PLRAKI1AN MIKROBA

RLKOMBINAN
Irfan D. Prijambada
Iak. Pertanian UGM
Mikroba untuk Kegiatan Industri
Mengisolasi dari alam
Rekayasa genetik untuk mengubah sifat
mikroba yang sudah umum digunakan
sehingga dapat memproduksi bahan baru
Mengisolasi Mikroba dari Alam
untuk Kegiatan Industri
Hanya sedikit yang dapat ditumbuhkan
dalam media pertumbuhan buatan.
Kegiatan mencari mikroba yang
berpotensi untuk kegiatan industri
disebut Bioprospecting.
Lingkungan ekstrem menarik.
Pengembangan teknik penumbuhan
yang efektif terhadap beaya.
Rekayasa Genetik Mikroba 1ak
1erarah untuk Kegiatan Industri
Dapat dilakukan melalui mutasi menggunakan agensia
mutagenik atau radiasi UV
Contoh: Pengembangan Pevicittivv penghasil penicillin yang
tinggi
Dapat dilakukan melalui fusi protoplas antar jasad yang
secara filogenetik berjauhan hubungannya, sering
digunakan pada rekayasa genetik khamir (yeasts) dan
jamur
Rekayasa genetik alami
Menumbuhkan mikroba dalam keadaan marginal (stressful)
dan menapis (selecting) galur mikroba baru dengan
kemampuan tumbuh yang lebih baik pada keadaan tersebut.
Muncul karena mutasi spontan.
Melalui penyisipan potongan DNA yang
mengandung gen menggunakan teknologi
rekombinasi DNA untuk menghasilkan
produk protein tertentu.
DNA hasil rekombinasi dapat dipindahkan
ke dalam jasad yang lain untuk
menghasilkan sifat yang dikehendaki di
jasad tersebut.
Gen harus bisa diekspresikan.
Rekayasa Genetik Mikroba 1erarah
untuk Kegiatan Industri
Melalui modifikasi pada daerah pengatur
transkripsi (transcriptional regulation),
memfusikan protein, dan menghilangkan
daerah pengatur umpan balik (feedback
regulation controls)
Cara ini merupakan bagian dari pengendalian
jalur metabolisme untuk mengendalikan atau
meningkatkan produksi suatu bahan.
Pengendalian Lkspresi Gen
Vektor Lkspresi
Vektor yang memiliki promoter untuk
dapat melakukan transkripsi suatu gen
dalam suatu spesies yang dikehendaki.
$ifat-$ifat Inang yang Dikehendaki
(untuk memproduksi protein rekombinan)
1umbuh cepat
Nutrisi murah
1idak banyak persyaratan
Bukan patogen/tidak menghasilkan toksin
Bakteri Inang untuk Lkspresi Protein
coti
Informasi genetiknya sudah sangat dipahami
Kemampuannya dalam fermentasi telah sangat
dipahami
1umbuh cepat dan tidak banyak persyaratan
Dapat menerima berbagai vektor, mudah
ditransformasi,
Protein intraseluler,
Produksi protein rendah
,cittv.
Informasi genetiknya sudah sangat dipahami
Kemampuannya dalam fermentasi telah sangat
dipahami
1umbuh sangat cepat dan tidak banyak
persyaratan
Produksi protein tinggi
$ulit ditransformasi
Protein intraseluler
Pilihan vektor terbatas
Bakteri Inang untuk Lkspresi Protein
$97e9ov,ce.
Kemampuannya dalam fermentasi telah sangat
dipahami
Informasi genetiknya sudah dipahami
1idak banyak persyaratan untuk tumbuh
Produksi protein tinggi
Protein ektraseluler
1umbuh lambat
$ulit ditransformasi
Pilihan vektor terbatas
Bakteri Inang untuk Lkspresi Protein
$,ccb,7ov,ce.
Kemampuannya dalam fermentasi telah
sangat dipahami
Informasi genetiknya sudah dipahami
1idak banyak persyaratan untuk tumbuh
1umbuh cepat
Produksi protein tinggi
Protein ektraseluler
$ulit ditransformasi
Pilihan vektor terbatas
Khamir Inang untuk Lkspresi Protein
%7icboae7v,
1idak banyak persyaratan untuk tumbuh
Produksi protein tinggi
Protein ektraseluler
Kemampuannya dalam fermentasi belum
banyak dipahami
$ulit ditransformasi
1umbuh lambat
Pilihan vektor terbatas
Jamur Inang untuk Lkspresi Protein
DNA Rekombinan
Kombinasi DNA yang berasal dari dua
organisme yang berbeda
Bakteri dan manusia
Bakteri dan tanaman
Virus dan manusia
Penggunaan Mikroba Rekombinan
controI controI
Produksi protein untuk penelitian
Analisis hubungan fungsi protein alami
dan mutannya.
Analisis struktur protein.
Penggunaan Mikroba Rekombinan
(JA)
Produksi protein komersial
Lnzim untuk kegiatan industri
Amilase, amiloglukosidase dan ksilosa isomerase
untuk industri terkait pati
Protease, selulase dan lipase untuk industri detergen
Protease untuk industri keju
Penicillin acylase untuk industri farmasi
Penggunaan Mikroba Rekombinan
(JB)
Industri Keju:
Industri keju memerlukan rennet, enzim protease yang
diperoleh dari lambung anak sapi yang masih
menyusu dan belum makan rumput.
Pada tahun J960 IAO memprediksi akan adanya
kekurangan rennet karena kebutuhan daging dunia
mendorong peternak untuk memelihara sapinya
hingga dewasa. Usaha untuk mencari enzim protease
pengganti rennet dimulai.
Chymosin (rennet hasil rekayasa genetika) dihasilkan
pada awal tahun J980an dari mikroba (.cbe7icbi,coti,
tv,re7ov,ce.t,c9i.dan .e7ittv.vie7yang direkayasa.
Chymosin telah mengalami pengujian yang ketat
untuk menjamin keamanan penggunaannya.
Industri Keju:
Chymosin memiliki sifat dan fungsi yang sama
dengan rennet yang diperoleh dari anak sapi. Lnzim
ini dapat digunakan untuk menghasilkan keju yang
kualitasnya sama dengan keju yang dihasilkan
menggunakan rennet dari anak sapi yang lebih baik
daripada jika menggunakan rennet dari jamur atau
hewan selain sapi.
Chymosin pertama kali digunakan untuk pembuatan
keju pada tahun J988. Pada saat ini hampir 90
rennet dihasilkan dari khamir terekayasa.
Penggunaan Chymosin didukung oleh kelompok
vegetarian dan kelompok agama yang menolak
konsumsi bagian tubuh sapi.
Produksi protein komersial
Protein pengobatan
Insulin untuk pengobatan diabetes
Interferon-gamma untuk pengobatan kanker
Iaktor VIII untuk pengobatan hemofili
Lrythropoetin untuk pencairan gumpalan
darah
Penggunaan Mikroba Rekombinan
(JC)
,vte: Production o recombinant
human insulin in coti
Pasien diabetes perlu menyuntikkan
insulin untuk mengontrol kandungan
glukosa dalam darah mereka

W Prepronsulin diproduksi oleh se-sel dalam

kelenjar pankreas.
W Preproinsulin adalah polipeptida tunggal.
W Preproinsulin diproses oleh enzim proteolitik
menjadi Insulin.
W Pada Insulin, rangkaian polipeptida A dan B
dihubungkan oleh ikatan disulfida.
A choin
8 choin

C choin
Produksi rekombinan insulin manusia
dalam coti(J)
hffp://members.fripod.com/diobefics_worId/IiIIys_rdno_insuIin.hfm
Pada Insulin sintetis, polipeptida A
dan B diklon secara terpisah ke dalam
vektor ekspresi berbasis t,cpromoter
Produksi rekombinan insulin
manusia dalam coti(2)
Promoter t,c,ekspresi diinduksi
Purifikasi dan penghilangan .-
gal dari polipeptida insulin
Polipeptida A dan B yang telah
dimurnikan dicampur
Kondisi campuran dibuat
oksidatif agar terbentuk ikatan
disulfida
:2:3
Produksi rekombinan insulin
manusia dalam coti(3)
Meningkatkan kemampuan mikroba
Meningkatkan kemampuan penambatan
nitrogen
Meningkatkan kemampuan melarutkan fosfat
Meningkatkan kemampuan menggunakan
substrat kompleks seperti selulosa ksilosa, dan
amilum
Ketahanan terhadap kekeringan, logam berat &
senyawa beracun lainnya
Penggunaan Mikroba Rekombinan
(2)
legume
rhizobia
trogen tertambat
(amona)
Karbon tertambat
(maIat, sukrosa)
Penambatan Nitrogen Biologis:
N
2
8 laodoxin
-
8l

16 MgA1P
2-
18 l
2
O
2Ol
-
8 laodoxin 16 MgADP
-
16l
2
PO
4
-
l
2
nitrogenase
2NH
4
+
J. $ecara stoichiometri jarang terjadi.
2. $angat menghabiskan energi karena stabilitas N
2
yang
berikatan rangkap tiga
3. Menghasilkan N tertambat (amonium) yang langsung
diasimilasi menjadi biomolekul yang mengandung N (asam
amino glutamat)
Gen yang 1erlibat dalam
Penambatan N
2
Pengaruh overekspresi vif terhadap
penambatan nitrogen fixation dan
pertumbuhan tanaman
Pertumbuhan Prvt,7i.4S hari setelah inokulasi menggunakan #e9ti.
J, 1idak diinokulasi tidak dipupuk, 2, diinokulasi menggunakan CIN42 (wt), 3,
diinokulasi menggunakan HPSS (vifcD), 4, tidak diinokulasi tetapi dipupuk J0
mM KNO
3
2 mMNH
4
NO
3
.
Untuk penanganan lingkungan tercemar
Mikroba pemakan minyak Prince William
$ound Alaska
Degradasi raksa di lingkungan untuk
membersihkan lingkungan tercemar
Penggunaan Mikroba Rekombinan
(3)
Penggunaan Mikroba untuk
Rekayasa Genetika 1anaman
7ob,c9e7ivv9vvef,ciev. dan Rekayasa
Genetika di Alam
Watak Mikrobanya
9vvef,ciev. adalah bakteri Gram-negative,
non-sporing, motile, rod-shaped,
Berkerabat sangat dekat dengan #biobivv
yang dapat membentuk bintil penambat
nitrogen pada tanaman legume.
Memiliki plasmid yang berukuran besar,
disebut 1i.
7ob,c9e7ivv9vvef,ciev.
1ertarik kepada luka atau bagian terbuka dari dinding
sel tanaman
Menghasilkan asetosiringon yang diinjeksikan ke
dalam tanaman yang memungkinkan masuknya
plasmid 1i ke dalam tanaman
Plasmid 1i plasmid masuk ke dalam tanaman dan
diintegrasikan secara acak dalam kromosom tanaman
Plasmid 1i menyandi opin dan nopalin, dua produk
gen yang memacu tumbuhnya tumor pada tanaman
terinfeksi
1i plasmid
7ob,c9e7ivv9vvef,ciev.
Gen-Gen dalam Plasmid 1i
tra region mengendalikan pemindahan
plasmid dari bakteri ke sel tanaman
vir menginduksi pembelahan tak
terkendali dari sel tanaman inang
t region (tDNA) kumpulan gen yang
mengendalikan pemindahan tDNA ke
dalam kromosom sel tanaman inang
Dari 1i plasmid mengkonstruksi
Plasmid Integrasi
Vektor Integrasi
!Iasm/ !Iasm/
romosome romosome
Rekayasa Genetika 1anaman dan
Plasmid 1i
$ee you ..