TOPIK

ENZIM dan KOENZIM-1

Pendahuluan

Klasifikasi enzim

Dasar dan Mekanisme kerja enzim

I NYOMAN SUARSANA
Kinetika Reaksi Enzimatis
LOGO
Faktor yang mempengaruhi reaksi enzimatis

Regulasi aktivitas enzim

LABORATORIUM BIOKIMIA Kofaktor: koenzim, apoenzim, proenzim

FAKULTAS KEDOKERAN HEWAN
Fungsi Biomedis Enzim
1 Company Logo
2

Tujuan pembelajaran PENDAHULUAN

Mengetahui klasifikasi, dan tata nama 1. Sel sebagai reaktor kimia

enzim
2. Distribusi enzim dan struktur sel
Mengetahui mekanisme dan dasar
kerja enzim 3. Enzim ekstrasel dan intrasel
Mengetahui faktor-faktor yang 4. Perkembangan pengetahuan tentang
mempengaruhi kerja enzim enzim
Mengetahui hambatan kerja enzim 5. Enzim dan penyakit
Mengetahui peran enzim dalam
diagnosis penyakit

3 Company Logo 4 Company Logo

1
 Sel sebagai reaktor kimia Sel sebagai reaktor kimia

Sel makhluk hidup dengan ukuran sangat

kecil dipandang sebagai reaktor kimia
Sel pusat metabolisme energi
Dalam sel reaksi berjalan tidak secara acak,
tetapi sangat terarah
Eukariotik
Dalam sel terdapat suatu mekanisme dengan
berbagai subsistem yang bekerja secara KHAS
(SPESIFIK) yang memungkinkan makhluk hidup
menghasilkan senyawa (produk) dengan
berbagai tingkat kerumitan struktur molekul

Prokariotik
5 Company Logo 6 Company Logo

Distribusi enzim dan struktur sel

Sel menjalankan ratusan bahkan ribuan Lisosom: enzim yang mengkatalis reaksi
macam reaksi sekaligus hidrolisis (ribonuklease, asam foafatase)
Dengan teknik histokimia, sitokima, Inti sel: enzim yang berperan dalam
fraksinasi sel: diketahui distribusi dan biosintesis asam nukleat (DNA, RNA)
lokasi berbagai enzim dalam sel.
Mitokondria: enzim yang berhubungan Sitoplasma: enzim glikolisis, glukonegenesis,
dengan reaksi oksidasi-reduksi sintesis asam lemak,
Siklus Krebs Ribosom: enzim biosintesis protein
Oksidasi lemak Retikulum endoplasma: enzim sintesis lipid,
Katabolisme asam amino sintesis steroid
Fosforilasi oksidatif
Membran plasma: enzim ATPase (sistem
Transport elektron
tranpor bergantung energi), transpor Na+, K+
7 Company Logo 8 Company Logo

2
 Perkembangn Pengetahuan tentang
Enzim ekstrasel dan intrasel enzim

Sel dipandang sebagai reaktor kimia, maka Manusia telah lama mengenal enzim: dalam
enzim berada dan bekerja menjalankan bentuk pengetahuan praktis empiris dan
fungsinya di dalam sel disebarkan secara tradisional
Kesalah pahaman: dengan menganggap enzim Mengolah bahan makanan dengan enzim
terdapat dan bekerja diluar sel dan pada
umumnya yang dimaksud adalah enzim plasma Kebiasaan membuat minuman yang diragikan
Keperluan diagnosis: diukur enzim plasma, Pengolahan susu menjadi: yoghurt, koumis,
serum. kefir, keju dll.
Enzim ekstrasel Pembuatana tape, tempe
Penelitian: enzim-enzim pencernaan
Yang pasti enzim ekstrasel dan intrasel:
keduanya disintesis oleh sel di dalam sel
9 Company Logo 10 Company Logo

Enzim berperan dalam proses pencernaan Karakteristik dan sifat kimia dari enzim
Rumur (1963-1727) Perancis:
melakukan percobaan pemberian daging yang dimasukan
Awalnya diantara peneliti enzim,
dalam bola-bola kecil pada burung elang. menggolongkan bahan ini kedalam PROTEIN
Spallanzani (1729-1799) Itali: ditentang keras.
melakukan percobaan pemberian daging yang dimasukan
dalam tabung kayu yang dilapisi kain Pekelharing dan Ringer (1900):
Pengambilan cairan lambung, dan dicobakan ternyata dapat Banyak kesamaan antara enzim dan protein
melumatkan daging
(protein getah lambung dengan pepsin mempunyai
William Beaumont (1785-1853) AS: sifat-sifat sama)
Melaporkan secara rinci proses pencernaan pada lambung
manusia yang intinya sama dengan yang diamati pada Summer (1926)
burung elang
Kristal, sifat fisikokimia enzim urease sama dengan
Pengamatan dilakukan pada lambung manusia penjelajah
Alexis St. Martin, yang mengalami luka terbuka pada protein
perutnya
11 Company Logo 12 Company Logo

3
 Enzim dan Penyakit

Kunitz,Herriots, Anson dan Northrop (1931): Kalangan kedokteran dan kedokteran

Berhasil mengkristalkan pepsin yang sama hewan: memanfaatkan pengetahuan
dengan peneliti Summer. enzim untuk tujuan DIAGNOSIS dan
Enzim adalah PROTEIN, telah diterima secara PENGOBATAN
luas dan tidak ada lagi pertanyaan
Wolgemuth (1908):
Emil Fischer (1894):
Enzim amilase dalam urine, meningkat jumlahnya
Sudah meneliti spesifisitas kerja enzim (meskipun pada radang pankreas
sifat kimia enzim sbg protein belum diakuai). Hasil
gagasanya dikenal sebagai: MODEL KUNCI DAN Kay, Kings, Bodansky dan Roberts (1920-
ANAK KUNCI (Lock and Key) 930):
Michaelis dan Menten (1913) Enzim fosfatase alkali, penyakit hati
Pengetahuan tentang kinetika reaksi enzimatik: LaDue, Wroblewski dan Karmen (1955):
yang dikenal dengan persamaan Michaelis- Enzim SGOT
Menten
13 Company Logo 14 Company Logo

KLASIFIKASI ENZIM There are six functional classes of enzymes

Penggolongan dan tata nama enzim

1.Tata nama berdasarkan substrat
Jika dikatalis adalah glukosa: enzim glukase
2.Tata nama berdasarkan jenis ikatan kimia substrat
Jika dikatalis ikatan peptida: enzim peptidase
Jika dikatalis ikatan ester: enzim esterease
Jika dikatalis ikatan nukleotida: enzim nukleotidase
3.Tata nama berdasarkan jenis reaksi
Untuk mengoksidasi glukosa: enzim glukosa oksidase
Enzim yang mengkatalis pemindah gugus dinamai :
tranferase, contoh untuk memindahkan gugus NH2: enzim
lebih khas dinamai: enzim amino transferase
15 Company Logo 16 Company Logo

4
Komisi International Union of Bhiocemistry 2.Transferase: mengkatalis pemindahan suatu
(IUB), mengklasifikasikan enzim menjadi 6 gugus yang bukan H antara substrat dengan
kelas, didasarkan pada reaksi biokimia yang senyawa penerima gugus, seperti:
dikatalisnya:
-gugus beratom C 1
1. Oksidoreduktase: mengkatalis reaksi
-gugus aldehid dan keton
oksidasi-reduksi
-gugus asil
Yang termasuk enzim ini dengan nama
trivial: -gugus alkil
-dehidrogenase -reduktase -gugus nitrogen
-oksidase -hidroksilase -gugus mengandung fosfat
-peroksidase -oksigenase -gugus mengandung sulfur
17 Company Logo 18 Company Logo

Yang termasuk enzim transferase: 3. Hidrolase: mengkatalis reaksi hidrolisis yaitu

a. amino transferase pemutusan ikatan kovalen antara karbon
b. asil karnitin transferase dengan atom lainnya dengan penambahan
air.
c. transkarboksilase
Yang termasuk enzim ini:
d. transaldolase dan transketolase
a. esterase
e. glukokinase
b. amidase
f. piruvatkinase
c. peptidase
d. fosfatase
e. glikosidase

19 Company Logo 20 Company Logo

5
4. Liase: mengkatalis reaksi pemecahan
karbon-karbon, karbon-sulfur, dan karbon- 5. Isomerase: mengkatalis reaksi isomer, baik
nitrogen isomer optik, geometrik maupun isomer
Yang termasuk enzim ini: posisi.
a. dekarboksilase Yang termasuk enzim ini:
b. aldolase a. epimerase
c. sintase b. rasemase
d. hidrase atau dehidratase c. mutase
e. deaminase d. isomerase
f. nukleotida siklase
21 Company Logo 22 Company Logo

DASAR DAN MEKANISME KERJA ENZIM

Enzim sebagai protein katalis

6. Ligase: mengkatalis pembentukan ikatan Dixon dan Webb, mendefinisikan enzim
antara C-C, C-S, C-N dan C-O. Reaksi ini sebagai suatu protein bersifat katalis. Definisi
perlu energi ATP ini disebabkan oleh kemampuannya untuk
Yang termasuk enzim ini: mengaktifkan senyawa lain secara spesifik.
a. sintetase
b.karboksilase Definisi lain: enzim adalah suatu katalisator
protein yang mempercepat reaksi kimia dalam
sistem biologis.

23 Company Logo 24 Company Logo

6
Kata kunci definisi enzim:
1. Aktif Interaksi yang spesifik dari enzim dengan
2. Katalis suatu molekul tertentu dan menyebabkan
3. Protein pengaktifan molekul tersebut selanjutnya
4. Spesifik mengakibatkan perubahan struktur sehingga
Penjelasan: menimbulkan gagasan akan substrat.
Protein: semua enzim memiliki ciri dan sifat protein Substrat didefinisikan sebagai senyawa yang
Katalis: selain mempunyai kemampuan mengubah dikenali secara spesifik oleh enzim dan
suatu senyawa, juga kemampuan membawa atau selanjutnya diaktifkan sehingga mengalami
memindahkan suatu senyawa dari suatu keadaan ke
perubahan kimia
keadaan lain dengan cara yang sesifik

25 Company Logo 26 Company Logo

Chymotrypsin Has A Site for Specificity

Aktif: mengingat demikian spesifik interaksi O O

antara substrat dan enzim, maka bagian NCCNCC NCCNCC
tersebut dinamai sebagai situs aktif (active
site) atau lebih tepat lagi situs katalitik R H R
(catalytic site) O-
C
Pertanyaanya: apakah ada senyawa spesifik
yang dikenali oleh enzim tetapi tidak dapat Ser
Specificity
diolah lebih lanjut sehingga senyawa tersebut Catalytic Site
Site
tidak mengalami perubahan? [INHIBITOR]
Substrat atau inbitor: dapat menempati situs Active Site
aktif enzim
27 Company Logo 28 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics

7
 Specificity of Ser-Protease Family
Trypsin Chymotrypsin Elastase
Karena enzim adalah protein maka kemampuan
cut at Lys, Arg cut at Trp, Phe, Tyr cut at Ala, Gly mengkatalis suatu reaksi erat hubungannya
O O
dengan struktur molekul protein tersebut
O O O O
CNCCN
CNCCN CNCCN 1. Tempat aktif
C
C Teori Interaksi antara enzim-
C CH3
substrat dikenal sebagai Lock
C and Key
Deep and negatively
charged pocket

C Shallow and Pada teori ini, substrat yang

NH3 non-polar spesifik terikat pada daerah
+ pocket spesifik di molekul enzim.
Daerah ini disebut: TEMPAT

Juang RH (2004) BCbasics

COO- Non-polar
pocket AKTIF, yaitu suatu tempat
C yang terdapat dalam enzim
Asp yang secara spesifik dapat
mengenali dan mengikat
Active Site Company Logo
substrat Company Logo
29 30

Lock and Key Analogy:

lock = enzyme, key = substrate.
MODEL KUNCI dan ANAK KUNCI (LOCK-and KEY MODEL)
KERJA ENZIM:
Tempat aktif mempunyai bentuk yang rigid
Hanya substrat yang spesifik yang matching dengan
tempat aktif
Substrat sebagai anak kunci (KEY) yang matching
dengan enzim sebagai kunci (LOCK)

31 Company Logo 32 Company Logo

8
 Charge Relay in Active Site
H
O
C

=
CO - HN N HOCH2 Ser
195
Tempat aktif suatu enzim dibentuk oleh residu C C

Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.158
Asp 102 H
asam amino yang mempunyai 2 fungsi: CH2
1.Menarik dan mengorientasikan substrat kepada
His 57
gugus spesifik pada molekul substrat yang disebut
GUGUS KONTAK dengan cara yang spesifik pula

2.Ikut membentuk ikatan sementara dengan molekul H Active Ser

substrat, yang selanjutnya terjadi polarisasi dan O
terjadi regangan pada ikatan di dalam molekul C

=
COH N NH - OCH Ser
2
substrat sehingga mudah dipecah dan 195
C C
menghasilkan PRODUK. Asp 102 H
CH2
asam amino yang bertindak demikian yang terletak
pada tempat aktif disebut: RESIDU KATALIK His 57

33 Company Logo 34 Company Logo

Active Site Stabilizes Transition State

Gly 193
Catalytic Triad
Ser 195 Asp 194
Pada umumnya terdapat 2 mekanisme
kerja enzim mempengaruhi reaksi katalisis
Met 192
Adapted from Dressler & Potter (1991) Discovering Enzymes, p.197

1.enzim meningkatkan kemungkinan molekul-

His 57
Active Site molekul yang bereaksi saling bertemu dengan
Asp 102 Cys 191 permukaan yang saling berorientasi.
Thr 219
Cys 220
Hal ini terjadi karena enzim mempunyai
Specificity Site afinitas yang tinggi terhadap substrat dan
Ser 214

Trp 215 kemampuan mengikatnya walaupun

Gly 216 Ser 218
sementara
Ser 217

35 Company Logo 36 Company Logo

9

2. Pembentukan ikatan yang sementara (non
kovalen) antara substrat dengan enzim
menimbulkan penyebaran elektron dalam
molekul substrat dan penyebaran ini
menyebabkan suatu regangan pada ikatan
kovalen spesifik dalam molekul substrat
sehingga ikatan kovalen tersebut menjadi
mudah pecah
37
Reaksi enzimatis adalah reaksi terarah yang
dapat digambarkan dalam urutan sbb.
1.terjadi mendekatnya gugus-gugus aktif dari
kedua belah pihak,
2.terjadi pengkiblatan yang tepat dari elektron
orbit gugus-gugus aktif,
3. jika 1 dan 2 tercapai, maka substrat
diregang, disusul dengan transaksi proton
sehingga terbentuklah senyawa baru
[PRODUK], yang dilepaskan enzim. Enzim
kembali kekeadaan semula dan dapat
memulai lagi pekerjaanya.
Company Logo 38 Company Logo

Concerted Mechanism of Catalysis Non-Enzyme Catalytic Mechanisms

Carboxypeptidase A

Active (248)
(270)
site Tyr Secara umum proses katalis bukan
Glu 3 4
pocket O-
ACTIVE Site for enzim dapat dikelompokan ke dalam
COO - H SITE specificity
H Katalisis oleh asam-basa (Acid-base
+ H O- catalysis).
C N R 5 Katalisis kovalen (Covalent catalysis)
N C C
2 Katalisis ion logam (Metal ion catalysis)
Substrate O- Katalisis elektrostatis (Electrostatic catalysis)
Juang RH (2004) BCbasics

peptide 1 + COO - +Arg (145)

chain His Zn Glu C-terminus
(196) (72)
His (69) Check for
C-terminal Company Logo Company Logo
39 40

10
 Acid-Base Catalysis

Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.252
Katalisis asam-basa: asam-basa mempunyai
kemampuan katalisis dengan memberi

Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.167
elektron (asam) dan menerima elektron Specific Induced to transition state
(basa) Acid-base
Katalisis logam-elektrostatis: katalisis Catalysis + Acid
catalysis
+
N N
seringkali melibatkan logam bekerja sama O H H
membentuk ikatan elektrostatis O

=
C H O O

=
Katalisis kovalen:katalisis mellaui + C H

=
=
N C Both
H H C H N C C H
pembentukan ikatan kovalen sementara N C H H N C
H O H O H
antara substrat dengan melekul katalis (ada - O H H H H H
gugus cenderung memberikan elektron ke O H H
gugud lain) H H O - O O - O
Base C C
catalysis
41 Company Logo Slow Fast 42 Fast Very Fast
Company Logo

KINETIKA REAKSI ENZIM

Dalam mengkatalis suatu reaksi, Ketiga fase tersebut dapat ditulis dengan
diasumsikan enzim berikatan lebih dulu persamaan reaksi:
dengan susbtrat. Akibat ikatan ini
terbentuklah apa yang dinamai: k1 k
KOMPLEKS ENZIM-SUBSTRAT. E+S ES (v 3) E + P
Reaksi ini dapat terdiri dari beberapa fase: k2 o
Pembentukan kompleks substrat (ES),
dimana E=enzim, S=substrat
Modifikasi dari substrat membentuk produk [ES] [E] [P]
(P), yang masih terikat enzim (EP) k1 = k3 =
Pelepasan produk dari molekul enzim
[E] [S] [ES]
43 Company Logo 44 Company Logo

11
 Enzyme Kinetics

Increase Substrate Concentration

0 1 2 3 4 5 6 7 8
S

Enzyme activity
Student A +
80 E
Score

Student B 60
P

Product
Student C

(in a fixed period of time)

40

0 1 2 3 4 0 1 2 3 4 20
Exam Chapters Substrate concentration
0
Meningkatnya konsentrasi enzim, 0 2 4 6 8
perubahan aktivitas enzim Substrate (mole)
45 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics 46 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics

Essential of Enzyme Kinetics Constant ES Concentration at Steady State

Steady State Theory

S
P

Concentration
E +S ES E +P
ES
E

Reaction Time
47 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics 48 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics

12
 An Example for Enzyme Kinetics (Invertase) A Real Example for Enzyme Kinetics
Substrate Product Velocity Double reciprocal

Data
1) Use predefined amount of Enzyme E [S] Absorbance v (mole/min) 1/S 1/v
no
2) Add substrate in various concentrations S (x ) 1 0.25 0.21 0.42 4 2.08
3) Measure Product in fixed Time (P/t) vo (y ) 2 0.50 0.36 0.72 2 1.56
3 1.0 0.40 0.80 1 1.35
4) (x, y) plot get hyperbolic curve, estimate Vmax
4 2.0 0.46 0.92 0.5 1.16
5) When y = 1/2 Vmax calculate x ([S]) Km (1) The product was measured by spectroscopy at 600 nm for 0.05 per mole
(2) Reaction time was 10 min
Vmax
1

Double reciprocal
1.0 2.0

Direct plot
vo vo v 1/v 1.0
1/2 1.0

Juang RH (2004) BCbasics

Juang RH (2004) BCbasics

0.5
-1 -3.8
Km 1
Vmax 0
0
-4 -2 0 2 4
Double reciprocal 1/S Km Direct plot S 0 1 2
[S] 1/[S]
49 Company Logo 50 Company Logo

Enzyme Kinetics
Direct plot Significance
kcat /Km V [S] zero order
Enzymes vo= max
Km + [S] 1st order
k1 V [S] kcat
v = max
k2 Observe vo change
S E S E P E3
Km + [S] Turn over under various [S],
E2
k-1 number resulted plots
E1
yield Vmax and Km
20 5

15
-Km, Vmax
4 k3 [Et] Vmax & Km
10 Competitive
v, mol/min

v, mol/min

3 0.5Vmax Activity Unit Maximum Affinity with Double reciprocal

5
1 mole velocity substrate

Inhibition
2
0 min
Non-competitive
-5 1
Specific Activity Bi-substrate reaction also
-10 0
unit Activity follows M-M equation, but
-50 -30 -10 10 30 50 0 10 20 30 40 50
mg one of the substrate should
[S], mM [S], mM be saturated when estimate Uncompetitive
Eric Niederhoffer
the other
SIU-SOM
51 Company Logo 52 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics

13
 Significance of Enzyme Kinetics Km: Affinity with Substrate
v0 = Vmax K = k3 [Et] K

Obtain Vmax and Km Vmax [S] Vmax

V [S] vo = If vo =
vo = max Km + [S] 2
Km + [S]
When using different substrate Vmax Vmax [S]
Vmax =

enzyme concentration
zero order S2 2 Km + [S]

Proportional to
E3 S1 S3
1/2
E2
Km + [S] = 2 [S]

Juang RH (2004) BCbasics

1st order E1
S1 S2 S3
[S] = Low High [S] = Fixed concentration Km = [S]
Km Affinity changes
53 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics 54 Company Logo

Km: Hexokinase Example Turn Over Number, kcat

Glucose + ATP Glc-6-P + ADP k1 k

Glucose Allose Mannose Substrate
E+S ES (v 3) E + P
number k2 o
1 CHO CHO CHO
2 H-C-OH H-C-OH HO-C-H When substrate excess, k3 = kcat, turn over number (t.o.n)
3 HO-C-H H-C-OH HO-C-H
4 H-C-OH H-C-OH H-C-OH When [substrate] is low (IV) Second order
5 H-C-OH H-C-OH H-C-OH
6 H2-C-OH H2-C-OH H2-C-OH Vmax [S] k [E][S] k3
vo = = 3 = [E][S]
Km + [S] Km + [S] Km
Km = 8 8,000 5 M Start from M-M eq. Omit the [substrate] Substrate specificity
55 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics 56 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics

14
 Turn Over Numbers of Enzymes Chymotrypsin Has Distinct kcat /Km to Different Substrates

O R O
Enzymes Substrate

=

kcat (s-1) H3CCNCCOCH3

Catalase H2O2 40,000,000 H H

Carbonic anhydrase HCO3- 400,000 R= kcat / Km

Acetylcholinesterase Acetylcholine 140,000 Glycine H 1.3 10-1
-Lactamase Benzylpenicillin 2,000 Norvaline CH2CH2CH3 3.6 102
Fumarase Fumarate 800
Norleucine CH2CH2CH2CH3 3.0 103
RecA protein (ATPase) ATP 0.4
Phenylalanine CH2 1.0 105
The number of product transformed from substrate
by one enzyme molecule in one second (M-1 s-1)
Adapted from Nelson &57 Company Logo
Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.263 58 Company Logo
Adapted from Mathews et al (2000) Biochemistry (3e) p.379

Enzyme Activity Unit

S P mole
Product [P]

t
vo = [P] / min Slope
tan suarsana65@yahoo.com

LOGO

Unit = mole/min 0 10 20 30 40
Reaction time (min)
Juang RH (2004) BCbasics

Specific Activity Units y

Activity = Protein (mg)
y
= tan
x x
Company Logo 60
59

15