1. Ribosom bakteri?

Struktur Ribosom
Ribosom merupakan partikel yang padat terdiri dari ribonukleoprotein. Ribosom ada
yang tersebar secara bebas di sitoplasma dan ada yang melekat pada permukaan external dari
membran Retikulum Endoplasma. Ribosom ini adalah organel yang memungkinkan terjadinya
sintesa protein. Strukur dari ribosom memilki sifat sebagai berikut :
1.      Bentuknya universal, pada potongan longitudinal berbentuk elips.
2.      Pada teknik pewarnaan negatif, tampak adanya satu alur transversal, tegak lurus pada
sumbu, terbagi dalam dua sub unit yang memiliki dimensi berbeda.
3.      Setiap sub unit dicirikan oleh koefisiensi sedimentasi yang dinyatakan dalam unit
Svedberg (S). Sehingga koefisien sedimentasi dari prokariot adalah 70S untuk
keseluruhan ribosom (50S untuk sub unit yang besar dan 30S untuk yang kecil).
Untuk eukariot adalah 80S untuk keseluruhan ribosom (60S untuk sub unit besar dan
40S untuk yang kecil).
4.      Dimensi ribosom serta bentuk menjadi bervariasi. Pada prokariot, panjang ribosom
adalah 29 nm dengan besar 21 nm. Dan eukariot, ukurannya 32 nm dengan besar 22
nm.
5.      Pada prokariot sub unitnya kecil, memanjang, bentuk melengkung dengan 2
ekstremitas, memiliki 3 digitasi, menyerupai kursi. Pada eukariot, bentuk sub unit
besar menyerupai ribosom E. coli. Berikut skema struktur ribosom:
Berikut adalah bagan perbandingan komposisi ribosom pada eukariotik dan prokariotik :
Komposisi kimia dari ribosom antara lain sebagai berikut :
1.      Asam Nukleat Ribosom
a.       Sub unit besar dibentuk dari protein dan RNA dalam kuantitas yang seimbang,
mengandung 2 tipe rRNA, yakni:
-   Satu rRNA 28S
-   Satu rRNA SS
b.      Sub unit kecil mengandung r RNA 18s
Diketahui bahwa, dengan ketiadaan RNA 185, maka sub unit besar tidak dapat
berasosiasi pada sub unit kecil. Sedangkan RNA 28s memungkinkan asosiasi tersebut.
RNA SS melekat pada sequence asam nukleat ini yaitu tRNA. Bilamana terbaca maka
 tRNA melekat pada site yang merupakan bagian RNA 285. Perpindahan dari tRNA yang
melekat pada molekul mRNA menyebabkan pergerakan translasi mRNA masing-masing.
2.      Protein Ribosomal
a.       Sub unit kecil (30S prokariot): 21 protein digambarkan berturut-turut dengan huruf S
dan satu angka antara 1 dan 21 (S1, S2, S21). Berat moleku130.000 - 40.000 Dalton.
Berada pada permukaan ribosom, mengelilingi rRNA. Protein memainkan peranan
sebagai reseptor pada faktor pemanjangan sedangkan yang lainnya mengontrol
transducti.
b.       Sub unit besar: 33 protein dikenal sebagai Li sampai L33. Terlibat dalam:
-         Translokasi oleh adanya GTP (melekat pada ribosam) yang memberikan energi untuk
memindahkan inRNA dan pembebasan tRNA asetil.
- Fiksasi (protein L7 dan L1z) dari suatu faktor pemanjangan (EF-6)
-         Dalam pembentukan suatu ikatan peptida antar rantai peptida yang telah dibentuk dan
suatu asetil-NH2 baru.
-         Dalam konstruksi suatu alur longitudinal, menempatkan rantai protein dengan
pembentukan dan melindunginya meiawan enzim proteolitik. Alur ini memiliki
panjang sesuai dengan rantai polipeptida 35 asetil-NH2.
2. 16s r-RNA
16s rRNA merupakan salah satu penyusun subunit 30S, yang penting untuk translasi, dan
terdiri dari 1542 pasangan basa. 16s rRNA adalah suatu jenis RNA yang dilibatkan dalam
produksi protein. Di antara berbagai teknik yang digunakan, RNA ribosomal paling banyak
digunakan sebagai penanda molekuler. Pada prokaryota terdapat tiga jenis RNA ribosomal, yaitu
5S, 16S, dan 23S rRNA. Di antara ketiganya, 16S rRNA yang paling sering digunakan. Molekul
5S rRNA memiliki urutan basa terlalu pendek, sehingga tidak ideal dari segi analisis statistika,
sementara molekul 23S rRNA memiliki struktur sekunder dan tersier yang cukup panjang
sehingga menyulitkan analisis. Sekuens gen 16S rRNA ini dapat digunakan untuk identifikasi
bakteri yang mengalami penyimpangan strain fenotip.
Tabel 1. s RNA Ribosom Pada Prokaryotik
Name Size (nucleotides) Location
5S 120 Large subunit of ribosome
16S 1500 Small subunit of ribosome
23S 2900 Large subunit of ribosome
analisis gen penyandi 16S rRNA telah menjadi prosedur baku untuk menentukan hubungan
filogenetik dan menganalisis suatu ekosistem. 16S rRNA dapat digunakan sebagai penanda molekuler
karena molekul ini bersifat ubikuitus dengan fungsi yang identik pada seluruh organisme. Molekul ini
juga dapat berubah sesuai jarak evolusinya, sehingga dapat digunakan sebagai kronometer evolusi yang
baik. Molekul 16S rRNA memiliki beberapa daerah yang memiliki urutan basa yang relatif konservatif
dan beberapa daerah urutan basanya variatif.
Perbandingan urutan basa yang konservatif berguna untuk mengkonstruksi pohon
filogenetik universal karena mengalami perubahan relatif lambat dan mencerminkan kronologi
evolusi bumi. Sebaliknya, urutan basa yang bersifat variatif dapat digunakan untuk melacak
keragaman dan menempatkan galur-galur dalam satu spesies. Jika urutan basa 16S rRNA
menunjukkan derajat kesamaan yang rendah antara dua taksa, deskripsi suatu takson baru dapat
dilakukan tanpa hibridisasi DNA-DNA. Biasanya jika derajat kesamaan urutan basa gen
penyandi 16S rRNA kurang dari 97% dapat dianggap sebagai spesies baru. Analisis gen
penyandi 16S rRNA praktis untuk definisi spesies, karena molekul ini bersifat ubikuitus,
sehingga dapat dirancang suatu primer yang universal untuk seluruh kelompok. Penentuan
spesies baru pun dapat dilakukan tanpa mengisolasi mikroorganisme yang bersangkutan.
Data urutan basa gen penyandi 16S rRNA memungkinkan digunakan untuk
mengkonstruksi pohon filogenetik yang dapat menunjukkan nenek moyang dan hubungan
kekerabatan organisme, tetapi organisme yang sekerabat atau identik berdasarkan parameter ini
belum tentu memiliki kesamaan secara fisiologi. Hal ini disebabkan gen penyandi 16S rRNA
bukan merupakan suatu gen yang fungsional untuk kelangsungan hidup dan adaptasi prokaryota
pada lingkungan tertentu. ESC menggabungkan informasi peranan mikroorganisme dalam
lingkungannya dengan informasi genetik, berdasarkan pemikiran bahwa fenotipe merupakan
kombinasi dari ekspresi genetik dan pengaruh lingkungan.
Kurang diskriminatifnya gen penyandi 16S rRNA prokaryota dibandingkan dengan gen
pengkode protein adalah karena gen fungsional berevolusi lebih cepat dibandingkan dengan gen
16S rRNA, karena berhubungan erat dengan proses adaptasi. Taksa yang berkerabat sangat dekat
sering memiliki kesamaan yang ekstrim pada gen penyandi 16S rRNA-nya. Ketidakmampuan
analisis berdasarkan gen 16S rRNA untuk membedakan kelompok bakteri berkerabat dekat yang
secara ekologi berbeda teramati pada kasus Mycobacterium avium dan M. Intracellulare.
Keduanya memiliki sekuens gen 16S rRNA yang 99,8% identik (Boddinghaus et al., 1990),
tetapi keduanya dapat dibedakan menjadi kluster yang terpisah berdasarkan sekuens dua gen
penyandi protein, yaitu hsp serta protein 32 kDa
Contoh kasus lain adalah pada Bacillus globisporus dan B. psychrophilus yang hampir
identik berdasar sekuens 16S rRNA, yakni hanya memiliki perbedaan pada dua basa yang
konsisten pada sekuens 16S rRNA, tetapi kedua spesies ini memiliki beberapa perbedaan dalam
beberapa karakte fenotipe seperti kondisi optimum untuk pertumbuhan, serta dapat dengan
mudah dibedakan dengan reasosiasi DNA-DNA. Keduanya dapat dimasukkan ke dalam klaster
yang berbeda berdasarkan urutan basa gen penyandi piruvat kinase dan alanin dehidrogenase.
Oleh karena itu, definisi spesies berdasarkan urutan basa gen 16S rRNA tidak cukup untuk
menggambarkan keanekaragaman fungsional suatu komunitas prokaryota.
Perbandingan langsung gen 16S rRNA dengan gen fungsional pada kelompok
mikroorganisme tidak selalu menunjukkan hasil yang konsisten, misalnya pada kelompok bakteri
denitrifikasi. Kemampuan untuk melakukan proses denitrifikasi dimiliki oleh organisme dari 3
domain kehidupan, tetapi pada organisme yang terdapat pada satu klaster 16SrRNA, kemampuan
ini tersebar secara sporadic. Gen-gen fungsional yang terkait jalur denitrifikasi (menyandikan
nitrit reduktase dan nitrooksida reduktase) menunjukkan keragaman urutan basa yang sangat
tinggi, sehingga sulit untuk dijadikan suatu kronometer evolusi.
16s rRNA juga memiliki perlindungan yang berasal dari protein-protein ribosom
diantaranya S17, S5, S8, S16 dan S15. Masing-masing protein melindungi daerah-daerah pada
16s rNA,misalnya S16, yang memberikan perlindungan pada nukleotida di daerah domain 5`. S5
berfungsi untuk memproteksi dasar dalam putaran cabang pada persimpangan 3 domains utama.

3.SPOROSARCINA
 Apa itu Endospora?? Endospora merupakan bentuk istirahat (laten) dari beberapa jenis
bakteri Gram positif dan terbentuk di dalam sel bakteri jika kondisi lingkungan tidak
menguntungkan bagi kehidupan bakteri. Spora ini mengandung sedikit sitoplasma, materi
genetik, dan ribosom. Dinding endospora yang tebal tersusun atas protein dan menyebabkan
endospora tahan terhadap kekeringan, radiasi cahaya, suhu tinggi, dan zat kimia. Jika kondisi
lingkungan kembali menguntungkan, endospora akan tumbuh menjadi sel bakteri baru. Letak
dari endospora tersebut yaitu di tengah (sentral) atau pinggir (terminal). Bakteri yang masuk
kegolongan ini terdiri dari tiga genus, yaitu Bacillus, Clostridium, dan Sporosarcina

Genus Sporosarcina

Genus Sporosarcina sangat unik di antara para

pembentuk endospora karena selnya yang berbentuk kokus.
Bentuk selnya sperikal hingga oval dan bakteri dari genus ini
motil dan bersifat aerobik. Contohnya yaitu Sporosarcina ureae
dan Sporosarcina halopila.

Sporosarcina ureae

Cirri-ciri Genus Sporosarcina

 Gram positif
 spora positif
 katalase positif
 glukosa negative
 Starch hydrolisis negatif
 Motil
 halofil (DasSarma and Arora, 2001)
 dapat menghasilkan enzim endoglukanase untuk mendegradasi crystalline cellulose (Paul
and Varma, 1993)
 Dapat membentuk zona bening setelah ditambahkan congo red pada medium selektif
yang mengandung 1% Whatman powdered cellulose, 0,5% CMC atau 0,5% cellobiose
(Paul and Varma, 1993)
Sumber: Last update 10 Maret 2004.
help@helix.stanford.edu help@helix.stanford.edu
Ruangbacabuku’s Weblog
Makalah, Tidak Diterbitkan, Mei 2009 Implikasi Dari Penggunaan 16s rRNA Dalam
Perkembangan Ekologi Mikroba Terkini Oleh : Atep Setya T. AFANDI1