Inisiasi Transkripsi

Transkripsi tidak dimulai di sembarang titik pada DNA, tetapi hanya pada
tempat-tempat tertentu di bagian hulu dari gen. tempat penempelan yang khas ini
sangat penting sebab sebagian besar dari keseluruhan DNA bukan gen, sehingga
efisiensi transkripsi gen tidak akan tercapai bila dipermulaan dimulai di sembarang
tempat.
Langkah inisiasi dimulai ketika subunit σ dari holoenzim RNA polimerase
menempel pada urutan tertentu dari serangkaian nukleotida DNA. Tempat tertentu ini
secara umum disebut promoter. Daerah promoter ini terletak di sebelah hulu 5’ dari gen
yang akan ditranskrip. Subunit sigma σ dapat menemukan promoter dengan cara
mencari atau mengeksplorasi daerah promoter dengan berjalan sepanjang pita DNA
sampai menemukan promoter. Setelah sampai ke promoter maka holoenzim akan
menempel pada sekitar 60 pasang nukleotida dari heliks DNA, 40 pasang di antaranya
ada di hulu (sebelum) titik awal transkripsi. Begitu enzim menempel maka di daerah
yang ditempeli DNA akan mengalami denaturasi, menjadi tidak saling memilin dan pita
pasangan terpisah. Hal ini memungkinkan DNA templat untuk menerima reaksi enzim
berikutnya. Karena syarat pertama terjadinya transkripsi adalah menempelnya RNA
polimerase pada promoter, berarti promoter harus dapat dikenali oleh semua enzim
RNA polimerase.
Konsensus pertama tentang hal ini adalah adanya urutan nukleotida yang umum
pada setiap jenis organisme. Urutan ini harus dipertahankan, sebab bila berubah ada
kemungkinan tidak dikenali oleh RNA polimerase dan akibatnya transkripsi tidak terjadi,
atau setidaknya terganggu. Pada bakteria ada dua urutan promoter yaitu promoter
dengan urutan TATAAT dan TTGACA. Urutan TATAAT terletak -10 (10 pasang basa
sebelum) titik transkripsi dimulai, urutan ini juga dinamakan Pribnow box. Urutan lain
yaitu TTGACA terletak -35, yaitu 35 pasang nukleotida sebelum titik inisiasi. Konsensus
kedua adalah adanya variasi kemampuan RNA polimerase dalam melekatkan dirinya ke
promoter yang berbeda. Hal ini mengakibatkan adanya perbedaan dalam kemampuan
expresi gen. Pada bakteria telah ditemukan adanya promoter kuat dan lemah sehingga
ada variasi dalam kecepatan inisiasi dari 1-2 detik sampai 10-20 menit untuk setiap
inisiasi.
Pada bakteria ditemukan adanya variasi dalam berat molekul dari subunit σ .
Tipe yang paling umum adalah σ 70 , artinya subunit ini memiliki berat molekul 70
kilodalton (kDa). Unit ini dikenal oleh hampir semua promoter bakteri. Tipe-tipe σ
lainnya hanya dikenal oleh promoter tertentu.
Struktur yang pertama kali dikenal oleh RNA polimerase dengan DNA dinamakan
ikatan promoter tertutup (closed promoter complex). Pada ikatan ini enzim tersebut
menutup sekitar 60 pasang basa dari tepat di hulu -35 sampai tepat di hilir -10. Daerah
-10 adalah daerah DNA yang pasangan basanya terurai dan merupakan tempat pertama
terbentuknya DNA yang tidak melilit, struktur ini dinamakan ikatan promoter terbuka
(open promoter complex). Pemutusan pasangan basa ini diperlukan sebab basa yang
akan ditranskrip tidak boleh berpasangan. Bila kita perhatikan daerah -10 semuanya
tersusun dari A dan T, pasangan ini hanya memiliki dua ikatan H sehingga mudah dibuka
dibandingkan dengan pasangan C dan G yang memiliki tiga ikatan H.
Bila ikatan terbuka sudah terbentuk, subunit σ akan berdesosiasi sehingga
holoenzim menjadi core enzim. Pada saat yang bersamaan dua ribunukleotida dapat
berpasangan dengan pita templat pada posisi +1 dan +2, dan ikatan fosfodiester
pertama dari molekul RNA disintesis. Selanjutnya adalah memanjangkan rantai molekul
RNA melalui proses elongasi.