Makalah Biologi dan Mikrobiologi Lingkungan Komposisi Kimia pada Sel dan Sifat Bahan Organik

Disusun Oleh:
1. 2. 3.

Agustinus Lamhot V. Rahmadani Mutia

(1007135512) (1007113661)

Rudhi Andreas Komang (1007121578)

Program Studi Teknik Lingkungan S1 Universitas Riau 2011

I. Pendahuluan
Makhluk hidup tersusun atas komposisi senyawa kimia. Diantaranya adalah Karbohidrat, Protein, Enzim, Nukleotida, dan Asam Nukleat. Unsur unsur tersebut memiliki fungsinya yang berbeda beda . Karbohidrat adalah segolongan besar senyawa organik yang paling banyak di bumi. Karbohidrat memilki berbaggai fungsi dalam tubuh makhluk hidup, terutama sebagai bahan bakar, cadangan makanan dan materi pembangun. Bentuk molekul karbohidrat paling sederhana terdiri dari satu molekul gula yang disebut monosakrida. Banyak karbohidrat merupakan polimer yang tersusun dari molekul gula yang terangkai menjadi rantai panjang dan dapat pula bercabang cabang, disebut polisakarida. Protein adalah senyawa organik compleks yang merupakan polimer dari monomer monomer asam amina yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Kebanyakan protein merupakan enzim. Enzim adalah molekul protein sangat penting untuk proses kehidupan, dimana setiap enzim memiliki fungsi yang berbeda-beda. Enzim sangat penting karena mereka mengontrol tingkat reaksi biokimia, misalnya pembusukan aerobik atau anaerobik di alam dan pada tanaman. Nukleotida dan asam nukleat merupakan unsur penting dari mikroorganisme dan semua sel hidup.Semua nukleotida dalam asam nukleat terdiri dari tiga molekul yang lebih kecil, yaitu purin atau pirimidin, ribosa atau deoksiribosa dan asam fosfat. Asam nukleat dibedakan atas RNA dan DNA. Perbedaannya pada RNA mengandung urasil, sedangakan DNA mengandung timin.

II. Komposisi Kimia pada Sel dan Sifat Bahan Organik

1. Analisis penentuan karbohidrat Berbagai analisis tersedia untuk estimasi kuantitatif dari berbagai jenis karbohidrat, misalnya heksosa, pentosa, aldosa, dan keton. Selain itu, ada juga analisis secara enzim untuk senyawa tertentu misalnya glukosa dan galaktosa. Semua analisa tersebut dapat digunakan pada penelitian yang sifatnya lebih spesifik, akan tetapi ilmuwan lingkungan biasanya lebih tertarik untuk menelaah jumlah total karbohidrat dengan cara mengunakan metode standar. Metode ini melibatkan penggunaan anthrone senyawa. Dalam kondisi sangat asam, semua karbohidrat dalam sampel dapat dihidrolisis menjadi monosakarida. Pentosa kemudian dikonversi menjadi furfural dan heksosa menjadi 5-hidroksilmetilfurfural. Produk ini membentuk kompleks berwarna biru pada anthrone. 2. Protein Protein merupakan jenis bahan organik yang paling kompleks yang ditemukan dalam biosfer dan merupakan bagian terpenting dari semua materi hidup. Kandungan protein mikroorganisme dapat bervariasi dari spesies ke spesies sesuai dengan kondisi lingkungan, namun secara umum kandungan protein sel prokariot berkisar antara 40 dan 60 persen dari berat kering. Beberapa protein berfungsi sebagai komponen struktural, misalnya pada dinding sel dan membran pada mikroorganisme, pada membran internal dan eksternal dari sel-sel hewan, dan sebagai komponen utama dari kulit dan rambut. Selain itu, katalis biologis yang mengontrol tingkat reaksi biokimia dalam semua sel hidup dan enzim adalah protein. Selain merupakan komponen utama dari hewan, protein juga merupakan komponen utama air limbah kota dan limbah industri tertentu, misalnya limbah rumah potong, limbah pengepakan daging dan limbah susu. Dari penjelasan di atas, diketahui bahwa protein mewakili beragam molekul. Secara umum, protein dibagi menjadi dua kategori : a. Protein Sederhana Semua protein sederhana adalah polimer -asam amino yang bergabung lalu membentuk ikatan peptida. Panjang polimer bervariasi, sehingga berat molekul protein dapat bervariasi dari beberapa ribu sampai beberapa juta.

Karakteristik umum untuk semua protein sederhana adalah obligasi peptida dan kandungan nitrogen. Semua protein mengandung sekitar 16% nitrogen. Protein sederhana diklasifikasikan berdasarkan kelarutannya dalam pelarut air dan berbagai pelarut lain. b. Protein Terkonjugasi Protein terkonjugasi diklasifikasikan berdasarkan sifat dari komponen nonprotein. Contoh dari protein terkonjugasi ini antara lain lipoprotein, glikoprotein, phosphoproteins dan chromoproteins. Protein terdiri atas dari asam amino yang relatif sedikit. Rumus umum untuk asam amino ditunjukkan di bawah ini: H O

R C C OH NH2 Setiap asam amino memiliki titik isoelektrik yang unik. Untuk asam amino dasar, misalnya lisin dan arginin, nilai pH agak tinggi dikisaran 8 sampai 11 dan untuk yang asam, misalnya aspartat dan glutamat pH rendah yaitu berkisar antara 2 sampai 3. Asam amino merupakan senyawa penyangga terhadap perubahan pH. Mereka bertindak sebagai donor dan akseptor ion hidrogen, baik sebagai asam dan garamnya. Selain itu, diketahui bahwa dalam pemurnian biologis dari beberapa air limbah industri ada kebutuhan untuk mengontrol pH . Namun dalam perawatan biologis limbah kota, jarang diperlukan untuk mengontrol pH. Hal ini dikarenakan pembuangan limbah kota mengandung sistem penyangga anorganik dan organik Dengan demikian, protein dalam larutan dapat menjadi penyangga terhadap perubahan pH. Jadi, protein dapat berkontribusi pada kemampuan sistem untuk menolak perubahan pH. Ketika mayoritas kelompok terionisasi, dalam protein atau asam amino nilai pK air limbah menunjukkan netralitas sistem yang mungkin

menunjukkan tindakan buffering untuk mempertahankan pH netral tanpa penambahan asam atau alkali untuk kontrol pH. Protein, asam amino, dan ion dipol lainnya yang dikenal sebagai zat amfoter, ketika larutan yang mengandung protein spesifik dibawa ke nilai pH listrik, muatan total pada molekul adalah 0, dan kebanyakan protein setidaknya larut dan cenderung untuk mengendapkan pada nilai pH isoelektrik. 3. Enzim Enzim adalah molekul protein sangat penting untuk proses kehidupan, dimana setiap enzim memiliki fungsi yang berbeda-beda. Enzim sangat penting karena mereka mengontrol tingkat reaksi biokimia, misalnya pembusukan aerobik atau anaerobik di alam dan pada tanaman. Cakupan singkat di sini akan mencirikan mekanisme dan kinetika kerja enzim, sehingga membantu pemahaman tingkat pertumbuhan dan pertumbuhan mikroorganisme. Enzim memiliki beberapa sifat umum yang sama seperti katalis anorganik (kobalt, platina, dll) yakni mempercepat laju reaksi. Karena enzim dapat digunakan kembali, enzim akan efektif walaupun dalam konsentrasi yang sangat kecil. Namun tidak seperti katalis anorganik, katalis organik ini sering kali lebih besar dari molekul atau substrat dimana mereka bertindak. Enzim dapat diklasifikasikan ke dalam enam kelompok umum sesuai dengan jenis reaksi mereka mengkatalisasi. Lihat tabel 1. Tabel 1. Klasifikasi Enzim Sesuai dengan Tipe Reaksinya No. 1 2 3 4 5 6 Klasifikasi Oxidoreductases Transferases Hidrolisis Lyases Isomerase Ligases atau synthetases Tipe Reaksi Reaksi oksidasi-reduksi Transfer gugus kimia dari satu molekul ke yang lain Hidrolisis berbagai molekul misalnya, lipid, karbohidrat, protein Penambahan nonhidrolitik atau

penghapusan kelompok substituen Penataan internal kelompok substituen, yaitu pembuatan isomer Bergabung dengan dua molekul

ditambah pirofosfat

dengan

pemutusan

ikatan

Perhatikan bahwa nama semua enam kelompok berakhir dengan-ase. Meskipun tidak ada acuan dalam klasifikasi di atas untuk substrat, enzim banyak diberi nama dengan menambahkan akhiran -ase pada nama substrat dimana enzim bertindak. Enzim menyebabkan lisis dinding sel bakteri, dimana molekul kompleks dengan rantai yang terdiri dari unit N-asetilglukosamin (NAG) dan asam N-acetylmuramic (NAM), keduanya turunan dari glukosa. Pada kasus ini diasumsikan bahwa enzim telah dimurnikan sejumlah kecil zat yang ditempatkan dalam sebuah wadah reaksi dengan konsentrasi diketahui pada substrat yang bertindak, misalnya lisozim hidrolisis dinding sel bakteri atau sukrase hidrolisis sukrosa. Selanjutnya, asumsikan kita dapat menganalisis substrat S dan produk P, misalnya sukrosa sebagai substrat dan baik glukosa atau fruktosa sebagai produk. Air juga reaktan, tapi konsentrasinya begitu tinggi sehingga tidak ada perubahan yang akan terjadi. Jika kita mengukur jalan hilangnya reaktan dan penampilan salah satu produk dalam kondisi ideal, maka akan dihasilkan data kurva. Secara umum, dapat diharapkan bahwa dalam sebuah penelitian enzim seperti yang baru saja dijelaskan, tingkat hasil reaksi pada tingkat penurunan dari awal tetapi untuk jangka pendek perubahan kemiringan kurva sangat kecil. Beberapa enzim memerlukan apoenzyme, nonprotein atau kelompok prostetik dalam rangka untuk melakukan fungsinya sebagai katalis. Hal ini termasuk ke dalam kategori protein terkonjugasi. Kelompok-kelompok prostetik sering disebut kofaktor. Kebanyakan kofaktor berfungsi untuk pengelompokan berbagai reaksi kimia dalam reaksi transfer kelompok. Yang paling menonjol adalah kofaktor kelas senyawa yang disebut nukleotida. Salah satu yang paling penting adalah adenosin trifosfat (ATP), yang kemudian dapat digunakan terutama untuk menggerakkan reaksi endergonik. Kofaktor penting lainnya termasuk dinukleotida adenin nicotinamide, koenzim A, asam lipoat, glutathione, tiamin Pyro-fosfat, fosfat pyridoxal, asam tetrahydrofolic, flavin, dan heme, biotin, dan ion logam. Secara umum, ini diperlukan dalam kegiatan pernapasan dan sintetis mikroorganisme.

Mikroorganisme serta materi hidup lainnya dipengaruhi oleh faktor lingkungan seperti pH, suhu, dan adanya zat beracun. Faktor-faktor diatas perlu diperhatikan, terutama pH dan suhu. Salah satu alasan penting bahwa faktor-faktor ini memberi efek yang mendalam seperti pada laju pertumbuhan dan pemilihan spesies dalam ekosistem adalah pengaruhnya terhadap enzim yang mengontrol metabolisme organisme. Fungsi enzim tergantung pada pemeliharaan konfigurasi ruang khusus dan akses yang mengikat enzim dan substrat bersama kelompok-kelompok khusus dimana reaksi berlangsung. Protein enzim mengandung gugus terionisasi banyak dan ionisasi ini tergantung pada pH larutan. Biasanya ada berbagai nilai pH dimana aktivitas maksimum, yaitu disebut pH optimum. Di bawah atau di atas kisaran ini, aktivitas enzim akan berkurang. Perubahan nilai pH mempengaruhi struktur protein enzim ireversibel, yaitu mengubah sifat benda itu. Selain itu, perubahan dalam ionisasi substrat mungkin disebabkan oleh perubahan nilai pH. Perubahan pH dapat menyebabkan perubahan dalam cara mengikat enzim dan substrat, namun tidak sampai mencegah reaksi tetapi cukup parah untuk memperlambat kecepatan reaksi. Biasanya reaksi enzim dikatalisis pada temperatur yang bervariasi, kecepatan enzim akan jauh lebih cepat pada suhu yang lebih tinggi. Tetapi, kebanyakan enzim tidak aktif pada suhu berkisar 70-100C, namun ada beberapa enzim dapat menahan suhu 100C. Laju reaksi enzim kebanyakan akan melambat pada suhu rendah (hampir 0C). Keberadaan inhibitor enzim dalam proses pengolahan biologis perlu diperhatikan karena inhibitor mengganggu kontrol teknologi diperlukan fungsi metabolisme. Beberapa zat mempengaruhi berbagai macam enzim dan ini disebut inhibitor spesifik. Sebagai contoh, sianida dapat digolongkan dalam kategori ini karena ketika sedang sangat efektif dalam menghambat sitokrom oksidase yang mengontrol transfer elektron ke oksigen dalam respirasi aerobi. Bahan kimia lain seperti azida dan sulfida, yang juga berfungsi sebagai racun pernapasan, efektif menghambat enzim. Kebanyakan enzim menunjukkan spesifisitas tingkat tinggi terhadap substrat, tetapi spesifisitas tidak sempurna dan senyawa dengan struktur konfigurasi yang

sangat mirip dengan substrat dapat bersaing untuk mengikat, sehingga menghalangi substrat. Jenis inhibisi kompetitif tergantung afinitas relatif dari substrat dan inhibitor untuk enzim serta konsentrasi relatif dari substrat dan inhibitor. Sesuai namanya, inhibitor kompetitif tidak bersaing dengan substrat, dengan demikian jenis penghambatan ini tidak dapat dibalikkan dengan meningkatkan konsentrasi substrat. 4. Nukleotida dan asam nukleat Nukleotida dan asam nukleat merupakan unsur penting dari mikroorganisme dan semua sel hidup. Asam nukleat merupakan 5 sampai 30 persen dari berat kering mikroorganisme, tergantung pada spesies dan kondisi lingkungan. Dengan demikian, limbah kota juga mengandung asam nukleat. Kandungan nitrogen asam nukleat adalah sama seperti protein (15%-16%). Tetapi tidak seperti protein, asam nukleat mengandung jumlah fosfor (9%-10%). Selain asam nukleat, dinukleotida melakukan fungsi penting khusus dalam metabolisme. Dinukleotida disebut juga sebagai koenzim. Struktur ruang dari senyawa ini juga akan dijelaskan dalam bagian ini. a. Nukleotida Semua nukleotida ditemukan dalam asam nukleat terdiri dari tiga molekul yang lebih kecil: (1) purin atau pirimidin, (2) ribosa atau deoksiribosa, dan (3) asam fosfat. Dasar pirimidin adalah turunan dari senyawa pirimidin dan dasar purin adalah turunan dari senyawa purin. Pada nukleotida, purin atau basa pirimidin terikat dengan gula. Jika salah satu ribosa atau deoksiribosa terikat pada suatu pirimidin, ikatan akan terbentuk antara C1 dari gula dan N1 dari pirimidin tersebut. Jika terikat purin, ikatannya adalah C1 ke N9. Untuk membentuk nukleotida, asam fosfat terkait dengan gugus gula nukleosida dalam ikatan ester, biasanya pada posisi C5. Jadi, nama adenosin, 5'fosfat, nukleotida adenin, asam adenylic, dan adenosin monofosfat (AMP) dapat digunakan untuk menunjukkan letak nukleotida. Kunci pentingnya adenosin trifosfat (ATP) terletak pada dua ikatan fosfat. ATP bukanlah satu-satunya energi tinggi senyawa yang digunakan untuk tujuan ini. Organisme pertama harus memiliki sintesis ATP dengan mengoksidasi molekul lain di sampah. Alasan dasar untuk respirasi aerobik adalah untuk

mendapatkan

ATP

yang

berguna

untuk

mengemudikan

reaksi

yang

membutuhkan energi. Jika oksidasi melepaskan energi yang cukup dan organisme memiliki mekanisme untuk melepaskan energi untuk menjalankan reaksi atau reaksi yang setara secara terbalik, ATP dapat ia sintesis dan energi yang dilepaskan dari oksidasi yang terperangkap di ATP untuk kemudian digunakan oleh organisme. Dalam banyak organisme, oksidasi elektron pembawa NAD dan FAD digabungkan untuk sintesis ATP dan merupakan modus utama produksi ATP. b. Asam nukleat Sebagian besar nukleotida pada organisme yang hadir sebagai polinukleotida dalam asam nukleat. Perbedaan antara RNA dan DNA yaitu RNA mengandung urasil, sedangkan DNA mengandung timin. Asam deoksiribonukleat (DNA) adalah molekul dalam sel yang unik. Molekul ini berisi semua informasi genetik yang diteruskan ke sel-sel keturunan dan semua informasi dan untuk sintesis sel baru. Untuk melanjutkan kehidupan spesies, molekul ini harus mampu bereplikasi. Tingkat replikasi DNA lebih cepat daripada laju pembelahan sel. Secara umum, dalam biomassa terdiri dari sel-sel bakteri dalam berbagai tahap replikasi, maka kandungan DNA bisa dikatakan agak konstan. Kecuali dalam beberapa virus, molekul DNA terjadi untai ganda. Keunikan dari setiap spesies materi hidup ditentukan polinukleotida. Asam ribonukleat (RNA) adalah untai tunggal polinukleotida. RNA dibutuhkan oleh sel untuk transkripsi informasi genetik yang terkandung dalam DNA sehingga sel dapat membuat enzim yang diperlukan untuk menghasilkan energi, serta menggunakan energi kimia untuk membuat semua unsur organik dari organisme. RNA yang menyalin lalu membawa pesan yang terkandung dalam DNA disebut messenger RNA (mRNA). Sebagian besar RNA dalam sel adalah rRNA, RNA ribosom (80%-90%). Pada bakteri, ribosom ditemukan tersebar di sitoplasma sel dan melekat pada membran sel. Selain mRNA dan rRNA, ada poliribonukleotida berat molekul rendah yang oleh urutan nukleotida dalam rantai

mengangkut atau memindahkan asam amino yang dibutuhkan dari asam amino bebas dalam sel ke ribosom. Jenis RNA ini disebut RNA transfer (tRNA). Tipe lain dari RNA yang sangat penting adalah yang ditemukan di beberapa virus yang mengandung tidak ada DNA dan menggunakan RNA sebagai bahan genetik mereka.

III. Penutup
Ada berbagai cara untuk menganalisis jumlah total karbohidrat. Akan tetapi, ilmuwan lingkungan biasanya lebih tertarik untuk menelaah jumlah total karbohidrat dengan cara mengunakan metode standar. Metode ini melibatkan penggunaan anthrone senyawa. Protein merupakan jenis bahan organik yang paling kompleks yang ditemukan dalam biosfer dan merupakan bagian terpenting dari semua materi hidup. Secara umum, protein dibedakan atas protein sederhana dan protein terkonjugasi. Protein sederhana diklasifikasikan berdasarkan kelarutannya dalam pelarut air dan berbagai pelarut lain. Sedangkan, protein terkonjugasi diklasifikasikan berdasarkan sifat dari komponen nonprotein. Enzim adalah molekul protein sangat penting untuk proses kehidupan, dimana setiap enzim memiliki fungsi yang berbeda-beda. Kinerja enzim dipengaruhi oleh banyak factor, diantaranya pH dan suhu. Biasanya ada berbagai nilai pH dimana aktivitas maksimum, yaitu disebut pH optimum. Di bawah atau di atas kisaran ini, aktivitas enzim akan berkurang. Perubahan pH dapat menyebabkan perubahan dalam cara mengikat enzim dan substrat, namun tidak sampai mencegah reaksi tetapi cukup parah untuk memperlambat kecepatan reaksi. Kebanyakan enzim tidak aktif pada suhu berkisar 70100C, namun ada beberapa enzim dapat menahan suhu 100C. Laju reaksi enzim kebanyakan akan melambat pada suhu rendah (hampir 0C). Nukleotida dan asam nukleat merupakan unsur penting dari mikroorganisme dan semua sel hidup. Semua nukleotida ditemukan dalam asam nukleat terdiri dari tiga molekul yang lebih kecil: (1) purin atau pirimidin, (2) ribosa atau deoksiribosa, dan (3) asam fosfat. Sebagian besar nukleotida pada organisme yang hadir sebagai polinukleotida dalam asam nukleat. Perbedaan antara RNA dan DNA yaitu RNA mengandung urasil, sedangkan DNA mengandung timin. Tipe lain dari RNA yang sangat penting adalah yang ditemukan di beberapa virus yang tidak ada mengandung DNA dan menggunakan RNA sebagai bahan genetik mereka.

Daftar Pustaka
Gaudy A., Gaudy E. 1980. Microbiology for Environmental Scientists and Engineers. McGraw-Hill : New York. (page 99-144)