PENDAHULUAN
beragam tingkatan relung. Kemampuan adaptasi bakteri yang tinggi ini merupakan
hasil dari reaksi kompleks metabolism yang rumit. Mekanisme yang dikendalikan
oleh suatu system regulasi ini sdangat vital untuk menghadapi perubahan
proteome melalui regulasi multi-step saat transkripsi dan post translasi untuk
merespon adanya stress dari lingkungan. Regulasi translasi merupakan level yang
memiliki dampak langsung terhadap proteome dan digunakan secara luas untuk
kombinasi secara kuantitatif proteomik dan sekuens RNA pada kondisi stress pada
beragam bakteri. Pada makalah ini akan dibahas korelasi antara level mRNA dan
dapat dijelaskan dari total fraksi dari variasi protein keseluruhan (50% terbanyak
1
BAB II
PEMBAHASAN (KAJIAN PUSTAKA)
struktur organel sel yang banyak terdapat di dalam sitoplasma. Ribosom terdiri atas
dua subunit, yaitu subunit besar dan subunit kecil yang akan menyatu selama
inisiasi translasi dan terpisah ketika translasi telah selesai. Tiap ribosom
mempunyai 3 tempat pengikatan tRNA, yang dinamakan sisi aminoasil/ sisi A (site
A), sisi peptidil sisi P (site P), dan sisi E (site E). Molekul aminoasil-tRNA yang
baru memasuki ribosom akan terikat di sisi A, sedangkan tRNA yang membawa
rantai polipeptida yang sedang diperpanjang terikat di sisi P, dan pelepasan tRNA
yang sudah tidak memiliki asam amino karena telah diikatkan pada polipeptida
(Campbell, 2004).
terdapat sebuah perbedaan yang luas pada translasi bakteri dan eukariota. Inisiasi
bakteri terjadi pengenalan langsung dari wilayah inisiasi pada mRNA dengan
subunit ribosom kecil (Paola, 2015). Berbeda dengan alur inisiasi translasi pada
cukup besar. mRNA/ ribosom pengenal tidak bergantung pada mRNA langsung/
interaksi rRNA dan membutuhkan bantuan dari banyak faktor yang berbeda. Model
ini menyatakan bahwa 40S subunit ribosom, di kompleks dengan berbagai protein
2
aksesori, mengikat di sekitar 50s akhirnya ditutup dari mRNA dan kemudian
memiliki tingkat sedimentasi relatif 70S dan massa 2,4 MDA. Subunit besar
memiliki tingkat sedimentasi relatif 50S dan massa 1,5 MDA, sedangkan
subunit kecil memiliki tingkat sedimentasi relatif 30S dan massa 0,8 MDA.
Sekitar dua-pertiga dari ribosom terdiri dari RNA dan sepertiga terdiri dari
protein. Pada struktur yang tersedia ribosom dan kompleks ribosom berasal dari
elektron dan mengidentifikasi partikel dibagi menjadi dua subunit ukuran yang
tidak sama. Penentuan bentuk dimulai pada awal tahun 1970. Saat ini resolusi
Gambar 1. (A). visualisasi dari struktur sekunder 16s rRNA, (B) visualisasi dari struktur sekunder
23s dan 5s rRNA, (C) struktur 3D sub unit ribosom bakteri T. Thermopillus, (D) struktur 3D dari
50s sub unit ribosom dari H. Harismortui (sumber gambar : journal Microbiology And
Molecular biology Reviews, Mar. 2005, p104)
2) mRNA
3
mRNA berinteraksi secara khusus dengan tRNA serta subunit ribosom
selama inisiasi translasi 30S. mRNA tertutup oleh ribosom pada fase inisiasi
beberapa sinyal untuk inisiasi dan penghentian sintesis protein (Flora Picard,
2012).
3) RNAt/ tRNA
tRNA adalah molekul adapter yang menghubungkan antara mRNA
dengan asam amino yang akan membentuk molekul protein melalui ikatan
polipeptida sesamanya. Setiap satu tRNA mewakili satu jenis asam amino
yang mengandung loops pita tunggal. Struktur loops pita tunggal tersebut
akan membentuk struktur lengan tRNA yang bersifat khusus (Flora Picard,
akan diikatnya.
2. Lengan T C yang ditandai dengan adanya sekuens triplet T
4
Gambar 2. Struktur sekunder tRNA (Sumber: Campbell, 2004)
C. Proses Translasi
Proses translasi dapat dibagi menjadi tiga tahapan (sama seperti pada
transkripsi), yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Inisiasi dan elongasi rantai
polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi. Energi ini disediakan oleh GTP
(guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan ATP (Campbell, 2004).
berikut:
1. Inisiasi
Pada dasarnya, pada mRNA prokariot terdapat urutan basa tertentu
yang disebut sebagai tempat pengikatan ribosom (ribosom binding site) atau
tersebut, dimana di dekat daerah CAP terdapat kodon inisiasi AUG (start
insiasi (AUG), tiga faktor insiasi (IF1, IF2 dan IF3), tRNAinisiator (fMet-
tRNA), ribosom subunit 30S dan 50S, dan GTP. Setetah diaktifasi oleh
faktor inisiasi, tRNA inisiator yang membawa anti kodon CAU akan
menempati situs P pada ribosom. tRNA kedua yang membawa anti kodon
5
untuk kodon kedua memasuki situs A pada ribosom. Asam amino yang
dibawa oleh tRNA kedua akan membentuk ikatan peptida dengan asam
kodon). Khusus pada prokariot akan terjadi formilasi gugus amino pada
formilasi gugus amin, tetapi molekul ini akan bereaksi dengan protein-
protein tertentu yang berfungsi sebagai faktor inisiasi (IF-1, IF-2, IF-3).
Selain itu, baik pada prokariot maupun eukariot, terdapat pula metionil-
tRNAfMet, dan subunit kecil ribosom (30S) dengan bantuan protein IF-1, IF-
rRNA berukuran 16S dan sebagian urutan pengarah (leader sequence) pada
triplet kodon inisiasi pada mRNA dengan antikodon pada metionil-tRNA fMet
6
berikutnya yang akan masuk ke sisi A. Pengikatan aminoasil-tRNA fMet
enzim peptidil transferase, suatu enzim yang terikat pada subunit ribosom
50S. Reaksi ini menghasilkan dipeptida yang terdiri atas f-metionin dan
alanin yang terikat pada tRNAala di sisi A (peptida awal memisahkan diri
dari tRNA tempat pelekatannya semula, dan asam amino pada ujung
karboksilnya berikatan dengan asam amino yang dibawa oleh tRNA yang
mRNA pada ribosom sepanjang tiga basa sehingga triplet kodon yang
semula berada di sisi A masuk ke sisi P, dan yang dari sisi P akan bergeser
ke sisi E (sisi pelepasan tRNA yang sudah tidak memiliki peptida). Dalam
contoh ini triplet kodon yang bergeser dari sisi A ke sisi P tersebut adalah
2015).
Saat mRNA bertranslokasi (berpindah tempat) antikodonnya tetap
Sementara itu, tRNA yang sudah tidak memiliki asam amino karena telah
7
ribosom (melalui sisi E). mRNA bergerak melalui ribosom ke satu arah
saja, mulai dari ujung 5. Hal yang terpenting adalah ribosom dan mRNA
bergerak relatif satu sama lain, dengan arah yang sama, kodon demi kodon.
Siklus elongasi menghabiskan waktu kurang dari 1/10 detik dan terus
ribosom. Selain itu, kedua subunit ribosom pun memisah. Pada terminasi
diperlukan aktivitas dua protein yang berperan sebagai faktor pelepas atau
BAB III
PENUTUP
ekspresi genetik atau sintesis protein pada bakteri yang memiliki beberapa
perbedaan dengan sel eukaryotik, namun demikian perbedaan tersebut membuat sel
suatu proses adaptasi. Sehingga dapat ditarik kesimpulan bahwa mRNA pada
terjadi pada organisme eukariot secara gambaran umumnya adalah sama dengan
8
mekanisme proses translasi pada organisme prokariot. Hanya ada beberapa bagian
tertentu saja yang berbeda. Sehingga, keseluruhan proses translasi baik pada
BAB IV
DAFTAR PUSTAKA
Flora Picard, 2012. Bacterial translational regulations: high diversity between all
mRNAs and major role in gene expression. Picardet al. BMC
Genomics2012,13:528. http://www.biomedcentral.com/1471-2164/13/528
9
Paola Londei. 2005. Evolution Of Translational Initiation: New Insights From The
Archaea. FEMS Microbiology Reviews 29 (2005) 185200. Dipartimento
di Biochimica Medica e Biologia Medica (DIBIM), Universita di Bari
Piazzale Giulio Cesare, 70124 Bari, Italy
10