Kimia DNA
Disusun untuk memenuhi tugas terstruktur mata kuliah Fisiologi Hewan Air
Disusun Oleh :
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
2017
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
DNA merupakan kependekan dari deoxyribonucleic acid atau dalam Bahasa
Indonesia sering juga disebut ADN yang merupakan kependekan dari asam
deoksiribonukleat. DNA atau ADN ini merupakan materi genetik yang terdapat dalam tubuh
setiap orang yang diwarisi dari orang tua. DNA terdapat pada inti sel di dalam
struktur kromosom dan pada mitokondria. DNA (deoxsiribonukleidacid) , adalah rangkaian
molekul penentu bentuk dan sifat semua makluk hidup. Semua makluk hidup punya DNA.
Semua mempunyai kode genetik yang menentukan bentuk dan sifat sifat mereka. Secara
umum, DNA sangat penting bagi sebuah sel karena berperan sebagai materi genetik; dimana
DNA menyimpan cetak biru (Blue print) bagi segala aktivitas sel kecuali pada beberapa jenis
virus (dan virus tidak termasuk organisme).
1.2 Rumusan Masalah
1. Apa yang dimaksud dengan DNA?
2. Apa saja penyusun dan struktur kimia DNA?
3. Jelaskan mengenai fungsi DNA?
4. Apa yang dimaksud dengan Replikasi DNA?
5. Apa yang dimaksud dengan Translasi DNA?
6. Apa yang dimaksud dengan Transkripsi DNA?
1.3 Tujuan
1. Untuk memaparkan pengertian DNA
2. Untuk menjelaskan penyusun DNA
3. Untuk menjelaskan mengenai fungsi DNA
4. Untuk memaparkan Replikasi DNA
5. Untuk memaparkan Translasi DNA
6. Untuk menjelaskan Transkripsi DNA
BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Pengertian DNA
DNA (Deoxyribonucleic Acid) merupakan salah satu jenis asam nukleat yang
berberan sebagai materi genetik yang menurunkan sifat tertentu dari satu generasi ke generasi
turunannya. DNA juga berperan dalam pertumbuhan dan pembelahan sel. Secara umum,
DNA sangat penting bagi sebuah sel karena berperan sebagai materi genetik; dimana DNA
menyimpan cetak biru (Blue print) bagi segala aktivitas sel kecuali pada beberapa jenis virus
(dan virus tidak termasuk organisme).
2.2 Penyusun dan Struktur Kimia DNA
Nukleotida (mononukleotida) merupakan salah satu penyusun DNA. Setiap
nukleotida tersusun atas 3 komponen, antara lain: sebuah basa nitrogen, sebuah gula pentosa
yaitu deoksiribosa, dan satu gugus fosfat. Basa nitrogennya meliputi basa purin dan basa
pirimidin. Basa purin meliputi guanin (G) dan adenin (A), basa pirimidin meliputi sitosin (C)
dan timin (T). Basa nitrogen purin dari heliks, yang satu berpasangan dengan basa pirimidin
dari heliks yang lain membentuk struktur yang disebut double helix (heliks atau rantai
ganda).
Struktur molekul DNA pertama kali diungkapkan oleh james watson dan francis crick
pada tahun 1953 berdasarkan atas foto difraksi sinar x yang dibuat oleh Rosalind Franklin
dan maurice wilikins. Berdasarkan atas data kimia dan ganda (double helix ). Untal-ganda
DNA tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang berpilin. Kedua rantai mempunyai
orientasi yang berlawanan (antipararel) : rantai yang satu mempunyai orientasi 5 3,
sedangkan rantai yang lain berorientasi 3 5. Kedua rantai tersebut berkaitan dengan
adanya ikatan dengan cytosine (C). Ikatan antara A-T berupa dua ikatan hidrogen, sedangkan
antara G-C berupa tiga ikatan higrogwn sehingga ikatan G-C lebih kuat. Spesifisitas
pasangan basa semacam ini disebut sebagai sebagai komplementaritas (complementarity).
Proporsi basa A dan T serta G dan C selalu sama sehingga komposisi DNA dapat dinyatakan
dengan kandungan G + C (G+C conten) yang berkisar dari 26% sampai 74%. Hal ini dikenal
sebagai hukum chargaff. Erwin chargaff pada tahun 1950 mempublikasikan hasil
penilitiannya mengenai komposisi pada berbagai jasad hidup .
Kerangka gula deoksiribosa dan fosfat yang menyusun DNA terletak di bagian luar
molekul, sedangkan basa purin dan pirimidin terletak di sebelah dalam untaian (helix). Basa-
basa purin dan pirimidin yang berpasangan terletak pada bidang datar yang sama dan tegak
lurus terhadap aksis untaian DNA. Diameter untaian DNA adalah 20A (angstrom). Diameter
untaian bersifat konstan karena basa purin akan selalu berpasangan dengan basa pirimidin.
Pasangan-pasangan basa berurutan berjarak 3.4A satu sama lain dan berotasi sebesar 360o.
Struktur untaian berulang setiap 10 basa, atau dengan kata lain ada 10 pasangan basa setiap
putaran untaian. Untaian DNA mempunyai dua lekukan (groove) eksternal yaitu lekukan
besar (major groove) dan lekukan kecil (minor groove). Kedua lekukan tersebut mempunyai
peranan sebagai tempat melekatnya molekul protein tertentu.
REPLIKASI
Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini
diperlukan ketika sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet,
pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel
turunan memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya, proses
replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai
yang satu merupakan konjugat dari rantai pasangannya. Dengan kata lain,
dengan mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat
dengan mudah dibentuk
Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu
yang terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan
enzim pembantu pembentukan rantai DNA baru yang merupakan suatu
polimer. Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada
titik-titik tertentu di sepanjang rantai DNA.
Pada gambar terlihat bahwa lima karbon pada gula deoksiribosa di beri nomor
1 hingga 5 .Terdapat gugus fosfat yang berikatan pada karbon nomor 3 atau 5.
Hasilnya terdapat dua buah pita DNA dengan polaritas berbeda.
DNA polimerase dapat mensintesis DNA baru dengan arah 53.Oleh karena
itu,dalam pembentukan DNA baru akan terdapat pembentukan pita kontinu dan
diskontinu.Pita DNA kontinu terbentuk dari arah 53 tanpa terputus.Pita DNA
diskontinu akan terbentuk dari arah 35 terputus-putus. Pembentukannya di awali
dengan pembentukan RNA primer oleh enzim primase dan di teruskan oleh DNA
polimerase membentuk fagmen DNA yang di sebut fagmen okazaki.
RNA primer akan di gantikan DNA bersamaan dengan penyambungan
fragmen okazaki oleh enzim ligase.Akibatnya,terbentuk pita DNA baru yang utuh.
Perhatikan gamabr berikut!
6. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung
fragmen-fragmen DNA
2.4.2 TRANSLASI
Pada prokariota yang terdiri dari satu ruang, proses transkripsi dan translasi
terjadi bersama-sama. Translasi merupakan proses penerjemahan kodon-kodon
pada mRNA menjadi polipeptida. Dalam proses translasi, kode genetik merupakan
aturan yang penting. Dalam kode genetik, urutan nukleotida mRNA dibawa
dalam gugus tiga tiga. Setiap gugus tiga disebut kodon. Dalam translasi, kodon
dikenali oleh lengan antikodon yang terdapat pada tRNA.
Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi,
elongasi, dan terminasi. Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang
membantu mRNA, tRNA, dan ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan
elongasi rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi. Energi ini
disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan
ATP (http://substansigenetika.net/wp/tag/2-translasi/).
1. Insiasi
Tahap inisiasi terjadi karena adanya tiga komponen yaitu mRNA, sebuah tRNA
yang memuat asam amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit ribosom.
Tahap inisiasi dari translasi terjadi dengan adanya mRNA, sebuah tRNA yang
memuat asam amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit ribosom. Dalam
kompleks inisisasi, ribosom membaca kodon pada mRNA. Pembacaan
dilakukan untuk setiap 3 urutan basa hingga selesai seluruhnya
(http://substansigenetika.net/wp/tag/2-translasi/).
Sebagai catatan ribosom yang datang untuk membaca kodon biasanya tidak hanya
satu, melainkan beberapa ribosom yang dikenal sebagai polisom membentuk
rangkaian mirip tusuk sate, di mana tusuknya adalah mRNA dan daging adalah
ribosomnya. Dengan demikian, proses pembacaan kodon dapat berlangsung
secara berurutan. Ketika kodon I terbaca ribosom (misal kodonnya AUG), tRNA
yang membawa antikodon UAC dan asam amino metionin datang. tRNA masuk
ke celah ribosom. Ribosom di sini berfungsi untuk memudahkan perlekatan yang
spesifik antara antikodon tRNA dengan kodon mRNA selama sintesis protein. Sub
unit ribosom dibangun oleh protein-protein dan molekul-molekul RNA ribosomal
(http://substansigenetika.net/wp/tag/2-translasi/).
2. Elongasi
Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino-asam amino ditambahkan satu per
satu diawali dari asam amino pertama (metionin). Kodon RNAd pada ribosom
membentuk ikatan hidrogen dengan antikodon molekul RNAt yang komplemen
dengannya. Molekul RNAr dari subunit ribosom besar berfungsi sebagai enzim,
yaitu mengkatalis pembentukan ikatan peptida yang menggabungkan polipeptida
yang memanjang ke asam amino yang baru tiba. Pada tahap ini, polipeptida
memisahkan diri dari RNAt tempat perlekatannya semula, dan asam amino pada
ujung karboksilanya berkaitan dengan asam amino yang dibwa oleh RNAt yang
baru masuk (Ayu, 2007).
Saat RNA berpindah tempat, antikodonnya tetap berkaitan dengan kodon RNAt.
RNAd bergerak bersama-sama dengan antikodon ini da bergeser ke kodon
berikutnya yang akan ditranslasi. Sementara itu, RNAt sekarang tanpa asam
amino karena telah diikatkan pada polipeptida yang sedang memanjang.
Selanjutnya RNAt keluar dari ribosom. RNAd bergerak melalui ribosom ke satu
arah saja, mulai dari ujung 5. Hal ini sama dengan ribosom yang bergerak 5 3
pada RNAd. Hal yang penting disini adalah ribosom dan RNAd bergerak relatif
satu sama lain, dengan arah yang sama, kodon demi kodon (Ayu, 2007).
3. Terminasi
Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga ribosom
mencapai kodon stop. Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, dan UGA.
Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino melainkan bertindak sebagai
sinyal untuk menghentikan translasi (http://substansigenetika.net/wp/tag/2-
translasi/).
1. Inisiasi
Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat
pada suatu tempat di dekat promoter, yang dinamakan tempat awal
polimerisasi atau tapak inisiasi (initiation site). Tempat ini sering dinyatakan
sebagai posisi +1 untuk gen yang akan ditranskripsi. Nukleosida trifosfat
pertama akan diletakkan di tapak inisiasi dan sintesis RNA pun segera dimulai.
2. Elongasi
Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai
DNA cetakan membentuk kompleks transkripsi. Selama sintesis RNA
berlangsung kompleks transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA
cetakan sehingga nukleotida demi nukleotida akan ditambahkan kepada untai
RNA yang sedang diperpanjang pada ujung 3 nya. Jadi, elongasi atau
polimerisasi RNA berlangsung dari arah 5 ke 3, sementara RNA
polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3 ke 5 di sepanjang untai DNA
cetakan.
3. Terminasi
Berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh disosiasi kompleks transkripsi
atau terlepasnya enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya dari
untai DNA cetakan. Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil sintesis.
Hal ini terjadi ketika RNA polimerase mencapai urutan basa tertentu yang
disebut dengan terminator.
Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi
yang hanya bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri)
dan terminasi yang memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein rho).
Di antara keduanya terminasi diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri terjadi
pada urutan basa palindrom yang diikuti oleh beberapa adenin (A). Urutan
palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca dari dua arah yang
berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa
basa tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai ujung
terminasi berbentuk batang dan kala (loop).
Inisiasi transkripsi tidak harus menunggu selesainya transkripsi sebelumnya.
Hal ini karena begitu RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50
hingga 60 nukleotida, promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain.
Pada gen-gen yang ditranskripsi dengan cepat reinisiasi transkripsi dapat
terjadi berulang-ulang sehingga gen tersebut akan terselubungi oleh sejumlah
molekul RNA dengan tingkat penyelesaian yang berbeda-beda.
BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
DNA (Deoxyribonucleic Acid) merupakan salah satu jenis asam nukleat yang
berberan sebagai materi genetik yang menurunkan sifat tertentu dari satu generasi ke
generasi turunannya. DNA tersusun dari satu nukleotida (mononukleotida). Setiap
nukleotida tersusun atas 3 komponen, antara lain: sebuah basa nitrogen, sebuah gula
pentosa yaitu deoksiribosa, dan satu gugus fosfat. Ada 3 fungsi DNA secara umum,
yaitu pembawa informasi genetis, berperan dalam duplikasi diri dan pewarisan sifat, dan
ekspresi informasi genetik. DNA juga mempunyai peran dibidang perikanan atau
perairan, yaitu sebagai teknologi rekombinan dan juga replikasi.
DAFTAR PUSTAKA
Abdul Hamid A Toha. 2001. Deoxyribonucleac Acid: Keanekaragaman, Ekspresi, Rekayasa,
dan Efek Pemanfaatannya. Bandung: ALFABETA
Ayulana, Diah,dkk. Biologi 3 SMA dan MA Untuk Kelas XII. Jakarta . 2007
Campbell NA, Reece JB, & Mitchell LG. 1999. Biologi Edisi Kelima JIlid 1. Terjemahan
Rahayu Lestari, Erlangga, Jakarta. (322)
http://substansigenetika.net/wp/tag/2-translasi/. Diakses pada tanggal 9 Desember 2017.
Sumardjo damin.2006.Pengantar Kimia.Jakarta.Penerbit Buku Kedokteran EGC.
Yuwono triwibowo.2005.Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga