9/21/2016

PERTEMUAN 2

BIOMOLEKUL;
2. Asam amino & Protein
Dr. Refli., MSc
Jurusan Biologi
FST UNDANA Kupang
2016

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

Pendahuluan
Protein, asam amino, peptida & proteomik;
makromolekul biologi yang paling melimpah pada sel dan
tubuh
Memiliki ukuran yang bervariasi
Memiliki fungsi biologi yang beragam
Tersusun atas monomer
asam amino
20
macam asam esensial penyusun tubuh
Dalam struktur protein , asam amino sebagai monomer
dihubungkan dengan asam amino lainnya oleh ikatan
peptida
Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

1
 9/21/2016

Pendahuluan lanjt..
Protein, asam amino, peptida & proteomik;
Tahapan utama sintesis protein dalam sel : transkripsi dan
translasi
ekspresi gen
Kajian tentang protein seluler
Proteomik
tujuannya
mengklasifikasi dan karateriksasi protein seluruh produk protein yang
disandi oleh DNA
Mengamati mekanime pengaturan dan ekspresi gen
Menentukan struktur setiap protein
Mempelajari interaksi protein dengan biomolekul lainnya

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

ASAM AMINO
Strutur & Sifat :
Monomer dari polipeptida atau
protein
Memiliki gugus amin (-NH2) dan
gugus karboksilat (-COOH)
Berbentuk ion dipolar atau pH 7,0
switterion pada pH 7,0

Ion switterion
Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

2
 9/21/2016

ASAM AMINO lanjt ..

Dua puluh asam amino esensial bagi
tubuh merupakan asam amino alfa (-
amino acid)
Setiap asam mino terdiri atas gugus
amin (-NH2) dan karboksilat (COOH)
hidrogen (-H) dan gugul alkil (-R) terikat
pada atom C.
Atom C yang menyusun rangka asam
amino ditandai dengan huruh yunani C1

, C2
, C3
; C4

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

Klasifikasi asam amino

Klasifikasi asam amino
Berdasarkan sifat gugus (-R)

Asam amino non polar Asam amino polar, netral Asam amino polar, bermuatan

R= gugus fungsi yang membentuk

R= gugus yang mengandung
asam (-COOH) atau membentuk
heteroatom; N, O atau S ,
basa (-NH2).
dengan pasangan elektron yang
R = gugus alifatik atau tersedia bagi pembentukan Contoh: Aspartat, glutamat lisisn,
aromatik
bersifat arginin, dan histidin
hidrogen dengan H2O. Gugus
hidrofobik. Contoh alkil berupa OH, -SH, NH2.
Glisin , alanin, valin, Contoh Serin, treonin, sistein,
leusin, isoleusin, prolin, tirosin, asparagin dan glutamin
fenilalanin, metionin,
triptofan

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

3
 9/21/2016

Klasifikasi asam amino

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

Klasifikasi asam amino

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

4
 9/21/2016

Klasifikasi asam amino

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

IKATAN PEPTIDA
Bagaimana ikatan peptida terbentuk?
Ikatan peptida terbentuk melalui reaksi kondensasi dua molekul asam
amino membentuk satu dipeptida disertai pelepasan 1 molekul air
(dehidrasi)

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

5
 9/21/2016

2.2. IKATAN PEPTIDA

Pembentukan ikatan peptida;

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Pendidikan Biologi FKIP Universitas Artha Wacana Kupang. 2016

Protein ; Jenis Protein struktural

Protein Struktural

Protein membran
Protein fibrous Protein globular

Protein yang berinteraksi dengan lipid

Terdiri atas lebih dari satu bilayer membran.
untaian protein primer dan Protein uyang berlekaan dengan lipid
satu protein sekunder sulit membran bersifat hidrofobik,
larut dalam air sementara yang menghadap ke luar sel
Contoh; keratin dan kolagen atau ke dalam sel bersifat hidrofilik
Contoh; ATP Synthase
Protein yang berbentuk bulat,
bagian hidrofilik menghadap
keluar sehingga dapat larut di
air. Contoh Heamoglobin
Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

6
 9/21/2016

Tingkatan Protein berdasarkan dimensi

Tingkatan Protein

Protein primer
Protein Kuartener

Protein yang Protein sekunder

berbentuk linear
yang disatukan oleh
ikatan peptida
Protein dimana struktur
primer berulang dan
biasanya dihubungkan
oleh ikatan hidrogen
Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016
Protein tersier
Protein yang dibina oleh
lebih dari satu
Protein yang mebentuk struktur subunitppenyusun
tiga dimensi, lebih stabil karena (monomer).
adanya ikatan lain selain peptida, Dimer= 2 monomer
hidrogen, terdapat jembatan Trimer dan pentamer = 3
ikatan sulfida dan garam dan 4 monomer, dst

monomer

Tingkatan Protein berdasarkan dimensi

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

7
 9/21/2016

Insulin sebagai salah satu contoh protein primer

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

Protein ; Jenis Protein struktural

Protein

Protein Protein Majemuk

Sederhana

hanya tersusun atas asam-

asam amino. Contoh : Tersusun oleh asam-asam
Tripsin, Kimotripsin, insulin amino dan non-asam amino
seperti logam, molekul organik
sederhana .
Contoh : Haemoglobin (protein
dan Fe)

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

8
 9/21/2016

Protein Majemuk

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

Fungsi Protein
Fungsi Protein

enzim
Reseptor Pertahanan diri
Pepsin
merupah Hormon
protein menjadi
pepton transporter
ATP sintatse Antibodi

Haemoglobin
mengangkut
Insulin
mengubah Oksigen
glukosa menjadi glikogen Aquaporin
protein pengangkut
Glukagon
mengubah air
glikogen menjadi glukosa Glikoprotein pada
membran plasma
Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

9
 9/21/2016

Terima Kasih

Refli. Materi Kuliah Biokimia. Jurusan Biologi FST Universitas Nusa Cendana. 2016

10