A.

Analisa Nukleotida
(Penjelas : jawaban yang ditulis adalah jenis data (jika panjang boleh dituliskan
kode aksesnya saja), print out deret sekuen yang konserv, gambar pohon filogeni)
1. Browsinglah data nukleotida sebanyak 5 sampel. Pastikan bahwa sampel nukleotida
yang akan digunakan adalah jenis sampel yang seragam dan spesifik. Misal ingin
menganalisa nukleotida penyandi gen insulin. Maka pastikan data yang digunakan
benar-benar sekuen nukleotida penyandi gen insulin. Simpan data dalam file notepad.
2. Masukkan data dalam software alignment
3. Lakukan proses Aligment nukleotida dengan menggunakan software alignment
(MEGA/BioEdit/yang lainnya)
4. Seleksilah sampel yang memiliki urutan nukleotida yang sama dengan bantuan aplikasi
pohon filogeni
5. Tunjukkan dan tandailah bagian yang konserv (memiliki tingkat ke-konservan/keseragaman sekuen yang tinggi)

B. Analisa Protein
1. Carilah 5 data sekuen protein Envelope Glycoprotein Virus Dengue 2
2. Tentukan sekuen yang memiliki tingkat konservitas yang paling tinggi
C. Analisis BLAST
Carilah sekuen gen penyandi cytochrmome b (cytb) pada ikan Lemuru (Sardinella
lemuru) kemudian lakukan analisis BLAST. Tentukan taksonomi dan pohon
filogenetiknya. Tunjukkan pula satu jenis ikan lain yang memiliki gen penyandi cytb
dengan tingkat kemiripan yang paling tinggi dengan ikan lemuru (perlihatkan hasil
analisisnya).
D. Plan of Research
Jika anda berkesempatan untuk melakukan penelitian bioinformatika. Konsep penelitian
tentang apakah yang akan anda bangun?