Menyelamatkan Hutan Dengan Teknik Molekuler Elektroforesis

Pada masa datang perlu ada independensi ilmu pengetahuan melalui investigasi perbandingan banyaknya kandungan tambang dan unsur makhluk hidup langka yang dilindungi dalam penyelamatan hutan. Pada periode 2002-2003, Pemerintah Indonesia seolah 'makan buah simalakama' dalam hal penentuan izin penambangan di kawasan hutan lindung. Jika tak mengizinkan 22 perusahaan itu artinya melanggar kontrak sebelum turun UU No. 41/1999.

Namun pada penjelasan Pasal 38 dalam hal pelarangan pertambangan terbuka di kawasan hutan lindung mungkin dapat dilakukan dengan ketentuan khusus secara 'selektif' yang bisa ditafsirkan secara subjektif seperti 'analisis kami' atau 'menurut kami'. Untuk mengatasi hal itu, di masa datang perlu adanya independensi ilmu pengetahuan melalui investigasi perbandingan banyaknya kandungan tambang dan kandungan unsur makhluk hidup langka yang dilindungi.

Salah satu cara yang efisien dan canggih adalah melalui pendekatan unsur genetic yang memungkinkan mencatat organisme yang kecil endemik, langka, atau akan punah sekalipun. Menurut peneliti dari Pusat Konservasi Tumbuhan Ex situ Kebun Raya Bogor Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Sudarmono, pendekatan cara ini bisa dilakukan melalui teknik isozim elektroforesis, kromosom dan DNA.

"Perkembangan dunia molekuler tumbuhan makin cepat seiring dengan cepatnya tingkat kepunahannya, sehingga di negara seperti AS, Jepang, dan Inggris sudah mengembangkan database DNA. Begitu juga dengan pengembangan bank benih dan bank gen," kata Sudarmono belum lama ini. Analisis kromosom meski termasuk dasar dari analisis organisme sudah jauh berkembang ke arah analisis mikrosatelit dan poliploidi bahkan genome in situ hybridization (GISH).

Akhirnya dunia molekuler modern pun berkembang ke sektor enzim, protein, dan DNA (deoxyribose nucleic acid) atau RNA (ribose nucleic acid) tergantung pada tujuan dan sasaran yang ingin dicapai. "Namun, setiap kali berbicara tentang kata-kata berbau modern, ada persepsi canggih yang berarti mahal. Sebuah hal sensitive untuk Indonesia yang sedang tertimpa berbagai masalah seperti bencana alam," lanjutnya.

Padahal, jelas doktor jebolan Universitas Osaka City, Jepang, itu perlu dipertimbangkan faktor efisiensi dan efektivitasnya untuk jangka panjang. Analisis molekuler secara modern yaitu pemaparan bahan genetik menggunakan alat yang dikenal sebagai elektroforesis yang membutuhkan kemampuan listrik dan pendingin yang memadai. Prinsip dasar elektroforesis yaitu setiap genom tumbuhan (enzim/protein dan DNA) mempunyai berat yang berbeda-beda, sehingga kecepatan bergeraknya pada media gel juga berbeda-beda dan bisa dilihat melalui pewarnaan (trouble shooting).

Sementara sistem elektroforesis menggunakan arus listrik dari arus negatif ke arus positif melalui media gel untuk menggerakkan bahan genetik (running). Namun, pendeteksian alel enzim (bagian dari kromosom yang menentukan warna, bulu, rasa, dll) individu tumbuhan tidak hanya sampai running saja, masih perlu ditampakkan dengan pewarna (staining) menggunakan enzyme comission atau EC.

Untuk efisiensi penggunaan bahan pewarna bisa disesuaikan dengan kemampuan laboratorium yang ada dan tingkat kesesuaian spesies tumbuhan tersebut. Dibutuhkan pula PCR (polymerase chain reaction) sebelum elekroforesis yang berperan dalam penggabungan pasangan DNA dengan bantuan primer dan enzim bakteri pada suhu tertentu.

Harganya cukup mahal, akan tetapi dengan adanya PCR maka analisis ikatan tunggal DNA bisa dilakukan dengan metode ISSR (inter-simple sequence repeat) atau mikrosatelit, RAPD (random amplified polimorphic DNA), RFLP (restriction fragment length polymorphism), dan AFLP (amplified fragment length polymorphism).

Metode lain Beberapa metode penelitian untuk dunia tumbuhan dilakukan dengan alat elektroforesis horizontal ataupun vertikal yang bergerak dari arus negative (katoda) ke positif (anoda). Karena bahan genetik tersebut sensitif terhadap panas listrik maka pada saat running harus di dalam pendingin antara 4-20 derajat Celcius biasanya memakan waktu 3-4 jam pad arus 250-300 volt.

Prinsip pewarnaan ini sama pada elektroforesis vertikal. Hanya bedanya bahan kimia gelnya berbahaya terhadap tubuh karena bersifat karsinogen atau penyebab kanker (poliakrilamid). Penelitian enzim umumnya dilakukan terhadap populasi suatu tumbuhan di mana sampel yang diperlukan antara 7-50 sampel tiap populasi tergantung luasnya populasi.

Oleh karena itu tujuan penelitian ini secara spesifik untuk menganalisis terjadinya perubahan variasi genetik, keragaman genetik, struktur genetik, arus gen, bahkan hibrid antar populasi. Implikasi penelitian enzim dapat juga mengarah pada makin punahnya suatu populasi atau terjadinya perkawinan antar populasi sehingga terbentuk hibrid baru.

Metode lain yang umum adalah analisis sidikjari (fingerprinting) yaitu ISSR atau mikrosatelit, RAPD, RFLP dan AFLP. Namun untuk mendeteksi adanya pita DNA harus mengikatkan DNA ikatan tunggal dengan sejumlah primer. Umumnya 20 basa nukleotid 'pemancing' pasangan basa sampel penelitian, biasanya perusahaan bahan genetic menerima pesanan primer ini.

Primer tersebut belum tentu dapat sesuai dengan sampel tumbuhan yang diteliti sehingga perlu adanya coba-coba (trial by error) yang tentunya memakan biaya dan waktu. Akhir-akhir ini yang sering dipakai yaitu ISSR/mikrosatelit dan AFLP, karena hasil dan analisis polimorfisnya (pita DNA). Selain itu suhu dalam PCR pada saat proses pengikatan yaitu pemecahan, pengikatan dan pemanjangan harus sesuai. Selanjutnya di-running pada gel agaros (elektroforesis mini kapasitas 25 sampel pada 100 volt) selama 20-40 menit.

Untuk mengetahui pita genetiknya sebelum difoto dengan alat fotografi UV (ultra violet) maka gel harus direndam terlebih dahulu pada isotop ethidium bromide (EtBr). Umumnya penggunaan metode ini untuk mengetahui adanya penyimpangan genetik, hubungan dekat secara genetik, ataupun variasi genetik yang ada pada dua sampai lima sampel saja.

Bisa juga dilakukan SSCP (single strand conformation polymorphism) yang dapat mendeteksi mutasi gen hibrid, ataupun penyimpangan gen lainnya dengan hasil pita jelas dan tajam.

Oleh Algooth Putranto Copyright PT. Jurnalindo Aksara Grafika