Protein

Protein terdapat di dalam semua sistem kehidupan dan merupakan suatu

komponen seluler utama yang menyusun sekitar setengah dari berat kering sel.
Setiap sel mengandung ratusan protein yang berbeda-bedadan tiap jenis sel
mengandung beberapa protein yang khas bagi sel tersebut. Sebagian besar
protein disimpan di dalam jaringan otot dan beberapa organ tubuh lainnya,
sedangkan sisanya terdapat di dalam darah.
Istilah protein, yang dikemukakan pertama kali oleh pakar kimia Belanda, G.J.
Mulder pada tahun 1939, berasal dari bahasa Yunani proteios. Proteios sendiri
mempunyai arti yang pertama atau yang paling utama. Protein ternyata
memegang peranan yang sangat penting pada organisme, yaitu dalam struktur,
fungsi, dan reproduksi.
Sumardjo, D. 2006. Pengantar Kimia: Buku Panduan Kuliah Mahasiswa
Kedokteran dan Program Strata I Fakultas Bioeksakta. Penerbit Buku
Kedokteran EGC, Jakarta.

Bahan Genetik dan Sandi Genetik

Pengetahuan mengenai bahan genetik diawali pada saat Friedrich Miescher
mengisolasi nuklein pada tahun 1869 dari inti sel-sel nanah yang kemudian
ternyata adalah suatu asam. Sebagai suatu senyawa biologis, nuklein ini terbukti
mengandung banyak fosfat. Bertahun-tahun kemudian barulah rahasia molekul
yang akhirnya dikenal sebagai asam nukleat ini makin jelas terungkap.
Sementara beberapa peneliti mempelajari asam nukleat dari sudut kimiawi,
beberapa peneliti lain mempelajarinya sebagai bahan pembawa informasi
genetik.
Dari kajian secara kimia terungkap bahwa asam nukleat merupakan suatu
molekul besar seperti protein, yang tersusun atas sejumlah subunit-subunit
molekul kecil. Bila protein tersusun atas molekul-molekul asam amino, asam
nukleat tersusun atas nukleotida-nukleotida sebagai kerangka penyusunnya. Di
sisi lain, kajian terhadap asam nukleat sebagai pembawa informasi genetik yang
semula masih diliputi keraguan akhirnya mengungkap kaitan antar gena yang
tersusun atas asam nukleat dengan molekul protein yang merupakan hasil
ekspresi gena bersangkutan.
Pada setiap organisma hidup dijumpai dua jenis asam nukleat yaitu asam
deoksirobonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA). Tetapi kemudian diketahui
bahwa virus hanya terdapat salah satu saja, RNA atau DNA. Dalam sel, asam
nukleat ini bergabung dengan molekul protein membentuk molekul yang lebih
besar, yaitu nukleoprotein. Nukleoprotein inilah yang kemudian dianggap
sebagai molekul pembawa informasi genetik pada tiap organisma. Sebagai
pembawa informasi genetik, asam nukleat berperan dalam penyimpanan,
replikasi, rekombinasi dan penghantaran informasi genetik.
Sofro, A.S.M. 1994. Keanekaragaman Genetik. Andi Offset, Yogyakarta.
kode genetik adalah cara pengkodean urutan nukleotida pada DNA atau RNA
utnuk menentukan urutan asam amino pada saat sintesis protein. Informasi pada
kode genetik ditentukan oleh basa nitrogen pada rantai DNA yang akan
menentukan susunan asam amino. http://gurungeblog.com/2008/11/15/kode-
genetik/
kode genetik adalah cara pengkodean urutan nukleotida pada DNA atau RNA
untuk menentukan urutan asam amino pada saat sintesis protein. ( Aryulina, D.,
Muslim, C., Manaf, S., Winarni, E.W. 2006. Biologi SMA dan MA untuk Kelas XII.
Esis, Jakarta.)
Kode genetik adalah urutan basa nukleotida dalam asam nukleat (DNA dan RNA)
yang mengkode rantai asam amino dalam protein.
http://www.sridianti.com/pengertian-kode-genetik-dan-kodon.html

Protein
Protein berasal dari bahasa Yunani yaitu protos yang berarti "yang paling
utama. Protein adalah senyawa organik kompleks bermolekul tinggi yang
merupakan polimer dari monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain
dengan ikatan peptida. (Harper, 1977)
Susunan struktur protein dibagi menjadi beberapa macam, yaitu:
1. Protein primer
Dapat dikenali dari penyelidikan rangkaian peptida. Struktur ini dihubung-kan
dengan urutan asam amino dalam rantai polipeptida. Misalnya insulin dan
ribonuklease.
2. Protein sekunder
Yaitu pelipatan rantai polipeptida menjadi struktur berpilin yang diikat oleh
ikatan disulfida dan ikatan hidrogen.
3. Protein tersier
Yaitu susunan dan hubungan rantai protein yang membelit menjadi serabut atau
lapisan yang spesifik. Struktur tersier dipertahankan oleh kekuatan antara atom-
atom yang lemah.
4. Protein kwartener
Yaitu gabungan beberapa unit monomer, masing-masing dengan struktur primer,
sekunder, dan tersier. Dapat dikatakan mempunyai struktur kwartener bila
protein terdiri atas 2 atau lebih rantai polipeptida yang digabungkan oleh tenaga
yang bukan ikatan kovalen. (Harper, 1977)
Harper, H. A. 1979. Biokimia. Penerbit Buku Kedokteran EGC, Jakarta.
Asam Amino
Asam amino merupakan unsur dasar penyusun protein. Satu asam amino terdiri
atas satu gugus amino, satu gugus karboksil, satu atom hidrogen, dan satu
rantai samping yang terikat pada atom karbon. Susunan keempat gugus tersebut
menentukan aktivitas optik asam amino, sehingga ada dua bentuk isomer, yaitu
L-isomer dan D-Isomer. (Triwibowo, 2005)
Asam amino dibagi menjadi 2, yaitu:
Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekular. Jakarta: Erlangga

Mekanisme replikasi DNA

Kemampuan memperbanyak diri merupakan ciri penting makhluk hidup. Hal ini
dapat diamati hingga tingkat molekuler, yakni perbanyakan materi
genetismelalui replikasi. Proses ini memerlukan bahan baku
deoksiribonukleotida, enzim, dan nukleotida. Proses replikasi DNA akan
menghasilkan rantai DNA baru yang sama. DNA juga dapat menghasilkan rantai
RNA Baru melalui proses transkripsi.
Replikasi diawali dnegan terbukanya pilinan dan pemisahan rantai oleh enzim
helikase sehingga terbentuk dua pita tunggal. Kedua pita tersebut berfungsi
sebagai cetakan DNA baru dengan bantuan enzim DNA polimerase.
DNA polimerase dapat mensintesis DNA baru dengan arah 5-3. Oleh karena itu,
dalam pembentukan DNA baru akan terdapat pembentukan pita yang kontinu
dan diskontinu. Pita DNA kontinu terbentuk dari arah 5-3 tanpa terputus. Pita
DNA diskontinu akan terbentuk dari arah 3-5 terputus-putus. Pembentukannya
diawali pembentukan RNA primer oleh enzim primase dan diteruskan oleh DNA
polimerase membentuk fragmen DNA yang disebut fragmen Okazaki. RNA
primer akan digantikan DNA bersamaan dengan penyambungan fragmen
Okazaki oleh enzim ligase. Akibatnya, terbentuk pita DNA baru yang utuh.
Terdapat tiga hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu konservatif,
semikonservatif, dan dispersif.
1. Konservatif
Menurut model replikasi konservatif, semua pita DNA double helix
berfungsi sebagai cetakan. Proses tersebut menghasilkan sebuah pita DNA
double helix baru.
2. Semikonservatif
Model replikasi DNA diusulkan oleh Watson dan Crick beberapa saat
setelah mengajukan model DNA double helix. Model ini menjelaskan,
setelah pita terurai menjadi pita tunggal, setiap pita berfungsi sebagai
cetakan. Setiap pita tunggal membentuk pita pasangannya sehingga
terbentuk dua pita double helix.
3. Dispersif
Berdasarkan model ini, pita spiral (double helix) terputus-putus, kemudian
potongan DNA tersebut membentuk dua pita baru. Potongan DNA lama
akan bersambungan dengan DNA baru pada kedua pita double helix
Dari ketiga hipotesis tersebut, hipotesis semikonservatif lebih banyak diterima
oleh para ilmuwan dalam menjelaskan replikasi DNA. Beberapa penelitian pun
memperkuat hipotesis semikonservatif sebagai mekanisme replikasi DNA.
Firmansyah, R., Hendrawan, A.M., Riandi, M.U. 2007. Mudah dan Aktif Belajar
Biologi. PT. Setia Purna Inves, Bandung.

DNA adalah materi genetik yang terdapat dalam sel. Setiap gen terdiri dari
hingga ribuan basa nukleotida. DNA terdapat dalam kromosom sel, dengan satu
atau lebih kromosom terdiri dari genom. Setiap kromosom mengandung banyak
gen. Selama pembelahan sel, DNA kromosom harus menghasilkan replikasi
dirinya dengan tepat untuk pemisahan dan pembagian ke dalam sel anakannya.
Proses menghasilkan salinan DNA ini disebut replikasi.
Replikasi Semikonservatif
DNA dalam kromosom pada sebagian besra makhluk hidup berupa heliks ganda;
artinya, terdiri dari gua rantai (untai) polideoksinukleotida yang saling melilit
satu sama lain membentuk suatu heliks. Informasi genetik terkandung dalam
sekuens nukleotida di sepanjang salah satu rantai.
Rantai-rantai saling terikat melalui pasangan basa komplementer. Untuk
memperoleh salinan sekuens basa nukleotida yang tepat, pilihan di antara kedua
ranta DNA harus dibuka agar masing-masing rantai dapat bertindak sebagai
cetakan untuk sintesis rantai DNA yang baru. Struktur yang tereplikasi sebagian
tampak seperti huruf Y dan mempunyai cabang replikasi. Replikasi
semikonservatif adalah replikasi di mana satu untai DNA induk dipertahankan
dalam masing-masing molekul anakannya.
Topologi Replikasi DNA
Sebuah kromosom mengandung satu molekul DNA tunggal, yang biasanya
sangat besar. Selanjutnya, dalam sebagian besar prokariot DNA mempunyai
struktur melingkar yang tertutup. Bila DNA ini direplikasi, maka akan terbentuk
dua cabang. Hal ini dikenal dengan replikasi dua arah. Inisiasi terjadi pada tapak
inisiasi atau titik asal tertentu. Elongasi (pemanjangan) adalahgerakan kedua
cabang mengelilingi kromosom sampai kedua cabang tersebut saling bertemu
dan bergabung dalam bagian yang disebut dengan daerah ujung.
Proses Replikasi DNA
DNA polimerase mengkatalisis polimerisasi deoksinukleotida dengan
mnggunakan cetakan yang beruntai tunggal dan terbuka pilinannya. Dalam
reaksi, deoksinukleotida trifosfat yang baru masuk terletak pada empat yang
berlawanan dengan basa komplementernya pada untai cetakan. Ikatan
fosfodiester terbentuk melalui serangan nukleofilik oleh 3 hidroksil drai rantai
yang sedang tumbuh pada fosfor alfa dari trifosfat yang masuk. Pirofosfat
dilepaskan. Kemudian nukleotida berikutnya yang sesuai digabungkan untuk
memperpanjang rantainya, dan seterusnya. Pertumbuhan hanya pada arah 5-3.
Ciri penting lainnya adalah bahwa enzim hanya dapat ditambahkan pada rantai
yang telah ada sebelumnya (primer); enzim ini tidak bisa memulai dari rantai
yang baru. Beberapa DNA polimerase juga mempunyai aktivitas yang dapat
menghidrolisis ikatan fosfodiester.
Ingat kembali bahwa kedua rantai dalam DNA beruntai ganda mempunyai
polaritas yang berlawanan; salah satu mempunyai arah 5-3 dan yang lainnya
mempunyai arah 3-5. Tetapi DNA polimerase hanya dapat memperpanjang
rantai dalam arah 5-3, sehingga pada cabang replikasi, hanya satu dari rantai
baru yang dapat dibuat dengan arah 5-3 dan bergerak searah dengan
pergerakan cabang. Sintesis dari untai lainnya terjadi dengan arah yang
berlawanan dengan pergerakan cabang secara tidak kontinu. Fragmen pendek
yang disebut dengan fragmen okazaki disintesi, kemudian digabungkan secara
berrutan. Untai yang terbentuk secara kontinu disebut dengan untai utama
(leading strand) dan yang lainnya disebut dengan untai lamban (lagging strand).
Fragmen okazaki diinisiasi oleh sejenis RNA polimerase khusus yang disebut
primase, kemudian diperpanjang oleh DNA polimerase sampai fragmen DNA
yang baru disintesis bertemu dengan ujung 5 dari primer RNA pada fragmen
yang berdekatan. Akhirnya primer RNA dilepaskan dan digantikan oleh DNA.
Untai utama disintesis secara kontinu oleh DNA polimerase. Kerja enzim ini
dipermudah oleh pengikatan SSB pada cetakan beruntai tunggal yang tersedia
karena terbukanya pilinan pada dupleks tidak mengalami replikasi. Pilinan yang
terbuka ini ditutup oleh helikase yang tergabung dengan cetakan 5-3. Untai
lamban disintesis sebagai fragmen pendek (secara takkontinu). Dengan
bergeraknya helikase di sepanjang cetakan 5-3 akan meningkatkan kerja
primase untuk membuat potongan RNA yang pendek dengan jarak yang tetap.
Potongan ini diperpanjang oleh DNA polimerase III dengan arah yang berlawanan
dengan pergerakan cabang. Bila DNA polimerase mencapai suatu primer, yang
telah menginisiasi fragmen gabungan, DNA polimerase I akan mengambil
tempatnya dan melalui proses translasi nick, melepaskan RNA dan
menggantinya dengan DNA. Nick yang tersisa ditutup oleh DNA ligase. Akhirnya,
proses keseluruhan dibantu oleh kerja DNA girase dalam menginduksi gulungan
(superkoil) negatif atua menghilangkan gulungan positif dalam DNA yang
terdapat di muka pada cabang.
Khucel, P., Ralston, G.B. 2006. Schaums Easy Outlines Biokimia. Penerbit
Erlangga, Jakarta.