algoritma-algoritma ini untuk menunjukkan sifat
kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah kecil dari karakter yang berbeda.
Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, yang memiliki
masalah khusus untuk menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database yang
dikhususkan untuk riset DNA disebut database genomik, dam harus menangani
sejumlah tantangan teknis yang unik yang dihubungkan dengan operasi
pembandingan kira-kira, pembandingan urutan, mencari pola yang berulang, dan
pencarian homologi.
• Percobaan Griffith
 Percobaan Griffith menemukan "prinsip transformasi" dalam
bakteri pneumococcus.
 Percobaan Griffith, dilakukan pada tahun 1928 oleh Frederick
Griffith, adalah salah satu percobaan pertama yang menunjukkan bahwa bakteri
dapat memindahkan informasi genetik melalui proses yang disebut transformasi.
Griffith menggunakan dua galur Pneumococcus (yang menginfeksi tikus),
galur tipe III-S dan tipe II-R. Galur III-S memiliki kapsul polisakarida yang
membuatnya tahan terhadap sistem kekebalan inangnya sehingga mengakibatkan
kematian inang, sementara galur II-R tidak memiliki kapsul pelindung tersebut
dan dapat dikalahkan oleh sistem kekebalan tubuh inang.
Dalam eksperimen ini bakteri galur III-S dipanaskan hingga mati, dan
sisa-sisanya ditambahkan ke bakteri galur II-R. Meskipun tikus tidak akan mati
bila terkena baik sisa-sisa bakteri galur III-S (yang sudah mati) ataupun galur II-R
secara terpisah, gabungan keduanya mengakibat kematian tikus inang. Griffith
berhasil mengisolasi baik galur pneumococcus II-R hidup maupun III-S hidup dari
darah tikus mati ini. Griffith menyimpulkan bahwa bakteri tipe II-R telah
tertransformasikan menjadi galur III-S oleh sebuah prinsip transformasi yang
entah bagaimana menjadi bagian bakteri galur III-S yang mati.
Kini kita mengetahui bahwa prinsip pentransformasi yang diamati oleh
Griffith adalah DNA bakteri galur III-S. Meskipun bakteri itu telah mati, DNA-
nya bertahan dari proses pemanasan dan diambil oleh bakteri galur II-R. DNA
galur III-S mengandung gen yang membentuk kapsul perlindungan. Dilengkapi
dengan gen ini, bakteri galur II-R menjadi terlindung dari sistem kekebalan inang
dan dapat membunuhnya. Verifikasi DNA sebagai prinsip pentransformasi ini
dilakukan dalam percobaan oleh Avery, McLeod dan McCarty dan oleh Hershey
dan Chase.

Percobaan Griffith menemukan "prinsip transformasi" dalam bakteri

pneumococcus

DNA adalah sebuah molekul raksasa yang tersembunyi di dalam inti setiap
sel hidup. Semua ciri fisik makhluk hidup dikodekan dalam molekul berbentuk
rantai heliks ini. Semua informasi tentang tubuh kita, dari warna mata hingga
struktur organ-organ dalam, juga bentuk serta fungsi sel-sel kita, terkodekan
dalam bagian yang disebut gen dalam DNA.
Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit
mononukleotida, jika unit-unit pembangunnya dioksinukleotida maka asam
nukleat itu disebut dioksiribonukleat(DNA) dan jika terdiri dari unit-unit
mononukleotida disebut asam ribonukleat(RNA).
DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama
sebab antara unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui
jembatan fosfodiester antara posisi 3′ suatu mononukleotida dan posisi 5′ pada
mononukleotida lainnya(Harpet, 1980).
Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam
ribonukleat (RNA) memberikan dasar kimia bagi pemindahan keterangan di
dalam semua sel. Asam nukleat merupakan molekul makro yang memberi
keterangan tiap asam nukleat mempunyai urutan nukleotida yang unik sama
seperti urutan asam amino yang unik dari suatu protein tertentu karena asam
nukleat merupakan rantai polimer yang tersusun dari satuan monomer yang
disebut nukleotida(Dage, 1992).
Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat(DNA) dan
asam ribonukleat(RNA). DNA terutama ditemui dalam inti sel, asam ini
merupakan pengemban kode genetik dan dapat memproduksi atau mereplikasi
dirinya dengan tujuan membentuk sel-sel baru untuk memproduksi organisme itu
dalam sebagian besar organisme, DNA suatu sel mengerahkan sintesis molekul
RNA, satu tipe RNA, yaitu messenger RNA(mRNA), meninggalkan inti sel dan
mengarahkan tiosintesis dari berbagai tipe protein dalam organisme itu sesuai
dengan kode DNA-nya(fessenden, 1990).
• Meskipun banyak memiliki persamaan dengan DNA, RNA memiliki
perbedaan dengan DNA, antara lain yaitu(Poedjiati, 1994):
1. Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA adalah
dioksiribosa.
2. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda, bentuk molekul RNA berupa rantai
tunggal yang terlipat, sehingga menyerupai rantai ganda.
3. RNA mengandung basa adenin, guanin dan sitosin seperti DNA tetapi tidak
mengandung timin, sebagai gantinya RNA mengandung urasil.
4. Jumlah guanin dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin, demikian
pula jumlah adenin, tidak perlu sama dengan urasil.
• Selain itu perbedaan RNA dengan DNA yang lain adalah dalam
hal(Suryo, 1992):
1. Ukuran dan bentuk
Pada umumnya molekul RNA lebih pendek dari molekul DNA. DNA
berbentuk double helix, sedangkan RNA berbentuk pita tunggal. Meskipun
demikian pada beberapa virus tanaman, RNA merupakan pita double namun
tidak terpilih sebagai spiral.
2. Susunan kimia
Molekul RNA juga merupakan polimer nukleotida, perbedaannya dengan
DNA yaitu:
a. Gula yang menyusunnya bukan dioksiribosa, melainkan ribosa.
b. Basa pirimidin yang menyusunnya bukan timin seperti DNA, tetapi urasil.
3. Lokasi
DNA pada umumnya terdapat di kromosom, sedangkan RNA tergantung
dari macamnya, yaitu:
a. RNA d(RNA duta), terdapat dalam nukleus, RNA d dicetak oleh salah satu
pita DNA yang berlangsung didalam nukleus.
b. RNA p(RNA pemindah) atau RNA t(RNA transfer), terdapat di sitoplasma.
c. RNA r(RNA ribosom), terdapat didalam ribosom.
4. Fungsinya
DNA berfungsi memberikan informasi atau keterangan genetik, sedangkan
fungsi RNA tergantung dari macamnya, yaitu:
a. RNA d, menerima informasi genetik dari DNA, prosesnya dinamakan
transkripsi, berlangsung didalam inti sel.
b. RNA t, mengikat asam amino yang ada di sitoplasma.
c. RNA t, mensintesa protein dengan menggunakan bahan asam amino, proses
ini berlangsung di ribosom dan hasil akhir berupa polipeptida.

• Ada beberapa cara untuk menentukan DNA dan RNA, yaitu(Frutan

and Sofia, 1968):
1. Jaringan hewan dan alkali hangat
RNA akan terpecah menjadi komponen-komponen nukleotida yang larut dalam
asam. DNA sulit dipecah atau dirusak oleh alkali.
2. Metode Schnider
Jaringan dan asam trikloro asetat panas dan diperkirakan DNA dapat diuji oleh
reaksi kalorimetri dengan difenilanin, yang mana akan bereaksi dengan purin
dioksiribosa dan tidak bereaksi dengan purin ribosa.
3. Metode Feligen
Fuchsin sulfurous acid akan berwarna merah dengan DNA, dan tidak dengan
RNA. Reaksi ini diterapkan untuk mempelajari distribusi RNA dan DNA didalam
bagian-bagian sel.
4. Secara Spektroskopi
Pengaukuran absorbsi cahaya oleh RNA dan DNA pada 260nm dimana
spektra cincin purin dan pirimidin asam nukleat menunjukkan maksimal.
 Tiga bentuk utama RNA yang terdapat didalam sel adalah
mRNA(messenger RNA), rRNA(ribosa RNA), dan tRNA(transfer RNA). Tiap
bentuk RNA ini mempunyai berat molekul dan komposisi yang berlainan, tetapi
khas untuk tiap macam bentuk RNA.
Semua RNA terdiri dari rantai tunggal poliribonukleotida. Pada sel
bakteri, hampir semua RNA ada di dalam sitoplasma. Disel hati kira-kira 11%
terdapat dalam nukleus(terutama mRNA), sekitar 15% dalam mitokondria, lebih
dari 50% dalam ribosom, dan kira-kira 24% dalam strosol(Girinda, 1986).

• Rekayasa genetika
Rekayasa genetika (Ing. genetic engineering) dalam arti paling luas adalah
penerapan genetika untuk kepentingan manusia. Dengan pengertian ini kegiatan
pemuliaaan hewan atau tanaman melalui seleksi dalam populasi dapat
dimasukkan. Demikian pula penerapan mutasi buatan tanpa target dapat pula
dimasukkan. Masyarakat ilmiah sekarang lebih bersepakat dengan batasan yang
lebih sempit, yaitu penerapan teknik-teknik genetika molekular untuk mengubah
susunan genetik dalam kromosom atau mengubah sistem ekspresi genetik yang
diarahkan pada kemanfaatan tertentu.
Obyek rekayasa genetika mencakup hampir semua golongan organisme,
mulai dari bakteri, fungi, hewan tingkat rendah, hewan tingkat tinggi, hingga
tumbuh-tumbuhan. Bidang kedokteran dan farmasi paling banyak berinvestasi di
bidang yang relatif baru ini. Sementara itu bidang lain, seperti ilmu pangan,
kedokteran hewan, pertanian (termasuk peternakan dan perikanan), serta teknik
lingkungan juga telah melibatkan ilmu ini untuk mengembangkan bidang masing-
masing.
• Perkembangan Rekayasa Genetika
Ilmu terapan ini dapat dianggap sebagai cabang biologi maupun sebagai
ilmu-ilmu rekayasa (keteknikan). Dapat dianggap, awal mulanya adalah dari
usaha-usaha yang dilakukan untuk menyingkap material yang diwariskan dari satu
generasi ke generasi yang lain. Ketika orang mengetahui bahwa kromosom adalah
material yang membawa bahan terwariskan itu (disebut gen) maka itulah awal
mula ilmu ini. Tentu saja, penemuan struktur DNA menjadi titik yang paling
pokok karena dari sinilah orang kemudian dapat menentukan bagaimana sifat
dapat diubah dengan mengubah komposisi DNA, yang adalah suatu polimer
bervariasi.
Tahap-tahap penting berikutnya adalah serangkaian penemuan enzim
restriksi (pemotong) DNA, regulasi (pengaturan ekspresi) DNA (diawali dari
penemuan operon laktosa pada prokariota), perakitan teknik PCR, transformasi
genetik, teknik peredaman gen (termasuk interferensi RNA), dan teknik mutasi
terarah (seperti Tilling). Sejalan dengan penemuan-penemuan penting itu,
perkembangan di bidang biostatistika, bioinformatika dan robotika/automasi
memainkan peranan penting dalam kemajuan dan efisiensi kerja bidang ini.
Rekayasa genetika adalah prosedur dasar dalam menghasilkan suatu
produk bioteknologi. Prosedur rekayasa genetika secara umum meliputi :
1. Isolasi gen.
2. Memodifikasi gen sehingga fungsi biologisnya lebih baik.
3. Mentrasfer gen tersebut ke organisme baru.
4. Membentuk produk organisme transgenik.
Prosedur pembentukan organisme transgenic ada dua, yaitu:
1. Melalui proses introduksi gen
2. Melalui proses mutagenesis
Beberapa langkah dasar proses introduksi gen adalah:
1. Membentuk sekuen gen yang diinginkan yang ditandai dengan penanda yang
spesifik
2. Mentransformasi sekuen gen yang sudah ditandai ke jaringan
3. Mengkultur jaringan yang sudah mengandung gen yang ditransformasikan
4. Uji coba kultur tersebut di lapangan

Pada awalnya proses rekayasa genetika ditemukan oleh Crick dan Watson
pada tahun 1953. Rekayasa genetika merupakan suatu rangkaian metode yang
canggih dalam perincian akan tetapi sederhana dalam hal prinsip yang
memungkinkan untuk dilakukan pengambilan gen atau sekelompok gen dari
sebuah sel dan mencangkokkan gen atau sekelompok gen tersebut pada sel lain
dimana gen atau sekelompok gen tersebut mengikat diri mereka dengan gen atau
sekelompok gen yang sudah ada dan bersama-sama menanggung reaksi
biokimiawi penerima .
Secara sederhana, proses rekayasa genetika tersebut dapat dijelaskan
sebagai berikut. Setiap makhluk hidup terdiri atas jutaan sel individu yang
masing-masing sel tersebut mengandung satu set gen yang identik. Gen-gen
tersebut berfungsi memberikan perintah-perintah biologi yang hanya
mengeluarkan satu dari ribuan perintah yang diperlukan untuk membangun dan
menjaga kelangsungan suatu makhluk hidup serta menentukan penampakan yang
dimunculkan dalam bentuk fisik suatu makhluk hidup.
Gen-gen tersebut tersusun atas deoxyribonucleic acid atau asam deoksiribonukleat
yang lazimnya disingkat menjadi DNA. DNA merupakan molekul yang
mengkode perintah-perintah biologi di dalam struktur kimianya. Struktur kimia
DNA seperti sebuah rangkaian surat-surat yang berisi pesan-pesan genetika.
Surat-surat itu hanya memiliki empat huruf menurut abjad genetik (Adenin/A,
Guanin/G, Timin/T, dan Cytosin/C), yang disebut basa . Setiap gen mengandung
ribuan rantai basa yang tersusun menjadi sebuah rangkaian dimana gen tersebut
berada dalam kromosom sebuah sel. DNA mudah diekstraksi dari sel-sel, dan
kemajuan biologi molekuler sekarang memungkinkan ilmuwan untuk mengambil
DNA suatu spesies dan kemudian menyusun konstruksi molekuler yang dapat
disimpan di dalam laboratorium. DNA yang telah mengalami penyusunan
molekuler tersebut disebut DNA rekombinan sedangkan gen yang diisolasi
dengan metode tersebut dinamakan gen yang diklon.
DNA rekombinan ini dapat dipindahkan ke makhluk hidup lain bahkan yang
berbeda jenisnya. Hasil dari perpaduan tersebut menghasilkan makhluk hidup
rekombinan yang memiliki kemampuan baru dalam melangsungkan proses hidup
dan bersaing dengan makhluk hidup lainnya. Dengan kata lain makhluk hidup
rekombinan memiliki sifat unggul bila dibandingkan dengan makhluk hidup
asalnya. Perkembangan Rekayasa Genetika Sebagai Bagian dari Perkembangan
Bioteknologi.
 • Struktur DNA dan RNA
Sebelum Watson dan Crick, DNA sudah diketahui sebagai polimer yang
terdiri dari tiga komponen utama: fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen.
Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut
dinamakan nukleotida.
Struktur Kimia DNA dapat digambarkan seperti diagram di bawah ini:
• RNA
RNA Asam ribonukleat (bahasa Inggris:ribonucleic acid, RNA) senyawa
yang merupakan bahan genetik, dan peran utama dalam ekspresi genetik.
Dalam dogma pokok(central dogma) genetika molekular, RNA menjadi
perantara antara informasi yang dibawa DNA dan ekspresi fenotipik yang
diwujudkan dalam bentuk protein.
• Struktur RNA
Struktur dasar RNA mirip dengan DNA.
RNA merupakan polimer yang tersusun dari sejumlah nukleotida. Setiap
nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus gula ribosa, dan satu gugus basa
nitrogen (basa N).
Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu
nukleotida dengan gugus gula ribosa dari nukleotida yang lain.
Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil tambahan
pada cincin gularibosa(sehingga dinamakan ribosa).
Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA, kecuali basa timin pada
DNA diganti dengan urasil pada RNA.
Jadi tetap ada empat pilihan: adenin, guanin, sitosin, atau urasil untuk
suatu nukleotida.
Selain itu, bentuk konformasi RNA tidak berupa pilin ganda sebagaimana
DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya.
• Tipe-tipe RNA
RNA hadir di alam dalam berbagai macam/tipe. Sebagai bahan genetik,
RNA berwujud sepasang pita (Inggris double- stranded RNA, dsRNA).
Genetika molekular klasik mengajarkan adanya tiga tipe RNA yang
terlibat dalam proses sintesis protein:
 - RNA kurir (bahasa Inggris: messenger RNA, mRNA),
- RNA ribosom (bahasa Inggris: ribosomal RNA, rRNA),
- RNA translasi (bahasa Inggris: transfer RNA, tRNA).
Pada akhir abad ke-20 dan awal abad ke-21 diketahui bahwa RNA hadir
dalam berbagai macam bentuk, hingga sekarang dikenal istilah, di antaranya
miRNAdan siRNA.
• Fungsi RNA
Pada sekelompok virus (misalnya bakteriofag), RNA merupakan bahan
genetik. Ia berfungsi sebagai penyimpan informasi genetik, sebagaimana DNA
pada organisme hidup lain. Ketika virus ini menyerang sel hidup, RNA yang
dibawanya masuk ke sitoplasma sel korban, yang kemudian ditranslasi oleh sel
inang untuk menghasilkan virus-virus baru.
Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara
DNAdan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua
organisme hidup.
Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa
nitrogen DNA dalam proses transkripsi.
Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet', tiga urutan basa N,
yang dikenal dengan nama kodon.
Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti),
monomer yang menyusun protein.
• RNA interference
Suatu gejala yang baru ditemukan pada abad ke- 20 adalah adanya
mekanisme 'pembungkaman' ("silencing") dalam ekspresi genetik.
Kode genetik yang dibawa RNA tidak ditranslasi menjadi protein oleh
tRNA. Ini terjadi karena sebelum sempat ditranslasi, mRNA dicerna/dihancurkan
oleh suatu mekanisme yang disebut sebagai "RNA interference". Mekanisme ini
melibatkan paling sedikit tiga substansi (enzim?).
Pertama kali ditemukan pada nematoda "Caenorhabditis elegans".
Tapi selanjutnya ditemukan pada hampir semua kelompok organisme
hidup
 Nukleosida adalah suatu N-glikosida, dimana basa purin atau pirimidin
dihubungkan dengan karbon amomerik (C-1) dari gula berupa cincin heterosiklik.
Dalam hal ini terdapat dua jenis nukleosida, yaitu ribo nukelosida dan
deoksiribonukelosida.
Secara sederhana dapat dikatakan bahwa nukleosida merupakan
nukleotida tanpa gugus fosfat.
Lanjutan :
Dalam perkembangan lanjut, implikasi dari model DNA menurut Watson
dan Crick adalah sifat fisika DNA yang mudah membentuk dua rantai tunggal
DNA apabila ikatan hidrogen purin-pirimidin "melele". Melalui pemanasan,
misalnya, ikatan ini melele dan kekentalan (viscocity) larutan menurun. Dalam
keadaan rantai tunggal, gugus amino dari purin dan pirimidin tersingkap dan siap
bereaksi dengan formaldehida membentuk turunan hidroksimetil, yang dalam
keadaan rantai ganda DNA gugus ini tidak reaktif. Akibat lanjut dari
terbentuknya rantai tunggal DNA adalah serapan radiasi ultraviolet pada riak-
gelombang 260 mm oleh DNA dalam larutan meningkat 40% (DNA memiliki
serapan radiasi tertinggi pada riak-gelombang 260 mm). Dengan pemanasan,
serapan radiasi ultraviolet oleh DNA meningkat secara drastis disaat suhu
pemanasan melewati titik leleh (melting point).

Titik leleh dari setiap potongan DNA bersifat spesifik. Misalnya, titik leleh
untuk DNA dari Diplococcus pneumoniae, E. coli, Serratia marcescens, dan
Mycobacterium phlei masing-masing berturut-turut: 86, 90, 94 dan 97 oC.
Naiknya titik leleh ini berhubungan langsung dengan naiknya kadar [G] + [C]
pada suatu spesies. Setiap spesies bakteri dan vertebrata memiliki kadar G/C yang
berbeda-beda (Tabel 2.1). Marmur (1959) melakukan percobaan denaturasi DNA
yang mengandung berbagai kadar AT (termasuk DNA sintetik kaya AT. Hasilnya
menunjukan bahwa suhu titik denaturasi menurun dengan naiknya kadar A/T.
Percobaan transformasi pneumococci resipien dengan DNA yang di panasi dari D.
pneumoniae donor, menyebabkan aktifitas transformasi terhenti disaat pemanasan
mencapai suhu 86oC, yaitu suhu dimana denaturasi DNA Pneumococci di capai.
Hal ini disebabkan oleh ketidakmampuan bakteri ditransformasi oleh rantai
tunggal polinukletida.
Hal yang menarik adalah bahwa ternyata dua rantai tunggal DNA yang
telah dipanasi dapat berpasangan kembali di dalam larutan. Marmur di tahun 1960
memanaskan larutan DNA pneumococci pada suhu 100oC. Larutannya kemudian
didinginkan. Sepanjang pemanasan dan pendinginan, dilakukan uji kemampuan
DNA mentrasnformasi bakteri resipien. Pewarisan kemampuan bakteri menerima
DNA berlangsung sejalan dengan naiknya suhu pemanasan DNA. Sewaktu
pendinginan, dan suhu mencapai 86oC, transformasi mulai mengalami restorasi
dan mencapai maksimumnya pada suhu sekitar 60oC, dan tetap konstan sampai
suhu pendinginan mencapai 30oC. Denaturasi dan renaturasi DNA dapat juga
diikuti dengan mengukur absorbansi sinar ultraviolet sepanjang naik dan turunnya
suhu larutan.
Nampaknya bukanlah suatu keharusan bahwa dua DNA harus benar-benar
identik agar mampu berpasang kembali. Dua rantai tunggal DNA yang memiliki
tingkat homologi basa nitrogen tertentu dapat berpasangan. Sifat hibrida silang
demikian menjadi dasar-dasar penting dalam banyak prosedur aplikasi genetika
molekuler seperti analisis hubungan keeratan dua organisme, studi sistematika
organisme, pengembangan teknik hibridisasi in situ fluorpendar (FISH), sintesis
DNA in vitro dengan reaksi berantrai polimerase (PCR), dan prosedur hibridisasi
Southern.
 TUGAS TERSTRUKTUR

BIOTEKNOLOGI

Disusun oleh :

CHUSNUL NURLILIA S. ( 0810810033 )

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2009