Perbandingan Beberapa Metode Molekuler dalam Uji

DNA HPV (Human Papillomavirus)

Metode PCR dan Elektroforesis

Metode PCR dan Elektroforesis PCR (Polymerase Chain Reaction) atau

reaksi berantai polimerase adalah suatu metode enzimatis untuk
memperbanyak secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu secara
invitro. PCR pertama kali dikembangkan oleh Kary Mullis pada tahun 1985
seorang peneliti dari CETUS Corporation. PCR dapat melipat memperbanyak
molekul DNA dan memisahkan gen-gen; kelebihan metode ini adalah suhu
yang dapat tinggi dan rendah dengan cepat selain itu PCR juga bekerja dengan
komponen yang jumlahnya sedikit.

Pada tahun 1990 Ting dan Manos telah mengembangkan suatu metode
deteksi HPV dengan PCR. Metode tersebut dikembangkan dengan
mengidentifikasi suatu daerah homologi di dalam genotipe HPV yang
kemudian digunakan sebagai dasar untuk mendesain primer untuk amplifikasi.
Daerah homologi tersebut panjangnya 20-25 pasangan basa dan diketahui
setelah dilakukan perbandingan urutan nukleotida HPV-6, HPV-11, HPV-16,
HPV18, dan HPV-33 terutama pada daerah ORF E1 dan L1.

Prinsip kerja PCR dan elektroforesis yaitu (1) isolasi DNA sampel dari
bahan klinis atau dari jaringan yang disimpan pada paraffin, (2) proses
amplifikasi DNA yang telah diisolasi; proses amplifikasi sendiri terbagi tiga
tahapan yaitu denaturasi, annealing, dan elongasi. Tahapan denaturasi terjadi
pada suhu 970C. Pada proses ini terjadi denaturasi linearisasi DNA. Tahap
kedua adalah penempelan primer atau annealing pada DNA target yang akan
diperbanyak, membutuhkan suhu sekitar 550C. Tahap ketiga adalah elongasi
(polimerisasi) membutuhkan suhu 720C agar siklus polimerisasi lebih optimal,
(3) hasil amplifikasi dideteksi menggunakan alat elektroforesis pada gel
agarosa; teknik elektroforesis adalah teknik yang memisahkan molekul-
molekul bentuk, muatan netto, dan berat molekulnya dalam sebuah medan
listrik pada medium padat atau semipadat.
 Metode PCR dan elektroforesis hanya digunakan untuk mendeteksi ada
atau tidaknya DNA HPV di dalam sel epitel yang dicurigai terinfeksi HPV; sulit
untuk menentukan genotipe HPV yang menginfeksi. Proses genotyping dengan
metode PCR dan elektroforesis memerlukan waktu yang cukup lama, karena
hanya menggunakan satu kontrol positif untuk satu genotipe HPV saja;
umumnya HPV-16 atau HPV-18. Pada gambar 2 dapat dilihat nomor 1 sd.11,
nomor 1 dan 2 merupakan kontrol negatif dan kontrol positif genotipe HPV-16.
Nomor 3-11 adalah sampel-sampel yang positif terinfeksi; ke-9 sampel
menunjukkan sinyal yang sama dengan nomor 2, menunjukkan bahwa ke-9
sampel tersebut positif terinfeksi HPV, namun tidak cukup untuk menentukan
genotipe HPV dalam setiap sampelnya.

Metode Hybrid Capture System (HC-II)

Hybrid Capture System (HC-II) adalah metode pemeriksaan hibridisasi

dengan teknologi terbaru di bidang biologi molekuler. Teknik HC-II memeriksa
pada kondisi lebih awal yaitu kemungkinan seseorang terinfeksi HPV sebelum
virus tersebut membuat perubahan pada serviks yang akhirnya dapat
mengakibatkan terjadinya kanker serviks. HC-II telah diakui dunia serta
disahkan oleh FDA (Food and Drug Administration) Amerika Serikat. HC-II
memiliki keakuratan yang tinggi dalam mendeteksi infeksi HPV karena mampu
mendeteksi keberadaan DNA HPV dalam jumlah yang sangat kecil. Teknik HC-II
adalah antibody capture/solution hybridization/signal amplication assay yang
memakai deteksi kualitatif chemiluminescence terhadap DNA HPV; secara
umum HC-II ialah teknik berbasis DNA-RNA yang dapat mendeteksi secara
akurat dan cepat dengan sensitivitas 98% dan spesifisitas HC-II 98%

Prinsip kerja HC-II yaitu (1) menghancurkan protein kapsid virus HPV dalam
sampel yang telah dimasukkan ke dalam botol sampel yang telah
disediakan,(2) Setelah kapsid dirusak, tahap berikutnya adalah mendenaturasi
DNA untai ganda menjadi untai tunggal dengan menambahkan larutan
denaturasi. Denaturasi merupakan langkah awal prosedur untuk mengeluarkan
DNA (release DNA) target dari sel, (3) hibridisasi antara DNA virus dengan
probe RNA menghasilkan DNA-RNA hybrid yang ditangkap oleh antibodi yang
kemudian akan bereaksi dengan antibodi kedua. Antibodi kedua ini bertindak
sebagai sinyal amplifikasi; makin banyak hibrid DNA-RNA yang tertangkap pada
dinding capture plate maka makin banyak pula antibodi kedua yang dapat
mengenali hibrid DNA-RNA, (4) Kuantitas antibodi yang terikat pada hibrid
DNA-RNA diukur dengan menambahkan zat chemiluminescent sehingga
menghasilkan sinyal chemiluminescent, (5) sinyal ini akan ditangkap oleh alat
luminometer yang dihubungkan dengan komputer.

Penentuan nilai positif uji DNA HPV didasarkan pada perbandingan

sampel dengan ratarata RLU/PV; jika perbandingan RLU/PC (relative light
unit/posirif kontrol) melebihi nilai ambang positif maka spesimen dinyatakan
positif terhadap tes DNA HPV. Penentuan konsentrasi ambang DNA HPV yang
akan berpeluang terbentuknya kanker leher rahim adalah sangat penting.
Digene menetapkan nilai ambang positif sebesar 1.0 RLU/PC.

Regina Asri Imanta Putri

03013163