Distribusi Megaplasmids di

Lactobacillus salivarius dan lainnya

lactobacilli
Canchaya, Fang Fang, Emma Raftis, Kieran
A. Ryan, Jan-Peter van PIJKEREN, Douwe van Sinderen dan Yin Li,
Carlos
Paul W. O'Toole
J. Bacteriol. 2007, 189 (17): 6128. DOI: 10,1128 / JB.00447-07.
Diterbitkan Menjelang Cetak 22 Juni 2007.

informasi dan layanan diperbarui dapat ditemukan di:

http://jb.asm.org/content/189/17/6128

Ini termasuk:
23
BAHAN TAMBAHAN bahan tambahan Oktob

REFERENSI Artikel ini mengutip 67 artikel, 37 dari yang dapat diakses secara gratis
di: http://jb.asm.org/content/189/17/6128#ref-list-1 tangga
l

TANDA ISI Menerima: RSS Feed, eTOCs, email gratis (ketika baru
artikel mengutip artikel
ini), lebih"
pada

Informasi tentang perintah cetak ulang komersial:

http://journalshttp://journals.asm.org/site/subscriptions/.asm.org/site/mic/reprints.xhtml
Untuk berlangganan ke lain ASM Journal pergi ke:
J OURNAL OF B ACTERIOLOGY, September 2007, p. 6128-6139 Vol. 189, No. 17

Lactobacillus bulgaricus ( 42, 67) semua kekurangan plasmid

apapun. Tiga plasmid dari L. plantarum WCFS1 telah
fungsional dianalisis (68). Kedua plasmid kecil telah ada
dijelaskan gen yang berhubungan dengan fungsi selain
replikasi. Plasmid terbesar, pWCFS103 (36 kb), memberikan

resistansi terhadap arsenat / arsenit dan terbukti conjugative.

Lactobacillus plasmid dari nonsequenced strain / spesies
memberikan sifat yang sama dengan
yang dijelaskan sebelumnya untuk plasmid lain LAB
(Ulasan di referensi 70), seperti pemanfaatan karbohidrat
(10), produksi bakteriosin (48), dan
biosintesis eksopolisakarida (35). Menariknya, urutan genom plasmid
dari Lactobacillus paracasei regangan NFBC338 mengidentifikasi gen
yang terkait dengan adhesi
kolagen dan biotin pemanfaatan (16), yang mungkin
relevan untuk sifat probiotik strain ini.

0021-9193 / 07 / $ 08,00 0 doi: 10,1128 / JB.00447-07

Copyright 2007, American Society for Microbiology. Seluruh hak cipta.

Distribusi Megaplasmids di
Lactobacillus salivarius
dan Lactobacilli lain.
Yin Li, Carlos Canchaya, Fang Fang, Emma Raftis, Kieran A. Ryan, Jan-Peter van PIJKEREN,
Douwe van Sinderen, dan Paul W. O'Toole *
Departemen Mikrobiologi dan pencernaan Pharmabiotic Centre, University College Cork, Cork, Irlandia

Menerima 26 Maret 2007 / Diterima 13 Juni 2007

Genom Lactobacillus salivarius UCC118 termasuk megaplasmid 242-kb, pMP118. Kami sekarang menunjukkan
bahwa 33 strain L. salivarius diisolasi dari manusia dan hewan semua mengandung sebuah megaplasmid, yang
hibridisasi dengan repE dan repA probe replikasi
asal pMP118. megaplasmids linear yang tidak berhibridisasi dengan pMP118 RepA Probe juga ditemukan di beberapa strain
L. salivarius, menunjukkan untuk fi waktu pertama bahwa bakteri asam laktat memiliki beberapa megaplasmids. analisis
filogenetik dari repE dan groEL urutan 28 L.
salivarius strain disarankan jalur evolusi yang sama untuk kromosom dan megaplasmid. Meskipun replikasi asal
megaplasmids melingkar di L. salivarius itu sangat kekal, genotip dan fenotip perbandingan mengungkapkan
variasi tidak bisa fi signifikan antara sifat-sifat
megaplasmid-dikodekan. Selanjutnya, megaplasmids ukuran mulai dari 120 kb untuk 490 kb hadir dalam tujuh strain milik
enam spesies lainnya Lactobacillus dari antara 91 strain dan 47 spesies yang diuji. Penemuan meluasnya keberadaan
megaplasmids di L. salivarius, dan batasan
dengan Lactobacillus spesies lainnya, memberikan kesempatan untuk mempelajari kontribusinya dari replikasi
ekstrakromosomal besar untuk biologi Lactobacillus

bakteri asam laktat (LAB) adalah kelompok yang beragam
bakteri gram positif
yang ditemukan di berbagai lingkungan yang kaya nutrisi (29).
LAB telah banyak
dimanfaatkan karena kemampuan mereka untuk mengawetkan
makanan,
minuman, dan makanan ternak (43). Banyak LAB telah mengalami
analisis genetik
yang komprehensif dan genomik (33, 40, 42) untuk memberikan
dasar
molekuler untuk memahami sifat khas mereka, beberapa di
antaranya ditentukan
extrachromosomally. Plasmid biasanya ditemukan di banyak
anggota bakteri
asam laktat (25). Banyak dari plasmid ini samar (61), dan
kontribusi mereka
terhadap biologi strain mereka tidak jelas. Namun, diakui bahwa
sifat-sifat plasmid-tersimpan sifat yang merupakan aksesoris
utama yang merupakan
Kunci untuk fenotip dari kelompok industri penting seperti
lactococci (Ulasan di referensi
45). sifat lactococcal dicatat bahwa ini adalah plasmid encoded
meliputi produksi
protease PrtP (12), meknaisme infeksi gagal untuk mencegah
serangan
bakteriofag (6, 49), eksopolisakarida biosintesis (69), dan produksi
bakteriosin
(66). DNA sequencing dari empat plasmid memendam oleh Lactococcus lactis strain
SK11, strain susu banyak digunakan, identifikasi repertoar yang
luas dari gen
baru yang secara berarti meningkatkan atau memperluas
metabolisme, kebugaran
dan ketahanan stres bakteri (62). Kemampuan plasmid untuk
menjalani
penyebaran melalui konjugasi atau proses lainnya
menggarisbawahi pentingnya
potensi mereka untuk berkontribusi signifikan namun sifat
variabel LAB. Terdiri
lebih dari seratus spesies, genus Lactobacillus
merupakan kelompok terbesar dalam keluarga Lactobacillaceae
(15, 60). lactobacilli, seperti LAB pada umumnya, terkait
dengan bahan makanan, tanaman, dan hewan (27), dan
banyak spesies yang
digunakan dalam aplikasi industri seperti produksi pangan
(Ulasan di referensi
63). Beberapa anggota genus ini juga dikaitkan dengan
"probiotik" sifat
(Ulasan di referensi
17, 18, 26, 31, 32, 57, dan 58), yang berarti memberi manfaat
kepada konsumen lebih dan di atas gizi yang melekat (26). Ini
telah
memberikan kontribusi untuk minat tinggi dalam genomik dari
lactobacilli,
dan 10 urutan genom dari sembilan Lactobacillus spesies kini
telah ditentukan
(1, 9, 13, 34, 42,
50, 67). Adapun LAB lainnya, plasmid biasanya ditemukan di
lactobacilli,
dan beberapa replikon ekstrakromosomal sering hadir dalam
strain tunggal
(70). Lactobacilli yang genom disekuensing karena itu agak
anomali untuk
kekurangan mereka konten plasmid. Lactobacillus plantarum
WCFS1 dan Lactobacillus salivarius UCC118 setiap pelabuhan tiga plasmid
(13, 34), sedangkan strain sequencing dari Lactobacillus casei
dan Lactobacillus
brevis mengandung satu dan dua plasmid, masing-masing
(42). Namun,
genom strain sequencing dari Lactobacillus acidophilus ( 1),
johnsonii
Lactobacillus ( 50) dan Lactobacillus sakei ( 9) dan dua strain
612
8
V OL. 189 2007 DISTRIBUSI MEGAPLASMIDS DI Lactobacilli 6129

Genom L. Salivarius strain UCC118 mencakup tiga TABEL 1. L. salivarius strain yang digunakan dalam
plasmid (13), pSF20 (20 kb), pSF44 (44 kb), dan pMP118 penelitian ini

(242 kb). Plasmid pSF20 dan pSF44 hampir secara eksklusif Ketegangan Asal Referensi)
samar (22), dan kontribusi mereka terhadap fenotip saat
UCC118 Daerah ileum-cecal Manusia 13, 65
ini tidak jelas. Megaplasmid pMP118 adalah plasmid
AH4231 Daerah ileum-cecal Manusia 65
sequencing terbesar di LAB. Anotasi dari pMP118 AH4331 Daerah ileum-cecal Manusia 65
menyarankan bahwa diberikan berbagai kemampuan AH43310 Daerah ileum-cecal Manusia 65
metabolisme tambahan atas L. salivarius AH43324 Daerah ileum-cecal Manusia 65
AH43348 Daerah ileum-cecal Manusia 65
DSM20492 air liur manusia
UCC118, seperti rhamnose dan pemanfaatan sorbitol.
DSM20554 T air liur manusia 53
Selain itu menyelesaikan pelengkap genetik untuk DSM20555 T air liur manusia 53
encoding jalur pentosa fosfat (13), yang memungkinkan NCIMB8816 air liur Orang Italia
untuk memanfaatkan ribosa. pMP118 juga memendam gen NCIMB8817 feses Turki
NCIMB8818 keju St. Ivel
yang mungkin berkontribusi untuk menjadi tuan rumah
NCIMB702343 Tidak diketahui
kolonisasi atau sifat probiotik seperti hidrolase garam CCUG27530B Perut Manusia,
empedu dan produksi spektrum luas twocomponent Abses
bakteriosin Abp118 (23). analisis hibridisasi S1 nuklease- CCUG38008 Empedu manusia, laki-

diperlakukan DNA genomik dari sembilan lainnya L. laki 73 tahun

salivarius
strain diidentifikasi megaplasmids terkait di semua mengandung 1% (wt / vol) sarkosyl dan 0,5 mg / ml proteinase K dan kemudian CCUG432
diinkubasi pada 37 C selama 24 jam. Langkah ini diulang dengan solusi CCUG457
strain. Kami mencatat dalam deskripsi urutan pMP118
proteinase K segar. Colokan kemudian dicuci dengan 5 ml TE penyangga (10 mM CCUG478
yang plasmid lebih besar dari 100 kb sebelumnya telah
Tris-HCl, 1 mM EDTA [pH 8. 0]) yang mengandung 1 mM PMSF (serves) pada 37 C CCUG444
disarankan untuk L. acidophilus ( 48) dan gasseri selama 1 jam untuk menonaktifkan proteinase K. Hal ini diikuti oleh dua CCUG471
Lactobacillus ( 56) tetapi bahwa mereka dan analisis lainnya incubations 30-min di 5 ml TE buffer pada suhu kamar untuk menghilangkan PMSF CCUG478
tersebut. Colokan disimpan dalam 10 mM Tris-HCl- 100 mM EDTA (pH 8,0) pada JCM1040
Lactobacillus konten plasmid mendahului pulsed- lapangan gel
suhu 4 C. JCM1042
elektroforesis (PFGE) dan penggunaan kondisi untuk
JCM1044
megaplasmids terpisah. Dalam penelitian ini, kami meneliti
JCM1045
distribusi dan keterkaitan dari megaplasmids di panel besar JCM1046
dan beragam L. salivarius strain serta anggota lain dari genus. S1 nuklease pengobatan. irisan tunggal (2 mm dengan 2 mm) direndam dalam JCM1047
200 l S1 penyangga (50 mM NaCl, 30 mM natrium asetat [pH 4,5], 5 mM ZnSO 4) JCM1230
pada suhu kamar selama 30 menit. Buffer S1 digantikan dengan yang lain 200 l UCC119
S1 penyangga
01M1431
BAHAN DAN METODE
LMG1447
strain dan kondisi kultur bakteri. 33 strain Lactobacillus salivarius LMG1447
digunakan dalam penelitian ini tercantum dalam Tabel 1. Sembilan puluh
satu strain milik 47 spesies Lactobacillus digunakan dalam penelitian ini
L21
tercantum dalam Tabel 2. Kecuali dinyatakan lain, lactobacilli yang rutin
berbudaya pada 37 C dalam kondisi microaerobic (5% CO 2) di media de S

Man-ROGOSA-Sharpe (MRS) (Oxoid Ltd, Basingstoke, Hampshire, Inggris eb

ua
Raya).
h

C
Bahan kimia. Low-leleh-menunjuk (LMP) agarose, PFGE serti fi ed
C
agarosa, dan DNA PFGE marker yang dibeli dari Bio-Rad Laboratories
U
(Hercules, CA). Sarkosyl ( N- lauroylsarcosine), lisozim, proteinase K,
G,
mutanolysin, dan phenylmethylsulfonyl fl uoride (PMSF) yang dibeli dari
B
Sigma-Aldrich (St Louis, MO). Aspergillus oryzae S1 nuklease dibeli dari
ud
Roche (Mannheim, Jerman). Semua reagen yang kelas analitis atau kualitas ay
tinggi. a
Ko
PFGE pasang persiapan. colokan gel agarosa DNA tinggi berat molekul untuk le
PFGE disiapkan sesuai dengan protokol yang dijelaskan sebelumnya (3), dengan ks
beberapa kation modi fi kecil, seperti diuraikan di bawah. Semua Lactobacillus i
strain yang tumbuh di MRS broth dilengkapi dengan 0,5 g / liter sistein dalam U
anaerobik jar, pada suhu ditentukan dalam Tabel 2, untuk awal fase stasioner. ni
Sebuah volume budaya mengandung kira-kira 10 9 bakteri (setara dengan kerapatan ve
optik pada 600 nm dari 2.0) disentrifugasi (20.000 g selama 1 menit), dicuci sekali rsi
dengan 1 ml NT penyangga (1 M NaCl, 10 mM Tris-HCl [pH 7,6]), dan repelleted ta

(20.000
s
G
g selama 1 menit).
ot
Pelet sel diresuspensi dalam 450 l NET penyangga (1 M NaCl, 100 mM EDTA, 10 mM
he
Tris-Cl [pH 7,6]). Volume yang sama meleleh 2% (wt / vol) LMP agarose, disiapkan di nb
0.125 M EDTA (pH 7,6) dan dipertahankan pada 50 C, ditambahkan. Suspensi sel ur
dan LMP agarosa dicampur dengan hati-hati tanpa memperkenalkan gelembung. g;
colokan gel dibentuk oleh Pipetting 300 l volume ke dalam cetakan steker dan D
diizinkan untuk memantapkan pada 4 C selama 10 menit. Hingga tiga colokan per S
regangan ditambahkan ke 2 ml NET buffer yang mengandung 1% (wt / vol) sarkosyl, M,
10 mg / ml lisozim, dan 40 U / ml mutanolysin dan kemudian diinkubasi pada 37 C D
selama 24 jam. Solusi lisozim diganti dengan 5 ml dari 0,5 M EDTA (pH 8,0) yang eu
tsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH; JCM,
Jepang Koleksi Mi- croorganisms; LMG, Laboratorium voor Mikrobiologi,
Universiteit Gent; NCIMB, National Koleksi Bakteri Makanan Industri dan
Marine. Jenis strain ditunjukkan oleh T. superscript

mengandung 1 unit A. oryzae S1 nuklease dan kemudian diinkubasi pada suhu 37

C selama 45 menit. Reaksi dihentikan dengan mengganti buffer S1 dengan 200 l 0,5
M EDTA (pH 8,0) dan diadakan stasioner pada suhu kamar selama 10 menit. 0,5 M
EDTA diganti dengan 200 l TE dan kiri masih pada suhu kamar selama setidaknya 30
menit sebelum loading ke gel.

PFGE. Plug irisan dimuat langsung ke dalam sumur dari 1% (wt / vol) PFGE agarose
gel meleleh di 0,5 TBE (89 mM Tris-borat, 2 mM EDTA [pH 8,3]) penyangga. Sumur
disegel dengan cair 1% LMP agarose di 0,5 TBE penyangga. fragmen DNA diselesaikan
menggunakan pulsed- sistem lapangan CHEF-DR III (BioRad Laboratories, Hercules,
CA) pada 6 V / cm selama 20 jam dengan 0,5 TBE berjalan buffer dipertahankan pada
14 C. Linear menggenjot kali pulsa yang dipilih tergantung pada ukuran fragmen
DNA harus diselesaikan; untuk analisis rutin, linear menggenjot waktu pulsa dari 3 s
ke 50 s dipekerjakan. Gel yang bernoda dalam air suling yang mengandung 0,5 g / ml
ethidium bromide untuk 120 menit dalam kondisi cahaya yang terbatas.

Menyelidiki persiapan dan hibridisasi Southern. Gel depurinated selama 10 menit

dalam 0,2 MHCl, denaturasi selama 30 menit dalam 0,5 MNaOH-1,5 MNaCl,
dinetralkan selama 45 menit dalam 0,5 M Tris (pH 7,5) -1,5 M NaCl, ditransfer oleh
kapiler semalam untuk Hybond-N membran nilon (Amersham Biosciences, Inggris
Raya), dan cross-linked ke membran dengan sinar UV. Primer yang digunakan untuk
menghasilkan amplikon PCR yang digunakan sebagai probe tercantum dalam Tabel
S1 dalam bahan tambahan.

Untuk mendeteksi gen hadir pada megaplasmids dari L. salivarius strain,

membran diperiksa dengan produk PCR yang termaktub dalam Tabel S1
dalam bahan tambahan. Lima ratus nanogram DNA probe dilabeli dengan
horseradish peroksidase enzim sesuai dengan petunjuk untuk ECL langsung
nukleat pelabelan asam dan deteksi kit (Amersham Biosciences, Inggris
Raya). Membran prehybridized di 20 ml ECL hibridisasi buffer yang
mengandung 5% agen blocking dan 0,3 M NaCl pada 42 C selama 30 menit,
sebelum
6130 LI ET AL. J. B ACTERIOL.

TABEL 2. Lainnya Lactobacillus strain yang digunakan dalam penelitian ini

pertumbuhan suhu
Ketegangan Asal Referensi atau sumber
( Hai C)

L. sobrius DSM16698 T 37 Tinja, Usus Babi ; Belanda 36

L. amylovorus DSM20552 37 Usus dewasa
L. kitasatonis DSM16761 T 37 Ayam, usus; Jepang 47
L. ultunensis DSM16047 T 37 biopsi lambung, mukosa lambung 54
manusia; Kalix, Swedia
L. crispatus DSM20356 37 feses Turki
L. acidophilus ATCC4356 T 37 Manusia 59
L. helveticus NCDO87 37
L. helveticus NCDO1243 37
L. gallinarum DSM10532 T 37 Kandang ayam
L. acetotolerans DSM20749 T 30 Fermentasi cuka kaldu
L. hamsteri DSM5661 T 37 Kotoran hamster
L. intestinalis DSM6629 T 37 Usus tikus 24
biopsi lambung, mukosa lambung
L. kalixensis DSM16043 T 37 manusia 54
L. delbrueckii subsp. bulgaricus
DSM20081 T 37 yoghurt Bulgaria
L. delbrueckii subsp. lactis DSM20073 37 Air liur
L. johnsonii DSM20553 37 Susu asam
L. oris DSM4864 T 37 air liur manusia 20
L. Antri DSM16041 T 37 biopsi lambung, mukosa lambung 54
manusia; Kalix, Swedia
L. reuteri DSM20016 T 37 Usus dewasa
L. reuteri DSM17509 37 usus tikus; Selandia Baru
L. reuteri DSM20015 37 Pupuk
L. reuteri DSM20053 37 kotoran manusia
L. reuteri DSM20056 37 kotoran tikus
L. reuteri NCDO1359 37
L. ingluviei DSM15946 T 37 Pigeon, tanaman; Belgium 2
L. ingluviei DSM14792 42 tinja ayam; Thailand
L. fermentum DSM20055 30 Air liur
L. gastricus DSM16045 T 37 biopsi lambung, mukosa lambung 54
manusia; Kalix, Swedia
L. mukosa DSM13345 T 37 Usus Kecil babi ; Swedia 55
L. vaccinostercus DSM20634 T 30 Kotoran sapi
L. paracasei subsp. paracasei NCDO151 30
L. paracasei subsp. paracasei 43.362 30 ileocecum manusia
L. paracasei subsp. paracasei 43.332 30 ileocecum manusia
L. paracasei subsp. paracasei 43.338 30 ileocecum manusia
L. casei DSM20011 T 30 Keju
L. casei NCDO1202 30 starter keju
L. bifermentans DSM20003 T 30 keju ditiup
L. pantheris DSM15945 T 37 Jaguar, kotoran; Cina 39
L. parabuchneri DSM5707 T 28 air liur manusia
L. brevis DSM20054 T 30 Kotoran
L. brevis NCDO1058 30 Petani merah Cheshire keju 1955
L. malefermentans DSM5705 T 28 Bir
L. mindensis DSM14500 T 30 Penghuni pertama; Jerman 19
L. plantarum NCDO326 30 Diisolasi dari karies gigi
L. plantarum NCDO340 30 Diisolasi dari silase
L. plantarum NCDO704 30 Diisolasi dari pemula
L. plantarum 14-E10 30 kol parut 41
L. plantarum 14-F3 30 kol parut 41
L. plantarum 22-E2 30 kol parut 41
L. plantarum NCIMB8826 30 air liur manusia
L. pentosus DSM20314 T 30
L. paraplantarum 14-H4 30 41
L. gramini DSM20719 T 30 rumput silase
L. curvatus NCDO2739 30 Diisolasi dari susu
L. curvatus UCC7017 30
L. sakei DSM20100 30 Tinja bayi ASI
L. sakei DSM6333 30 Babi, vakum dikemas; menghasilkan
bakteriosin sakacin A
L. sakei UCC7012 30
L. sakei UCC7016 30
L. sakei NCDO2714 30 Terisolasi dari "moto," starter demi
L. sakei LMG2313 30
aviarius subsp. araf fi nosus DSM20653
L. T 37 Usus ayam
Berlanjut ke
halaman
berikut
 DISTRIBUSI MEGAPLASMIDS DI
Lactobacilli 6131

TABLE 2- terus-menerus

pertumbuhan suhu
Ketegangan Asal Referensi atau sumber
( Hai C)

L. aviarius subsp. aviarius DSM20655 T 37 Kotoran ayam

L. cypricasei DSM15353 T 37 Keju, Halloumi; Siprus
L. acidipiscis DSM15836 T 30 Fermentasi ikan; Thailand
L. equi DSM15833 T 37 Kotoran kuda; Jepang
L. agilis DSM20509 T 37 limbah kota
L. murinus DSM20452 T 37 Usus tikus
L. animalis DSM20602 T 37 plak gigi dari babon
L. saerimneri DSM16049 T 37 feses babi; Swedia
L. ruminis ATCC 25644 37 rumen sapi
L. ruminis ATCC 27780 T 37 rumen sapi
L. ruminis ATCC 27781 37 rumen sapi
L. ruminis ATCC 27782 37 rumen sapi
Industri dan Marine. Jenis strain ditunjukkan oleh superskrip T. V
OL. 189 2007
L. ruminis L5 37 kotoran manusia 64
L. ruminis subjek 21 37 GW Tannock
L. ruminis subjek 23 37 GW Tannock
L. ruminis subjek 36 37 GW Tannock
L. ruminis subjek 38 37 GW Tannock
L. gasseri SR21 37 biopsi lambung Manusia KA Ryan et al., Data tidak
dipublikasikan
L. gasseri SR23 37 biopsi lambung Manusia Ryan et al., Tidak dipublikasikan
L. gasseri SR26 37 biopsi lambung Manusia Ryan et al., Tidak dipublikasikan
L. gasseri SR27 37 biopsi lambung Manusia Ryan et al., Tidak dipublikasikan 23
L. gasseri SR29 37 biopsi lambung Manusia Ryan et al., Tidak dipublikasikan Oktob
L. gasseri SR210 37 biopsi lambung Manusia Ryan et al., Tidak dipublikasikan
L. gasseri SR211 37 biopsi lambung Manusia Ryan et al., Tidak dipublikasikan
L. gasseri SR212 37 biopsi lambung Manusia Ryan et al., Tidak dipublikasikan
L. gasseri SR214 37 biopsi lambung Manusia Ryan et al., Tidak dipublikasikan
L. vaginalis SR28 37 biopsi lambung Manusia Ryan et al., Tidak dipublikasikan tangga
L. vaginalis SR213 37 biopsi lambung Manusia Ryan et al., Tidak dipublikasikan l
L. fermentum SR22 37 biopsi lambung Manusia Ryan et al., Tidak dipublikasikan

ATCC, Koleksi Budaya Tipe Amerika; DSM, Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH; NCDO, National Collection of Organisme Dairy;
NCIMB, National Koleksi Bakteri
pada

Selain dari probe berlabel. Hibridisasi dilakukan pada 42 C selama 16 jam. Membran dicuci tiga kali nomor aksesi urutan nukleotida. Urutan dari repe gen dari
28 L. salivarius strain yang disimpan
selama 20 menit di 6 M urea-0,4% natrium dodesil sulfat-0.1 SSC (1 SSC adalah 0,15 M NaCl di GenBank di bawah nomor aksesi EF452504 ke EF452531 (dispesifikasikan
oleh regangan pada
ditambah 0,015 M natrium sitrat) (pH 7,0) pada 42 C dan tiga kali selama 5 menit di 2 SSC pada suhu Gambar. 4).
kamar. Autoradiographs diproduksi dengan mengekspos Hyper fi lm ECL selama 1 jam sampai 16 jam
pada suhu kamar.
strip dalam hubungannya dengan API 50 CHL menengah (bioMerieux). Rincian
dari metode ini digambarkan dalam studi sebelumnya (38).
Stripping membran dan rehybridization. Sebuah membran sebelumnya hibridisasi
telah dibilas secara menyeluruh di air suling ganda. membran dicuci tiga kali selama
30 menit di 0,2 M NaOH yang mengandung 0,1% natrium dodesil sulfat pada suhu 37 assay bakteriosin. L. salivarius strain ditumbuhkan di piring MRS pada suhu
yang tepat selama 16 jam dan kemudian fl membanjiri withMRS agar ceroboh
C untuk menghilangkan probe terikat. membran selanjutnya dicuci selama 5 menit
(MRS broth ditambah 0,75% agar) mengandung Listeria monocytogenes EGDE
di 2 SSC dan disimpan dalam 2 SSC sebelum hibridisasi dengan probe kedua.
sebagai indikator, dengan
L. salivarius UCC118 sebagai kontrol positif. Koloni yang menghasilkan halo terhadap

DNA sequencing. Urutan dari LSL_1740 ( repe) dari masing-masing 28 L. L. monocytogenes EGDE dicatat sebagai strain bakteriosin-positif.

salivarius strain yang dihasilkan oleh sekuensing 2.0-kb PCR amplikon

penguat ed dengan menggunakan primer 1739_F1 dan 1740_R1 (lihat Tabel
S1 dalam bahan tambahan). Sequencing dilakukan oleh MWG Biotech
(Ebersberg, Jerman). Selain itu, fi delity semua probe digunakan untuk
hibridisasi Southern adalah con fi rmed oleh sekuensing DNA.

analisis filogenetik. Dua pohon filogenetik yang berbeda sesuai dengan

kromosom groEL- dan repA-Jenis megaplasmid repe gen untuk 28 L. salivarius
strain dianalisis. pohon kemungkinan maksimum dibangun menggunakan model
terbaik (TRN aku untuk groEL dan TIM saya untuk repe) dengan alat berbasis Web
MULTIPHYL (30) dengan nilai bootstrap 100. daerah Gap yang dipotong secara
manual. Itu
groEL urutan yang digunakan dalam penelitian ini dilaporkan dalam penelitian sebelumnya (38).

Karbohidrat pemanfaatan assay. Kemampuan berbagai L. salivarius strain

memfermentasi ribose, sorbitol, dan rhamnose diuji menggunakan API 50 CH
 HASIL

Kehadiran megaplasmids adalah fitur umum L. salivarius.

Sepuluh L. salivarius strain sebelumnya ditampilkan memendam
megaplasmid yang ukurannya berkisar antara 100 kb sampai 380
kb (13). Oleh karena itu kita hipotesis bahwa kehadiran
megaplasmids mungkin fitur umum L. salivarius. Untuk menguji ini,
kami mengumpulkan 23 lain L. salivarius strain dari berbagai asal-
usul, termasuk isolat saluran pencernaan dan strain klinis (Tabel

1). Kehadiran megaplasmids di 23 strain ini dianalisis dengan

protokol S1 PFGE dikombinasikan dengan analisis Southern yang
dijelaskan dalam penelitian sebelumnya (13). Sebuah survei dari
tambahan 23 strain mengungkapkan bahwa semua strain memendam
megaplasmid yang hibridisasi ke LSL_1739 yang ( Repa)

probe berasal dari sequencing megaplasmid pMP118 dari L. salivarius

regangan UCC118 (Gbr. 1). Oleh karena itu kami ditunjuk megaplasmids
di 23 strain yang digunakan dalam penelitian ini, dan 10 strain dijelaskan
dalam penelitian kami sebelumnya (13), sebagai repA- ketik
megaplasmids. Kami juga mencatat kehadiran variabel pita DNA
bermigrasi dekat dengan masing-masing repA- Jenis megaplasmids,

misalnya, di strain UCC118, AH43310, CCUG27530B,

CCUG45735, CCUG44481, dan CCUG47826 (Gbr. 1). Dengan
hibridisasi Southern, kami menetapkan bahwa band
ternyata 195-kb di
LI ET AL. J. B ACTERIOL.

menunjukkan
kehadiran dan
 GMBR. 1. repA- Jenis megaplasmids secara luas hadir di L. salivarius. ( PFGE A1 dan A2) dari DNA genom dari 23 L. salivarius strain dengan regangan UCC118
sebagai kontrol positif.
(B1 dan B2) Sesuai hibridisasi Southern dengan pMP118 Repa menyelidiki dan
tidak adanya pengobatan dengan S1 nuklease, masing-masing. PFGE dijalankan pada 6 V / cm pada 14 C selama 20 jam menggunakan linear menggenjot
waktu pulsa dari 3 s 50 s. Hitam panah menunjukkan standar ukuran DNA. panah putih menunjukkan S1 nuklease-linierisasi Band megaplasmid yang
hibridisasi dengan pMP118 Repa
menyelidiki. Pap menonjol di jalur untuk regangan L21 menunjukkan genom degradasi DNA akibat overtreatment dengan S1 nuklease. 6132

UCC118 jalur sebenarnya bentuk lain dari pSF20 plasmid 20-kb pada
galur UCC118 (data tidak ditampilkan). Hal ini menunjukkan bahwa
supercoiled atau terbuka bentuk melingkar dari plasmid kecil
bermigrasi jauh lebih lambat daripada bentuk linear sesuai pada PFGE.
Kehadiran plasmid kecil sehingga dapat mempersulit mendirikan jika
strain tertentu memiliki megaplasmids, menghadirkan kendala teknis
dalam survei kehadiran megaplasmids. Untuk menghindari ini, semua
colokan DNA genomik L. salivarius strain dipelajari oleh beberapa
Terlepas dari kehadiran universal repA- Jenis megaplasmids di
L. salivarius, S1 PFGE mengungkapkan bahwa DNA genom dari
L. salivarius strain JCM1046, JCM1047, dan AH43348 termasuk
band terkemuka yang perilakunya berjalan tidak terpengaruh
oleh S1 pengobatan nuklease. Ini merupakan indikasi dari
topologi diharapkan untuk megaplasmid linear. Mengubah
kondisi PFGE berjalan lebih con fi rmed bahwa strain JCM1046,
JCM1047 (data tidak ditampilkan), dan AH43348 pelabuhan

percobaan PFGE bawah berbagai kondisi berjalan. Fragmen DNA linier linear megaplasmids (Gambar. 2B). Untuk pengetahuan kita, ini

dengan demikian akan diharapkan untuk bermigrasi ke posisi yang adalah waktu pertama fi bahwa bakteri asam laktat dilaporkan

sama relatif terhadap penanda DNA linear, sementara superkoil atau berisi beberapa megaplasmids. Untuk kejelasan dan konsistensi

membuka bentuk melingkar dari plasmid harus menampilkan migrasi

nomenklatur, kami ditunjuk L. salivarius bundar

konsisten relatif terhadap penanda DNA linear. Perbandingan antara

Gambar. 1 dan Gambar. 2A mencontohkan fi es perilaku repA- ketik repA- ketik megaplasmids PMP diikuti dengan nama
megaplasmids, whichmigrate ke posisi konstan relatif terhadap regangan, sedangkan megaplasmid linear ditunjuk pLMP
penanda DNA linear, sementara band-band lain yang dekat dengan diikuti dengan nama ketegangan. Tak satu pun dari
megaplasmids sesuai bermigrasi berbeda di bawah dua kondisi megaplasmids linear di strain JCM1046, JCM1047, dan

berjalan. Hal ini menunjukkan bahwa strain UCC118, AH43310, CCUG

45.735, dan CCUG47826 setiap pelabuhan hanya satu megaplasmid
melingkar dari Repa mengetik. Data yang serupa diperoleh untuk
strain CCUG27530B dan CCUG44481 (data tidak ditampilkan).
AH43348 hibridisasi dengan Repa
menyelidiki, menunjukkan bahwa replikasi ini megaplasmids
linear berbeda dari yang dari repA- ketik megaplasmids
melingkar, Namun, linear megaplasmid pLMP43348 di regangan
AH43348 memiliki urutan yang hibridisasi probe untuk
kromosom dugaan partisi ATPase ( PARA [ LSL_1741]),
sementara pLMP1046 dan pLMP1047 tidak (Gambar. 3). Karena
33
 DISTRIBUSI MEGAPLASMIDS DI Lactobacilli 6133

Bwere dikelompokkan bagian fromdifferent dari gel yang sama. V OL. 189 2007

salivarius strain. panah putih mengindikasikan linierisasi repA- ketik megaplasmids melingkar. Aand

menunjukkan adanya dan tidak

adanya GMBR. 3. pLMP43348 di regangan AH43348 berisi urutan yang
berhibridisasi dengan parA
ada probe pMP118.
menunjukkan Dan
dan tidak adanya pengobatan dengan S1 nuklease, masing-masing. PFGE
dijalankan pada 6 V / cm pada 14 C selama 20 jam menggunakan linear
menggenjot waktu pulsa dari 3 s 50 s. panah putih mengindikasikan linierisasi
repA- jenis MID megaplas- melingkar. Pola gel di A adalah sama seperti yang

dibangun untuk groEL dan repe gen dari 28 strain (Gambar. 4).
Kedua pohon jelas menunjukkan dua cabang utama meskipun
dengan tingkat yang berbeda dari kepercayaan diri, seperti yang
ditunjukkan oleh nilai-nilai bootstrap. Meskipun tidak benar-
benar sesuai, ada kesepakatan yang kuat antara pohon dibangun
berdasarkan pada repe

GMBR. 2. Con Penegasan kehadiran melingkar dan linear MID megaplas- di strain yang
dipilih. dan
pengobatan dengan S1 nuklease, masing-masing. PFGEwas dijalankan pada 6 V / cm pada 14 C selama 20 jam menggunakan linear menggenjot waktu pulsa 30 s 60
s. (A) Con Penegasan kehadiran megaplasmid melingkar tunggal di L. salivarius strain (lihat juga pada pola migrasi pada
Gambar. 1). (B) Con Penegasan koeksistensi megaplasmid melingkar dan megaplasmid linear di L.

strain yang kita diuji semuanya mengandung setidaknya satu repA-

ketik megaplasmid,
dari megaplasmid dan sesuai kromosom groEL gen dari strain tuan
rumah. Lagi pohon panjang cabang ditunjukkan dengan skala dari gen ini
dibandingkan dengan Repa dan repe gen pada megaplasmids masing-masing.
Akhirnya, saring AH43348

kami menyimpulkan bahwa kehadiran megaplasmids adalah fitur adalah tambahan terlambat untuk panel ketegangan dan tidak digunakan untuk repe
genomik umum filogeni gen. pohon kemungkinan maksimum
spesies
ini.
analisis filogenetik repA- Jenis megaplasmids di L.
salivarius. Analisis
Southern lebih lanjut mengungkapkan bahwa semua L.
salivarius repA- Jenis
megaplasmids juga hibridisasi dengan LSL_1740 yang ( repe) dan LSL_1741
( PARA)relatif lebih tinggi di repe pohon adalah konsekuensi dari tingkat mutasi yang lebih
tinggi
probe (Tabel 3), yang terletak hilir Repa gen. Primer yang
mencakup Repa
sejarah evolusi kromosom dan megaplasmids di L.
dan repe gen penguat ed sebuah amplikon berukuran hampir sama di 28 salivarius,
L. salivarius strain diuji (data tidak ditampilkan). Hal ini menunjukkan itu groEL dan repe gen dari replikon masing menjadi
bahwa semua sasaran filogeni molekuler. Itu groEL gen telah banyak
L. salivarius repA- Jenis megaplasmids memiliki replikasi digunakan sebagai penanda molekuler alternatif dalam
backbone yang sangat dilestarikan. Untuk membandingkan analisis filogenetik karena merupakan gen housekeeping
sangat lestari (38). repe terpilih sebagai penanda
molekuler megaplasmid, seperti yang universal hadir, dan
sequencing dari 2-kb
repAE amplikon mengungkapkan bahwa repe lebih divergen dari Repa
(Data tidak ditampilkan). Analisis ini dilakukan untuk 28 dari
33
L. salivarius strain, karena analisis PFGE dari kromosom
mencerna diidentifikasi dua pasang strain dugaan identik
(AH43310-AH43324 dan AH4331-AH4231), yang
sebelumnya terbukti memiliki hampir identik fenotipik
pro fi les (38). Selain itu, PCR untuk Repa-repe amplikon
gagal untuk strain DSM20554 dan CCUG38008, mungkin
karena 3 mismatch, karena mereka ditunjukkan oleh
hibridisasi ke pelabuhan tersebut
groEL. Menariknya, urutan dari strain manusia yang diturunkan
berkerumun baik dengan satu sama lain daripada dengan orang-orang
yang berasal dari hewan, yang terutama jelas di cabang yang lebih
rendah. Selain itu, meskipun sekitar 2: 1 rasio (18/10) dari manusia
isolat untuk hewan isolat, jelas bahwa ketika repe
pohon dianalisis, cabang utama lebih konsisten mewakili
strain hewan yang diturunkan untuk cabang atas dan
strain humanderived untuk cabang yang lebih rendah.
fitur biologis dan genetik dikodekan pada L. salivarius repA-
ketik megaplasmids. DNA sequencing (13) diidentifikasi
metabolisme kontingensi gen pada pMP118, yang diperkirakan
untuk meningkatkan fl eksibilitas metabolisme bakteri tuan
rumah. Kemampuan untuk mengasimilasi sorbitol, rhamnose,
dan ribose oleh regangan UCC118 adalah eksperimen con fi
rmed, memverifikasi pengamatan pada tingkat genom (38).
Sebagai tulang punggung replikasi
repA- Jenis megaplasmids sangat kekal, kita selanjutnya
menyelidiki tingkat konservasi fitur genetik atau fenotipe
lainnya di sisi lain repA- ketik megaplasmids. Posisi probe
digunakan untuk menyelidiki fitur genetik pada peta
pMP118 ditunjukkan pada Gambar. S1 dalam bahan
tambahan.
kemampuan Sorbitol-fermentasi dianggap menjadi fitur
universal untuk semua strain dalam deskripsi asli L.
salivarius
(53) dan dalam uji biokimia API50 saat pro fi le. Namun,
megaplasmid (repA) (repE) (parA)
(kb) Phenotype LSL_1894 Phenotype (rhaB) Phenotype (mipB) (tkt

b
pMP20555 DSM20555 380 F F NF
pMP14476 LMG14476 290 F F NF
pMP14477 LMG14477 270 F F NF
b
pMP20554 DSM20554 260 F NF N NF
b
pMP118 UCC118 242 F F F
pMP43310 AH43310 240 F F F
pMP43324 AH43324 240 F F F
b
pMP20492 DSM20492 240 F WF NF
pMP44481 CCUG44481 240 F NF N NF N
pMP1047 JCM1047 240 F NF N NF N
pMP47171 CCUG47171 240 F F NF
pMP1046 JCM1046 230 F F NF
pMP1045 JCM1045 220 F F NF
pMP47825 CCUG47825 220 F F WF
pMP45735 CCUG45735 220 F F WF
pMP27530B CCUG27530B 220 F NF WF
pMP47826 CCUG47826 220 F F NF
pMP43299 CCUG43299 218 F NF N WF
pMP38008 CCUG38008 215 F NF N WF N
b
pMP4231 AH4231 210 F NF NF
pMP4331 AH4331 210 F NF NF
pMP14315 01M14315 200 F NF N NF
b
pMP119 UCC119 195 NF N F NF N N
pMP43348 AH43348 195 F NF WF
pMP8818 NCIMB8818 195 F WF NF
pMP1040 JCM1040 195 NF N NF N NF
pMP21 L21 190 F F NF
b
pMP8816 NCIMB8816 180 F NF N NF N
pMP1042 JCM1042 180 F NF N NF N
pMP1044 JCM1044 180 F NF N NF N
b
pMP702343 NCIMB702343 160 NF N WF NF N N
b
pMP8817 NCIMB8817 145 NF N NF NF N
b
pMP1230 JCM1230 100 F NF N NF
 DISTRIBUSI MEGAPLASMIDS DI Lactobacilli 6135

ARA. 4. Analisis filogenetik dari L. salivarius repe gen dari repA- Jenis megaplasmids dan groEL filogeni gen dari strain yang sama. Ukuran individu repA- Jenis
megaplasmids melingkar ditampilkan di sebelah kanan nama regangan masing-masing di repe pohon. nomor aksesi GenBank untuk repe urutan ditampilkan di
sebelah kanan ukuran megaplasmid. Kemas dan menggarisbawahi label ketegangan mewakili asal hewan dan asal manusia, masing-masing. shading abu-abu
menunjukkan cluster yang relatif dilestarikan antara pohon; strain terletak di daerah ini di kedua filogeni diberi label dengan tanda bintang.

4 strain dari 33 diuji tidak dapat memfermentasi sorbitol
(Tabel
3). Menariknya, semua 29 strain yang difermentasi sorbitol
memendam sebuah LSL_1894 gen homolog encoding sorbitol-6-
fosfat 2-dehidrogenase pada masing-masing repA- ketik
megaplasmids, seperti diungkapkan oleh hibridisasi Southern
(Tabel 3), sementara di empat strain yang tidak memfermentasi
sorbitol, gen ini tampaknya absen.
Secara historis, kemampuan rhamnose-fermentasi dianggap
kriteria untuk membedakan L. salivarius subsp. salivarius dari L.
salivarius subsp. salicinius ( 53). Kami uni fi kasi dua subspesies ini
menjadi spesies tunggal dalam penelitian sebelumnya, karena tidak
semua L. salivarius
subsp. salivarius strain dapat memfermentasi rhamnose,
sementara beberapa L. salivarius subsp. salicinius strain juga
dapat memfermentasi rhamnose (38). Fermentasi jalur rhamnose
di UCC118 melibatkan LSL_1752 ( rhaB [ rhamnulokinase]),
LSL_1754 ( L- rhamnose isomerase), dan LSL_1755 ( Arad
[ rhamnulose-1-fosfat aldolase]). Seperti ditunjukkan pada Tabel 3,
11 strain yang tidak memiliki homolog LSL_1752 gagal
memfermentasi rhamnose. Selain itu, ada fi ve strain yang muncul
untuk memiliki sebuah homolog LSL_1752 tapi itu tidak
memfermentasi rhamnose, menunjukkan pembungkaman gen atau
kurangnya gen lain yang penting untuk menyelesaikan jalur
tersebut.
L. salivarius dianggap bersifat homofermentatif ketika hal
itu dijelaskan pada tahun 1953 (53). Ini diperbaiki di
sebelumnya kami
Penelitian (13), sebagai pMP118 mengkodekan transketolase dan
transaldolase, yang melengkapi fosfat jalur pentosa. Meskipun
demikian, kemampuan untuk memfermentasi pentosa, misalnya,
ribosa, sangat langka di antara L. salivarius strain (38).
Menggunakan LSL_1888 (encoding transaldolase) dan LSL_1946
(encoding transketolase) sebagai probe, kami menemukan bahwa
dua homolognya ini sebenarnya banyak hadir di repA- Jenis
megaplasmids (Tabel 3). Hampir setengah dari strain memiliki
urutan yang berhibridisasi dengan LSL_1888 dan LSL_1946 probe
tetapi tidak memiliki kemampuan untuk fermentasi ribosa.
Produksi bakteriosin Abp118 adalah megaplasmid dikodekan, dan
produksi bakteriosin mungkin menjadi keuntungan kompetitif bagi
organisme komensal. Mungkin juga sifat berguna untuk strain
bakteri yang digunakan sebagai bahan probiotik. Secara
signifikan, kami baru-baru ini menunjukkan bahwa produksi
Abp118 adalah mekanisme utama dimana L. salivarius UCC118
secara dramatis mengurangi Listeria monocytogenes infeksi pada
model tikus (14). Urutan hibridisasi untuk probe untuk lokus
Abp118 terdeteksi dalam 20 strain. Namun, hanya 6 dari 20 isolat
ini menghasilkan tingkat terdeteksi bakteriosin terhadap L.
monocytogenes EGDE (Tabel 3).
 Kehadiran megaplasmids di lactobacilli lainnya.
Penemuan megaplasmids di semua L. salivarius strain
diperiksa mendorong kita untuk menyelidiki keberadaan
megaplasmids seluruh genus Lactobacillus. Kami
mengumpulkan 91 strain milik 47
6136 LI ET AL. J. B ACTERIOL.

ARA. 5. Megaplasmids berbagai ukuran ditemukan di sejumlah terbatas lactobacilli lainnya. DNA genomik dari tujuh strain milik enam berbeda
Lactobacillus spesies dengan ( ) Atau tanpa ( ) S1 pengobatan nuklease itu diselesaikan oleh PFGE pada 6 V / cm pada 14 C selama 20 jam
menggunakan linear menggenjot waktu pulsa dari 3 s ke 50 s (A) atau dari 30 s ke 60 s (B). Panah ke kiri menunjukkan standar ukuran. bahan
cerah dioleskan di bawah band pMP15946 (120 kb) dari L. ingluviei DSM15946 mewakili DNA genom terdegradasi. Panah ke kanan foto individu
menunjukkan ukuran dari megaplasmids con fi rmed oleh dua PFGE menjalankan kondisi yang berbeda. Awalnya, PFGE dari L. equi DSM15833
dijalankan dalam pemuatan urutan S1 /
. tapi kami dipotong dari gambar gel asli dan bergabung kembali dalam urutan S1 / untuk konsistensi dengan jenis lainnya.

pencernaan. megaplasmids ini gagal berhibridisasi dengan pMP118

Repa Probe, menyarankan

spesies (tidak termasuk L. salivarius) dan disaring mereka

untuk kehadiran megaplasmids oleh protokol S1 PFGE. Posisi
filogenetik dari spesies diselidiki ditunjukkan pada Gambar.
S2 di bahan tambahan. Megaplasmids ukuran mulai dari 120
kb untuk 490 kb yang terdeteksi di 7 strain milik 6 spesies
dari antara 91 strain dan 47 spesies diperiksa. Ketujuh
strain adalah sebagai berikut: Lactobacillus hamsteri
DSM5661, L. intestinalis DSM6629, L. kalixensis DSM16043,
L. ingluviei

DSM14792, L. ingluviei DSM15946, L. acidophilus ATCC 4356, dan L. equi

DSM15833. Gambar 5 menunjukkan pola PFGE untuk strain megaplasmid
mengandung berjalan

di bawah dua kondisi yang berbeda seperti dijelaskan di atas. Semua

strain megaplasmid mengandung mewakili isolat dari saluran
 ketik megaplasmids. Hal ini menunjukkan bahwa
distribusi Lactobacillus megaplasmids independen
bahwa L. salivarius megaplasmids mewakili kelompok
dari filogeni dari genus.
megaplasmid unik di lactobacilli. L. equi DSM15833 memendam
sebuah band megaplasmid linear menonjol dan dua megaplasmids
potensial lainnya. Dalam spesies yang filogenetis yang paling erat
kaitannya dengan L. salivarius, hanya satu dari sembilan spesies ( DISKUSI
L. equi) terbukti memiliki megaplasmids, yang tidak terkait dengan
Terjadinya megaplasmids pada bakteri asam laktat tidak
repA-
diakui secara luas
sampai pMP118 adalah diidentifikasi
di L. sali-
V OL. 189 2007 DISTRIBUSI MEGAPLASMIDS DI Lactobacilli 6137

sangat mirip dengan gen yang sesuai pMP118. Akhirnya, tidak

ada repe Urutan variasi digunakan untuk filogeni mengganggu
reading frame. Karena
pMP118 repe gen fungsional, sangat mungkin bahwa repe
gen digunakan untuk filogeni juga fungsional. Meskipun
konkordansi itu tidak mutlak, perjanjian umum antara
pohon berdasarkan

repe akuisisi
bahwa dan groEL gen dari strain masing-masing menunjukkan
megaplasmid
evolusi sebuah adalah peristiwa relatif awal dalam
L. salivarius.

Pemanfaatan sorbitol locus baik dilestarikan, dengan

hanya empat dari strain yang dianalisis muncul ke
kehilangan gen yang sesuai dari megaplasmids masing-
masing dan dengan fenotip yang konsisten dengan genotipe
dalam semua kasus. Namun, hampir setengah strain diuji
kekurangan LSL_1752 gen rhamnulokinase. Sebaliknya,
banyak strain yang tidak dapat memfermentasi ribose
memendam baik transaldolase dan transketolase gen pada
megaplasmids masing-masing. Sebanyak delapan strain
kekurangan salah satu atau kedua gen ini. Adalah masuk
akal bahwa migrasi dari kromosom ke megaplasmid bagian
dari informasi genetik untuk jalur fosfat pentosa telah diikuti
oleh peluruhan dari urutan coding yang relevan baik replicon
di strain tertentu. Hal ini membuat lebih luar biasa bahwa
minoritas strain diperiksa telah mempertahankan fungsi dari
jalur. The bakteriosin Abp118 memiliki aktivitas spektrum
luas (23) yang akan diharapkan untuk berkontribusi eksklusi
kompetitif dan saring daya saing strain memproduksi dalam
saluran pencernaan. Meskipun demikian, tepat

satu sepertiga dari L. salivarius strain diuji gagal

berhibridisasi dengan abp118 Probe gen, dan asal sifat ini tidak
jelas. Hal ini juga saat ini belum diketahui apakah hilangnya
urutan atau fungsi gen, misalnya, mekanisme induksi

atau gen tambahan, bertanggung jawab untuk

kurangnya produksi bakteriosin dalam 14 dari 20 strain
yang pelabuhan gen untuk peptida Abp118. Sebagai
tambahannya L. salivarius, kami mendeteksi kehadiran
megaplasmids di 6 spesies lain dari antara 47 diuji di
berbagai filogenetik seluruh genus ini sangat beragam (7).
Empat spesies ini adalah anggota dari kelompok A dari
filogeni 16S rRNA (7) yang mencakup apa yang disebut L.
acidophilus

d
i
varius oleh sekuensing genom (13). Pada saat itu, kami
f
mengidentifikasi ed megaplasmids melingkar di sembilan lainnya L.
a
salivarius strain. Kami sebelumnya didefinisikan pMP118 sebagai
s
megaplasmid karena mengandung tidak tRNA atau rRNA gen; memiliki
il
terkait plasmid replikasi dan partisi protein, dan tidak mengandung
i
satu-satunya salinan dari setiap gen penting yang dikenal dalam
t
genom (13). Dalam penelitian ini, L. salivarius megaplasmids yang
a
belum diurutkan secara fungsional didefinisikan sebagai mereka yang
s
lebih besar dari 100 kb dalam ukuran, dengan mana kita con fi rm
i
pengangkutan megaplasmids di 33 strain dari sumber
o
yang sangat beragam. Plasmid pMP118, di 242 kb, merupakan 11% dari L.
salivarius genom. l
The megaplasmid regangan DSM20555 (390 kb) bisa merupakan e
h
S
17,8% dari genom, dengan asumsi bahwa kromosom adalah sekitar 1
n
1,8 Mb. Di antara 33 repA- ketik megaplasmids melingkar
u
diidentifikasi di L. salivarius dalam penelitian ini, ukuran rata-
k
rata adalah 218 47 kb, dengan 22 repA-ketik megaplasmids
melingkar lebih besar dari 200 kb. Kontribusi proporsi l
e
besar dari L. salivarius genom oleh ekstrakromosomal
a
replicon tunggal mungkin merupakan fenomena universal
s
untuk spesies ini. The identifikasi molekul megaplasmid
e PFGE protocol (3). Definitif megaplasmid identifikasi,
terutama di strain yang pelabuhan satu atau lebih kecil
plasmid melingkar, biasanya memerlukan beberapa PFGE
berjalan di bawah berbagai kondisi. Ini mungkin bingung
pengidentifikasian plasmid besar di LAB dalam penelitian
sebelumnya. Beberapa PFGE berjalan juga memberikan
kontribusi ketahanan untuk kami pengidentifikasian
megaplasmids linear dalam tiga L. salivarius

strain. Keberadaan megaplasmid linear dalam Lactobacillus

regangan sebelumnya ditunjukkan oleh salah satu laporan L.
gasseri
regangan CNRZ222 (56), yang berada di kisaran ukuran
yang sama (150 kb) sebagai megaplasmids linear di L.
salivarius ( 140 kb, 145 kb, dan 175 kb) yang dilaporkan.
plasmid linier baik dicirikan prokariota seperti Streptomyces
coelicolor ( 4), Borrelia burgdorferi ( 21), dan Escherichia
coli ( 51). Linear plasmid N15 di E. coli sebenarnya bentuk
lisogenik dari fag lambdoid (52), dan prophages linear di
Klebsiella oxytoca ( 8) dan

Yersinia enterocolitica ( 28) juga telah dijelaskan. Namun,

replikon
plasmid-profag linear yang jauh lebih kecil dari linear
Lactobacillus megaplasmids dilaporkan di sini. Ini akan menarik
untuk meneliti organisasi

kompleks: L. acidophilus ( sistem pencernaan), L. hamsteri ( kotoran

Lactobacillus megaplasmids linear, terutama modus
replikasi, dan ciri-ciri yang mereka bawa. Menariknya,
hibridisasi LSL_1741 ( PARA) untuk pLMP43348
menyarankan bahwa partisi dari megaplasmid linear ini
tergantung pada protein yang mirip dengan yang digunakan
oleh megaplasmids melingkar. Sebuah kesimpulan serupa
dilaporkan sebelumnya untuk Mycobacterium celatum 23-kb
linear plasmid pCLP, yang memiliki lokus genetik yang mirip
dengan gen pemeliharaan ( par
operon) dari plasmid melingkar bakteri (37). The
pCLP par operon terbukti menjadi penting bagi
stabilitas plasmid linier ini.
Semua megaplasmids melingkar di L. salivarius dilakukan Repa dan
repe homolognya gen, dan repe gen menunjukkan mencukupi
divergensi untuk memungkinkan analisis filogenetik. Bisa
dibayangkan bahwa plasmid besar seperti yang dianalisis di sini
mungkin memiliki beberapa asal-usul dan bahwa kurangnya yang
dihasilkan dari tekanan selektif pada
repe gen akan membuat mereka tidak cocok untuk filogeni. Namun,
Repa-repe lokus adalah satu-satunya identifikasi wilayah mampu
replikasi di pMP118. Itu repe gen sequencing dari plasmid lain juga
terkait dengan Repa homolog, dan kedua reputasi gen
hamster), L. intestinalis ( usus tikus), dan L. kalixensis ( mukosa
lambung manusia). L. ingluviei, dua strain yang pelabuhan
megaplasmids, diisolasi dari tanaman merpati, dan L. equi diisolasi
dari feses kuda. Dengan demikian, semua spesies ini ditemukan di
saluran
pencernaan, dan sementara korelasi ini harus diperlakukan
dengan hati-hati, jelas bahwa megaplasmids jarang terjadi di
lactobacilli ekstraintestinal, lactobacilli makanan-terkait, dan
spesies yang hidup bebas. Kurangnya homolog dari pMP118
Repa gen menetapkan mereka sebagai genetik berbeda,
setidaknya pada tingkat replikasi, dari L. salivarius pMP118
replicon. L. equi DSM15833 tampaknya pelabuhan tiga
megaplasmids linear, yang mewakili geometri genom paling
kompleks dicatat dalam penelitian ini. Kami mencatat,
bagaimanapun, bahwa intensitas yang lebih besar dua band
plasmid adalah secara signifikan lebih rendah dibandingkan
megaplasmids linear lainnya dalam ketegangan ini dan di L
salivarius strain. Band-band ini karena bisa mewakili bentuk lain
dari plasmid pLMP15833A linear, meskipun mereka bermigrasi
secara konsisten sebagai band linear di bawah kondisi switching
yang berbeda. The megaplasmid dari L. kalixensis saring
DSM16043, di 490
16
3
8 IETL J. B
ACTERI
OL.

kb, merupakan terbesar plasmid diidentifikasi dalam Cerdeno-Tarraga,

Collins, D. dan
Higgins, J.. Shanahan,
F Parkhill, S. GF
Flynn, GC O'Sullivan,
Fitzgerald, D. van JK
penelitian ini dan dapat dianggap sebagai minichromosome Sinderen, PW O'Toole.
tergantung pada apakah atau tidak itu membawa gen penting.
proyek sequencing baru-baru ini telah menemukan array yang 2006.
Acad. Multireplicon
Sci. genom
Amerika Serikat arsitektur
103: Lactobacillus salivarius. Proc. Natl.
6718-6723.
rumit kemungkinan arsitektur genom bakteri (Ulasan di
referensi 5), dan genom bakteri terbesar sequencing to date
( Rhodococcus sp. regangan 14. Corr, SC, Y. Li, CU Riedel, PW O'Toole, C. Hill,
dan CGM Gahan.
2007. Produksi
kegiatan Bakteriosin
antiinfeksi dari sebagai mekanisme untuk
Lactobacillus
Serikat salivarius UCC118. Proc. Natl. Acad. Sci. Amerika
104: 7617-7621.
RHA1)
332 (44)kb,
kb, 442 mencakup
dan 1,1 tiga megaplasmids linear dari 15. Dellaglio,
fi dobac-, F., dan
p. 25-49. GE Felis. 2005. Taksonomi lactobacilli dan bi teria
Di GW

Mb. Ia telah mengemukakan bahwa linear plasmid muncul dengan rekombinasi Tannock (ed.), Probiotik dan prebiotik: ilmiah aspek c. Caister
plasmid
Academic dengan
Press, bakteriofag,
Norfolk, Inggris Raya. dan
linear kromosom muncul dengan rekombinasi
16. Desmond, C., RP Ross, G. Fitzgerald, dan C. Stanton.
2005. Analisis sekuen genom plasmid linier dengan kromosom melingkar (11). Kompleksitas genom seperti Rhodococcus plasmid dari strain probiotik
Lactobacillus paracasei
NFBC338 yang meliputi plasmid pCD01
sp. regangan RHA1 menggambarkan hasil yang mungkin dari proses tersebut,
dan pCD02. plasmid 54: 160- 71
yang mungkin sedang berlangsung di 5
.
17. Dunne, C., L. Murphy, S. Flynn, L. O'Mahony, S.
O'Halloran, M. Feeney, D.
Morrissey,
Kiely, G. Thornton, G. Fitzgerald, C. Daly, B.
EM Quigley,
GC O'Sullivan,
mitos dengan F. Shanahan,
realitas. dan JKfungsi
Demonstrasi Collins. 1999.
pada Probiotik:
model dari
binatang
penyakit
76: 279-292. dalam uji klinis pada manusia. Antonie Leeuwenhoek
dan

L. salivarius dan spesies lactobacillus lainnya.

karakterisasi lebih lanjut dari megaplasmids 18. Dunne, C., L. O'Mahony, L. Murphy, G.
melingkar dan linear dari lactobacilli di tingkat Thornton, D. Morrissey, S.
urutan akan menjelaskan ciri-ciri biologis yang GCO'Halloran,
O'Sullivan,
kriteria seleksi
M. Feeney, S. Flynn,
F.untuk
Shanahan, dan
bakteri JK G. Fitzgerald,
Collins.
probiotik 2001. C. Daly,vitro
Dalam B. Kiely,
mungkin telah dipilih selama evolusi megaplasmid korelasi
392S. dengan in vivo fi temuan. Saya.berasal
J. Clin. dari
Nutr.manusia:
73: 386-
dan mungkin dapat mengidentifikasi organisme
sumber untuk transfer lateral plasmid linier.
19. Ehrmann,
pertama MA, MR Muller,
mengungkapkan dan RF Vogel.
Lactobacillus 2003.
mindensis Analisis
sp. molekuler
November dari penghuni
Int. J. Syst. Evol. Biol
mikro. 53: 7-13.

sp.20. Farrow, JAE,

November dari dan MD Collins. 1988. Lactobacillus oris
UCAPAN
TERIMA KASIH rongga mulut manusia. Int. J. Syst.
Bacteriol. 38: 116-118.
21. Ferdows,
berukuran MS, dan AG Barbour. DNA linear 1989. Megabase
Bekerja di laboratorium PWO didukung oleh Science Foun- Natl. Acad.di bakteri
Sci. Borrelia
Amerika burgdorferi,
Serikat agen penyakit
86: 5969-5973. Lyme. Proc.
dation Irlandia melalui Pusat Ilmu Pengetahuan, Teknik, dan
Teknologi RI penghargaan kepada pencernaan Pharmabiotic
Pusat, UCC, dan penghargaan Program Penelitian Frontiers dan
oleh Enterprise Ireland. Kami berterima kasih kepada GW
Tannock untuk menyediakan strain, P. O'Reilly nasihat tentang 22. Flynn, S. 2001. Karakterisasi Molekuler gen bakteriosin
kultur sejumlah spesies, dan BA Jones untuk diskusi-diskusi dari memproduksi
Lactobacillus dan plasmid
salivarius encoded fungsi strain probiotik
PFGE kondisi berjalan.
subsp. salivarius
Cork, Cork, tanahUCC118.
Ire-. Ph.D. tesis. University College

23. Flynn,
Holo, S., dan
IF Nes, D. van
JK Sinderen, GM Thornton, H.
Collins.
duction 2002. Karakterisasi
pro dari ABP-118, lokus genetik
sebuah yang bertanggung
novel bakteriosin jawab untuk
yang dihasilkan oleh
rium bakteriofag
UCC118. probiotik
Mikrobiologi 148: Lactobacillus salivarius subsp. salivarius
REFE
REN
SI
1. Altermann, 9
Barrangou, BLE., WM Russell, MA Azcarate-Peril, R. 7
3
-
Buck, O. McAuliffe,
Callanan, S. Lick, N. Souther, A. Dobson, T. Duong, M. 24. Fujisawa, intes-
Lactobacillus T., K. Itoh, Y. Benno, dan T. Mitsuoka. 1990.
A. Hamrick, tinalis ( ex dan
Hemme 1974) sp. November, nom.40:rev., terisolasi dari
lengkap dariR.
acidophilus
Cano, asam
bakteri dan TR Klaenhammer.
laktat 2005. urutan genom
probiotik Lactobacillus usus tikus tikus. Int. J. Syst. Bacteriol. 302-304.

NCFM. Proc.
102: Natl. Acad. Sci. Amerika 25. Gasson, MJ,25-44.
transposisi, dan CA DiShearman. 2003. Plasmid biologi, konjugasi, dan
Serikat 3906-3912. asam laktat,p. BJBAkademik
vol. 3. Kluwer Wood dan/ PJ Warner (ed.),
PlenumPublishers,Genetika bakteri
NewYork, NY.
2.Swings,
J. Baele, M.,
danM.F.Vancanneyt, LA Devriese, K. Lefebvre,
Haesebrouck.
dari 2003. Lactobacillus ingluviei sp. November, terisolasi
136. saluran Tinal intes-merpati. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53: 133-
26. Guarner,
J. Food F., dan GJ Schaafsma. 1998. Probiotik. Int.
Microbiol.
3. Barton, BM, GP Harding, danplasmid
AJ Zuccarelli. 39:
untuk mendeteksi dan ukuran besar. 1995. Sebuah metode
Anal. Biochem. umum
226: 235-240. 237-
238.
27. Hammes, WP
Lactobacillus, p. ,19-54.
dan RFDiVogel. 1995. Genus
4. Bentley,
Harris, SD, S. J.
MA Quail, Brown, LD Murphy, DE BJB
vol. Kayu dan WH
2. Blackie Holzapfel
Akademik dan(ed.), The genera
Profesional, bakteri
Glasgow, asam Raya.
Inggris laktat,
Parkhill, BG
Yamasaki, H.Barrell,
Kinashi, JRCW
McCormick,G. RI
Chen, 2004. Santamaria,
Chandra, R. Losick, HM
D. Jakimowicz, M.
Kieser,
plasmid T. Kieser, dan
linierdari KF Chater.
disesuaikan denganSCP1, sebuah
ekologi 356.023
dan bp
biologi 28. Hertwig, S., linear
I. Klein, R. Lurz, E. Lanka, dan B. Appel. 2003. PY54,
perkembangan inangnya, Streptomyces coelicolor A3 (2). Mol. plasmid
ditutup. profag
Mol. Microbiol. Yersinia enterocolitica
48: 989-1003. dengan ujung kovalen
Microbiol. 51: 1615-1628.

29. Kandler,
batang, O., dan N. Di
p. 1208-1234. Weiss.
PHA 1986. Reguler, nonsporing gram positif
5. Bentley,
Bergey SD, dan J. Parkhill.
ini bakteriologi 2004.
sistematis, Struktur
Rev. Genet.genom Perbandingan
38: 771-792. dari prokariota.
vol. 2. Williams Annu.
& Wilkins, Sneath,MD.
Baltimore, NS Mair, ME Sharpe, dan JG Holt (ed.), Petunjuk

23
6. Boucher,
DNA I., Lactococcus
dari tiga E. Emond, M. Bayan, dan S. Moineau. analisis urutan 2001.
30. Keane, TM, Oktob
lactis Sci.
Dairy plasmid encoding mekanisme resistensi fag. J.
84: 1610-1620. McInerney, dan TJ
GPNaughton, SA Travers, JO
McCormack.
dengan maxi2005. DPRml: didistribusikan
ibu kemungkinan. filogeni
bioinformatika 21: rekonstruksi
969-974.
7. Canchaya,
Sinderen, danC.,
PW MJ Claesson, GF Fitzgerald, D. van
O'Toole.
oleh 2006.komparatif
genomik Keanekaragaman
lima dari genus Lactobacillus diungkapkan 31. Klaenhammer,
lactobacilli TR Susu
usus. Int. 1995.J.Genetika dari
spesies.
152: Mikrobiologi
3185-3196. 5:
1019-
1058.
8. Casjens,
Kelinci, SR, EB Gilcrease, WM Huang, KL
ML Pedulla, 32. Klaenhammer,
dan besok. J. Nutr. TR 2000. bakteri probiotik: hari ini tangga
ME Ford,
profag JMKlebsiella
dari Houtz, GFoxytoca.
Hatfull, dan RW Hendrix.
J. Bacteriol. 186: 2004. pKO2 plasmid linier
1818-1832. 130:
415S-
416S. l
33. Klaenhammer,
Azcarate-Peril, danTR,
E. R. Barrangou, BL Buck, MA
9. Chaillou,
AM Crutz-LeS.,
Coq,MC Champomier-Verges, M. Cornet, Altermann.
cessing 2005.
biopro- fitur
dan Genomic Janin
kesehatan. bakteri asam laktat
Microbiol. mempengaruhi
Putaran. 29: 393-409.
AM Dudez,
Loux, dan M.V. Zagorec.
Martin, S.2005.
Beauurutan
fi ls, E.genom
Darbon-Rongere,
lengkap R. bakteri
dari Bossy, V.
asam laktat
Biotechnol. daging
23: ditanggung
1527-1533. Lactobacillus sakei 23K. Nat.
34.Molenaar,
D. Kleerebezem,
OPMWM., J. Boekhorst,
Kuipers, R. van Kranenburg,
HM Sandbrink, Fiers, R. Leer, R. Tarchini, SA Peters,

W. Stiekema, pada
10. Chassy,
plasmid B., EM Gibson, dan
terkait
ssp. casei. Curr. metabolisme
A. Giuffrida1978..
Biol mikro. 1:laktosa
Bukti untuk
dalam Lactobacillus
141-144. casei Kerkhoven,
urutanSci.
genomM.RMdeLankhorst,
lengkap
PA Bron,
Vries,Lactobacillus
B. Ursing, WM SM
deHoffer, MNRJ
Vos, dan
plantarum
Groot,
WCFS1.
R. 2003.
Siezen.
Proc. Natl.
Acad. Amerika Serikat 100: 1990-1995.

11. Chen, telah

lingkaran CW, CH Huang,
rusak: HH Lee, HH Tsai, dan R. Kirby. 2002. Setelah
somes. Tren Genet. 18:dinamika
522-529.dan evolusi Streptomyces kromosomal
35. Kojic,dan
cerning, M., L.
M.Topi-
Vujcic, A. Banina, P. Cocconcelli, J.
sirovic. 1992. casei
Lactobacillus Analisis produksi
CG11, eksopolisakarida
terisolasi oleh
dari keju. Appl. Mengepung.
Microbiol. 58: 4086-4088.
12. Christensson,
sekuen nukleotida C.,
danCJ karakterisasi
Pillidge, LJH Ward,
plasmid dan PW O'Toole. 2001.
Lactococcus lactis subsp. cremoris HP . J. Appl.amplop sel proteinase
Microbiol. 91: 334- di
36. Konstantinov,
Akkermans, SR, E. Poznanski, S. Fuentes, AD
H. Smidt,
dan WM dediVos.
melimpah 2006. Lactobacillus sobrius
Int. J.sp. November,
Microbiol. 56:usus menyapih
29-32. anak babi. Syst. Evol.
3
4
3
.
13. Claesson,
PIJKEREN, AM MJ, Y. Li, S. Leahy, C. Canchaya, J.-P. van 37. Le
dan M.Dantec, C., N.
Picardeau. Musim Dingin, B. Gicquel, V. Vincent,
2001.
V OL. 189 2007 DISTRIBUSI MEGAPLASMIDS DI Lactobacilli 6139

54. Roos, S., L. Engstrand, dan H. Jonsson. 2005. Lactobacillus gastricus

sp. November,

66. Trotter,
Ross, dan A.M., OE McAuliffe, GF Fitzgerald, C. Hill, RP
Coffey.DPC4275
lactis 2004. Produksi bakteriosin
ini terkait Variabel dalam starter komersial Lac- tococcus
Mengepung. Microbiol. 70:dengan
34-42. pembentukan plasmid cointegrate pMRC02. Appl.

67. van de Guchte, M., S. Penaud, C. Grimaldi, V. Barbe, K. Bryson,

P. Nicolas,
C.
R. Robert,
Bossy, S. Oztas, S. Mangenot, A. Couloux, V. Loux, R. Dervyn,
A. Bolotin,
Ehrlich, danJM
E.Batto, T. Walunas,
Maguin. 2006. JF Gibrat,
urutan P. lengkap
Bessieres, J. Weissen- bulgaricus
bach, SD
mengungkapkan evolusi
Amerika Serikat 103: reduktif
9274-9279. luasgenom Lactobacillus
dan berkelanjutan. Proc. Natl. Acad. Sci.

68. van
Vos, RJ Kranenburg, R., N. Golic, R. Bongers, RJ Leer, WM de
Siezen, dan
plasmid dariM. Kleerebezem.
Lactobacillus 2005. Analisis
plantarum. Appl. fungsional
Mengepung.dari tiga
Microbiol. 71:
1223-1230.

69. van
2000. Kranenburg,
nukleotida dariR., M. Kleerebezem,
lactococcal dan WM
EPS plasmid de Vos.
pNZ4000. analisis43:
plasmid urutan
130-

136.

urutan genom dan analisis transkripsi dari plasmid linier rial 23-kilobase mycobacte-: bukti
untuk transfer horizontal dan identifikasi sistem pemeliharaan plasmid. J. Bacteriol. 183: 2157-2164. Lactobacillus Antri sp. November, Lactobacillus kalixensis sp.
November dan Lactobacillus ultunensis sp. November, terisolasi dari mukosa
lambung manusia. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 55: 77-82.
38. Li, Y., E. Raftis, C. Canchaya, GF Fitzgerald, D. van Sinderen, dan PW 69: 3192-3202.
O'Toole. 2006. Analisis polifasik menunjukkan bahwa Lactobacillus 42. Makarova, K., A. Slesarev, Y. Wolf, A. Sorokin, B. Mirkin, E. Koonin,
salivarius A.
subsp. salivarius dan Lactobacillus salivarius subsp. salicinius tidak pantas Pavlov, N. Pavlova, V. Karamychev, N. Polouchine, V. Shakhova, I. Grigor-
Status subspesies yang terpisah. Int. J. Sys. Evol. Microbiol. 56: 2397-2403. IEV, Y. Lou, D. Rohksar, S. Lucas, K. Huang, DM Goodstein, T. Hawkins,
39. Liu, B., dan X. Dong. 2002. Lactobacillus pantheris sp. V. Plengvidhya, D. Welker, J. Hughes, Y. Goh, A. Benson, K. Baldwin, JH Lee, I. Diaz-
November, terisolasi dari kotoran jaguar. Int. J. Syst. Muniz, B. Dosti, V. Smeianov, W. Wechter, R. Barabote, G . Lorca, E. Altermann, R.
Evol. Microbiol. 52: 1745-1748. Barrangou, B. Ganesan, Y. Xie, H. Rawsthorne, D. Tamir, C. Parker, F. Breidt, J.
40. Liu, M., FH van Enckevort, dan RJ Siezen. 2005. Genome update: Broadbent, R. Hutkins, D. O'Sullivan, J . Steele, G. Unlu, M. Saier, T. Klaenhammer,
asam laktat genom bakteri sequencing booming. Mikrobiologi 151: P. Richardson, S. Kozyavkin, B. Weimer, dan D. Mills. 2006. genomik Perbandingan
3811-3814. dari teria asam laktat bakterial. Proc. Natl. Acad. Sci. Amerika Serikat 103:
41. Lu, Z., F. Breidt, V. Plengvidhya, dan HP Fleming. 2003. ekologi 15.611-15.616.
Bacteriophage di fermentasi sauerkraut komersial. Appl.
Mengepung. Microbiol.
43. Mayra-Makinen, A., dan M. Bigret. 1998. Penggunaan Industri dan
produksi bakteri asam laktat, p. 73-102. Di S. Salminen dan A. von
Wright (ed.), Laktat bakteri asam. Aspek mikrobiologi dan
fungsional, 2nd ed, vol. 85. Marcel Dekker, New York, NY.
44. McLeod, MP, RL Warren, WW Hsiao, N. Araki, M. Myhre, C.
Fernandes, D. Miyazawa, W. Wong, AL Lillquist, D. Wang, M.
Dosanjh, H. Hara, A. Petrescu, RD Morin, G. Yang, JM Stott, JE
Schein, H. Shin,
D. Smailus, AS Siddiqui, MA Marra, SJ Jones, R. Holt, FS Brinkman,
K. Miyauchi, M. Fukuda, JE Davies, WW Mohn, dan LD Eltis. 2006. genom
lengkap Rhodococcus sp. RHA1 memberikan wawasan menjadi lokomotif
katabolik. Proc. Natl. Acad. Sci. Amerika
Serikat 103: 15.582-15.587.
45. Mills, S., OE McAuliffe, A. Coffey, GF Fitzgerald, dan RP Ross. 2006.
Plasmid aksesoris lactococci-genetik atau kebutuhan genetik? Janin
Microbiol. Putaran. 30: 243-273.
46. Mitsuoka, T. 1969. Studi banding pada lactobacilli dari kotoran
manusia, babi dan ayam. Zentralbl. Bakteriol. 210: 32-51. (Di
Jerman.)
47. Mukai, T., K. Arihara, A. Ikeda, K. Nomura, F. Suzuki, dan H. Ohori. 2003.
kitasatonis Lactobacillus sp. November, dari usus ayam. Int. J. Syst. Evol. Microbiol.
53: 2055-2059.
48. Muriana, PM, dan TR Klaenhammer. 1987. Transfer suami-istri dari
Plas- pertengahan dikodekan penentu untuk produksi bakteriosin dan
kekebalan di Lac- tobacillus acidophilus 88. Appl. Mengepung. Microbiol. 53:
553-560.
49. O'Driscoll, J., F. Glynn, GF Fitzgerald, dan D. van Sinderen. 2006.
Ketahanan analisis sekuen plasmid pNP40 lactococcal: a replicon mobile
untuk mengatasi bahaya lingkungan. J. Bacteriol. 188: 6629-6639.
50. Pridmore, RD, B. Berger, F. Desiere, D. Vilanova, C. Barretto, AC
Pittet,
MC Zwahlen, M. ROUVET, E. Altermann, R. Barrangou, B. Mollet, A. Mercenier, T.
Klaenhammer, F. Arigoni, dan MA Schell. 2004. ge- nome urutan bakteri usus probiotik Lactobacillus
johnsonii
NCC 533. Proc. Natl. Acad. Sci. Amerika Serikat 101: 2512-2517.
51. Ravin, N., dan D. Lane. 1999. Pemisahan plasmid linier N15: interaksi
fungsi partisi N15 dengan suap lokus dari plasmid F. J. Bacteriol. 181:
6898-6906.
52. Ravin, V., N. Ravin, S. Casjens, ME Ford, GF Hatfull, dan RW
Hendrix. 2000. urut Genomic dan analisis bakteriofag beriklim atipikal N15. J. Mol. Biol. 299: 53-73.
70. Wang, TT, dan BH Lee. 1997. Plasmid di Lactobacillus. Crit. Putaran.
53. ROGOSA, M., RF Wiseman, JA Mitchell, MN Disraely, dan AJ Beaman.
diferensiasi 1953. Spesies lactobacilli lisan dari manusia termasuk tion deskripsi
dari Lactobacillus salivarius November spec dan Lactobacillus cellobiosus November
spec. J. Bacteriol. 65: 681-699.
55. Roos, S., F. Karner, L. Axelsson, dan H. Jonsson. 2000. Lactobacillus mu-
cosae sp. November, sebuah spesies baru dengan aktivitas in vitro lendir
mengikat diisolasi dari babi usus. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50: 251-258.
56. Roussel, Y., C. Colmin, JM Simonet, dan B. Decaris. 1993. Saring
karakteristiknya terization, ukuran genom dan konten plasmid dalam
Lactobacillus acidophilus
kelompok (Hansen dan Mocquot). J. Appl. Bacteriol. 74: 549-556.
57. Sanders, ME 1993. Pengaruh konsumsi budaya laktat pada kesehatan
manusia, p. 67-130. Di JE Kinsella (ed.), Kemajuan dalam penelitian gizi
manusia. Academic Press, San Diego, CA.
58.Sanders, ME 1993. Ringkasan kesimpulan dari panel konsensus para ahli
atribut kesehatan budaya laktat: signifikansi dari fl produk susu cairan yang
mengandung budaya. J. Dairy Sci. 76: 1819-1828.
59. Sanders, ME, dan TR Klaenhammer. 2001. ilmiah dasar Lac-
tobacillus acidophilus fungsi NCFM sebagai probiotik. J. Dairy Sci. 84:
319-331.
60. Satokari, RM, EE Vaughan, H. Smidt, M. Saarela, J. Matto, dan WM
de Vos. 2003. Molekuler pendekatan untuk deteksi dan identifikasi dari
bi fi dobacteria dan lactobacilli dalam sistem pencernaan. Syst. Appl.
Microbiol. 26: 572-584.
61. Shareck, J., Y. Choi, B. Lee, dan CB Miguez. 2004. vektor Kloning
berdasarkan plasmid samar diisolasi dari bakteri asam laktat:
karakteristik dan potensi aplikasi di bidang bioteknologi. Crit. Rev.
Biotechnol. 24: 155-
208.
62. Siezen, RJ, B. Renckens, I. van Berenang, S. Peters, R. van Kranenburg, M.
Kleerebezem, dan WM de Vos. 2005. urutan lengkap dari empat plasmid dari
Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11 mengungkapkan adaptasi yang luas
23
terhadap lingkungan susu. Appl. Mengepung. Microbiol. 71: 8371-8382.
Oktob
63. Stiles, ME 1996. Biopreservation oleh bakteri asam laktat.
Antonie Leeu- wenhoek 70: 331-345.
64.Tannock, GW, K. Munro, HJ Harmsen, GW Welling, J. Smart, dan
PK Gopal. 2000. Analisis fecal ora fl mikro dari subyek manusia con- suming produk
probiotik yang mengandung Lactobacillus rhamnosus DR20. Appl. Mengepung. tangga
Microbiol. 66: 2578-2588. l
65. Thornton, GM 1996. Bakteri probiotik: pemilihan Lactobacillus dan
Bi fi dobacterium strain dari sistem pencernaan yang sehat; acterisation char-
dari novel Lactobacillus-berasal protein antibakteri. Ph.D. tesis. University
College Cork, Cork, Irlandia.
pada
Biotechnol. 17: 227-272.
71. Woo, PC, AM Fung, SK Lau, dan KY Yuen. 2002. Identi fi kasi
oleh 16S rRNA sequencing gen dari Lactobacillus salivarius
bakteremik Titis cholecys-. J. Clin. Microbiol. 40: 265-267.