APLIKASI ASAM NUKLEAT

RISKY AZLIA EDRINA

1206237151
ABSTRAK

Asam nukleat terdiri dari DNA maupun RNA yang memiliki kode kode protein
sehingga berperan sebagai materi genetik. Aplikasi dari asam nukleat bukan hanya
terdapat di dalam sistem tubuh manusia melainkan juga pada rumpun kesehatan,
teknologi, maupun pangan. Lembar Tugas Mandiri ini akan membahas tentang prinsip
kerja maupun aplikasi dari DNA maupun RNA dengan memanfaatkan teknologi terkini yang
sangat berguna bagi kehidupan manusia

Kata kunci
Asam nukleat, DNA, RNA, Biosensor, DNA Fingerprint, GMO, Simple selection,
Microprojecting Bombardment, Transposons, Elektroporasi, terapi gen, reverse
transcription.

PENDAHULUAN

DNA ditemukan pertama kali pada tahun 1868 oleh Friedrich Miescher yang
menemukan bahwa pada inti sel leukosit yang ia peroleh dari perban bekas bedah terdapat
sebuah substansi berfosfor yang ia sebut nuclein. Penelitian berlanjut oleh Oswald T.
Avery, Colin Macleod, dan Maclyn McCarthy yang menemukan bahwa segmen DNA
virulen yang diekstraksi dari bakteri apabila diinjeksi ke dalam suatu wadah yang berisi
segmen DNA non-virulen akan mengubah segmen tersebut menjadi virulen.
Rekombinasi DNA pada awalnya dilakukan saat Watson dan Crick menduga bahwa
susnan ini dapat diputus dengan beberapa cara Penemuan terkait kemampuan manusia
memutus dan mereplikasi DNA ini mengawali berbagai macam inovasi dalam
pengaplikasian DNA untuk menunjang kesejahteraan manusia.


I. Aplikasi DNA dalam Sistem Tubuh Manusia

Pada tubuh manusia, aplikasi DNA akan terbagi bagi menurut tipe DNA masing
masing. Hal tersebut disebabkan setiap DNA memiliki karakteristik serta perannya masing
masing dalam tubuh manusia. Pembagian DNA tersebut adalah sebagai berikut

DNA mitokondria
DNA mitokondria akan mengkode enzim dan protein - protein yang diperlukan untuk
respirasi sel sebagai aktivitas mitokondria, selain pada mitokondria prinsip kerja
pengkodean ini sama halnya terjadi untuk proses transkripsi dan translasi pada
DNA nukleus serta untuk reaksi terang pada proses anabolisme pada DNA
Kloroplas.
DNA Plasmid
pDNA adalah lingkaran DNA kecil yang dapat bereplikasi sendiri yang terdapat
pada kromosom bakteri dan eukariotik uniseluler. Proses replikasi ini diperuntukan
untuk memelihara sejumlah ciri ciri yang stabil dari generasi ke generasi.
DNA polimerase
DNA polimerase akan membaca untaian DNA yang utuh sebagai cetakan yang
kemudian digunakan untuk menyintesis untaian DNA baru
DNA ligase
DNA ini akan menggabungkan fragmen Okazaki saat proses replikasi, serta
menyambung potongan potongan DNA yang baru disintesis yang berperan dalam
proses reparasi DNA


II. Genetically Modified Organism

Genetically Modified Organism adalah organisme yang telah diubah secara genetik.
Telah banyak organisme yang dapat dimodifikasi secara genetik, contohnya jamur, insekta,
tumbuhan, ikan, serta mamalia. Setiap makhluk hidup yang akan dimodifikasi
menggunakan teknik ini harus mematuhi peraturan peraturan hasil dari kesepakatan
internasional yang terdapat dalam Cartagena Protocol on Biosafety. Beberapa metode
yang diterapkan dalam GMO serta aplikasinya dijelaskan dalam penjelasan berikut ini

a) Metode Simple Selecton

Metode ini diawali dengan mncari individu yang paling superior diantara populasi
genetik yang superior. Setelah mendapatkan indivdu yang paling baik selanjutkanya
akan dilakukan propagasi. Benih dari tumbuhan yang paling unggul akan ditaburkan
untuk menghasilkan generasi baru tanaman yang unggul. Selanjutnya biji biji dari
tanaman tersebut akan disimpan dan ditanam kembali untuk meningkatkan populasi
dengan genotif yang unggul.
Sayangnya, sifat sifat unggul yang dianggap menguntungkan bagi manusia
maupun hewan pengkonsumsi lain tidak selalu menguntungkan tanaman tersebut dalam
konteks ekologi dan evolusi. Ciri ciri tanaman yang sering dianggap bermanfaat bagi
peternak merugikan tanaman dalam aspek lingkungan. Contohnya adalah peningkatan
zat kimia yang membuat buah terasa lebih enak membuatnya tidak hanya menarik di
mata manusia, namun juga untuk serangga dan hama lainnya. Hal ini membuat
tanaman lebih rentan terserang hama dan akhirnya mati sehingga justru mengurangi
populasinya sendiri.

b) Mutation Breeding

Mutasi pembiakan melibatkan tanaman atau benih untuk mutagenik agen
(misalnya, radiasi pengion) atau kimia mutagen (misalnya, etil methanesulfonate) untuk
menginduksi perubahan dalam urutan DNA. Peternak dapat menyesuaikan dosis
irrevocably sehingga itu sudah cukup untuk menyebabkan mutasi beberapa, tetapi tidak
cukup untuk dapat mematikan. Biasanya sejumlah besar tanaman atau benih yang
mutagenized, tumbuh menjadi dewasa reproduksi, dan keturunan berasal. Keturunan
dinilai untuk ekspresi fenotipik sifat-sifat baru yang berpotensi berharga. Seperti dengan
variasi somaclonal, mayoritas mutasi-mutasi yang dihasilkan dari teknik ini merugikan,
dan kesempatan hanya menentukan jika perubahan genetik yang berguna bagi manusia
akan muncul. Selain melalui berbagai dosis, ada cara untuk mengontrol efek dari
irrevocably atau untuk menargetkan gen tertentu atau ciri-ciri. Efek mutagenik
tampaknya acak seluruh genom dan, bahkan jika berguna mutasi terjadi pada tanaman
tertentu, mutasi-mutasi yang merugikan
c) Microprojectile Bombardment

Klein dan rekan-rekan (1987) menemukan bahwa DNA bisa dikirim ke sel
tanaman dengan menembakkan mereka dengan pelet mikroskopis sehingga DNA
akan melekat. Ini adalah metode yang kasar secara fisik tapi efektif untuk pengiriman
DNA, terutama pada spesies seperti jagung, beras, dan lain biji-bijian sereal, yang tidak
memiliki Agrobacterium secara alami. Banyak tanaman hasil modifikasi genetika di
produksi diproduksi secara komersil menggunakan teknik ini.
d) Elektroporasi
Dalam elektroporasi, tanaman protoplasts mengambil makromolekul dari cairan
disekitar mereka yang difasilitasi oleh impuls listrik. Sel-sel yang tumbuh di medium
kultur dengan kehilangan dinding pelindung mereka dan menyisakan protoplas. DNA
yang dikenal akan diproduksi didalam medium kultur protoplast, kemudian kanan listrik
akan diberikan sehingga membuat membran tidak stabil dan memungkinkan DNA untuk
memasuki sel. Transformasi sel akan meregenerasi dinding sel secara keselurahan
sehingga terbentuklah tanaman yang fertil. Elektroporasi dibatasi oleh minimnya tingkat
efisiensi kebanyakan spesies tumbuhan dalam meregenerasi diri mereka dari protoplas
e) Transposons/Transposable Elements

Gen dari mayoritas tumbuhan dan beberapa spesies hewan misalnya serangga dan
ikan, membawa transposon, yaitu suatu yang membawa DNA didalamnya yang memiliki
kemampuan untuk berpindah dari satu genom ke genom lain. Barbara McClintock
adalah yang pertama kali dapat mendeskripsikan transposable element tersebut yang
terdapat pada tanaman jagung. Hal ini dapat membuat gen gen unggul dapa
berpindah dan disatukan menjadi tanamn atau hewan yang unggul. Akan tetapi, metode
ini masih dalam tahap penelitian sehingga belum ada aplikasi yang telah dilakukan.

f) Aplikasi dari GMO

GMO telah banyak diaplikasikan sehingga menghasilkan tumbuhan serta hewan
ransgenik yang kebih bermanfaat bagi kehidupan manusia. Hasil - hasil tersebut adalah
tanaman transgenik, Modifikasi genetik pada hasil penen, yang menghasilkan bibit -bibit
unggul yang tahan dari gangguan hama serta memiliki rasa yang enak, tanaman
cisgenik, serta modifikasi genetik dari mamalia dan mikroba. Modifikasi hewan secara
genetika dapat menghasilkan hewan peliharaan dengan hypo-allegenic yang dapat
meningkatkan interaksi antara manusia dan hewan peliharaannya, meningkatkan
kualitas pangan dengan menghasilkan hewan dengan tingkat pertumbuhan yang sangat
tinggi dan penyerapan dalam pencernaan yang efektif, serta keuntungan keuntungan
lain yang dapat dimodifikasi


III. Finger Print

Seperti halnya sidik jari (fingerprint) yang telah lama digunakan oleh detektif dan
laboratorium kepolisian sejak tahun 1930. pada tahun 1989 telah ditemukan mengenai sidk DNA
yang terdapat pada setiap individu/orang yang lazim disebut DNA Fingerprint yang unik dan selalu
berbeda untuk setiap orang atau individu. Tidak seperti sidik jari biasa atau fingerprint
konvensional yang terdapat pada ujung jari seseorang dan dapat dirubah dengan operasi, DNA
fingerprint mempunyai kesamaan pada setiap sel, jaringan dan organ pada setiap individu. DNA
Fingerprint tidak dapat dirubah oleh siapapun dan dengan alat apapun. Oleh karena itu DNA
Fingerprint adalah metoda yang sangat akurat untuk mengidentifikasi perbedaan diantara satu
orang dengan orang lainnya.
Aplikasi teknologi DNA fingerprint merupakan diagnosis yang kuat untuk penyakit
keturunan pada orang dewasa, anak dan bayi yang belum dilahirkan. Teknologi tersebut sangat
bagus sekali dan dapat dilakukan pada sampel sekecil apapun dan dalam selang waktu yang
lama, misalnya pada pewarnaan darah beku presiden Amerika Serikat Abraham Lincoln dapat
dianalisis adanya kelainan genetik yang disebut Marfans disesease.
a) Mekanisme DNA Finger Print
Ciri khas dari makhluk hidup termasuk manusia adalah terdapat informasi
biologik yang terdapat didalam DNAnya, yang diturunkan dari kedua orang tuanya. Struktur
molekul dari DNA dapat digambarkan seperti resliting yang gigi-giginya saling bertaut
disimbulkan sebagai huruf dari 4 huruf yaitu C,G,A dan T, dimana gigi yang berlawanan
terbentuk satu atau dua pasang, baik A-T atau G-C. Huruf A,C,G dan T adalah singkatan
dari asam amino Adenin, Cytosin, Guanin dan Thymin, yang terbentuk merupakan
bangunan dasar dari DNA. Dimana Adenin dan Guanin adalah kelompok purine,
sedangkan Thymin dan Cytosin adalah kelompok pyrimidin
Informasi yang ada dalam DNA dideterminasi primer oleh sequens dari huruf
sepanjang untaian tersebut. Misalnya sequen ACGCT menunjukkan informasi yang
berbeda dengan sequen AGTCC. Seperti pada kata POST artinya berbeda dengan
STOP atau POTS walaupun kata-kata tersebut menggunakan huruf yang sama. Ciri
khas pada DNA orang adalah informasi yang mengandung kode DNA. Bangunan dasar
dari DNA adalah nukleotida, yang komposisinya terdiri dari : gula desoksiribosa, kelompok
fosfat dan 4 nitrogen dasar (Adenin, Cytosin, Guanin dan Thymin/ ACGT). Komposisi dasar
tersebut berkombinasi pada jalur yang sangat spesifik. Pasangan Adenin (A) hanya
berkombinasi dengan Thymim (T) yaitu A-T. Sedangkan Guanin (G) hanya berpasangan
dengan Cytosin (C) yaitu G-C. Informasi dalam DNA dapat dideterminasi oleh sequen
pasangan dasar sepanjang kerangka gula fosfat tersebut. Perbedaan sequen DNA akan
membedakan diantara makhluk hidup atau karakter mereka, karena mereka menyediakan
perbedaan bangunan asam amino yang membentuk protein.
Makhluk hidup yang tampak berbeda atau berbeda karakternya juga akan
berbeda pula sequen DNA nya. Makin bervariasi suatu organisme maka makin bervariasi
pula sequen DNAnya. DNA Fingerprint adalah suatu cara untuk membedakan sequen DNA
tersebut
Prosedur pemeriksaan DNA Fingerprint adalah sebagai berikut
Uji DNA Fingerprint adalah menunjukkan pekerjaan laboratorium yang mengikuti
beberapa prosedur yang dilakukan melelui 6 tahapan.
Tahap 1: Isolasi DNA
DNA harus diperoleh dari sel atau jaringan tubuh. Hanya dalam jumlah
sedikit jaringan seperti darah, rambut atau kulit yang bila perlu dapat dilakukan
penggandaan dengan Polimerase Chain Reaction (PCR). Tetapi biasanya satu helai
rambut sudah cukup untuk uji DNA fingerprint ini.
Tahap 2: Memotong, mengukur dan mensortir
Enzim yang khusus disebut enzim restriksi digunakan untuk memotong
bagian-bagian tertentu. Misalnya enzim Eco Ri, yang ditemukan dalam bakteri akan
memotong DNA yang mempunysi sequen GAATT. Potongan DNA disortir menurut ukuran
dengan teknik penyaringan disebut elektrophoresis. Potongan DNA dilewatkan gel yang
dibuat dari agarose (diproduksi dari rumput laut). Teknik ini adalah setara dengan
bioteknologi untuk screening memisahkan pita-pita menurut berat molekulnya
Tahap 3: Transfer DNA ke nylon
Distribusi potongan DNA ditransfer pada sehelai nylon dengan
menempatkan nylon diatas gel dan direndam selama 1 malam.
Tahap 4 dan 5: Probing
Dengan menambahkan radioaktiv atau pewarna probe pada sehelai nylon
menghasilkan DNA fingerprint, Setiap probe seperti batang pendek (pita) hanya 1 atau 2
tempat yang khas pada helaian nylon tersebut.
Tahap 6: DNA Fingerprint
Tahapan akhir DNA fingerprint dibuat dengan menggunakan beberapa
probe (5-10 atau lebih) Biasanya menyerupai pita-pita DNA.

b) Aplikasi DNA Fingerprint
DNA Fingerprint banyak digunakan dalam berbagai bidang ilmu baik untuk
kesehatan manusia, penelitian biologi, dunia medis dan untuk pembuktian peristiwa
kriminal/ forensik.
1. Untuk mendiagnosis kelainan keturunan

Suatu program penelitian kelainan genetik yang diturunkan dapat dilakukan
pada janin yang belum dilahirkan maupun bayi yang baru dilahirkan, telah
dikembangan pada berbagai rumah sakit didunia. Kelainan tersebut meliputi
kejadian cystik fibrosis, haemophilia, Huntingtons disease, famili alzhemers, sickle
cell anemia, thalasemia dan lain-lainnya.
Pendeteksian kelainan tersebut lebih awal akan memudahkan dokter atau
ahli medis untuk melakukan pengobatan padak anak yang menderita kelainan
tersebut. Suatu program pengobatan kelainan genetik menggunakan DNA
fingerprint sebagai informasi untuk orang tuanya mengenai resiko dari kelainan
tersebut pada anaknya. Pada program lain informasi pada orang tuanya mengenai
DNA fingerprint pada bayi yang masih dalam kandungan mengalami kelainan
genetik dan tindakan apa yang akan dilakukan.

2. Pengembangan penelitian mengenai kelainan genetik

Program penelitian difokuskan pada gangguan kelainan yang diturunkan
pada kromosom, hal ini perlu diinformasikan apa yang terdapat pada DNA
fingerprint. Dengan mempelajari DNA fingerprint pada orang yang menderita
kelainan tertentu atau membandingkan dengan kelompok orang noraml atau
penderita kelainan akan dapat diidentifikasi bentuk DNA yang berhubungan
dengan kelainan tersebut.

3. Bukti biologik

Barang bukti DNA Fingerprint telah sering digunakan pada laboratorium
kriminal kepolisian yaitu darah, rambut, semen dan sebagainya. Seperti peristiwa
teror bom Bali banyak bukti bahan biologik telah diuji DNA fingerprintnya untuk
menentukan korban dan identifikassi korban. DNA fingerprint juga dapat untuk
identifikasi korban pembunuhan maupun pelaku pembunuhan ataupun
perkosaan.

IV. Biosensor
Biosensor adalah suatu metode analitik yang digunakan untuk mendeteksi analit.
Metode ini mengkombinasikan komponen biologis dan detektor kimiafisik. DNA sendiri
digunakan untuk menjadi sensor deteksi suatu bioreseptor tertentu
Dalam pengaplikasiannya untuk mendeteksi Elektroda karbon yang melapisi rantai
ganda DNA bekerja sebagai biosensor sangat sensitif untuk mendeteksi hydrazine
senyawa. Sensor bergantung pada pemantauan perubahan dalam respon anodik intrinsik
DNA yang terbatas pada permukaan yang dihasilkan dari interaksinya dengan hidrazin
senyawa dan tidak meemrlukan label atau indikator. Satu kali reaksi singkaat cukup untuk
memantau tingkat bagian per miliar hydrazine berbeda.


V. Aplikasi RNA dalam Sistem Tubuh Manusia

Seperti halnya DNA, aplikasi RNA dalam tubuh manusia juga tak lepas dari setiap
tipe RNA yang pada dasarnya mempunyai peran masing masing dalam aplikasinya
sebagai sintesis protein. Setiap prinsip kerja dari tipe - tipe RNA tersebut adalah sebagai
berikut
mRNA membawa informasi dari DNA di dalam sel ke ribosom, organel
penyintesis protein
snRNA memproses hnrna, yaitu seutas RNA yang mengandung kodon dan
merupakan transkripsi dari DNA genomik, menjadi mrna melalui proses splicing
rrna menyediakan daerah katalitik pada ribosom dan membantu mempercepat
atau mengkatalis protein penyusun utama ribosom
tRNA menjembatani antara 3 sekuen basa spesifik (kodon) pada mrna dan
asam amino, selain itu juga mengenal kode yang ada pada kodon dan
mentranslasinya menjadi asam amino dan menyusunnya menjadi sebuah
protein
miRNA meregulasi ekspresi gen pada tingkat translasi dengan cara
mengadakan base pairing dengan mRNA sehingga memblok proses
translasinya oleh ribosom
siRNA meregulasi ekspresi gen pada tingkat translasi, menyebabkan mRNA
didegradasi


VI. Aplikasi RNA dalam terapi gen

Setiap produk gen (DNA) akan menghasilkan mRNA yang selanjutnya akan
diproses menjadi protein yang akan berfungsi untuk replikasi dan perkembangbiakan
suatu agen penyakit. Jika RNA yang akan berikatan dengan mRNA bisa dirancang,
otomatis proses mRNA menjadi protein akan terganggu. Akibatnya, protein tidak akan
terbentuk sehingga agen penyebab penyakit tidak bisa berkembang biak.
Terapi harus masuk ke dalam sel. Para peneliti telah berusaha untuk
merekayasa sistem penghantaran untuk kultur sel. Sebagaimana sistem penghantaran
materi genetik yang lain, secara teori penghantaran siRNA dapat dilakukan dengan 2
cara, yaitu (1) introduksi langsung siRNA sinetik ; (2) introduksi suatu plasmid atau virus
yang menyandi sekuens gen yang akan memproduksi siRNA yang sesuai. Cara kedua
dianggap sebagai cara yang lebih baik karena memberikan efek yang lebih lama.
Dengan menggabungkan asam nukleat dengan suatu pembawa yang berfungsi
meningkatkan transpor ke dalam sel; atau juga dikemas dalam suatu kapsul lemak,
misalnya liposom, yang telah digunakan secara luas untuk transport amfoterisin dan
beberapa obat kanker, diharapkan dapat memenuhi keperluan penghantarannya
(Ananthaswamy, 2003).
Menggunakan suatu sistem penghantar yang sangat menjanjikan, yaitu berupa
ligan peptida dari suatu reseptor kompleks enzim serpin yang dibuat membentuk
kompleks dengan materi genetik ini, yang mana dapat menghantar ke berbagai sel target
(Roberts, 2004).

VII. Aplikasi asam nukleat menggunakan enzim reverse transcription
Enzim reverse transkriptase berperan pada infeksi sel normal menjadi sel tumor bahkan
sel kanker, ketika RNA virus masuk ke dalam sel, RNA memberikan enzim transkriptasenya.
Enzim ini mensintesis DNA-RNA yang dobel heliks yang kemudian secara enzimatis diubah
menjadi DNA-DNA yang dobel heliks yang dapat menggabungkannya ke dalam kromosom sel
inangnya. Setelah penggabungan, DNA di transkripsikan menjadi RNA yang sama-sama
ditranslasikan dan dikemas dalam partikel virus yang baru yang kemudian dilepaskan dari sel
untuk menginfeksi sel inang lainnya dan mengulang proses transkripsi balik ini kembali.
Enzim reverse transcriptase umumnya digunakan dalam riset untuk menerapkan
teknikpolymerase chain reaction untuk RNA dalam teknik yang disebut reverse transcription
polymerase chain reaction (RT-PCR). Teknik PCR klasik dapat diterapkan hanya pada untai
DNA, tetapi dengan bantuan enzim reverse transcriptase, RNA dapat ditranskripsi menjadi
DNA sehingga membuat analisis PCR molekul RNA dapat dilakukan. Misalnya dalam bidang
kessehatan, yakni analisa suatu penyakit yang disebabkan oleh virus atau protein tertentu
(alergen) yang dapat diketahui dari susunan mRNA yang dihasilkan. Selain itu, RT-PCR juga
digunakan dalam mempelajari genom genom virus yang terdiri dari RNA seperti Influenzavirus
A dan retrovirus seperti HIV.
Reverse transcriptase juga digunakan untuk membuat perpustakaan cDNA dari mRNA.
Ketersediaan komersial enzim reverse transcriptase, dapat menyokong penemuan ilmu
pengetahuan dalam bidang biologi molekular seperti kloning, sequencing DNA, dan hibridisasi
DNA.Dari proses tersebut dapat dilihat bahwa RNA dapat menjadi cetakan untuk membuat kopi
DNA untai ganda. Adanya enzim transcriptase ini menguntungkan dalam rekayasa gen.
Semula, untuk mencari gen dimulai dengan mengisolasi seluruh DNA genomnya baru
kemudian dipotong-potong menjadi ratusan potong kemudian mempelajarinya satu-persatu. Hal
ini tentu membutuhkan waktu yang cukup lama. Dengan adanya enzim transcriptase ini, yang
diperlukan adalah mengisolasi mRNA yang kemudian menjadi cetakan untuk membuat DNA
yang dobel heliks.
Reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) adalah varian
dariPolymerase Chain Reaction (PCR), teknik laboratorium yang biasa digunakan dalam
molekuler biologi untuk menghasilkan banyak salinan sekuen DNA, suatu proses yang disebut
amplifikasi. Pada RT-PCR, untai RNA ditranskripsi balik ke dalam DNA komplemen (DNA
komplementer, atau cDNA) menggunakan enzim reverse transkriptase, dan cDNA yang
dihasilkan diperkuat menggunakan input atau real-time PCR.
RT-PCR menggunakan sepasang primer, yang melengkapi urutan yang ditetapkan
pada masing-masing dari kedua untai cDNA. Primer ini kemudian diperpanjang oleh enzim
DNA polimerase dan salinan dari rantai tersebut dibuat setelah setiap siklus, menuju logaritmik
amplifikasi. RT-PCR mencakup tiga langkah utama, dapat dijelaskan sebagai berikut:
1. Transkripsi balik (RT), di mana RNA ditranskripsi balik untuk cDNA
menggunakan enzim reverse transcriptase dan primer. Langkah ini sangat penting dalam
rangka untuk melakukan polimerisasi DNA. Langkah RT dapat dilakukan baik dalam tabung
yang sama dengan PCR (one step PCR) atau dengan memisahkan satu (two step PCR)
menggunakan suhu antara 40 C dan 50 C, tergantung pada sifat-sifat reverse transcriptase
digunakan. One Step PCR yaitu enzim reverse transcriptasedigabung dalam satu tube bersama
reagen-reagen PCR, sedangkan untuk two stepPCR , proses transkipsi balik dan amplifikasi
dilakukan secara terpisah.
2. Langkah selanjutnya melibatkan denaturasi dari dsDNA pada 95 C, sehingga
kedua untai primer terpisah dan dapat mengikat lagi pada suhu yang lebih rendah dan memulai
reaksi berantai baru. Kemudian, suhu menurun hingga mencapai temperatur anil yang dapat
bervariasi tergantung pada set primer yang digunakan, konsentrasi sampel, dan konsentrasi
kation. Pertimbangan utama, tentu saja, ketika memilih temperatur anil optimal adalah
temperatur leleh (Tm) dari primer dan probe (jika digunakan). Anil suhu yang dipilih untuk PCR
langsung tergantung pada panjang dan komposisi primer. Ini adalah hasil dari perbedaan ikatan
hidrogen antara AT (2 obligasi) dan GC (3 obligasi). Anil temperatur sekitar 5 derajat di bawah
temperatur terendah dari sepasang primer biasanya digunakan.
3. Langkah akhir amplifikasi PCR DNA perpanjangan dari primer. Hal ini dilakukan
dengan DNA polimerase Taq tahan panas, biasanya pada suhu 72 C, suhu di mana enzim
bekerja secara optimal. Panjang inkubasi pada setiap suhu, perubahan suhu, dan jumlah siklus
dikendalikan oleh pengendara sepeda diprogram termal. Analisis produk PCR tergantung pada
jenis PCR diterapkan. Jika PCR konvensional digunakan, produk PCR dideteksi dengan
menggunakan elektroforesis gel agarosa dan ethidium bromida (atau lainnya menodai asam
nukleat).
RT-PCR konvensional adalah teknik PCR yang memakan waktu dengan keterbatasan
tertentu jika dibandingkan dengan teknikReal-Time PCR. Hal ini, dikombinasikan dengan fakta
bahwa bromida ethidium memiliki sensitivitas rendah, hasil tidak selalu dapat diandalkan.
Selain itu, terdapat peningkatan resiko kontaminasi silang dari sampel sejak deteksi dari produk
PCR memerlukan pengolahan pasca-amplifikasi sampel. Selanjutnya, spesifisitas dari assay
ditentukan oleh primer, yang dapat memberikan hasil positif palsu. Namun, yang paling penting
mengenai kelemahan RT-PCR konvensional adalah fakta bahwa ia adalah semi-atau bahkan
merupakan teknik kuantitatif rendah sehingga memerlukan teknik Real-Time PCR sebagai
pendukung.
VIII. Kesimpulan

Asam nukleat yang terdiri dari DNA maupun RNA mempunyai beragam aplikasi baik di
tubuh manusia maupun untuk perkembangan rumpun kesehatan dengan terapi gen,
keteknikan, maupun pertanian dengan memodifikasi hasil panen agar memiliki nilai mutu yang
lebih baik. Hal ini tidak lepas dari ciri asam nukleat dengan terdapatnya kode kode protein di
dalamnya. Pengembangan teknik pembacaan maupun modifikasi dari pengkodean yang dimiliki
oleh asam nukleat kemungkinan besar akan memperbanyak aplikasi yang yang dimiliki oleh
asam nukleat untuk masa yang akan datang
IX. Daftar Pustaka

ACS Publication, 1996. DNA biosensors for the detection of hydrazines. [online] Available
at: <http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ac9600619> [Accessed 17 Februari 2014].
IPK Gatersleben, 2014. DNA biosensors for the detection of arbuscular
mychorrizae. [online] Available at: <http://www.ipk-gatersleben.de/en/dept-physiology-
and-cell-biology/yeast-genetics/dna-biosensors/> [Accessed 17 Februari 2014].
Mingkar, Irma, Krisno, Agus. 2012. Pendekatan Baru dalam Terapi Gen dengan RNA
Theurapic untuk Pengobatan Penyakit Kanker Gen. Program Studi Pendidikan
Biologi FKIP Universitas Muhammadiyah Malang.
Nelson, David L., Cox, Michael M., 2010. Principles Of Biochemistry fourth edition.
London: Perseus.
The National Academies, 2004. Safety of Genetically Engineered Foods to Assessing
Unintended Health Effects. [online] Available at: <
http://www.nap.edu/openbook.php?record_id=10977&page=30> [Accessed 17
Februari 2014].