REPLIKASI DNA

Replikasi adalah sintesis perbanyakan bahan genetik, yang menghasilkan senyawa baru yang mirip
dengan dirinya.
Replikasi DNA terjadi secara semikonservatif . Hal ini menyebabkan DNA baru membawa informasi
yang persis sama dengan DNA induk/cetakan

Model dan persyaratan terjadinya replikasi DNA

1. Replikasi mensyaratkan situs awal
2. Replikasi memerlukan utas ganda
3. Replikasi DNA mengikuti pola semikonservatif
4. Sintesis DNA mempunyai arah pertumbuhan 53
5. Replikasi berjalan secara bertahap

Replikasi
Dalam proses replikasi terjadi dua proses:
1. Pengudaraan heliks ganda menjadi utasan tunggal dan membentuk percabangan replikasi
dan
2. sintesis rantai baru dengan menggunakan utusan tunggal sebagai model yang sekaligus
menjadikan utusan tunggal tersebut menjadi helik ganda yang utuh
Replikasi DNA melibatkan :
1. Helikase DNA : enzim yang berfungsi membuka jalinan DNA double heliks
2. Girase berfungsi untuk menghilangkan tegangan pada superheliks positif dengan cara
membuka pilinan ke arah negatif struktur superhelik positif.
3. Protein pelindung utas tunggal (PPUT) Single strand DNA-binding proteinberfungsi
melindungi utas tunggal DNA dari kemungkinan berpasangan kembali dengan utas pasangannya
membentuk heliks ganda, melindungi DNA utas tunggal dari serangan berbagai nuklease, dan
menghalangi terjadinya transkripsi.

Polimerase DNA yaitu enzim yang berfungsi memperpanjang nukleotida-nukleotida

Ligase DNA yaitu enzim yang berperan menyambung DNA utas lagging
Primase DNA : enzim yang digunakan untuk memulai polimerisasi DNA pada lagging strand

Replikasi
Replikasi DNA pada cetakan 3 5 terjadi seutas demi seutas dengan arah 5 3 Replikasi berjalan
meninggalkan replication fork.
Utas-utas pendek tersebut dihubungkan oleh enzim ligase DNA.
Terdapat utas DNA yang disintesis secara kontinu disebut utas utama atau leading strand.
Sedangkan utas DNA baru yang disintesis pendek-pendek seutas-demi seutas disebut utas lambat
atau lagging strand.

Garpu replikasi/Growing Fork:

1. Leading strand: sintesis DNA terjadi secara kontinu
2. Lagging strand: sintesis DNA terjadi melalui pembentukan utas-utas pendek

Replikasi dimulai dari tempat-tempat spesifik, yang menyebabkan kedua utas DNA induk berpisah
dan membentuk gelembung replikasi
Pada eukariota, terdapat ratusan atau bahkan ribuan origin of replication di sepanjang molekul DNA.
Gelembung replikasi terentang secara lateral dan replikasi terjadi ke dua arah
Selanjutnya gelembung replikasi akan bertemu, dan sintesis DNA anak selesai
RNA
1. Struktur rantai tunggal, namun cukup kompleks
2. Struktur pembentuk rantai sama seperti DNA yaitu terdiri dari ribose, phosphatase, basa purin
(A,G) dan pyrimidine (C, U)
3. Types of RNA:
-messenger RNA adalah RNA yang menjadi model cetakan dalam proses penyusunan asam amino
rantai protein pada saat translasi.
 -transfer RNA adalah satu jenis RNA yang mempunyai fungsi menterjemahkan kodon yang terdapat
pada mRNA menjadi satu jenis asam amino, dan mengangkut asam amino ke permukaan ribosom
pada saat berlangsungnya proses translasi.
-ribosomal RNA berperan merupakan bagian dari ribosom yang berfungsi dalam pembentukan
protein(polypeptide)
Perbedaan DNA RNA
Letak Sebagian besar di nukleus, sedikit di Dalam sitoplasma,
mitochondria dan kloroplast nucleolus dan kromosom
Pyrimidine bases Cytosine Cytosine
Thymine Urasil
Purine bases Adenine Adenine
Guanine Guanine
Pentose deoxyribose ribose
Hydrolizing enzyme Deoxyribonuclease (DNase) Ribonuclease (RNase)
Peranan Genetic information Synthesis of proteins

Genes dan molekul DNA

1. Suatu gen merupakan suatu urutan basa yang menempati suatu lokasi spesifik
pada molekul DNA
2. Gen ini mengontrol sifat khusus dengan membuat suatu protein khusus dalam
jumlah tertentu

Protein
1. Merupakan suatu rantai asam amino yang dibentuk oleh elemen C, H, N, O.
2. Terdapat 20 jenis Asam amino
3. Rantai asam amino kemudian bergabung dan berlipat-lipat menjadi bentuk
tiga dimensi

Bagaimana DNA mengontrol perkembangan suatu organisme?

DNA membedakan karakteristik suatu organisme karena perbedaan urutan asam
amino dalam semua protein yang terdapat pada organisme tersebut.
GENETIC CODE
1. Setiap asam amino (20 amino acids) diwakili oleh tiga basa yang disebut dengan
kodon
2. Setiap kodon mengkodekan satu jenis asam amino
3. Urutan basa akan menentukan urutan asam amino dalam protein
4. Pembentukan protein berlangsung dalam suatu tahapan proses yang disebut
dengan sintesis protein
Sintesis Protein
1. Instruksi pada DNA ditranskripsi (dituliskan kembali) dalam bentuk serupa kemudian
ditranslasi (diubah) menjadi bahasa protein.
2. Pertama2 pesan ditranskripsi menjadi jenis molekul lain yang dikenal sebagai
RNA kurir (mRNA). Secara kimiawi mRNA sangat serupa dengan DNA, molekul ini
juga dapat mengenali basa pada untaian DNA dan melalui proses pengenalan
mRNA bekerja menyalin gen yang dibentuk.
 Transkripsi
1. Proses pengkopian/penyalinan molekul DNA menjadi utas RNA yang komplementer.
2. Melibatkan RNA Polymerase
Tahap Transkripsi
1. Inisiasi :
Enzim RNA polymerase menyalin gen
Pengikatan RNA polymerase terjadi pada tempat tertentu yaitu tepat didepan gen
yang akan ditranskripsi.
Tempat pertemuan antara gen (DNA) dengan RNA polymerase disebut promoter.
Kemudian RNA polymerase membuka double heliks DNA.
Salah satu utas DNA berfungsi sebagai cetakan.

Tahap 1: Transkripsi
1. DNA dipisahkan dengan rantai pasangannya dan messenger RNA mengkopi kode
genetik
Inisiasi.
Proses ini dimulai dari menempelnya ribosom sub unit kecil ke mRNA. Penempelan
terjadi pada tempat tertentu yaitu pada 5-AGGAGGU-3, sedang pada eukariot
terjadi pada struktur tudung.
Ribosom bergeser ke arah 3 sampai bertemu dengan kodon AUG. Kodon ini
menjadi kodon awal (STAR CODON). Asam amino yang dibawa oleh tRNA awal
adalah metionin.
2. Elongasi :
Tahap selanjutnya adalah penempelan sub unit besar pada sub unit kecil
menghasilkan dua tempat yang terpisah . Tempat pertama adalah tempat P
(peptidil) yang ditempati oleh tRNA yang membawa metionin.
Enzim RNA polymerase bergerak sepanjang molekul DNA, membuka double
heliks dan merangkai ribonukleotida ke ujung 3 dari RNA yang sedang tumbuh
Tempat kedua adalah tempat A (aminoasil) yang terletak pada kodon ke dua
dan kosong
Terminasi :
Terjadi pada tempat tertentu. Proses terminasi transkripsi ditandai dengan
terdisosiasinya enzim RNA polymerase dari DNA dan RNA dilepaskan.

Tahap 2- Pemotongan RNA

1. RNA dipotong
2. Introns (Non- coding sequences) dibuang
3. Exons (Expressed sequences) tetap dibiarkan
Tahap 3 :
1. Messenger RNA mengambil kode tersebut dan menuju ke ribosom di sitoplasma
2. Transfer RNA mengambil asam amino tertentu dan menuju ribosom
3. Bagian dari molekul DNA (gene) terbuka pilinannya sehingga basa-basanya
terekspos.
4. Nukleotida mRNA bebas, di dalam nukleus berpasangan basa-basanya
dengan satu utas molekul DNA yang telah terbuka pilinannya.
5. mRNA dibuat dengan bantuan RNA polymerase. Enzim ini menyatukan
nukleotida mRNA untuk membuat utas mRNA.
 6. Utas mRNA ini bersifat komplementer terhadap DNA (gen)
7. mRNA meninggalkan nukleus menuju sitoplasma melalui pori nuklear

Translasi / sintesis protein

1. Proses penerjemahan kodon-kodon pada mRNA menjadi polipeptida.
2. Kode genetik merupakan aturan yang penting
3. Urutan nukleotida mRNA dibawa dalam gugus tiga tiga. Setiap gugus tiga
disebut kodon.
4. Dalam translasi, kodon dikenali oleh lengan antikodon yang terdapat pada
tRNA

Proses elongasi terjadi saat tRNA dengan antikodon dan asam amino yang tepat
masuk ke tempat A. Akibatnya kedua tempat di ribosom terisi, lalu terjadi ikatan
peptide antara kedua asam amino
Ikatan tRNA dengan metionin lalu lepas, sehingga kedua asam amino yang
berangkai berada pada tempat A.
Ribosom kemudian bergeser sehingga asam amino-asam amino-tRNA berada pada
tempat P dan tempat A menjadi kosong.
Selanjutnya tRNA dengan antikodon yang tepat dengan kodon ketiga akan masuk ke
tempat A, dan proses berlanjut seperti sebelumnya.

Terminasi.
Proses translasi akan berhenti bila tempat A bertemu kodon akhir yaitu UAA, UAG,
UGA.
Kodon-kodon ini tidak memiliki tRNA yang membawa antikodon yang sesuai.
Selanjutnya masuklah release factor (RF) ke tempat A dan melepaska rantai
polipeptida yang terbentuk dari tRNA yang terakhir. Kemudian ribosom pecah
menjadi sub unit kecil dan besar.

Tahap 4 :Translation
1. Di dalam ribosom, kode tersebut dibaca dan ditranslasikan ke dalam bentuk suatu
urutan asam amino
2. Rantai asam amino akan melipat-lipat dan bergabung menyatu membentuk
protein akhir
3. Proses mentranslasi instruksi pada mRNA menjadi btk protein kemudian
dapat dimulai.
4. Urutan basa pada molekl mRNA menentukan urutan asam amino pada
protein.
5. Kata-kata pada bahasa mRNA terdiri atas kelompok2 tiga basa berurutan,
disebut kodon. Setiap kodon menyampaikan perintah kepada mesin selular yang
mensintesis protein bahwa asam amino tertentu hrs digabungkan menjadi protein
pada tempat tertentu

Sintesis Protein
Translasi mRNA melibatkan puluhan jenis molekul, diantaranya (rRNA dan
tRNA). Keduanya tidak membawa kode genetik, tetapi membantu sel membaca
informasi yang terkandung pada mRNA. Sekali mRNA dibuat, molekul ini
meninggalkan inti sel dan masuk tubuh utama sel. Disini struktur globular yang
dikenal dengan nama Ribosom melekat pada mRNA tersebut. Pada ribosom
 terdapat rRNA.Sekali Ribosom berikatan dengan mRNA, tRNA menjalankan
tugasnya. Terdapat berbagai jenis tRNA dan masing2 mampu mengenali golongan
tertentu dari ketiga basa (kodon) pada mRNA. Setiap jenis tRNA membawa hanya
satu jenis asam amino tertentu.

Sintesis Protein
1. Setelah sel selesai menyusun suatu rantai asam amino, rantai ini mulai melipat
dirinya sendiri. Bentuk umum protein adalah rantai berputar dan melekuk
membentuk struktur tiga dimensi yang kompleks. Pelipatan ini diatur oleh tenaga
kimia.
2. Bentuk akhir molekul protein ditentukan oleh urutan asam amino yang
menyusun protein tersebut.