Elemen Spm dan dSpm

Selain keluarga transposon jagung yang ditemukan oleh Mc Clintock adalah keluarga
penekan mutator. Dalam keluarga ini, elemen otonomnya disebut Spm dan unsur-unsur
nonautonom disebut dSpm ("d" singkatan dihapus atau membelot). Elemen Spm adalah
pasangan nukleotida yang panjangnya 8.287, termasuk 13 pasangan nukleotida yang kembali ke
(terminal) bentuk awal. Ketika mereka memasukkan ke dalam kromosom, mereka membuat 3
pasangan nukleotida (target) berduplikasi. Unsur-unsur dSpm lebih kecil dari elemen Spm
karena bagian dari urutan DNA telah dihapus. Penghapusan ini mengganggu fungsi gen yang
dibawa oleh elemen Spm yang lengkap dan karena hal tersebutlah yang mencegah terjadinya
sintesis produk gen. Semenjak produk ini dibutuhkan untuk transposisi, elemen dSpm yang
terhapus dapat digunakan untuk merangsang pergerakan elemen-elemen itu sendiri.

Dinamai keluarga Spm dikarenakan elemen-elemennya dapat menekan fungsi gen ke

daerah dimana mereka telah dialihkan (dipindah). Hal ini terjadi ketika sebuah elemen dSpm
berinteraksi dengan elemen Spm yang terletak di dalam genom. Gambar 9.17 menunjukkan
contoh yang di mana elemen dSpm telah dimasukkan ke dalam salah satu gen yang
mengendalikan pigmentasi di kernel. Perhatikan, bahwa meskipun penyisipan dSpm mengurangi
ekspresi gen ini, hal tersebut tidak terhapus sepenuhnya. Namun, ketika sebuah elemen Spm
auotonom disisipkan ke dalam genom, ekspresi gen pigmentasi benar-benar terhambat di
sebagian besar kernel. Hal ini menunjukkan aktivitas adanya "penekan" pada elemen Spm.
Selain itu, elemen ini merangsang eksisi dari elemen dSpm di beberapa sel, yang menyebabkan
fungsi gen pada klon secara bertahap pulih (kembali). Klon ini, yang yang diketahui memiliki
pigmentasi tingkat tinggi, menunjukkan adanya trans-acting, yaitu fungsi "mutator" dari elemen
Spm.

Baru-baru ini, analisis biokimia telah menunjukkan bahwa aktivitas Ac dan elemen Spm
dikendalikan oleh metilasi nukleotida yang ada dalam urutan DNA. Penelitian tentang ini diteliti
lebih lanjut dan dapat mengantarkan kepada pemahaman yang lebih mendalam tentang
mekanisme yang mengatur perilaku keluarga elemen transposabel.
 Keterangan gambar

Gambar 9.16 Struktur otonom dan nonautonom dari keluarga Spm / dSpm dari unsur yang
berpindah pada jagung. Inverted terminal repeats ditunjukkan oleh panah pendek di ujung
masing-masing elemen. (a) Spm, elemen otonom. Panjang dari urutan DNA ada di dalam
pasangan nukleotida (np). (b) unsur dSpm nonautonom berasal dari unsur Spm dengan
penghapusan urutan internal (kesenjangan). (Setelah N.V. Federoff, Sel 56: 181-191, 1989)

Gambar 9.17 perilaku penekan-mutator di kernel jagung yang dihasilkan dari interaksi antara
elemen dSpm yang dimasukkan ke dalam lokus A. Kernel di sebelah kanan menunjukkan
aktivitas penekan-mutator dari elemen Spm di dalam genom. Wild type kernel di sebelah kiri
menunjukkan pigmentasi penuh. Kernel di tengah menunjukkan secara bertahap pigmentasinya
berkurang akibat penyisipan elemen DOM di lokus A. Kernel di sebelah kanan menunjukkan
aksi dari penekan-mutator dari elemen Spm pada penyisipan dSpm ini. Untuk sebagian besar,
kernel ini tidak berwarna, menunjukkan bahwa fungsi mutan lokus A ditekan oleh produk dari
elemen Spm. Namun, jaringan yang berwarna menunjukkan bahwa unsur ini juga mampu
menginduksi eksisi elemen dSpm yang bertanggung jawab atas mutasi, memulihkan fungsi locus
A. (Setelah N.V. Federoff, Sel 56: 181-191, 1989)

Transposons Drosophila

Elemen trasfosabel banyak di temukan di binatang, tapi informasi yang paling benar adalah dari
penelitian drosophila, dengan 15% DNA yang dapat berpindah. Beberapa jenis transposon sudah
teridentifikasi.

Retrotransposon

Grup terbesar dari transposon drosophila terdiri atas elemen yang mirip seperti retrovirus atau
retrotransposon. Elemen ini terdiri atas 5000-15000 pasang nukleotida dan bentuknya
menyerupai retro virus seperti elemen TY pada ragi. Setiap retrotransposon membatasi diri
dengan yang lainnya melalui sekuens terminal berulang atau LTR yang mengandung ratusan
pasang nukleotida. Kedua LTR tersebut terorientasi kearah yang sama. Dengan tambahan, LTR
terikat melalui sekuens berulang yang terorientasi kearah yang berbeda. Ketika retrotransposon
memasuki kromosom maka akan mencari target untuk menduplikasi, dengan satu kopi di setiap
sisi transposon. Ukuran dari duplikasi ini merupakan karakteristik setiap keluarga transposon.
Dengan cepat member dari keluarga copia memproduksi duplikat 5 pasang nukleotida,
mengingat member dari keluarga gypsy memproduksi duolikat 4 pasang nukleotida. Tempat
target untuk duplikasi selalu terorientasi di arah yang sama.

Masih belum jelas berapa banyak jenis keluarga retrotransposon pada Drosophila, namun
kemungkinan ad lebih dari 30 jenis. Penelitian dengan jenis rantai berbeda mengindikasi ukuran
dari setiap jenis keluarga. Contohnya beberapa rantai dari drosophila hanaya memiliki elemen
gypsy, sedangkan yang lainnya memiliki lebih dari seratus. Bahkan elemen ini bisa bertaburan di
seluruh genom, menempati posisi yang berbeda dan dirantai yang berbeda. Sebagaian besar dari
variasi ini mungkin acak, tapi dari beberapa penelitian menspekulasi beberapa elemendi keluarga
retrotransposon mungkin bisa diregulasi.

Retrotransposon bertanggung jawab pada beberapa proses mutasi genetic pada drosophila klasik.
Gambar 9.19 menunjukkan 4 alel dari lokus putih-X yang berperan dalam penyisipan
retrotransposon. Dalam satu kasus, ekspresi dari lokus ini sudah hilang, meskipun jika pada yang
lain nya tereduksi dari tipe wild. Meskipun sebagian besar penyisipan mutasi retrotransposon
pada drosophila stabil beberapa zat pengembali sudah diteliti. Contohnya penyisipan mutasi
gypsydari lokus wings yang terpotong sesekali kembali ke tipe wild perubahan alel ini
kemungkinan terasosiasi keberadaan elemen gypsy.

Bersamaan dengan elemen Ty pada ragi, transposisi pada retrotransposon drosophila, mungkin
terlibat dengan RNA intermediet. Mekanisme detailnya masih belum diketahui tapi ini menjadi
pemikiran terhadap kemiripan pada proses infeksi retroviral. Pada beberapa kasus terdapat
beberapa fakta mengenai formasi partikel seperti virus tapi belum ada yang bisa
mendemontrasikan adanya kemungkinan untuk berpindah dari satu sel ke sel yang lainnya.
P ELEMENT AND HYBRID DYSGENESIS

Beberapa dari penelitian drossophila transposon fokus pada bagian famili P element gb.
9.20). Transposon yang kecil ini berakhir di dalam 31 nukleotida yang berpasangan terbalik dan
yang diapit oleh 8 pasang duplikasi

Bagian dari P element berubah ukuran. Ukuran yang terbesar sepanjang 2907 pasang
nukleotida, sambungan yang di dalamnya terbalik diulangi, tetapi yang di luar menjadi target
duplikasi. Element komplit ini bergerk secara autonomously karena protein adalah gen pembawa
kode transposose. Ketika protein menempel pada element, protein dapat menggerakkan element
ke posisi yang lain ke dalam genome. P element yang lain berstruktur tidak lengkap (Gb. 20 b).
Termasuk element yang kurang kemampuan memproduksi transposase, mereka memproduksi
sequence terminal dan subterminal yang memerlukan transposase. Konsekuensinya element
dapat bergerak jika transposase memproduksi elemen yang ada genomenya.

Populasi alami Drossophilla memiliki variasi dalam jumlah P element yang berada di
genome, ada yang mencapai 50, beberapa atau tidak sama sekali.Sebelum tahun 1950 strai dari
derivat Drosshophylla tidak memiliki P element. Mereka menganjurkan bahwa strai kosong itu
diberikan ulang dengan kondisi primitive dan P element itu mempunyai populasi alami dari
Drossophylla selama beberapa waktu. Di dalam konteks ini sangat menarik untuk di catat bahwa
yang terdekat adalah D. Melangoster sudah diawetkan dalam kondisi kosong , sedangkan yang
lain jarak spesies lebih relatif. P element yang dibutuhkan. Dalam waktu yang disiapkan tidak
mungkin untuk berkata bagaimana mungkin element ini diperkenalkan ke dalam banyak
perbedaan spesies Drossophylla, bagaimapun banyak penelitian memiliki spekulasi bahwa
mereka memiliki catatan bahwa virus secara alami menginveksi Drossophylla. Seperti proses sel
mengtranduksi E.coli oleh baktheriophage dan IS element.

Proses element pada populasi Drossopylla meningkatkan mekanisme pergerakan regulasi.

Beberapa strain, tergantung dari regulasi induk yang disebut P cytotype Drossophylla dengan
kondisi menahan P element lebih bergerak atau lebih komplet. Ini dapat dilihat dari persilangan
P cytotype terbang denagn yang tidak memiliki P element maupun kemampuan pergerakan
regulasi P element (Gb.9.21). kekurangan kemempuan regulasi dinamakan M cytotype. Hybrid
terjadi dari persilangan antar betian P cytotype dan jantan M cytotype mewarisi P element dari
induknya cytoplasma, pergerakan ini membuat element etrbelenggu . Ini tidak denga bungkus
hybrids dari persilangan timbal balik, PP cytotype jantan jantan dan M cytotype betina betina.
Sepertinya hybride tiadak mewarisi P cytotype melainkan mewarisi P element dari
ayahnya/jantan. Konsekuensinya, P element menghadirkan transposase hybrid yang besar,
syndrome genentik yang tidak normal disebut P-M hybrid dysgenesis. Hal ini termasuk frekuensi
tinggi dalam mutasi dan keruskan kromosome, pemisahan kromosom abberantdan perbedaan
pembungkusnya dan perbedaan gonad yang cacat. Kondisi terakhir penyebab hybrid terbang
menjadi steril. Kerusakan dapat disebabkan pergerakan P element yang luas, ini tanpaknya
mengagetkan bahwa persilangan P jantan X M betina dapat hidup sampai dengan keturunannya.
Bagaimanapun keturunan dari persilangan tampak sehat sebab pergerakan P element terjepit oleh
sel germ line. Di dalam jaringan somatik, pergerakan P element adalah masalah serius. Pemilihan
rintangan dari perubahan karena transposase gene pembawa oleh P element komplet tidak dapat
diekspresi oleh jaringan somatik. Penelitian sekarang di beberapa lab adalah mencoba
menentukan mengapa ini dapat terjadi ?

Ket Gb.9.21. Mediasi P element hybrid dysgenesis dalam Drossophylla

Aktivitas P element terbelenggu oleh bagian seluler yang disebut P cytotype. Sejak bagian induk
mewarisi jenis hybrid bersilang antara Pcytotype betina dan M cytotype jantan tidak banyak
mengalami pergerakan P element. Bagaimanapun, keturunan P cytotype jantan dan M cytotype
betina tidak mewarisi P cytotype jadi mereka mengalami aktivitas besar P element. Aktivitas ini
adalah syndome gene yang tidak normal disebut hybrid dysgenesis.

Genetik Dan Elemen Transposable Secara Signafikan Telah Berevolusi

Mutasi dan kerusakan kromosom

Ada sedikit keraguan bahwa unsur-unsur transposabel berpengaruh terhadap mutasi

pada berbagai organisme . dalam hal ini dapat dibuktikan melalui drosopilla , di mana banyak
alel mutan merupakan sisipan dari transposon. Namun , hasil percobaan dengan perlakuan yang
berbeda terhadap elemeen transposable menduga bahwa terjadinya penyisipan atau mutasi masih
jarang terjadi, kemungkinan di karenakan banyak nya family transposon yang sudah teregulasi.
ketika regulasi ini terjadi, maka terjadi transposisi , sehingga banyak mutasi terjadi secara
bersamaan. Inilah yang terjadi pada elemen P yang bergerak pada drosophila yang di hybridisasi
secara disgenik.
Elemen tranposoble juga menyebabkan kerusakan kromosom . hal ini dapat dibuktikan
dengan perilaku pada elemen dSpm jagung dan elemen P pada drospilla . dalam kedua kasus
tersebut, kerusakan dapat menyebabkan hilangnya atau penataan ulang materi kromosom .
kadang-kadang unsur transposebel dapat membantu rekombinasi antara molekul DNA .
Salah satu contoh adalah penyisipan plasmid F kedalam cromosom E-coli dibantu oleh elems-
IS. Contoh lain adalah penataan ulang struktur kromosom X pada drosopilla yang diikuti
rekombinasi antara transposon homolog yang terletak di posisi berbeda. J.K.Lim telah
menemukan bahwa satu famili dari elemen transposabel yang ( disebut dg bobo ) ternyata dapat
memediasi banyak peristiwa, yang mengarah pada penghapusan atau Inversi dari segmen besar
kromosom . hal ini menyebabkan adanya dugaan bahwa transposon mungkin berperan dalam
evolusi struktur kromosom.
Kegunaan analisis genetika

Kemampuan alami elemen transposabel yang menyebabkan mutasi telah banyak

dimanfaatkan di laboratorium. Pada beberapa organisme, kemampuan tersebut mungkin dapat
menstimulasi transposisi segolongan bagian elemen, dengan cara demikian dapat menambah
rentang mutasi alami. Metode ini lebih menguntungkan daripada metode tradisional, yaitu proses
induksi mutasi karena semua elemen transposable yang telah menyebabkan mutasi oleh adanya
penyisipan ke dalam gen dapat menyediakan penanda untuk penelitian lebih lanjut dan detail.
Kejadian ini dapat diamati paling baik pada Drosophila, dengan tehnik hibridisasi insitu daapat
digunakan untuk menentukan lokasi penyisipan transposon. Pada tehnik ini, squens yang dilabel
secara radioaktif terbuat dari stran-tunggal, kemudian dihibridisasi menjadi DNA stran-tunggal
pada kromosom raksasa kelenjar saliva. Proses reaksi hibridisasi terjadi di permukaan kaca
benda, dimana kromosom telah terpisah akibat proses penggepengan preparat kelenjar saliva.
Ketika reaksi hibridisasi telah sempurna, proses penempatan squens radioaktif dapat ditentukan
melalui autoradiografi. Pada gambar 9.22 menunjukkan hasil khusus. Kromosom pada squash ini
dihibridisasi dengan squens elemen gypsy, autografi, dan penodaan. Setiap spots hitam pada
gambar 9.22 mengindikasikan dimana squens gypsy radioaktif dihibridisasi dengan DNA
kromosom. Spot-spot ini mengindentifikasi adanya site kromosom yang mengandung elemen
gypsy.

Beberapa gen yang termutasi akibat penyisipan sebuah elemen tramnsposabel dikatakan
berlabel. Kata ini digunakan dengan sengaja untuk menyebut gen yang sudah teridentifikasi.
Proses penandaan transposon dapat digunakan untuk mengidentifikasi squanse gen secara besar
atau. Hal ini adalah tehnik standar dalam kahlian tehnik genetic.

Elemen tramsposabel juga berguna dalam transformasi genetic pada organism tingkat tinggi. Sel-
sel organism tingkat tinggi juga ddapat bertransformasi melalui kerjasama secara fisik fragmen-
fragmen DNA. Akan tetapi, frekuensi tranformasi secarah signifikan bertambah jika frgmen
DNA disisipkan ke element transpposabel. Kemungkinan, sistem yang paling canggih telah
berkembang akibat penggunaan elemen P pada Drosophila. Pada sistem ini elemen nonautonom
menyediakan vector transformasi dan elemen lengkap menyediakan cadangan enzim transposase
yang dibutuhkan untuk menyisipkan vector ke kromosom sel Drosopila. Secara praktis, semua
squens DNA dapat diganti dengan elemen vector. Pada eksperimen khusus campuran antara
elemen vector dan elemen komplit diinjeksi pada embrio muda Drosophila. Jika injeksi tidak
terlalu trauma, embrio akan bertahan dan berkembang dengan sehat, fertile, dan dewasa. Selama
perkembangan, ada kesempatan enzim transpoase yang akan mengkatalis pensisipan elemen
vector pada kromosom Drosophila .

Dengan mengguanakan teknik ini, ratusan Drosophila telah bertransformasi , beberapa pembawa
DNA dari organism yang lainaspek lain proses transformasi elemen-mediasi P akan didiskusikan
pada Chapter 24.

MASALAH EVOLUSI

Distribusi yang tersebar luas dari unsur-unsur transposable menyatakan bahwa mereka
telah berperan dalam evolusi. Hipotesis pertama yaitu bahwa unsur-unsur ini adalah elemen
alami untuk merancang dan membangun genentik. Kemampuan mereka untuk mengcopy,
mengubah urutan, dan menyusun kembali lain DNA urutan, seperti gen untuk resistensi
antibiotik, dapat juga diartikan sebagai manfaat untuk organisme yang membawanya. Dalam
pandangan ini, unsur-unsur transposabel telah menyebar karena mereka telah memberi suatu
keuntungan selektif kepada pembawa mereka. Hipotesis lain adalah bahwa unsur-unsur yang
berpindah sudah menyebar karena mereka mempunyai suatu kemampuan untuk berkembang
biak secara bebas dari mesin replikasi yang normal. Ini tidak berlaku untuk semua transposon,
tetapi mungkin itu berlaku untuk beberapa diantara meraka seperti unsur-unsur bakteri yang
mengubah urutan dengan suatu mekanisme replikasi.dalam pandangan ini, unsur yang berpindah
sedikit lebih dari genom parasit- segmen DNA yang meniru dengan keiningannya sendiri,
bahkan mungkin dapat merugikan penghuninya.

Bagaimana mungkin trasnposon pertama telah berevolusi? N. Kleckner telah

menyarankan transposon primordial mungkin muncul dengan modifikasi gen yang mengkode
enzim untuk pembuatan dan perbaikan DNA yang telah pecah. Semua itu akan menjadi
kebutuhan bagi enzim untuk mengmebangkan tingkat spesifisitas sederhana, mungkin dengan
mengenali DNA urutan tertentu untuk enam atau delapan pasangan nukleotida. Urutan seperti
ini mungkin terjadi secara kebetulan pada orientasi terbalik pada kedua sisi gen, menciptakan
suatu situasi di mana produk gen dapat saling berhubungan dengan masing-masing urutan
mengapit. Dengan memetong dan menyisipkan DNA, enzim dapat dimodifikasi kemudian bisa
merefleksikan seluruh unit ke posisi baru dalam genom, unit tersebut ada karena bertindak
sebagai transposon primordial.

Pertanyaan lain manyangkut hubungan evolusi antara retrotransposon, seperti elemen Ty

ragi dan penuh dengan retrovirus. Secara bersamaan, kesatuan ini telah disebut dengan
retroelemen. A.J. Kingsman dan. M Kingsman sudah mengusulkan bahwa retrovirus telah
mengembangkan dari yang lebih retrotransposon sederhana dengan penambahan suatu gen
(disebut enw) yang mensintesis protein membran. Dengan penambahan ini retroelemen dapat
menghasilkan suatu partikel yang mampu melepaskan dari satu sel dan memasuki yang lain.
partikel seperti itu akan bersifat cepat menyebar dan karena itu akan menyediakan retroelemen
dengan kesempatan untuk mengubah urutan antara genom seperti dalam diri mereka.