Pengertian DNA

DNA, Deoxyribose Nucleic Acid adalah asam nukleotida, biasanya dalam bentuk heliks
ganda yang mengandung instruksi genetik yang menentukan perkembangan biologis dari
seluruh bentuk kehidupan sel. DNA berbentuk polimer panjang nukleotida, mengkode
barisan residu asam amino dalam protein dengan menggunakan kode genetik, sebuah kode
nukleotida triplet.

DNA seringkali dirujuk sebagai molekul hereditas karena ia bertanggung jawab untuk
penurunan sifat genetika dari kebanyakan ciri yang diwariskan. Pada manusia, ciri-ciri ini
misalnya dari warna rambut hingga kerentanan terhadap penyakit. Selama pembelahan sel,
DNA direplikasi dan dapat diteruskan ke keturunan selama reproduksi.

DNA bukanlah suatu molekul tunggal, nampaknya ia adalah sepasang molekul yang
digandeng oleh ikatan hidrogen: DNA tersusun sebagai untai komplementer dengan ikatan
hidrogen di antara mereka. Masing-masing untai DNA adalah rantai kimia ?batu bata
penyusun, yakni nukleotida, yang terdiri dari empat tipe: Adenine (A), Cytosine (C), Guanine
(G) dan Thymine (T). DNA mengandung informasi genetika yang diwariskan oleh keturunan
dari suatu organisme; informasi ini ditentukan oleh barisan pasangan basa. Sebuah untai
DNA mengandung gen, sebagai ?cetak biru? organisme. DNA membuat genom organisme.

Struktur DNA

DNA adalah polimer, lebih tepatnya, suatu himpunan dua polimer yang terbelit. Tiap-tiap
monomer yang menyusun polimer ini adalah nukleotida yang terdiri dari tiga elemen: fosfat,
gula dan basa. Gula dan fosfat dari seluruh nukleotida seluruhnya sama, tetapi nukleotida
dapat dibedakan dengan meninjau komponen basanya menjadi empat tipe, termasuk dua
kategori, purin: Adenine (A) dan Guanine (G) yang memiliki dua siklus organik dan
pirimidin: Cytosine (C) dan Thymine (T), yang memiliki satu siklus organik. Satu
pengamatan penting yang menuntun Watson dan Crick ke penemuan terkenal dari struktur
heliks ganda DNA adalah, basa cenderung berpasangan melalui ikatan hidrogen, dan
pasangan yang terbentuk oleh purin dan pirimidin memiliki ukuran yang hampir sama,
sehingga pasangan-pasangan demikian membentuk struktur dua rantai nukleotida berikatan
hidrogen yang sangat teratur. Untuk memahami mengapa dua rantai nukleotida terkait
membentuk heliks ganda, maka harus ditinjau interaksi antara grup penyusun nukleotida.
 Gambar Struktur DNA
(Sumber : http://biosman1sbw.wordpress.com/2010/08/30/struktur-dna/)

Terdapat dua kelas interaksi dasar yang menstabilkan struktur heliks ganda :

Ikatan hidrogen antara basa-basa komplementer;

Interaksi tumpukan (stacking interaction) dari plateu pasangan basa. Barisan pasangan
basa dalam DNA mengkode informasi untuk mensintesa protein, adalah polimer yang
terdiri dari 20 asam amino berbeda. Dalam kaitan dengan gen, DNA mengandung
daerah tak terkode yang peranannya belum sepenuhnya dipahami. Selama replikasi
DNA, yang terjadi selama pembelahan sel, misalnya, molekul dikopi dengan cara
membukanya seperti ritsleting. Transkripsi DNA adalah pembacaan gen tunggal
untuk mensintesa protein.

Model DNA

DNA adalah entitas yang sangat dinamis dan srtukturnya tidak beku. Pernapasan (breathing),
DNA terkandung dalam pembukaan temporer pasangan-pasangan basa [2]. Dalam pemodelan
gerak fungsional DNA, dianalogikan dengan gerak mekanis. Terdapat banyak variasi model
yang mendeskripsikan gerak DNA: kontinyu dan diskrit, spiral dan tak spiral, gerak tiruan
dari setiap atau hampir setiap atom, model homogen dan model-model yang memasukkan
keberadaan barisan basa.

Gambar Model DNA

(Sumber : http://www.nimble2.com/dna.gif).

Model batang elastis dicirikan oleh tiga tipe gerak internal: gerak longitudinal, gerak rotasi
atau berpilin, dan gerak transversal. Model DNA tingkat kedua memasukkan perhitungan
bahwa molekul DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida, dapat dimodelkan dengan dua
batang elastis yang berinteraksi lemah di antara mereka serta tergulung ke dalam spiral
ganda. Analogi diskrit dari model demikian mewakili dua rantai dari cakram yang terkait oleh
pegas longitudinal dan transversal serta kekakuan pegas longitudinal yang jauh lebih kuat
ketimbang pegas transversal.
Model DNA tingkat ketiga memperhitungkan tiap-tiap rantai terdiri dari tiga subunit: gula,
fosfat dan basa. Model DNA tingkat keempat diwakili oleh model kisi DNA dan
mendeskripsikan gerak atom yang menyusun sel kisi. Solusi tipe model DNA tingkat
keempat ini dapat diselesaikan dengan aproksimasi (harmonik) linier. Model DNA tingkat
kelima mensimulasi struktur dan gerak DNA dengan akurasi maksimum dalam model
dinamika molekuler.

Untuk mendeskripsikan gerak internal DNA, digunakan model aproksimasi berbeda. Model
yang paling sederhana dari DNA, katakanlah, model batang elastis dan versi diskritnya.
Untuk mendeskripsikan dinamika internal dari batang elastis, cukup dengan menuliskan tiga
pasang persamaan diferensial: satu persamaan untuk gerak longitudinal, satu persamaan
untuk gerak puntiran (torsional) dan satu persamaan untuk gerak transversal. Untuk
mendeskripsikan versi diskrit diperlukan 3N persamaan.

Model yang lebih kompleks, dengan meninjau molekul DNA yang terdiri dari dua rantai
polinukleotida. Model pertama terdiri dari dua batang elastis yang secara lemah berinteraksi
dan melilit satu sama lain untuk menghasilkan heliks ganda. Model kedua adalah versi
diskritnya. Untuk mendeskripsikan model yang terdiri dari dua batang elastis yang
berinteraksi lemah (dengan mengabaikan helisitas struktur DNA), diperlukan enam
persamaan diferensial tergandeng: dua persamaan untuk gerak longitudinal, dua persamaan
untuk gerak torsional dan dua persamaan untuk gerak transversal dalam kedua batang.
Deskripsi model untuk versi diskritnya terdiri dari 6N persamaan tergandeng

Model berikutnya dengan memasukkan dalam perhitungan bahwa masing-masing rantai

polinukleotida terdiri dari tiga tipe grup atom (basa, gula dan fosfat). Dalam model-model
DNA tersebut di atas, grup berbeda ditunjukkan dengan bentuk geometri yang berbeda, dan
untuk penyederhanaan helisitas struktur DNA diabaikan.

Pembentukan keadaan terbuka DNA dihubungkan dengan deviasi sudut basa dari keadaan
kesetimbangan. Proses ini dideskripsikan dengan menggunakan formalisme Hamiltonian.

Dalam skema penguraian DNA, dua rantai gula-fosfat digambarkan oleh dua garis panjang,
sementara basa ditandai dengan banyak garis pendek. Kusutan (kink) berhubungan dengan
daerah lokal dengan pasangan basa yang terbuka. Solusi tipe kink mendeskripsikan deformasi
lokal (pembukaan pasangan-pasangan basa) bergerak sepanjang molekul DNA.

Sintesis Protein

Replikasi

Replikasi : proses perbanyakan bahan genetik (genom : DNA dan RNA)

Proses yg mengawali pertumbuhan sel
Replikasi akan diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan yg membawa duplikat bhn
genetik hasil replikasi.
Komposisi bahan genetik sel anakan sangat identik dengan komposisi genetik sel
induk. Fungsi replikasi ini merupakan fungsi genotipik.
Kesalahan dlm replikasi bhn genetik dpt mengakibatkan perubahan pd sifat sel-sel
anakan
 Perbedaan struktural molekul bahan genetik (DNA) menyebabkan perbedaan
mekanisme replikasi pada prokariot dan eukariot
Replikasi pd prokariot dimulai dari satu situs awal replikasi (ORI) dan berlangsung ke
dua arah menuju daerah terminasi Replikasi pd eukariot dimulai dari banyak ORI,
bergerak ke dua arah

Gambar Replikasi DNA

(Sumber : http://www.forumsains.com/biologi/bagaimana-dna-mengatur-sifat/)

Ada 3 hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu semikonservatif, konservatif dan dispersif

1. Hipotesis semikonservatif : setiap molekul untai ganda DNA anakan terdiri atas satu
untai-tunggal DNA induk dan satu untai tunggal DNA hasil sintesis baru.
2. Konservatif : DNA untai ganda induk tetap bergabung sedangkan kedua untaian DNA
anakan terdiri atas molekul hasil sintesis baru.
3. Dispersif : molekul DNA induk mengalami fragmentasi sehingga DNA anakan terdiri
atas campuran molekul lama (induk) dan molekul hasil sintesis baru
 (Sumber : http://dc383.4shared.com/doc/xpuHcay6/preview.html)

Diantara ketiga cara replikasi DNA yang diusulkan tersebut, hanya cara semikonservatif yang
dapat dibuktikan kebenarannya melalui percobaan yang dikenal dengan nama sentrifugasi
seimbang dalam tingkat kerapatan atau equilibrium density-gradient centrifugation.

Model replikasi semikonservatif memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk berperan
sbg cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA baru . Dengan demikian, salah satu
bagian yg sangat penting dlm proses replikasi DNA adalah denaturasi awal untaian DNA yg
mrpk proses enzimatis. Denaturasi awal terjadi pd bagian DNA yg disebut ORI. Untaian
DNA membuka membentuk struktur yg disebut garpu replikasi (replication fork).

Garpu replikasi akan bergerak sehingga molekul DNA induk membuka secara bertahap
. Masing-masing untaian DNA yang sudah terpisah, berfungsi sebagai cetakan untuk
penempelan nukleotida-nukleotida yg akan menyusun molekul DNA baru. Sekuens basa
nitrogen DNA baru sesuai dengan sekuens basa cetakan DNA komplementernya.

Replikasi DNA berlangsung dlm tahapan : 1) denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk; 2).
pengawalan (inisiasi) sintesis DNA; 3). Pemanjangan untaian DNA; 4). Ligasi fragmen
DNA; 5) pengakhiran (terminasi) sintesis DNA.

Sintesis untaian DNA yg baru akan dimulai segera setelah ke dua untaian DNA induk
terpisah membentuk garpu replikasi.

Pemisahan dilakukan oleh enzim DNA helikase.

Kedua untaian DNA induk menjadi cetakan dlm orientasi 5-P ke arah 3-OH
Jadi, ada dua untaian DNA cetakan yg orientasinya berlawanan
Garpu replikasi akan membuka secara bertahap
Sintesis untaian DNA baru yang searah dg pembukaan garpu replikasi akan dpt
dilakukan dilakukan tanpa terputus (kontinyu) : untaian DNA awal (leading strand)
Sebaliknya, tahap demi tahap (diskontinyu) : untaian DNA lambat (lagging strand)
Mekanisme replikasi DNA berlangsung secara semidiskontinyu karena ada perbedaan
mekanisme dlm proses sintesis kedua untaian DNA
 Fragmen-fragmen DNA hasil replikasi diskontinyu (fragmen Okazaki) akan
disambung (ligasi) dengan enzim DNA ligase

Polimerisasi DNA hanya dpt dimulai jika tersedia molekul primer : molekul yg digunakan
untuk mengawali proses polimerisasi untai DNA

Primer : molekul DNA, RNA atau protein spesifik

Pada transkripsi : tidak diperlukan primer.
Dlm replikasi DNA in vivo, primer berupa molekul RNA berukuran 10-12 nukleotida
In vitro, misal pada Polymerase Chain Reaction (PCR) : diperlukan DNA sebagai
molekul primer
Fungsi primer : menyediakan ujung 3-OH yg akan digunakan untuk menempelkan
molekul DNA pertama dlm proses polimerisasi
Sintesis RNA primer dilakukan oleh kompleks protein yg disebut primosom
(primase+bbrp protein lain)
Diperlukan lebih dari 1 primer untuk proses sintesis pada untaian DNA lambat
(lagging strand)
Pd. prokariot, polimerisasi dikatalisis DNA polimerase III
Dissosiasi enzim ini dari DNA cetakan terjadi saat bertemu dengan ujung 5-P RNA
primer yg menempel pd bagian lain

RNA primer pd fragmen Okazaki, didegradasi oleh aktivitas eksonuklease yg ada pd enzim
DNA polimerase I.

(Sumber : http://biologigonz.blogspot.com/2009/11/sintesa-protein-2.html)

Bagian RNA yg terdegradasi, diisi oleh molekul DNA, meskipun antar fragmen masih
ada celah (takik = nick)
Celah terbentuk karena belum ada ikatan fosfodiester antara ujung 3-OH pd
nukleotida terakhir yg disintesis oleh DNA polimerase I dengan ujung 5-P fragmen
DNA yg ada didekatnya
Takik ini akan disambung oleh DNA ligase dengan menggunakan NAD atau ATP
sebagai sumber energi
Pada untai DNA awal (leading strand) : hanya diperlukan satu molekul primer pd titik
awal replikasi
Untaian DNA baru disintesis dengan aktivitas DNA polimerase III secara kontinyu.
Replikasi dapat berlangsung ke dua arah yg berlawanan : replikasi dua arah
(bidirectional replication)
Replikasi 2 arah terjadi pada prokariot maupun eukariot
Replikasi pada plasmid colE1 : satu arah
Proses pemisahan untaian DNA dilakukan oleh enzim DNA helikase
 Selain helikase, enzim lain yg berperan dlm pemisahan untaian DNA adalah enzim
DNA girase.
DNA girase adalah salah satu enzim topoisomerase : suatu enzim yg dpt mengubah
topologi molekul DNA yakni dengan memutus ikatan hidrogen
Protein SSb menjaga agar bagian DNA yg sudah terpisah tidak berikatan lagi
sehingga dpt digunakan sebagai cetakan
Protein ini mempunyai sifat kooperatif, artinya pengikatan satu molekul protein pd
untai tunggal DNA akan meningkatkan kekuatan ikat (affinity) molekul yg lain
beberapa ribu kali.

Transkripsi

Transkripsi : proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan DNA menjadi
molekul RNA. Merupakan proses yan mengawali ekspresi sifat-sifat genetik yang nantinya
muncul sebagai fenotip. RNA: selalu single stranded . Pada proses transkripsi hanya 1 untai
DNA yang disalin DNA RNA. Sintesis RNA : 5 3.

Gambar Transkripsi DNA

(Sumber : http://oblktirupifabiounsoed.wordpress.com/2009/03/29/gambaran-umum-materi-olimpiade-
biologi/c7177btrans cription/)

Inisiasi Transkripsi

Pembentukan kompleks promoter tertutup. Pembentukan kompleks promoter terbuka.

Penggabungan beberapa nukleotida awal (sekitar 10 nukeotida). Perubahan konformasi RNA
polimerase karena subunit/faktor dilepaskan dari kompleks holoenzim.

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada

prokariot
Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-faktor transkripsi
dan kompleks enzim RNA polimerase pd daerah promoter
Berbeda dg prokariot, RNA polimerase eukariot tidak menempel secara langsung
pada DNA di daerah promoter, melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yg
disebut faktor transkripsi (transcription factor = TF) .
 TF dibedakan 2, yaitu : 1) TF umum dan 2) TF yg khusus untuk suatu gen n TF
umum dlm mengarahkan RNA polimerase II ke promoter adalah TFIIA, TFIIB,
TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ

Produk Transkripsi

mRNA (messenger RNA) : salinan kode genetik pada DNA yang pada proses translasi akan
diterjemahkan menjadi urutan asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein
tertentu. tRNA (transfer RNA) : berperanan membawa asam amino spesifik yang akan
digabung pada proses translasi (sintesis protein). rRNA (ribosomal RNA) : digunakan untuk
menyusun ribosom sebagai tempat sintesis protein .

Faktor transkripsi

Diperlukan untuk sintesis semua mRNA

Mengenali urutan promoter basal spesifik
Menentukan situs inisiasi transkripsi
Menginstruksikan RNA polimerase II ke tempat tersebut
Bersama-sama dengan RNA polimerase dan promoter basal membentuk Kompleks
inisiasi Transkripsi
Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak,
artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dpt dimulai
Pada eukariot, transkripsi berlangsung di dlm nukleus , sedangkan translasi
berlangsung di dlm sitoplasma (ribosom)
Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan translasi, yg disebut
sebagai fase pasca-transkripsi
Pd fase ini, terjadi proses : 1). Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing);
2). Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3mRNA); 3). Penambahan
tudung (cap) pada ujung 5 mRNA dan 4). Penyuntingan mRNA

Translasi

Translasi adalah proses penerjemahan kode genetik oleh tRNA ke dalam urutan asam amino.
Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan
terminasi. Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA,
tRNA, dan ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi rantai polipeptida juga
membutuhkan sejumlah energi. Energi ini disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu
molekul yang mirip dengan ATP.
 Gambar Langkah-langkahTranslasi
(Sumber : http://biology.unm.edu/ccouncil/Biology_124/Summaries/T&T.html)

TAHAP TRANSLASI :

Inisiasi

Tahap inisiasi terjadi karena adanya tiga komponen yaitu mRNA, sebuah tRNA yang memuat
asam amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit ribosom.

mRNA yang keluar dari nukleus menuju sitoplasma didatangi oleh ribosom, kemudian
mRNA masuk ke dalam celah ribosom. Ketika mRNA masuk ke ribosom, ribosom
membaca kodon yang masuk. Pembacaan dilakukan untuk setiap 3 urutan basa hingga
selesai seluruhnya. Sebagai catatan ribosom yang datang untuk mebaca kodon biasanya tidak
hanya satu, melainkan beberapa ribosom yang dikenal sebagai polisom membentuk rangkaian
mirip tusuk satu, di mana tusuknya adalah mRNA dan daging adalah ribosomnya.
Dengan demikian, proses pembacaan kodon dapat berlangsung secara berurutan. Ketika
kodon I terbaca ribosom (misal kodonnya AUG), tRNA yang membawa antikodon UAC dan
asam amino metionin datang. tRNA masuk ke celah ribosom.

Ribosom di sini berfungsi untuk memudahkan perlekatan yang spesifik antara antikodon
tRNA dengan kodon mRNA selama sintesis protein. Sub unit ribosom dibangun oleh protein-
protein dan molekul-molekul RNA ribosomal.

Elongasi

Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino-asam amino ditambahkan satu per satu pada
asam amino pertama (metionin). Ribosom terus bergeser agar mRNA lebih masuk, guna
membaca kodon II. Misalnya kodon II UCA, yang segera diterjemahkan oleh tRNA berarti
kodon AGU sambil membawa asam amino serine. Di dalam ribosom, metionin yang pertama
kali masuk dirangkaikan dengan serine membentuk dipeptida.

Ribosom terus bergeser, membaca kodon III. Misalkan kodon III GAG, segera diterjemahkan
oleh antikodon CUC sambil membawa asam amino glisin. tRNA tersebut masuk ke ribosom.
Asam amino glisin dirangkaikan dengan dipeptida yang telah terbentuk sehingga membentuk
tripeptida. Demikian seterusnya proses pembacaan kode genetika itu berlangsung di dalam
ribobom, yang diterjemahkan ke dalam bentuk asam amino guna dirangkai menjadi
polipeptida.

Kodon mRNA pada ribosom membentuk ikatan hidrogen dengan antikodon molekul tRNA
yang baru masuk yang membawa asam amino yang tepat. Molekul mRNA yang telah
melepaskan asam amino akan kembali ke sitoplasma untuk mengulangi kembali
pengangkutan asam amino. Molekul rRNA dari sub unit ribosom besar berfungsi sebagai
enzim, yaitu mengkatalisis pembentukan ikatan peptida yang menggabungkan polipeptida
yang memanjang ke asam amino yang baru tiba.

Terminasi

Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga kodon stop mencapai
ribosom. Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, dan UGA. Kodon stop tidak mengkode
suatu asam amino melainkan bertindak sinyal untuk menghentikan translasi. Polipeptida yang
dibentuk kemudian diproses menjadi protein.

Referensi

Wikipedia Encyclopedia, http://en.wikipedia.org/wiki/Dna, 2006.

Michel Peyrard, Nonlinear Dynamics and Statistical Physics of DNA, 2004
Riznichenko Galina Yur?evna, Mathematical Models in Biophysics,
http://www.biophysics.org/education/galina.pdf, May 22, 2006.
Ludmila V. Yakushevich, Is DNA a Nonlinear Dynamical System where Solitary
Conformational Waves are Possible?, J. Biosci., Vol.26, No.3, September 2001, 305-
313, Indian Academy of Sciences.
Korespondensi dengan Ika Nurlaila, tidak dipublikasikan.
Substansi Genetika, http://desybio.wordpress.com/tag/2-translasi/.
Translasi Genetik, Wikipedia
Encyclopedia, http://id.wikipedia.org/wiki/Translasi_(genetik)