MUHAMMAD TAUFIK NUGRAHA

230110120078
PERIKANAN A

DNA (Asam deoksiribonukleat)

DNA adalah untaian asam nukleat yang menyandi kode genetik makhluk hidup, termasuk
manusia. DNA sendiri adalah kependekan dari deoxyribonucleic acid. DNA sering dibandingkan
dengan satu set cetak biru atau resep, atau kode, karena berisi instruksi yang dibutuhkan untuk
membangun komponen lain dari sel, seperti protein dan molekul RNA. Segmen DNA yang
membawa informasi genetik ini disebut gen, tetapi urutan DNA lain yang memiliki tujuan
struktural, atau terlibat dalam mengatur penggunaan informasi genetik.
DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama
a. gugus fosfat
b. gula deoksiribosa
c. basa nitrogen, yang terdiri dari :
1. Basa Purin terdiri dari
Adenina (A)
Guanina (G)
2.

Basa Pirimidin terdiri dari :

Sitosina (C)
Timina (T)

Gambar 1. Rantai Ikatan DNA

Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. Gula
pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula
terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu
gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA
adalah gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa.
Molekul-molekul DNA di tubuh kita tersusun dalam paket-paket yang disebut kromosom.
Setiap manusia memiliki 23 pasang kromosom. Satu dari 23 pasang kromosom itu, yang disebut
kromosom seks, berbeda pada pria dan wanita. Wanita memiliki dua kromosom X, laki-laki
memiliki kromosom X dan Y. Setiap organisme memiliki jumlah kromosom yang berbeda.
Misalnya, simpanze memiliki 24 pasang, pisang 11 pasang, dan lalat hanya 4 pasang
Gen
Gen adalah bagian kromosom atau salah satu kesatuan kimia (DNA) dalam kromosom,
yaitu dalam lokus yang mengendalikan ciri genetis suatu makhluk hidup. Gen diwariskan oleh
satu individu kepada keturunannya melalui suatu proses reproduksi. Dengan demikian, informasi
yang menjaga keutuhan bentuk dan fungsi kehidupan suatu organisme dapat terjaga. Gen
terdapat berpasangan dalam satu lokus pada kromosom homolog. masing-masing gen dalam
pasangan itu disebut alel. Kedua alel dapat membawa ciri sifat yang sama atau berbeda, misalnya
sifat tangkai panjang da tangkai pendek.
Kromosom
Kromosom adalah pembawa gen yang terdapat di dalam inti sel (nukleus). Kromosom
terdiri dari DNA, RNA (asam ribo nukleat) dan protein. Kromosom homolog (2n) adalah
kromosom yang terdapat berpasangan dan memiliki struktur dan komposisi yang sama. sel yang
memiliki 2n kromosom (kromosom homolog) disebut sel diploid. Bila tidak berpasangan
kromosom diberi simbol n kromosom. Sel dengan n kromosom adalah sel haploid, misalnya sel
kelamin jantan saja atau sel kelamin betina saja.
Alel
Letak suatu gen pada rantai polinukleotida-kromosom disebut dengan lokus. Perlu
diketahui bahwa kromosom pada mahkluk hidup saling berpasang-pasangan. Kromosom yang
berpasangan ini disebut dengan kromosom yang homolog. Jadi dapat disimpulkan bahwa gengen pada lokus yang sama pada kromosom yang homolog memiliki suatu pengaruh pada target
yang sama untuk diekspresikan sebagai fenotip. gen-gen pada lokus yang sama pada kromosom
yang homolog disebut dengan allel.

PCR (Polymerase chain reaction)

PCR adalah suatu teknik perbanyakan (replikasi) sampel DNA menggunakan bantuan
enzim DNA polymerase yang menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen.
Pasangan primer yang pertama akan mengamplifikasi fragmen yang cara kerjanya mirip dengan
PCR pada umumnya. Sedangkan, pasangan primer yang kedua biasanya disebut nested primers
(sepasang primer tersebut terletak di dalam fragmen pertama) yang berikatan di dalam fragmen
produk PCR yang pertama untuk memungkinkan terjadinya amplifikasi produk PCR yang kedua
dimana hasilnya lebih pendek dari yang pertama. Dengan menggunakan nested PCR, jika ada
fragmen yang salah diamplifikasi maka kemungkinan bagian tersebut diamplifikasi untuk kedua
kalinya oleh primer yang kedua sangat rendah. Dengan demikian, nested PCR adalah PCR yang
sangat spesifik dalam melakukan amplifikasi.
Polymerase Chain Reaction (PCR), merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk
melipatgandakan suatu sekuens nukleotida tertentu secara in vitro. Metode ini dikembangkan
pertama kali oleh Kary B. Mulis pada tahun 1985. Metode ini sekarang telah banyak digunakan
untuk berbagai macam manipulasi dan analisis genetic. Pada awal perkembanganya metode ini
hanya digunakan untuk melipatgandakan molekul DNA, tetapi kemudian dikembangkan lebih
lanjut sehingga dapat digunakan pula untuk melipatgandakan dan melakukan kuantitas molekul
mRNA.

Gambar 2. Thermocycler PCR

Alat untuk melakukan reaksi sintesis rantai nukleotida (DNA dan RNA) dengan batuan
enzim nukleotida polimerase dan pengaturan suhu.

Proses PCR terdiri dari 3 tahapan, yaitu:

1. Denaturasi adalah proses penguraian materi genetik (DNA/RNA) dari bentuk heliksnya
yang dipisahkan dengan suhu 90-96oC.
2. Annealing (pelekatan) atau hibridisasi adalah suatu proses penempelan primer ke DNA
template yang sekarang hanya dalam satu untai.
3. Polimerisasi (sintesis) adalah suatu proses pemanjangan rantai DNA baru yang dimulai
dari primer.
4.

Gambar 3. Proses Tahapan PCR

manfaat teknik PCR ini berdampak sangat luas terhadap kemajuan sains dan teknologi secara
umum yaitu antara lain sebagai berikut:
1.
2.
3.
4.

Memperkuat gen spesifik sebelum diklon.

Membuat fragmen gen DNA secara berlimpah
Dapat mendeteksi DNA gen virus yang sulit untuk dideteksi
Dapat mendeteksi/ mendiagnosis DNA sel embrionik yang mengalami kelainan sebelum
dilahirkan.
5. Bidang kedokteran forensik. Contohnya mendeteksi penyakit yang dapat menginfeksi,
variasi dan mutasi dari gen.
6. Mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies atau untuk mengetahui dari mana
spesies tersebut berasal.
7. Melacak asal usul seseorang dengan membandingkan finger print

Kelebihan dan Kelemahan PCR Kelebihan

Kelebihan

1.
2.
3.
4.
5.

Memiliki spesifisitas tinggi

Sangat cepat, dapat memberikan hasil yang sama pada hari yang sama
Dapat membedakan varian mikroorganisme
Mikroorganisme yang dideteksi tidak harus hidup
Mudah di set up

Kelemahan

1. Sangat mudah terkontaminasi

2. Biaya peralatan dan reagen mahal
3. interpretasi hasil PCR yang positif belum tervalidasi untuk semua penyakit infeksi
(misalnya infeksi pasif atau laten)
4. Teknik prosedur yang kompleks dan bertahap membutuhkan keahlian khusus untuk
melakukannya.