DNA Primer

SEPTEMBER 25, 2012 / DESSIRAHMA

Primer adalah rantai asam nukleat yang berfungsi sebagai titik awal untuk
mensintesis DNA, yang diperlukan untuk mereplikasi DNA karena enzim-enzim yang
mengkatalisis proses ini, yaitu DNA polimerase, hanya dapat menambahkan
nukleotida yang baru ke rantai DNA yang ada. Polimerase mulai melakukan replikasi
dimulai pada akhir 3 pada primer dan menyalinnya dengan rantai yang
berlawanan. Dalam beberapa kasus replikasi DNA alami, primer untuk mensintesis
DNA dan replikasi adalah rantai pendek pada RNA. Banyak teknik pada laboratorium
biokimia dan biologi molekuler yang melibatkan DNA polimerase,
seperti sequencing DNA dan reaksi rantai polimerase (PCR) yang memerlukan
primer DNA. Primer ini biasanya pendek, oligonukleotida disintesis secara kimia,
dengan panjang sekitar 20 basa, dimana primer melakukan hibridisasi ke DNA
target, yang kemudian disalin oleh polimerase.
Sequencing DNA digunakan untuk menentukan nukleotida dalam sebuah untai DNA.
Metode penghentian rantai (sequencing dideoksi atau metode Sanger)
menggunakan primer sebagai penanda awal untuk reaksi berantai. Dalam PCR,
primer digunakan untuk menentukan fragmen DNA yang akan diperkuat oleh proses
PCR. Panjang primer biasanya tidak lebih dari 30 (biasanya 18 hingga 24)
nukleotida, dan harus mencocokkan awal dan akhir dari fragmen DNA yang akan
diamplifikasi. Replikasi ini berlangsung satu sama lain perpanjangan satu primer
oleh polimerase kemudian menjadi template untuk yang lain, yang kemudian akan
menyebabkan peningkatan eksponensial dalam segmen sasaran. Perlu diketahui
bahwa primer pada hakikatnya tidak selalu diperlukan untuk mensintesis DNA.

Pasangan primer harus memiliki suhu leleh yang sama pada waktuannealing dalam
PCR. Sebuah primer dengan Tm secara signifikan apabila memiliki suhu reaksi yang
lebih tinggi daripada suhu annealing, hal ini dapat menimbulkan adanya kesalahan
hibridisasi dan akhirnya dapat memperpan-jang di lokasi yang salah sepanjang
urutan DNA, sedangkan bila Tm secara signifikan memiliki suhu lebih rendah dari
suhuannealing maka dapat dimungkinkan adanya kegagalan annealing.
Urutan primer perlu dipilih untuk DNA tertentu untuk menghindari kemungkinan
adanya kesalahan dalam hibridiasi ke urutan yang sama di dekatnya. Sebuah
metode yang umum digunakan adalah BLAST dimana semua daerah memiliki
kemungkinan untuk menjadi primer. Kedua urutan nukleotida serta primer sendiri
dapat dicari dengan menggunakan BLAST. Mengulangi mononukleotida harus
dihindari, karena pembentukan loop dapat terjadi dan berkontribusi untuk
mengalami kegagalan hibridisasi. Primer seharusnya tidak mudah untuk
terjadi anneal dengan primer lain dalam campuran (baik salinan lain yang sama
atau primer dengan arah sebaliknya), hal ini dapat menyebabkan produksi primer
dimer dapat mencemari campuran. Primer juga harus tidak terjadi anneal secara
kuat dengan sesamanya yang dapat menghambatannealing dengan DNA template.

Ketika merancang primer dengan menggunakan kloning TA, efisiensi dapat

ditingkatkan dengan menambahkan AG pada ujung ke 5 dan 3. Kebalikan dari
primer harus komplemen dari urutan cDNA yang diberikan. Komplemen ini dapat
dengan mudah ditentukan.
Sumber:
Stock, S. P., Vanderberg J., Glazer I., dan Boemare N. 2009. Primers development
and virus identification strategies. Insecta Pathogens: Molecular Approches and
Techniques. CAB International.