BIOTEKNOLOGI:

Rekayasa Organisme dan Rekayasa Genetik

Kapas biasa

Kapas-Bt

Ence Darmo Jaya Supena

Departemen Biologi, FMIPA Institut Pertanian Bogor
BioSMP_BIOTEKNOLOGI

email: e-darmo@indo.net.id
1

Tujuan Instruksional
menjelaskan pengertian dasar bioteknologi, bioteknologi klasik dan contohnya menjelaskan bioteknologi moderen dan prinsip dasarnya Menjelaskan tahapan dalam rekayasa genetik dengan teknologi DNA rekombinan Menjelaskan pemanfaatan bioteknologi moderen dalam bidang pertanian, kesehatan dan lingkungan
Departemen Biologi, FMIPA-IPB

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

Pengertian Bioteknologi
teknologi atau teknik yang menggunakan organisme hidup atau material yang diperoleh dari organisme hidup untuk menghasilkan suatu produk yang bermanfaat bagi manusia

Bioteknologi Klasik/Konvensional proses rekayasa hanya pada tingkat organisme Pemanfaatan organisme dalam bidang pangan
Kamir (Saccharomuces cerevisiae) dalam proses fermentasi: anggur, bir, tape, dll. Rhizopus sp.: Tempe; Neurospora sp.: Oncom Penggunaan produk hasil organisme kesehatan Penicillium notatum: antibiotic Pinicillin Seleksi dari tanaman liar dan pemulian melalui hibridisasi Pemulian melalui induksi mutasi

Bioteknologi Moderen/Molekular
Departemen Biologi, FMIPA-IPB
BioSMP_BIOTEKNOLOGI 3

Bioteklogi Modern / Bioteknologi Molekuler

Teknik yang menggunakan prinsip-prinsip ilmiah dan rekayasa untuk memanipulasi material genetik organisme pada tinggatan gen Tujuan untuk menghasilkan produk berupa:
organisme dengan karakteristik yang spesifik, misalnya lintasan biokimiawi, sifat morfologis, dan atau pertumbuhan organisme yang dapat menghasilkan produk spesifik yang bermanfaat informasi tentang suatu organisme atau jaringan yang secara alami mungkin tidak bisa didapatkan

Teknologi DNA rekombinan

Departemen Biologi, FMIPA-IPB
BioSMP_BIOTEKNOLOGI 4

Material Genetik?
Genetika Mendel Genetika Kromosom Molekul DNA

Struktur Kromosom
Departemen Biologi, FMIPA-IPB
BioSMP_BIOTEKNOLOGI 5

Model DNA UTAS GANDA (WATSON & CRICK, 1953)

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

Struktur Kimia Molekul DNA:

terdiri dari dua sulur/rantai Polinukleotida (sulur ganda), bersifat Antiparalel (5P - 3OH // 3OH - 5P) antar sulur nukleotida berikatan pada basa-N secara Komplementer (A=T) dan (GC)

Departemen Biologi, FMIPA-IPB

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

Ringkasan Proses Replikasi DNA & Ekspresi Gene

Departemen Biologi, FMIPA-IPB

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

Mekanisme alami pemindahan dan rekombinasi DNA pada bakteri

Percobaan Lederberg & Tatum (1946) menggunakan Escherichia coli terjadi rekombinasi gen-gen sehingga dihasilkan bakteri rekombinan yang memiliki semua fungsi sintesis asam amino
Departemen Biologi, FMIPA-IPB
BioSMP_BIOTEKNOLOGI 9

Mekanisme alami pemindahan dan rekombinasi DNA pada bakteri

1. Konjugasi:
perpindahan DNA dari satu sel (sel donor) ke dalam sel bakteri lainnya (sel resipien) melalui kontak fisik antara kedua sel.
DNA sel resipien

DNA sel donor

Pili seks Sel donor (sel jantan) Sel resipien (sel betina)

Departemen Biologi, FMIPA-IPB

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

10

Mekanisme alami pemindahan dan rekombinasi DNA pada bakteri

2. Transformasi:
pengambilan DNA oleh bakteri dari lingkungan di sekelilingnya.

Departemen Biologi, FMIPA-IPB

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

11

Mekanisme alami pemindahan dan rekombinasi DNA pada bakteri

3. Transduksi:
cara pemindahan DNA dari satu sel ke dalam sel lainnya melalui perantaraan fage. DNA fage Kromosom bakteri

Departemen Biologi, FMIPA-IPB

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

12

Mekanisme alami pemindahan dan rekombinasi DNA pada bakteri

DNA baru/asing yang telah masuk ke dalam sel bakteri (i) dapat berintegrasi dengan DNA atau kromosom bakteri sehingga terbentuk DNA rekombinan atau kromosom rekombinan.
DNA asing

Kromosom bakteri

Kromosom/DNA rekombinan

Sel Bakteri
(ii) tidak dapat berintegrasi dengan DNA atau kromosom bakteri
Departemen Biologi, FMIPA-IPB
BioSMP_BIOTEKNOLOGI 13

Teknologi DNA rekombinan / Rekayasa genetik

teknik untuk menggabungkan gen dari sumber yang berbeda ke dalam satu molekul DNA mentransfer ke sel organisme hidup introduksi & terintegrasi dalam genom replikasi ekspresi (proses = rekombinasi; hasilnya = rekombinan)

Tahapan: (1) mengisolasi DNA sel donor dan vektor, (2) memotong DNA, (3) membuat DNA rekombinan antara DNA donor dan DNA vektor dalam tabung reaksi, (4) perbanyakan DNA rekombinan dalam sel hidup, (5) introduksi gen atau fragmen DNA spesifik ke dalam genom organisme target
Departemen Biologi, FMIPA-IPB
BioSMP_BIOTEKNOLOGI 14

Perangkat utama dalam pembentukan DNA rekombinan:

1. 2. 3. 4. plasmid enzim restriksi DNA ligase bakteri
Terdapat pada bakteri DNA selain kromosom Berbentuk sirkuler Umumnya berukuran kecil (lebih kecil dari kromosom bakteri) Jenis, jumlah, dan ukurannya bervariasi antar jenis bakteri
Departemen Biologi, FMIPA-IPB

Plasmid:

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

15

Memotong DNA dengan enzim restriksi

Contoh: Enzim EcoRI yang diisolasi pertama kali dari E.coli oleh Herbert Boyer (1969) Enzim EcoRI memotong pada bagian antara basa G dan A pada sekuens atau urutan basa-N nukleotida GAATTC.

9
BioSMP_BIOTEKNOLOGI 16

Beberapa enzim restriksi yang memotong DNA pada situs yang khas dan organisme asalnya
Nama Enzim EcoRI HindIII HhaI TaqI BsuRI BalI NotI BamHI SmaI Sekuens Pengenal GAATTC AAGCTT GCGC TCGA GGCC TGGCCA GCGGCCGC GGATCC CCCGGG Organisme asal Escherichia coli Haemophilus influenzae Haemophilus haemolyticus Thermus aquaticus Bacillus subtilis Brevibacterium albidum Nocardia otidiscaviarum Bacillus amyloliquefaciens Serratia marcescens
17

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

Menyambung DNA dengan enzim DNA ligase

Jackson, Simon & Berg (1972) berhasil membuat DNA rekombinan

BioSMP_BIOTEKNOLOGI 18

Pustaka Genom
menyimpan gen atau fragmen DNA yang telah diklonkan
Isolasi gen menggunakan pendekatan shotgun dapat menghasilkan ribuan potongan DNA (fragmen DNA) Potongan disimpan untuk sementara waktu di dalam pustaka plasmid atau pustaka fage

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

19

Perbanyakan DNA rekombinan

Fungsi Plasmid dalam pembentukan DNA rekombinan: sebagai vektor untuk mengklonkan gen atau fragmen DNA atau mengubah sifat bakteri. memperbanyak gen (copy gene) yang telah disisipkan dengan bantuan sel bakteri

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

20

Introduksi gen ke dalam genom organisme target

Bakteri Agrobacterium tumefaciens untuk menyisipkan gen ke dalam genom tanaman. T-DNA Plasmid-Ti T-DNA

Kromosom bakteri A. tumefaciens

Kromosom tanaman

Prinsip:

A. tumefaciens strain liar (galur alami) memiliki plasmid-Ti. Pada plasmid Ti terdapat T-DNA yang mengandung gen penyebab tumor. Pada waktu menginfeksi tanaman, A. tumefaciens menyisipkan T-DNA ke dalam kromosom sel tanaman sehingga sel-sel tanaman yang terinfeksi membentuk tumor.
BioSMP_BIOTEKNOLOGI

1721

Introduksi gen interes ke dalam genom tanaman

Agrobacterium DNA mengandung gen yang diinginkan Plasmid-Ti
Penyisipan gen Introduksi ke dalam sel Plasmid-Ti tumbuhan Regenerasi tanaman

T-DNA Situs restriksi

rekombinan

T-DNA membawa gen baru pada kromosom tumbuhan

Tanaman dengan sifat baru

Gen yang diinginkan dimasukkan ke dalam sel tanaman dengan cara menitipkannya (menyisipkan) pada T-DNA. Agrobacterium yang digunakan untuk menginfeksi sel tanaman adalah Agrobacterium yang sudah tidak patogen
BioSMP_BIOTEKNOLOGI

18
22

Contoh tanaman transgenik

Kapas biasa

Kapas-Bt

Tomat biasa

Tomat-Bt

Tanaman kapas-Bt dan tomat-Bt tahan terhadap serangan hama karena menghasilkan toksin yang dapat membunuh hamanya. Toksin pada kapas-Bt dan tomat-Bt disandikan oleh gen yang berasal dari bakteri Bacillus thuringiensis (disingkat Bt)
BioSMP_BIOTEKNOLOGI 23

Review: Rekayasa genetik organisme pada tingkat gen dengan teknologi DNA rekombinan
Bakteri Isolasi Plasmid
Kromosom Plasmid bakteri

Penyisipan gen Plasmid rekombinan Bakteri rekombinan Copy gen

Isolasi gen
Gen yang diinginkan

Sel berisi gen yang diinginkan

Memasukkan plasmid ke dalam sel bakteri Perbanyakan sel bakteri Copy protein Klon bakteri rekombinan

Gen disisipkan pada tanaman

Protein untuk membuat salju Gen untuk mengubah bakteri Protein untuk melarutkan gumpalan agar dapat membersihkan darah dalam terapi serangan limbah jantung 13 BioSMP_BIOTEKNOLOGI

24

Teknik Elektroforesis untuk memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukurannya

Campuran molekul DNA dengan berbagai ukuran
molekul berukuran besar

Sumber listrik

Gel

molekul berukuran kecil

(+)

Fragmen DNA yang berukuran besar bergerak lebih lambat dari fragmen yang lebih kecil bergerak lebih cepat.
BioSMP_BIOTEKNOLOGI

16
25

Pelacakan gen atau fragmen DNA spesifik dengan probe (nukleotida pendek-radioaktif)

(+)

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

26

Penerapan bioteknologi dan rekayasa genetik

Bidang Kesehatan dan Pengobatan
1. Insulin manusia telah diproduksi secara massal menggunakan bakteri E.coli dan telah diperdagangkan untuk mengobati penyakit diabetis. Merek dagang: HumulinR 2. Vaksin hepatitis B digunakan untuk mencegah infeksi virus hepatitis. Telah diproduksi secara komersial menggunakan S.cereviciae dalam skala industri 3. Hormon tumbuh manusia (GH) diproduksi menggunakan E.coli dan digunakan untuk mengobati kelainan pertumbuhan (misal: cebol). 4. Therapi gen untuk penyakit menggantikan gen yang mengalami kerusakan dengan gen yang normal (genetic disorders dan kerusakan gen, misal: kanker)
BioSMP_BIOTEKNOLOGI

(+)

27

Penerapan bioteknologi dan rekayasa genetik

Bidang Pertanian:
1. Bakteri Ice minus (FrostbanR): tidak membeku pada suhu rendah disemprotkan tanaman tidak membeku di musim dingin. 2. Mikroba pendegradasi limbah. 3. Tanaman tahan hama, misal kapas-Bt, tomat-Bt 4. Tanaman tahan herbisida 5. Peningkatan nilai nutrisi (Padi = provitamin-A & unsur Fe; Tomat = flavonoid; Sugar beet = Fructans)

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

28

Penerapan bioteknologi dan rekayasa genetik

Bidang Perikanan:

Penggunaan hormon pertumbuhan untuk meningkatkan ukuran ikan

BioSMP_BIOTEKNOLOGI 29

Penanda (marker)

vagina korban

Bidang Hukum:
Pelaku kejahatan dapat diidentifikasi dengan menggunakan analisis Sidik Jari DNA (DNA fingerprint) misalnya: kasus perkosaan pembunuhan

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

Tersangka 1

Tersangka 2

Penerapan teknologi DNA

Penanda (marker)
30

Penerapan teknologi DNA Bagaimana mencari siapa ibu kita?

DNA mitokondria diwariskan melalui ibu

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

31

Penerapan teknologi DNA

Perbedaan pada urutan DNA dapat diketahui dengan teknik RFLP (restriction fragment length polymorfism)
untuk menentukan keturunan perbedaan antar organisme

Pemotongan dengan enzim restriksi

molekul berukuran besar molekul berukuran kecil

DNA yang berasal dari kromosom

BioSMP_BIOTEKNOLOGI 32

Penerapan bioteknologi dan rekayasa genetik

Pengembangan ilmu pengetahuan:
1. Membantu upaya memahami terjadinya kelainan pada manusia (penyakit genetik) misalnya kanker payudara, Huntingtons disease. 2. Kemajuan Teknologi DNA rekombinan telah mendorong konsorsium ilmuwan internasional untuk mewujudkan proyek genom manusia dan genom organisme lainnya

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

33

Kekhawatiran dan Resiko yang mungkin timbul?

Penyebaran pollen berpotensi menyebarkan gen yang diintroduksi dalam tanaman transgenik ke dalam tumbuhan lainnya
BioSMP_BIOTEKNOLOGI 34

Pustaka acuan
Alters S and Alters B (2006) Biology, Understanding Life. Wiley, Denvers. Campbell NA, Reece JB, Taylor MR, Simon EJ (2006) Biology Concepts & Connections, fifth edition. Benjamin Cummings, San Francisco. Griffiths AJF, Gelbarth WM, Miller JH, Lewontin RC (1999) Modern Genetic Analysis. Freeman, New York. Raven PH and Johnson GB (1999) Biology, fifth edition. McGraw Hill, New York.

BioSMP_BIOTEKNOLOGI

35