BUKU MODUL TUTOR

BLOK ELEKTIF

DIAGNOSTIK MOLEKULER

Oleh

ERMA SULISTYANINGSIH
DINI AGUSTINA
BAGUS HERMANSYAH
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS JEMBER
2015

2
 PENGANTAR

Alhamdulillahirobbilalamin, puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, modul

blok diagnostik molekuler ini dapat diselesaikan tepat waktu. Blok ini merupakan blok
elektif dalam Kurikulum Pendidikan Dokter di Fakultas Kedokteran Universitas Jember.
Pada blok ini peserta didik belajar menyiapkan diri sebagai seorang mahasiswa kedokteran
dan calon dokter, bagaimana membangun suatu pemahaman yang komprehensif tentang
diagnostik molekuler sebagai dasar ilmu kedokteran, untuk menunjang karirnya di masa
depan, baik dalam praktek sebagai dokter maupun dalam menekuni jenjang pendidikan yang
lebih lanjut.

Dalam modul ini terdapat empat skenario sebagai trigger dalam diskusi tutorial yang
diselesaikan dalam waktu empat minggu dan dilanjutkan dengan minggu kelima untuk ujian.
Modul ini dilaksanakan menggunakan strategi PBL, dengan diskusi tutorial sebagai model
dari seluruh kegiatan. Kegiatan belajar yang lain meliputi kuliah, praktikum dan skills
laboratorium dilaksanakan untuk menunjang pencapaian tujuan pembelajaran. Setelah
menyelesaikan modul ini diharapkan peserta didik telah siap menjalani seluruh rangkaian
pendidikan dokter yang lebih tinggi.

Terima kasih kami ucapkan kepada narasumber, sejawat, dan seluruh pihak yang
terlibat dalam penyusunan modul ini. Semoga modul ini dapat dilaksanakan sesuai tujuan
yang diharapkan, bermanfaat bagi kemajuan pendidikan dokter di Indonesia pada umumnya,
dan juga keberhasilan pendidikan dokter di Fakultas Kedokteran Universitas Jember
khususnya, serta dapat digunakan secara maksimal oleh para staf pengajar dan mahasiswa
dalam melaksanakan kegiatan pembelajaran. Kritik dan saran untuk perbaikan sangat
diharapkan demi kesempurnaan modul ini.

Jember, September 2015

Tim Penyusun

3
 DAFTAR ISI

SAMPUL DALAM ............................................................................................................ 1

KATA PENGANTAR ........................................................................................................ 2
DAFTAR ISI ...................................................................................................................... 3
I. PENDAHULUAN .......................................................................................................... 4
1. Gambaran Umum Blok ............................................................................................ 4
2. Tujuan Umum Blok .................................................................................................. 4
3. Keterkaitan dengan Blok Lain ................................................................................ 4
4. Hasil Belajar Blok ..................................................................................................... 4
5. Dasar Pengetahuan ................................................................................................... 4
6. Praktikum Penunjang .............................................................................................. 5
7. Bagian yang Terlibat ................................................................................................. 5
8. Pohon Topik ............................................................................................................... 6
9. Prasyarat Blok ........................................................................................................... 7
10. Referensi Utama ........................................................................................................ 7
II. METODA BELAJAR .................................................................................................. 8
1. Diskusi Tutorial ............................................................................................................. 8
2. Kuliah ............................................................................................................................. 8
3. Praktikum ...................................................................................................................... 8
4. Belajar Mandiri.............................................................................................................. 8
5. Evaluasi........................................................................................................................... 9
III. JADWAL KEGIATAN ............................................................................................... 10
1. Jadwal Kegiatan ............................................................................................................ 10
2. Topik Kuliah .................................................................................................................. 12
3. Topik Praktikum ........................................................................................................... 12
IV. SKENARIO ................................................................................................................. 13
1. Skenario 1 .................................................................................................................. 13
2. Skenario 2 .................................................................................................................. 14
3. Skenario 3 .................................................................................................................. 15
4. Skenario 4 .................................................................................................................. 16
Handout 3 ................................................................................................

4
 I. PENDAHULUAN

1. Gambaran Umum Blok

Blok ini berisi tentang berbagai macam metode pemeriksaan yang bersifat molekuler.
Metode-metode tersebut seringkali digunakan dalam berbagai jenis penelitian terutama
yang mengarah pada diagnostik molekuler. Beberapa metode yang dapat dikuasai
meliputi isolasi DNA, PCR (Polymerase Chain Reaction), elektroforesis,
spektrofotometri, ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) dan IHC
(ImmunoHistochemistry).

2. Tujuan Umum Blok

Blok ini bertujuan membekali peserta didik untuk dapat memahami konsep pemahaman
awal, menanamkan pola berpikir peneliti yang kuat sekaligus melakukan metode
pemeriksaan yang bersifat molekuler, sehingga dapat bermanfaat saat melakukan suatu
riset/penelitian dan dalam praktek sebagai dokter, maupun dalam mempelajari /menekuni
jenjang pendidikan kedokteran lebih lanjut, serta menambah wawasan dan mampu
berkomunikasi secara ilmiah kedokteran.

3. Keterkaitan dengan blok lain

Blok ini berkaitan dengan blok 3-18 yang merupkan blok pendahulu dimana pada blok-
blok sebelumnya dipelajari konsep biologi dan molekuler sel, jaringan organ dan sistem
organ serta konsep-konsep imunologi yang merupakan dasar dalam mempelajari
diagnosis secara molekuler.

4. Hasil Belajar Blok

1. Mengidentifikasi relevansi prinsip ilmu dasar yang berhubungan dengan
diagnostik molekuler
2. Menjelaskan prinsip dan mampu melakukan isolasi protein dengan SDS PAGE
3. Menjelaskan prinsip dan mampu melakukan spektrofotometri
4. Menjelaskan prinsip dan mampu melakukan teknik preparasi dan isolasi DNA
5. Menjelaskan prinsip dan mampu melakukan PCR, visualisasi dan cara
pengukurannya
6. Menjelaskan prinsip dan mampu melakukan elektroforesis horisontal dan vertikal
7. Menjelaskan produksi antibodi poliklonal dan monoklonal

5
 8. Menjelaskan prinsip dan mampu melakukan teknik immunoassay (ELISA)
9. Menjelaskan prinsip immunostaining
10. Menjelaskan prinsip dan mampu melakukan teknik IHC

5. Dasar Pengetahuan
Untuk dapat menguasai kompetensi blok ini, peserta didik memerlukan dasar
pengetahuan yang dipelajari pada blok sebelumnya seperti:
1. Biologi selular dan molekular
2. Biokimia kedokteran
3. Protein dan asam nukleat
4. Imunologi dan imunologi infeksi
5. Patologi penyakit infeksi
Pengetahuan baru yang harus dikuasai untuk menunjang blok ini adalah:
1. Isolasi protein
2. Isolasi DNA
3. Produksi antibodi poliklonal dan monoklonal
4. Diagnostik molekuler

6. Praktikum/skillab Penunjang
1. isolasi protein
2. isolasi DNA
3. spektrofotometri
4. PCR
5. elektroforesis horisontal dan vertikal
6. ELISA
7. IHC

7. Bagian Yang terlibat

1. Mikrobiologi
2. Biokimia
3. Biologi Molekuler

6
8. Pohon Topik
 BLOK ELEKTIF
DIAGNOSTIK MOLEK
 DNA dan
PROTEIN
PCR ELISA IHC

Struktur dan fungsi protein

Isolasi DNA Produksi antibodi poliklonal dan monoklonal
Isolasi protein Immunostaining
Prinsip PCR Immunoassay
SDS-PAGE IHC
Prinsip elektroforesis
ELISA
Spektrofotometri

Skenario 2
Skenario 1 Skenario 3 Skenario 4
9. Prasyarat Blok
10. Sebelum mengikuti blok ini peserta didik telah mengikuti blok 1-18.
11.
12. Referensi Utama
1. Guyton AC, Hall John E: A Textbook Of Medical Physiology ,10th ed., EGC, Jakarta,
1997..
2. Murray et al, Biokimia Harper
3. Fundamental Immunology
4. Abbas, A.K., and Lichtman, A.H., 2003. Cellular and Molecular Immunology, fifth
edition. Saunders. Philadelphia
5. Key M. 2009. Immunohistochemical Staining Methods. 5thed. California. Dako
6. Nelson, D.L., and Cox, M.M., 2005. Lehninger; Principles of Biochemistry. 4th Edn.
W.H. Freeman and Company. New York.
7. Parslow, T.G., Stites, D.P., Terr, A.I., and Imboden, J.B., 2001. Medical
Immunology. 10thed. Mc Graw Hill. USA
8. Thomas and Rice. 1989. A novel dialysis procedure for the crystallization of protein.
Protein Eng. 2(6):489-491.
9. Fischbach FT. 2003. A Manual of Laboratory and Diagnostic Test. 7 th edition.
Lippincott Williams & Wilkins Publishers.
13.
14.
15.

16.

17.

18.
19.
20.
21.
22.
23.
24.
25.
26.
27.
II. METODA BELAJAR
 28.
29. Kurikulum berbasis kompetensi ini dilaksanakan dengan strategi belajar
berdasarkan paradigma baru pendidikan dokter yang dikenal dengan SPICES, dengan
strategi utama belajar berdasarkan masalah atau problem-based learning (PBL). Kegiatan
belajar dilaksanakan berdasarkan modul yang berisi skenario masalah yang menjadi trigger
atau pemicu dalam belajar dengan melalui diskusi tutorial. Informasi diperoleh melalui
belajar mandiri, kuliah, konsultasi pakar, dan praktikum. Informasi yang telah diperoleh
didiskusikan dalam kelompok sesuai jadwal dengan seorang fasilitator.
30.
31. 1. Diskusi Tutorial
32. Diskusi tutorial dalam kelompok beranggotakan 10-14 mahasiswa dan
dipandu oleh tutor yang bertugas sebagai fasilitator. Dalam berdiskusi mahasiswa
akan dihadapkan pada masalah dalam bentuk skenario modul sebagai trigger dalam
diskusi. Satu skenario modul diselesaikan dalam satu kali pertemuan.
33.
34. 2. Kuliah
35. Kuliah dilaksanakan untuk memperjelas konsep atau teori yang sulit
atau khusus sehingga membutuhkan pakar untuk meningkatkan pemahaman, Kuliah
dilaksanakan dalam bentuk konsultasi interaktif berdasarkan masalah. Kuliah dapat
diselenggarakan secara terjadwal, maupun atas permintaan mahasiswa bila
diperlukan.
36.
37. 3. Praktikum
38. Praktikum bertujuan meningkatkan atau memperjelas pemahaman
suatu materi serta menambah ketrampilan bekerja di laboratorium. Beberapa materi
akan lebih mudah dipahami dengan melakukan praktikum laboratorium sehingga
konsep atau teori menjadi lebih mudah.
39.
40. 4. Belajar Mandiri
41. Belajar mandiri dilaksanakan dalam rangka menggali informasi yang lebih
luas atau lebih dalam tentang suatu materi yang terkait dengan masalah yang sedang
dipelajari sehingga dapat memahami kasus secara interdisiplin ilmu.
42.
43.
 44. 5. Evaluasi
45. Evaluasi Blok dilaksanakan pada minggu ke lima dengan mempertimbangkan
proses selama mengikuti kegiatan belajar-mengajar, etika, dan penguasaan pengetahuan.
46. Dengan ketentuan pencapaian masing-masing komponen nilai tidak boleh
kurang dari 60 untuk dapat lulus blok. Bobot masing-masing komponen nilai adalah
sebagai berikut:
1. Portofolio : 45%
2. Ujian paktikum : 30%
3. Tutorial : 25%
47.
48. Nilai akhir blok berupa angka 0-100 dengan penjenjangan seperti matriks berikut:

50. H 51. N
U I
49. ANGK 52. KETERANG
R L
A AN
U A
F I
53. 80,00 -
54. A 55. 4 56. Sangat baik
100
57. 70,00 -
58. B 59. 3 60. Baik
79,99
61. 60,00 -
62. C 63. 2 64. Cukup
69,99
65. 50,00 -
66. D 67. 1 68. Kurang
59,99
69. 0 -
70. E 71. 0 72. Sangat kurang
49,99
73.
 74. JADWAL KEGIATAN BELAJAR BLOK ELEKTIF : DIAGNOSTIK MOLEKULER

75.

77. JA
76. MINGGU 78. SENIN 79. SELASA 80. RABU 81. KAMIS 82. JUMAT
M

86. 08.0 87. 88. 89. 90. 91. Kuliah 2

0-10.00

83. I 93. 10.0 94. 95. 96. Kuliah 1: 99. 100.

0-12.00 97. OVERVIEW
84. 14-18
September 2015 98. dr. Erma S
85.
102. 13.0 103. 104. 105. 106. Tutorial 1 109.
0-15.00 107. Skenario 1
108. dr. Dini A

110. II 112. 08.0 113. 114. 115. 116. 117.

111. 21 25 0-09.00
September 2015
119. 09.0 120. Kuliah 3 121. Kuliah 4 124. Kuliah 5
0-11.00

126. 11.0 127. 128. 129. 130. 131.

0-12.00
 133. 13.0 134. 135. 136. 137. Tutorial 2 139.
0-15.00 138. dr. Erma S

143. 08.0 144. 145. 146. 147. Kuliah 6 148.

0-10.00
140. III
141. 28 150. 10.0 151. 152. 153. Praktikum 1 155. 156.
September 2 0-12.00 154. Topik 1, 4 &
Oktober 2015
5
142.
158. 13.0 159. 160. 161. 162. Tutorial 3 164.
0-15.00 163. dr. Bagus H

167. 08.0 168. Kuliah 7 169. Kuliah 8 170. 171. 172. Kuliah 9
0-10.00

165. IV 174. 10.0 175. 176. 177. Praktikum 2 179. 180.

166. 5 - 9 0-12.00 178. Topik 3 & 4
Oktober 2015

182. 13.0 183. 184. 185. 186. Tutorial 4 188.

0-15.00 187. dr. Bagus H

189. V 191. 08.0 192. UJIAN 193. UJIAN 194. UJIA 195. UJIAN 196. UJIAN
190. 5- 0-10.00 N
9 Oktober
 2015

197. VI 199. 09.0 200. REMEDI 201. REMEDIASI 202. REMEDIASI 203. REMEDIA 204. REMEDI
198. 12 16 0-11.00 ASI SI ASI
Oktober 2015
 205. 2. Topik Kuliah
1. Overview (dr Erma)
2. Isolasi protein, SDS-PAGE dan Spektrofotometri (dr. Dini Agustina)
3. Isolasi DNA dan purifikasi DNA (dr Erma)
4. PCR (dr Erma)
5. Visualisasi dan Elektroforesis horisontal (dr Erma)
6. Produksi antibodi poliklonal dan monoklonal (dr Bagus)
7. ELISA (dr Bagus)
8. Immunostaining (dr Dini)
9. IHC (dr Dini)
206.
207. 3. Topik Praktikum/skillab lab Biomol
1. a. Isolasi protein dan SDS PAGE, Spektrofotometri (dr Dini),
208. b. IHC (dr Dini)
209. c. ELISA (dr Bagus),
2. a. Isolasi DNA dan purifikasi DNA (dr Erma)
210. b. PCR dan Elektroforesis horisontal (dr Erma)
211.
212.
213.
214.
215.
216.
217.
218.
219.
220.
221.
222.
223.
224.
225.
226.
227.
228.
229.
230.
231.
232.
233.
234.
235.
236.
237.
238.
239.
240.
241.
242.
 243. SKENARIO 1
244. PROTEIN
245.
246. ibu membawa anaknya yang berusia 2 bulan ke posyandu. Sampai disana
Seorang
247. posyandu menyarankan untuk dilakukan imunisasi DPT 1 pada anaknya.
petugas
248. tersebut menjelaskan bahwa imunisasi ini dilakukan untuk pencegahan suatu
Petugas
249.
penyakit. Imunisasi ini menggunakan vaksin yang berbeda-beda tiap penyakit. Vaksin ini
250. dibuat dari bakteri hidup yang dilemahkan, dimatikan atau dari protein
dapat
251.
imunogeniknya yang dipisahkan sehingga diharapkan dapat mengaktifkan sistem
252.
imunitas.
253.
254.
255.
256.
257. SKENARIO 2
258. PCR
259.
260.
Seringkali kita dengar berita di TV tentang kejahatan pemerkosaan atau pembunuhan
261.
yang akhirnya bisa terungkap penjahatnya hanya dari sehelai rambut pelaku di TKP atau
262. sperma yang mengering di tubuh korban. Bagaimana hal tersebut dapat
tetesan
263.
dilakukan, padahal bahan yang dianalisis jumlahnya hanya sedikit? Ajaib. Ternyata itu
264. tidak lepas dari peran suatu metode yang mampu menggandakan/replikasi DNA
semua
265. disebut dengan PCR.
yang
266.
267.
268.
 269. SKENARIO 3
270. ELISA
271.
272.
HIV adalah penyakit yang masih menjadi momok bagi siapa saja saat ini. Deteksi untuk
273.
penyakit ini sudah sangat berkembang, salah satunya adalah dengan menggunakan teknik
274.
biokimia untuk mendeteksi antigen dan antibody dengan peran suatu enzim tertentu.
275.
Metode yang dapat digunakan tersebut dikenal dengan immunoassay. Selain dapat
276.
digunakan untuk bidang medis terutama imunologi, metode ini juga dapat digunakan di
277.
bidang industri makanan untuk mendeteksi alergen potensial serta toksikologi obat.
278.
279.
280.
 281.
282. SKENARIO 4
283. IHC
284.
285.
Seorang perempuan berusia 45 tahun mengeluh benjolan di payudara kanan. Setelah
286.
dilakukan pemeriksaan fisik, dokter kemudian menganjurkan untuk dilakukan
287.
pemeriksaan penunjang berupa pemeriksaan histopatologis dan immunostaining. Dari
288.
hasil pemeriksaan tersebut didapatkan hasil grading histologis, jumlah kelenjar limfe
289.
yang positif, LVI (lympho vascular invasion) dan ER+ and/or PR+, HER2-, low Ki67.
290.
Hasil pemeriksaan tersebut dapat digunakan memperkirakan sifat dan prilaku tumor
291.
serta tindakan dan terapi yang akan dilakukan.
292.
293.
294.