BIOTEKNOLOGI MOLEKULER

TANAMAN ANGGREK BULAN (Phalaenopsis amabilis) TRANSGENIK

SEBAGAI TANAMAN PENYERAP POLUTAN UDARA TIMBAL (Pb)

OLEH :
NAMA

: ABDUL AZIS MARSUKI PUTRA

STAMBUK

: F1C1 13 001

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HALU OLEO
KENDARI
2015

BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Udara merupakan salah satu elemen penting yang mendukung kehidupan
di permukaan bumi. Udara merupakan campuran gas yang terdapat pada lapisan
stratosfer. Pada keadaan normal, gas-gas yang terkandung pada udara yaitu
nitrogen (78 %), oksigen (21 %), argon (~1 %), dan gas-gas lain seperti karbon
dioksida, uap air, neon, helium, metana, kripton, dan hidrogen (<1 %).
Peningkatan konsentrasi gas-gas lain yang dapat menimbulkan gangguan serta
perubahan komposisi pada udara dapat menimbulkan pencemaran udara.
Pencemaran udara timbul akibat adanya sumber-sumber pencemaran, baik yang
bersifat alami ataupun karena kegiatan manusia. Sumber pencemar yang paling
banyak yaitu dari kegiatan manusia seperti kegiatan industri, pembangkit listrik,
rumah tangga, pembakaran, transportasi, dll.
Salah satu zat pencemar udara yaitu logam berat Timbal (Pb) yang
dihasilkan dari pembakaran yang kurang sempurna pada mesin kendaraan. Logam
Pb di alam tidak dapat didegradasi atau dihancurkan dan disebut juga sebagai non
essential trace element yang paling tinggi kadarnya, sehingga ia sangat berbahaya
jika terakumulasi pada tubuh dalam jumlah yang banyak (Gusnita, 2012). Di
Indonesia, kurang lebih 70 % pencemaran udara disebabkan oleh emisi kendaraan
bermotor yang mengeluarkan zat-zat berbahaya dan dapat menimbulkan dampak
negatif, baik terhadap kesehatan manusia maupun terhadap lingkungan, salah

satunya adalah logam berat timbal (Pb) yang berasal dari pembakaran bahan bakar
fosil yang mengandung timbal (bensin).
Pencemaran udara oleh logam berat timbal dapat diatasi dengan
menggunakan tanaman yang dapat menyerap timbal untuk mengurangi
konsentrasi timbal di udara akibat dari emisi kendaraan bermotor. Salah satu
tanaman yang dapat menyerap timbal di udara adalah tanaman puring (Codiaeum
variegatum). Menurut Sulistiana (2015), penyerapan timbal (Pb) tanaman puring
(C. variegatum) pada lokasi padat lalu lintas lebih tinggi (pucuk: 18.78 g/gr;
daun: 26.89 g/gr; dan batang: 102.15 g/gr) dibandingkan dengan lokasi yang
sepi lalu lintas (pucuk: 13.93 g/gr; daun: 21.07 g/gr; dan batang: 68.43 g/gr).
Namun, tanaman puring memiliki tampilan yang kurang menarik, sehingga
dibuatlah tanaman anggrek bulan (Phalaenopsis amabilis) transgenik dengan sifat
yang sama dengan tanaman puring (C. variegatum) yaitu sifat yang dapat
menyerap timbal (Pb) di udara.
B. Rumusan Masalah
Rumusan masalah pada makalah ini adalah bagaimana teknik rekayasa
genetik tanaman anggrek bulan (Phalaenopsis amabilis)?
C. Tujuan
Tujuan pada makalah ini yaitu untuk mengetahui teknik rekayasa genetik
tanaman anggrek bulan (Phalaenopsis amabilis)?

BAB II
METODOLOGI
A. Isolasi DNA Tanaman Puring (Codiaeum variegatum)
1. Alat-alat
No
.
1.
2.
3.
4.
5.
6.

Alat
Mortal dan alu
Gelas kimia
Pipet tetes
Gelas ukur
Batang pengaduk
Sentrifuga

7.
8.

Tabung ependof
Alat elektroforesis

9.

Mikropipet

10.

UV Transluminator

Fungsi
Menggerus/menghaluskan sampel
Wadah sampel
Memipet larutan
Mengukur volume larutan
Mengaduk campuran sampel dan detergen
Memisahkan
komponen
larutan
berdasarkan berat jenis dengan bantuan
gaya sentrifugal
Wadah sampel pada proses sentrifuse
Memisahkan molekul DNA bermuatan
berdasarkan perbedaan berat molekul dan
tingkat migrasinya dalam sebuah medan
listrik
Memipet larutan DNA hasil isolasi ke
dalam sumur (wells) gel
Memvisualisasi pita DNA

2. Bahan-bahan
No
.
1.
2.
3.
4.
5.

6.
7.
8.
9.

Bahan
Sampel tanaman puring
(Codiaeum variegatum)
Detergen (Sodium Dodecyl
Sulfate)
Kertas saring
Etanol dingin
Campuran
fenol:kloroform:isoamil
alkohol
NaCl
RNAse
Protease
Gel agarosa

Fungsi
Sampel yang akan diisolasi DNA
Merusak dinding sel
Menyaring
Mengendapkan komponen sel lain
Mendenaturasi protein

Mendenaturasi protein
Menghidrolisis RNA
Menghidrolisis protein
Media migrasi molekul DNA bermuatan

10.
11.

12.

EtBr (Etidium Bromide)

Sebagai pewarna fluoresense
Buffer
TAE
(Tris-asetat Mempertahankan pH gel agarosa
EDTA) yang mengandung
EtBr
Loading dye
Memonitor mobilitas elektroforesis

3. Prosedur Kerja
Sampel tanaman puring
(Codiaeum variegatum)
-

Digerus menggunakan mortal dan alu

Ditambahkan detergen (Sodium
Dodecyl Sulfate)
Diaduk perlahan
Disaring

Filtrat
-

Pellet

Residu
Ditambahkan etanol dingin
Dimasukkan ke dalam tabung ependof
Disentrifuse

Supernatan
t
- Ditambahkan campuran
fenol:kloroform:isoamil alkohol
- Ditambahkan natrium klorida
- Ditambahkan DNAse dan Protease

Isolat DNA tanaman

puring (Codiaeum
variegatum)

Isolat DNA

Ditambahkan TAE yang mengandung

EtBr pada gel agarosa
Ditambahkan loading dye
Dipipet menggunakan mikropipet
Dimasukkan ke dalam sumur (wells)
gel agarosa
Dialirkan arus listrik

Gel agarosa yang

mengandung pita-pita DNA
-

Ditambahkan EtBr
Divisualisasi menggunakan UV
Transluminator

Pita-pita DNA
B. Sekuensing DNA
1. Alat-alat
No
.
1.

Alat
Tabung reaksi

2.
3.
4.

Pipet volume
Tabung ependof
Alat elektroforesis

Fungsi
Wadah ddNTPs, dNTPs, primer, enzim
DNA polimerase dan template DNA rantai
tunggal
Memipet larutan
Wadah sampel pada proses sentrifuse
Memisahkan molekul DNA bermuatan
berdasarkan perbedaan berat molekul dan
tingkat migrasinya dalam sebuah medan
listrik

2. Bahan-bahan
No
.
1.
2.
3.

Bahan
Isolat DNA rantai ganda
Primer
Deoksiribonukleotida
trifosfat (dNTPs)

Fungsi
Sebagai sampel yang akan dideteksi urutan
basa nitrogennya
Mengawali penggandaan rantai DNA
Memanjangkan rantai DNA

4.

Enzim DNA polimerase

5.

Dideoksiribonukleotida
trifosfat (ddNTPs)
Deoksiribonukleotida
trifosfat (dNTPs)
Gel agarosa
EtBr (Etidium Bromide)
Buffer
TAE
(Tris-asetat
EDTA) yang mengandung
EtBr
Loading dye

6.
7.
8.
9.

10.

Sebagai katalis dalam proses pemanjangan

rantai DNA
Menyebabkan reaksi pemanjangan rantai
berhenti (terminasi)
Memanjangkan rantai DNA
Media migrasi molekul DNA bermuatan
Sebagai pewarna fluoresense
Mempertahankan pH gel agarosa

Memonitor mobilitas elektroforesis

3. Prosedur Kerja
Isolat DNA
rantai ganda
-

Didenaturasi

Template DNA
rantai tunggal
-

Template I

Template II

Ditambahkan
ddGTP
Ditambahkan
dGTP
Ditambahkan
primer
Ditambahkan
enzim DNA
polimerase

Dimasukkan masing-masing ke dalam

4 buah tabung reaksi

Template III

Ditambahkan
ddCTP
- Ditambahkan
dCTP
- Ditambahkan
primer
- Ditambahkan
enzim DNA
polimerase
Rantai polimer DNA
yang berbeda
Rantai polimer DNA
yang berbeda

Ditambahkan
ddATP
Ditambahkan
dATP
Ditambahkan
primer
Ditambahkan
enzim DNA
polimerase

Template IV
-

Ditambahkan
ddTTP
Ditambahkan
dTTP
Ditambahkan
primer
Ditambahkan
enzim DNA
polimerase

Ditambahkan TAE yang mengandung

EtBr pada gel agarosa
Ditambahkan masing-masing loading
dye
Dipipet menggunakan mikropipet
Dimasukkan masing-masing ke dalam
sumur (wells) gel agarosa
Dialirkan arus listrik

Gel agarosa yang

mengandung pita-pita DNA
-

Ditambahkan EtBr
Divisualisasi menggunakan UV
Transluminator

Pita-pita DNA
C. Polymerase Chain Reaction (PCR)
1. Alat-alat
No
.
1.

Alat
Termocycler

Fungsi
Mengatur suhu pada setiap tahapan PCR

2. Bahan-bahan
No
.
1.
2.
3.

Bahan

4.

Isolat DNA rantai ganda

Primer
Deoksiribonukleotida
trifosfat (dNTPs)
Enzim DNA polimerase

5.

Larutan buffer

Fungsi
Sebagai sampel yang akan digandakan
Mengawali penggandaan rantai DNA
Memanjangkan rantai DNA
Sebagai katalis dalam proses pemanjangan
rantai DNA
Mempertahankan pH

3. Prosedur Kerja
Isolat DNA
rantai ganda

Dimasukkan ke dalam termocycler

Ditambahkan primer
Ditambahkan dNTPs
Ditambahkan DNA polimerase
Ditambahkan larutan buffer

Rantai polimer DNA

target
D. Kloning
1. Alat-alat
No
.
1.
2.

Alat
Cawan petri
Inkubator

Fungsi
Wadah kloning sel
Menginkubasi bakteri

2. Bahan-bahan
No
.
1.
2.
3.

Bahan

4.

Rantai polimer DNA target

Enzim restriksi EcoRI
DNA
plasmid
bakteri
Escherichia coli
Enzim ligase

5.

Kalsium klorida

6.

Media padat

Fungsi
Mengatur suhu pada setiap tahapan PCR
Memotong DNA target dan plasmid
Sebagai DNA vektor
Menyambung DNA target dengan DNA
vektor
Mentransformasi DNA rekombinan ke
dalam sel
Media pertumbuhan koloni bakteri

3. Prosedur Kerja

Rantai polimer
DNA target
-

DNA plasmid
bakteri E. coli

DNA target
-

Ditambahkan enzim restriksi

EcoRI

Ditambahkan enzim restriksi

EcoRI

DNA vektor

Disisipkan ke DNA vektor

-

Ditambahkan enzim ligase

DNA rekombinan
-

Ditransformasikan ke dalam sel bakteri

menggunakan kalsium klorida

Bakteri E. coli yang mengandung

DNA rekombinan
-

Ditumbuhkan di media padat

Diinkubasi untuk membentuk koloni bakteri
Diseleksi
Diinjeksi ke dalam sel tanaman anggrek bulan
(Phalaenopsis amabilis)

Tanaman anggrek
bulan (Phalaenopsis
amabilis) transgenik

E. Isolasi

DNA

Tanaman

Anggrek

Bulan

(Phalaenopsis

amabilis)

Transgenik
1. Alat-alat
No
.
1.
2.
3.
4.
5.
6.

Alat
Mortal dan alu
Gelas kimia
Pipet tetes
Gelas ukur
Batang pengaduk
Sentrifuga

7.
8.

Tabung ependof
Alat elektroforesis

9.

Mikropipet

10.

UV Transluminator

Fungsi
Menggerus/menghaluskan sampel
Wadah sampel
Memipet larutan
Mengukur volume larutan
Mengaduk campuran sampel dan detergen
Memisahkan
komponen
larutan
berdasarkan berat jenis dengan bantuan
gaya sentrifugal
Wadah sampel pada proses sentrifuse
Memisahkan molekul DNA bermuatan
berdasarkan perbedaan berat molekul dan
tingkat migrasinya dalam sebuah medan
listrik
Memipet larutan DNA hasil isolasi ke
dalam sumur (wells) gel
Memvisualisasi pita DNA

2. Bahan-bahan
No
.
1.

2.
3.
4.
5.

6.
7.
8.
9.
10.

Bahan
Sampel tanaman anggrek
bulan (Phalaenopsis
amabilis) transgenik
Detergen (Sodium Dodecyl
Sulfate)
Kertas saring
Etanol dingin
Campuran
fenol:kloroform:isoamil
alkohol
NaCl
RNAse
Protease
Gel agarosa
EtBr (Etidium Bromide)

Fungsi
Sampel yang akan diisolasi DNA

Merusak dinding sel

Menyaring
Mengendapkan komponen sel lain
Mendenaturasi protein

Mendenaturasi protein
Menghidrolisis RNA
Menghidrolisis protein
Media migrasi molekul DNA bermuatan
Sebagai pewarna fluoresense

11.

12.

Buffer
TAE
(Tris-asetat Mempertahankan pH gel agarosa
EDTA) yang mengandung
EtBr
Loading dye
Memonitor mobilitas elektroforesis

3. Prosedur Kerja
Sampel tanaman anggrek
bulan (Phalaenopsis
amabilis) transgenik
-

Digerus menggunakan mortal dan alu

Ditambahkan detergen (Sodium
Dodecyl Sulfate)
Diaduk perlahan
Disaring

Filtrat
-

Pellet

Residu
Ditambahkan etanol dingin
Dimasukkan ke dalam tabung ependof
Disentrifuse

Supernatan
t
- Ditambahkan campuran
fenol:kloroform:isoamil alkohol
- Ditambahkan natrium klorida
- Ditambahkan DNAse dan Protease

Isolat DNA tanaman anggrek

bulan (Phalaenopsis amabilis)
transgenik

Isolat DNA

Ditambahkan TAE yang mengandung

EtBr pada gel agarosa
Ditambahkan loading dye
Dipipet menggunakan mikropipet
Dimasukkan ke dalam sumur (wells)
gel agarosa
Dialirkan arus listrik

Gel agarosa yang

mengandung pita-pita DNA
-

Ditambahkan EtBr
Divisualisasi menggunakan UV
Transluminator

Pita-pita DNA
F. Deteksi DNA dengan Metode Southern Bloting
1. Alat-alat
No
.
1.
2.

Alat
Alat Southern bloting
Alat chemiluminescent
detection

Fungsi
Mentrasfer DNA yang telah dipisahkan
dari gel agarosa ke membran nitroselulosa
Mendeteksi pita-pita DNA hasil transfer
dari gel agarosa ke membran nitroselulosa.

2. Bahan-bahan
No
.
1.

2.
3.
4.
5.

Bahan

Fungsi

Gel agarosa yang terdapat Sumber pita-pita DNA yang akan ditrasfer
pita-pita DNA yang telah ke membran nitroselulosa.
dipisahkan
Membran nitroselulosa
Membran yang akan menerima pita-pita
DNA
Larutan buffer
Mentransfer DNA dari gel agarosa ke
membran nitroselulosa
DNA Probe
Pelacak DNA target
Natrium hidroksida
Mendenaturasi DNA

Gel agarosa yang terdapat

pita-pita DNA
-

Membran
Nitroselulosa

Direndam dalam larutan natrium

hidroksida
-

Dirangkai pada alat Southern blot

Dibloting

Membran nitroselulosa hasil

transfer DNA
-

Direndam dalam larutan probe

Dideteksi menggunakan metode
chemiluminescent detection

Pita DNA Hasil

Rekayasa Genetik

BAB III
KESIMPULAN
Teknik rekayasa genetik untuk menghasilkan tanaman anggrek bulan
(Phalaenopsis amabilis) transgenik yang dapat menyerap logam berat timbal (Pb)
di udara diawali dengan isolasi DNA tanaman puring (Codiaeum variegatum)
yang memiliki sifat dapat menyerap logam berat timbal (Pb) di udara, sekuensing
DNA tanaman puring (C. variegatum) hasil isolasi, polymerase chain reaction
(PCR) DNA tanaman puring (C. variegatum), kloning, dan isolasi tanaman
anggrek bulan (P. amabilis) transgenik hasil rekayasa genetik serta deteksi DNA
tanaman anggrek bulan (P. amabilis) transgenik hasil rekayasa genetik
menggunakan metode Southern bloting.

DAFTAR PUSTAKA
Gusnita, D., 2012, Pencemaran Logam Berat Timbal (Pb) di Udara dan Upaya
Penghapusan Bensin Bertimbal, Berita Dirgantara, Vol. 13 (3).
Sulistiana, S., 2015, Kemampuan Penyerapan Timbal (Pb) pada Beberapa
Kultivar Tanaman Puring (Codiaeum variegatum), Jurnal Matematika,
Sains, dan Teknologi, Vol. 16 (1).