Kamriantiramli

Learn to Know All

Biomolekuler

Pembelajaran

Mikrobiologi

Uncategorized

Problematika Pendidikan

Biokimia

Metodologi Ilmiah

RSS

Arsip Tag: replikasi pada eukariotik

Replikasi Pada Eukariotik
09 Mei

Rate This
1. Model-Model Replikasi
Replikasi atau perbanyakan asam nukleat dilakukan dengan dua cara yaitu replikasi dan
transkripsi. Kedua proses tersebut digunakan satu utasan asam nukleat sebagai modelnya.Dalam
proses replikasi perbanyakan satu molekul asam nukleat dilakukan dengan menggunakan dirinya
sebagai model cetakan. Menurut pada ahli, ada tiga model replikasi DNA yaitu :
1. Model konservatif, Double helix parental tetap utuh, disampingnya dicetak molekul DNA
baru

2. Model semikonservatif, Dua pita spiral dari double helix memisahkan diri, tiap pita
tunggal dari double helix parental ini berlaku sebagai cetakan (template) untuk
membentuk pita pasangan yang baru.
3. Model dispersif, Kedua pita dari double helix parental putus dibeberapa tempat kemudian
dibentuk segmen-segmen DNA baru Selanjutnya potongan-potongan DNA parental dan
DNA baru bersambungan dan menghasilkan dua double helix baru.

Gambar 1 : Tiga model replikasi

Pada tahun 1958 Matthew Meselson dan Franklin Stahl berhasil menunjukkan secara empiris
bahwa replikasi DNA berlangsung dengan mekanisme secara semikonservatif. Meselson dan
Stahl melakukan eksperimen untuk mengetahui mekanisme replikasi DNA dengan menggunakan
bakteri Escherichia coli. Pertama kali, bakteri E.coli ditumbuhkan dalam medium yang
mengandung nitrogen berat yaitu isotop 15N selama beberapa generasi. Dengan cara demikian
maka molekul DNA induk mempunyai label berupa isotop berat sehingga molekulnya
mempunyai densitas yang lebih tinggi dibanding DNA normal. Sel-sel yang molekul DNA-nya
sudah berlabel tersebut kemudian dipindahkan ke medium baru yang mengandung isotop
nitrogen yang ringan, yaitu 14N. Pada selang waktu tertentu setelah dipindahkan ke medium
baru, sampel sel dipanen dan DNA-nya diisolasi. DNA hasil isolat tersebut kemudian
disentrifugasi dengan ultrasentrifugasi gradien CsCl untuk menentukan densitas molekul DNAnya. Hasil pengukuran densitas DNA yang diisolasi pada generasi pertama, semua DNA
mempunyai densitas molekul hibrid, yaitu densitas yang dihasilkan oleh gabungan molekul DNA
yang mengandung 15N dan 14N. Sebelum dipindahkan ke medium yang mengandung 14N ( yaitu
generasi ke 0), kedua untaian DNA induk mengandung isotop 15N. Pada generasi kedua, densitas
molekul DNA terdiri atas dua kelompok yaitu yang mempunyai densitas molekul hibrid dan
yang mempunyai densitas lebih rendah dibanding dengan densitas molekul hibrid. Kelompok
kedua tersebut terdiri atas molekul DNA yang kedua untaiannya mengandung isotop 14N.
Hasil eksperimen Meselson dan Stahl tersebut menunjukkan bahwa molekul DNA anakan terdiri
atas satu untai DNA induk dan satu untai DNA hasil sintesis baru sehingga sesuai dengan model
replikasi secara semikonservatif. Hasil eksperimen tersebut kemudian dikonfirmasi lagi dengan
eksperimen kedua. Dalam eksperimen ini, molekul DNA hibrid didenaturasi dengan pemanasan
pada suhu 1000C, kemudian disentrifugasi dalam gradien CsCl. DNA yang sudah didenaturasi
tersebut menghasilkan dua pita DNA yang terdiri atas untai tunggal DNA yang mengandung 15N

dan untai-tunggal DNA yang mengandung 14N. Berdasarkan atas eksperimen dapat disimpulkan
bahwa replikasi DNA berlangsung secara semikonservatif.

Gambar 2: Semi konservatif (Masselson-Stahl)1958

Gambar 3: Percobaan Matthew Meselson dan Franklin

1. Komponen-Komponen penting Dalam replikasi. Replikasi bahan genetik ditentukan oleh
beberapa komopen utama yaitu NA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan
direplikasi. Molekul deoksiribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan
dGTP.Deoksiribonukleotida terdiri atas tiga komponen yaitu:
1. Basa purin atau pirimidin
2. Gula 5- karbon (deoksiribosa)
3. Gugus fosfat

4. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisis proses polimerase
nukleotida menjadi untaian DNA. Pada eukariotik terdapat lima macam DNA
polimerase yaitu DNA polimerase , DNA polimerase , DNA polimerase , DNA
polimerase , dan DNA polimerase .
5. Enzim primase yaitu, enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai
replikasi DNA.
6. Enzim pembuka ikatan untaian DNA induk, yaitu enzim helikase dan enzim lain
yang membantu proses tersebut yaitu enzim girase
7. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka, yaitu
protein SSB (single strand binding protein)
8. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk meyambung fragmenfragmen DNA
9. Syarat-Syarat Terjadinya Replikasi
10. Titik awal replikasi
Proses replikasi selalu dimulai pada wilayah tertentu yaitu titik awal replikasi (ori). Molekul
DNA yang dapat bereplikasi atau mengandung titik ori disebut replikon , kromosom E.coli : Satu
titik ori (Ori C), Plasmid F : dua titik ori (Ori V, ori T), Kromosom Eukariot : Lebih dari satu titik
ori, Kromosom mitokondria : dua titik ori.
1. Utas ganda (double helix)
Untuk berlangsungnya proses replikasi diperlukan adanya asam nukleat berutas ganda (double
helix). Adanya dua utas polinukleotida serta perpasangan antiparalel antara basa-basanya,
memungkinkan satu utasan dari DNA tersebut menjadi model untuk utasan yang lainnya.
2. Sintesis DNA mempunyai arah pertumbuhan 5 ke 3
Proses sintesis DNA dua nukleotida digabungkan satu dengan lain dengan cara merangkaikan
karbon gula kelima (C5) yang mengandung fosfat dari satu nukleotida kepada karbon gula ketiga
(C3) yang mengandung OH dari nukleotida lain.
3. Replikasi berjalan secara bertahap
Proses replikasi berlangsung dua kejadian:
1. Penguraian helix ganda menjadi utasan tunggal
2. Sintesis rantai baru dengan menggunakan utasan tunggal tersebut sebagai model yang
sekaligus menjadikan helix ganda yang utuh.

Pada percabangan replikasi terdapat 2 cabang yang berbeda ujungnya yaitu :

Ujung 3 OH (cabang Leading)
Arah sintesis berjalan dari ujung menuju pangkal percabangan, maka sintesis berjalan secara
kontinu sejalan dengan proses penguraian pilinan heliks ganda. Pada replikasi DNA, untaian
pengawal (leading strand) ialah untaian DNA yang disintesis dengan arah 53 secara
berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan
ujung 3-OH bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara
berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.
Ujung 5 P (cabang Lagging)
Sintesis dimulai pada pangkal percabangan dan bergerak ke ujung cabang, maka setiap saat
pergerakan penguraian helix ganda akan muncul titik awal baru yang diikuti oleh sintesis dengan
arah ke bagian luar cabang
Pada utas lagging sintesis berjalan secara diskontinu, dan akan ditemukan fragmen, Fragmen
Okazaki (Reiji Okazaki, 1969)
Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan leading
strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen
Okazaki. Pada untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian
dapat menggunakan gugus OH 3 bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA
dengan arah 53. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H
dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi celah yang
tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki
tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap.
Garpu replikasi
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang terbentuk ketika DNA
bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan
hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut
menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masingmasing cabang tersebut menjadi cetakan untuk pembentukan dua untaian DNA baru
berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA
baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut
primer.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotidadalam hal
ini, deoksiribonukleotidake ujung 3-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang
tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 53, sedangkan DNA
polimerase bergerak pada DNA induk dengan arah 35. Namun demikian, salah satu untaian
DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 35, sementara untaian lainnya berorientasi

53, dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 53. Oleh karena
itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

Dinamika pada garpu replikasi

Bukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa enzim dan protein yang terlibat
dalam replikasi DNA tetap berada pada garpu replikasi sementara DNA membentuk gelung
untuk mempertahankan pembentukan DNA ke dua arah. Hal ini merupakan akibat dari interaksi
antara DNA polimerase, sliding clamp, dan clamp loader.
Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur serupa dan mampu berinteraksi
dengan berbagai DNA polimerase prosesif maupun non-prosesif yang ditemukan di sel. Selain
itu, sliding clamp berfungsi sebagai suatu faktor prosesivitas. Ujung-C sliding clamp membentuk
gelungan yang mampu berinteraksi dengan protein-protein lain yang terlibat dalam replikasi
DNA (seperti DNA polimerase dan clamp loader). Bagian dalam sliding clamp memungkinkan
DNA bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak membentuk interaksi spesifik dengan DNA.
Terdapat lubang 35A besar di tengah clamp ini. Lubang tersebut berukuran sesuai untuk dilalui
DNA dan air menempati tempat sisanya sehingga clamp dapat bergeser pada sepanjang DNA.
Begitu polimerase mencapai ujung templat atau mendeteksi DNA berutas ganda, sliding clamp
mengalami perubahan konformasi yang melepaskan DNA polimerase.
Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu menempel pada sliding clamp
dan DNA polimerase. Dengan hidrolisis ATP, clamp loader terlepas dari sliding clamp sehingga
DNA polimerase menempel pada sliding clamp. Sliding clamp hanya dapat berikatan pada
polimerase selama terjadinya sintesis utas tunggal DNA. Jika DNA rantai tunggal sudah habis,
polimerase mampu berikatan dengan subunit pada clamp loader dan bergerak ke posisi baru pada
lagging strand. Pada leading strand, DNA polimerase III bergabung dengan clamp loader dan
berikatan dengan sliding clamp.

Gambar 4. Replikasi dua arah (bidirectional replication)

Replikasi DNA Eukariota

Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk memasuki
fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut siklin dan kinase
tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs), yang berturut-turut akan
diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs akan

melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada
masing-masing ori.
Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada eukariota bergerak
hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA harus
dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga gerakan garpu replikasi akan
diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini diperlukan waktu
sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada kebanyakan mamalia.
Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50 replikon mengalami inisiasi secara
serempak pada waktu tertentu selama fase S. Deretan yang mengalami inisasi paling awal adalah
eukromatin, sedangkan deretan yang agak lambat adalah heterokromatin. Daerah sentromer dan
telomer dari DNA bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini mencerminkan aksesibilitas
struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.
Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang disebut dengan
protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk memisahkan kedua untai
DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berbeda terlibat dalam elongasi. Untai pengarah
dan masing-masing fragmen untai tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas
primase yang merupakan bagian integral enzim DNA polimerase a. Enzim ini akan meneruskan
elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA polimerase d pada untai pengarah
dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Baik DNA polimerase d maupun e mempunyai
fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang
disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell nuclear antigen
(PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit b holoenzim DNA polimerase III pada E. coli.
Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga mengalami penggandaan
selama fase S.
Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan dengan garpu replikasi
akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin tersebut dapat divisualisasikan
menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan
menggunakan analog timidin, yaitu bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang
dilabeli tersebut dilakukan dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang mengenali
BUdR.
Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada DNA yang dapat
menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5 untai tertinggal. Dengan demikian,
informasi genetik dapat hilang dari DNA. Untuk mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariota
(telomer) mengandung beratus-ratus sekuens repetitif sederhana yang tidak berisi informasi
genetik dengan ujung 3 melampaui ujung 5. Enzim telomerase mengandung molekul RNA
pendek, yang sebagian sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. RNA ini
akan bertindak sebagai cetakan (templat) bagi penambahan sekuens repetitif pada ujung 3. Hal
yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan di dalam sel-sel somatis
pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan menyebabkan pemendekan kromosom pada
tiap generasi sel. Ketika pemendekan mencapai DNA yang membawa informasi genetik, sel-sel
akan menjadi layu dan mati. Fenomena ini diduga sangat penting di dalam proses penuaan sel.

Selain itu, kemampuan penggandaan yang tidak terkendali pada kebanyakan sel kanker juga
berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.
Mekanisme Replikasi Pada eukariot
Proses replikasi genom pada eukariot dapat dibagi kedalam tahapan:
Pengenalan titik ORI (titik awal replikasi)
Titik awal replikasi dinamakan Ori C, dapat dikenali oleh enzim Dna A yang dihasilkan oleh gen
dnaA (pada E.coli) Terdapat berbagai jenis DnaA dan jenis Ori pada berbagai organisme,
sehingga Satu jenis DNA dari satu organisme belum tentu dapat bereplikasi pada organisme lain,
karena tidak cocok Ori dengan Dna A.
Penguraian pilinan heliks ganda
1. Memutuskan ikatan hidrogen antara basa-basa dari utasan yang berpasangan,
memisahkan kedua utasan pada heliks ganda
2. Mencegah utasan tunggal yang terbentuk berpasangan kembali membentuk heliks ganda
3. Melindungi dari kerusakan akibat enzim nuklease yang banyak terdapat dalam sel.
4. Semua pekerjaan ini dilakukan oleh enzim helikase, girase DNA, dan protein SSB (single
strand Binding protein)
Helikase merupakan Kelompok protein yang berfungsi menghilangkan ikatan hidrogen heliks
ganda dan memisahkan menjadi utas tunggal
Jenis-jenis helikase lain
-

Helikase I (hasil gen tra I pada plasmid F) berperan dalam replikasi plasmid

Helikase II, III.

Girase menghilangkan tegangan superheliks

Enzim ini merupakan topoisomerase tipe II berfungsi untuk menghilangkan tegangan pada
superheliks positif dengan cara membuka pilinan kearah negatif. Girase disusun oleh 2 jenis
subunit protein yaitu: Sub unit A oleh gen gyr A dan Sub unit B oleh gen gyr B
Protein SSB melindungi utas tunggal
Kelompok protein khusus menempel dan berasosiasi dengan DNA utas tunggal, melindungi
DNA dari serangan nuklease, yang dapat menghalangi transkripsi.Peran utamanya: Menstabilkan

dan melindungi utas tunggal yang terbentuk selama replikasi DNA, perbaikan DNA dan
rekombinasi
Sintesis rantai polinukleotida baru
Proses penggabungan mononukleotida menjadi rantai, enzim yang berperan :

Polimerase RNA

Polimerase DNA

Ligase

Inisiasi Sintesis oleh polimerase RNA atau primase

Proses replikasi semua fragmen okazaki diawali oleh RNA primer. Selanjutnya polimerase DNA
memperpanjang rantai yang sudah ada. RNA primer dibentuk oleh primase (dihasilkan oleh gen
dnaG atau oleh polimerase RNA (hasil gen rpo).
Sintesis perpanjangan rantai oleh polimerase DNA
Bertanggung jawab atas proses sintesis DNA baru dengan cara membentuk ikatan fosfodiester
yang merangkaikan C ke 5 satu nukleotida terhadap C ke 3 dari nukleotida lain.
Penyambungan berbagai fragmen okazaki menjadi satu rantai polinukleotida utuh.
Enzim ligase yang berperan untuk menyambung dua ujung rantai polinukleotida menjadi rantai
yang lebih panjang.Ligase terdapat dimana-mana didalam sel dan bentuk berbeda-beda sesuai
sumber energi yang dimanfaatkan.

Gambar 5. Gelembung replikasi

Tulisan ini disusun oleh Eva Irawati