TUGAS REKAYASA GENETIKA

bioteknologi tumbuhan

Nama : Dian latifa

NIM : 21116015

PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI

SEKOLAH ILMU DAN TEKNOLOGI HAYATI

INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG

2016
 TUGAS REKAYASA GENETIKA

1. Apa itu gen gun?

Gambar alat Gen gun

Gen gun adalah suatu metode fisik untuk mentransfer DNA ke

dalam sel atau jaringan makhluk hidup. Pada metode ini partikel DNA ditembakkan secara
langsung ke dalam sel atau jaringan tanaman (Klein et al.1988). DNA yang akan ditransfer
perlu dilapisi dengan manik-manik emas (gold beads) atau partikel tungsten. Selanjutnya,
gelombang gas helium yang dikompresi akan mendorong DNA tersebut ke dalam sel atau
jaringan dengan kecepatan tinggi. Partikel DNA tersebut awalnya akan menembus dinding
sel dan membrane, kemudian partikel DNA berdifusi dan menyebar ke dalam sel secara
independen. Untuk melakukannya digunakan senjata yang dapat menembakkan mikro-
proyektil berkecepatan tinggi ke dalam sel tanaman. Mikro-proyektil tersebut akan
mengantarkan DNA untuk masuk ke dalam sel tanaman. Penggunaan senjata gen
memberikan hasil yang bersih dan aman, meskipun ada kemungkinan terjadi kerusakan sel
selama penembakan berlangsung. kelemahan lainnya adalah apabila DNA berukuran terlalu
besar, dapat terjadi penggumpalan partikel dan efisiensi transfer DNA berkurang.

Metode gen gun

Metode ini dikenal sebagai 'biolistics' yang terdiri dari 4 langkah:

Langkah 1. Gen gun disiapkan.

Langkah 2 chamber diisi helium dan diberi tekanan terhadap disk.

Langkah 3 Tekanan yang telah diberikan tadi akhirnya mencapai titik di mana disk akhirnya
pecah, dan ledakan yang dihasilkan dari helium mendorong DNA yang dilapisi emas dan
dilapisi lagi dnegan macrocarrier pada bagian terluar ('Plastic Disk') ke layar berhenti.

Langkah 4 Ketika macrocarrier mengenai layar, partikel DNA yang berlapis emas akan
didorong melewati layar dan masuk ke dalam sel target.

Aplikasi gen gun pada tumbuhan

Target gen gun pada tumbuhan biasanya berupa kalus atau sekelompok embrio yang
belum matang yang tumbuh pada media gel dalam cawan Petri. Setelah DNA dilapisi partikel
emas dikirim ke sel-sel, DNA lalu digunakan sebagai template untuk transkripsi (ekspresi
transien) dan kadang-kadang terintegrasi ke dalam kromosom tanaman.

DNA yang dikirim tersebut mengandung selectable marker, dan selanjutnya sel-sel
yang bertransformasi akan dipilih lalu dibudayakan menggunakan metode kultur jaringan.
Misalnya, DNA yang dikirim tersebut mengandung gen yang memberikan resistensi terhadap
antibiotik atau herbisida, sel-sel yang bertransformasi akan mengandung resistensi terhadap
antibiotik dan herbisida tersebut. Sel yang bertransformasi dapat diperlakukan dengan
serangkaian hormon tanaman, seperti auksin dan giberelin, dan tanaman tersebut pada
akhirnya akan terorganisir menjadi individu baru yang lengkap. Kemampuan generasi ini
disebut totipotency. Hasilnya didapatkan tanaman dengan sifat baru yang dapat diwariskan.

2. Jelaskan tentang CRISPR CAS 9

Pengertian CRISPR CAS 9

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats yang disingkat

menjadi CRISPR adalah suatu segmen DNA tertentu pada prokariota (bakteri dan archaea)
yang terdiri dari sekuens atau urutan nukleotida dengan pengulangan pendek. Masing-masing
pengulangan tersebut diikuti dengan segmen pendek lainnya yakni DNA Spacer. DNA spacer
CRISPR ini mampu mengenali dan memotong elemen genetik eksogen dengan cara analog
dengan RNAi pada sebuah organisme eukariotik secara selang-seling seperti gambar berikut :

Gambar 1. Sistem Genom CRISPR/Cas9.

 Fungsi dari gen CRISPR adalah sebagai sistem imun pada prokarita tersebut dari
infeksi, konjugasi, dan transformasi akibat serangan meteri genetik asing. Sedangkan CAS
atau CRISPR associated proteins adalah enzim endonuklease yang dihasilkan oleh gen dari
"cas operon". Gen cas terdapat dua kelas, yakni kelas 1 yang merupakan sistem kompleks
untuk memotong materi genetik asing, sedangkan kelas 2 hanya menggunakan protein
tunggal dengan tujuan yang sama. Masing-masing kelas tersebut dibagi lagi menjadi tipe cas
salah satunya Cas9 pada gambar 2.

Gambar 2. Struktur protein Cas9

Cas9 sendiri sebenarnya merupakan nuklease, yaitu sebuah enzim khusus yang
mampu memotong DNA. Komponen protein Cas9 tersusun atas empat yakni terdiri dari dua
domain protein utama yakni REC dan RuvC . REC dan RuvC dihubungkan oleh daerah yang
kaya akan asam amino arginin (warna biru). Sementara dua komponen berikutnya
yakni HNH dan PAM (Protosapecer-Adjacent Motif) yang merupakan urutan DNA yang
tersusun 2-6 bp. Fungsi masing-masing komponen Cas9 yakni REC dan NHN berfungsi
sebagai endonuklease (memotong DNA), RuvC berfungsi sebagai daerah sisi pengenalan
(recognition site), PAM berfungsi untuk menyisipi urutan DNA target dengan segera ketika
Cas9 mengenali DNA asing yang dijadikan target. PAM juga sebagai pengunci dalam proses
sistem CRISPR/Cas9.

Mekanisme Kerja CRISPR/Cas9 pada Prokariota

Sistem CRISPR-Cas9 adalah dua komponen penting yang sinergis untuk
menghancurkan materi genetik asing. Sistem CRISPR ini merupakan sebuah sistem
kekebalan tubuh prokariotik dimana mampu memberikan kekebalan terhadap elemen-elemen
genetik asing seperti plasmid dan juga fag (bakteriofag/virus bakteri). Secara alami, pada saat
bakteri atau archaea terinfeksi materi genetik asing seperti bakteriofag, maka proses kerja
CRISPR-Cas9 ada tiga mekanisme utama yakni akuisisi DNA, pemrosesan crRNA,
dan interferensi yang disajikan dalam Gambar 3 sebagai berikut:
 Gambar 3. Mekanisme kerja CRISPR-Cas9 pada Prokariota.

Keterangan dari Gambar 3

(1) pada saat DNA asing masuk ke dalam sel
(2) fragmen DNA asing tersebut akan direkam sebagai memori genetik dan disimpan
dalam spacer yang disebut dengan tahapan akuisisi DNA. Ketika ada virus dengan fragmen
DNA yang sudah pernah direkam, langkah selanjutnya adalah pemrosesan crRNA.
(3) Gen CRISPR akan melakukan transkripsi menghasilkan CRISPR RNA (crRNA)
sedangan gen Cas9 akan menghasilkan protein Cas9.
(4) tracrRNA juga disintesis dan bergabung dengan crRNA. Gabungan kedua RNA tersebut
dinamakan guide RNA (gRNA) atau disebut RNA Pemandu. Selanjutnya, (5) RNA pemandu
akan bergabung dengan Cas9.
(6) Kompleks RNA Pemandu/Cas9 akan mengikat DNA asing
(7) dna asing akan dipotong menjadi DNA inaktif.

Keuntungan menggunakan CRISPR Cas 9

Beberapa keuntungan menggunakan metode CRISPR ini diantaranya mampu mengobati
penyakit genetik, melawan infeksi serta peningkatan hasil tanaman pangan.