BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA adalah rantai doble heliks belipin yang terdiri atas polunikleotida, dan
merupakan bagian terbesar dari nukleus. DNA berfungsi sebagai perawis sifat dan sintesis
protein. Struktur DNA (deoxyriboseniclek aad) yaitu: Gula 5 karbon (deoksiribosa),
Gugus Fosfat, Basa nitrogen. Bentuk DNA adalah rantai doble heliks berpilin ke-kenan.
Dalam DNA terdapat struktur-struktur di atas. Namun jika di ambil 1 lempeng yang
mengandung ikatan Fosfat, gula dan basa nitrogen, maka lempeng tersebut di sebut nikleutida
tetapi jika plat itu hanya basa nitrogen dan gula saja maka di sebut nukleusida. Ada 2
kelompok basa nitrogen yang berikatan pada DNA yaitu: purin, yang terdiri dari basa
nitrogen, adenin dan guanin. pirimidin terdiri dari basa nitrogen sitosin dan timin. Basa
purin selalu berpasangan dengan basa pirimidin melalui ikatan hidrogen. Sedangkan adenin
selalu berpasangan dengan hymine melalui 2 ikatan hidrogen sedangkan Chytosine
berpasangan dengan guanine melalui 3 ikatan hidrogen. Ada 3 cara model replikasi DNA
yaitu model konservatif. Model ini menyatakan bahwa dua rantai DNA hereplikasi tanpa
memisahkan rantai-rantainya model semi konservatif , model ini menyatakan bahwa 2
rantai DNA berpisah kemudian bereplikasi. Model dispersi model ini menyatakan bahwa
DNA terpecah menjadi potongan-potongan yang kemudian bereplikasi. Proses replikasi
terbagi atas 3 tahap insiasi Replikasi tidak berlangsung pada titik acak pada DNA namun
berlangsung pada awal yang disebut tempat awal replikasi elogasi. DNA polimerasi
bertugas untuk memasangkan basa nitrogen baru dengan rantai DNA lama sehingga
terbentuklah rantai DNA yangbaru teriminasi Replikasi berahir saat DNA polimerare
mengenali daerah basa nitrogen yang diulang-ulang. Daerah ini di sebut telomer maka
terbentuklah rantai DNA yang baru pada sintesis protein.
Kemajuan dibidang teknologi belakangan ini memang berkembang sangat pesat,
banyak penemuan baru tentang biologi molukular, diantaranya yaitu adanya sistem kloning.
Sistem kloning itu sendari merupakan suatu proses menghasilkan individu-individu dari jenis
yang sama identik secara genetik. Pada hewan atau tumbuhan tertentu pengkloningan
terbentuk secara alami yaitu kebiasaan proses hewan atau tumbuhan bereproduksi aseksual.
Sedangkan dalam bioteknologi, kloning merujuk pada berbagai usaha yang dilakukan
manusia untuk menghasilkan salinan berkas DNA atau gen, sel atau organisme. Dengan latar
belakang ini, kita dapat memahami tentang DNA rekombinan dan memberi pengetahuan
tentang teknologi DNA rekombinan.

1.2 Rumusan Masalah

1. Apakah yang dimaksud dengan DNA rekombinan?
2. Bagaimanakah teknik teknologi DNA rekombinan ?
3. Bagaimanakah cara pembuatan dan isolasi dari teknologi DNA rekombinan ?
4. Apakah manfaat dari DNA rekombinan

1.3 Tujuan
Untuk mengetahui pengertian DNA rekombinan, teknik teknologi DNA rekombinan, cara
pembuatan dan isolasi dari teknologi rekombinan.

BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Definisi DNA Rekombinan

DNA rekombinan adalah DNA yang mengalami perubahan karena penyisipan
suatu sekuens deuksinukleotida yang sebelumnya tidak terdapat dalam molekul DNA
yang sudah ada dengan cara enzimatik atau kimiawi.
Rekayasa genetika adalah serangkaian teknik untuk memodifikasi dan
merekomendasi gen dari berbagai organisme yang berbeda yang juga disebut teknologi
DNA rekombinan. Teknologi yang dikenal sebagai teknologi DNA rekombinan, atau
dengan istilah yang lebih populer rekayasa genetika, ini melibatkan upaya perbanyakan
 gen tertentu di dalam suatu sel yang bukan sel alaminya sehingga sering pula dikatakan
sebagai kloning gen.

2.2 Teknologi DNA Rekombinan

Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik kejuruteraan genetik yang
melibatkan penggunaan DNA rekombinan - yaitu DNA yang menggabungkan maklumat
genetik dua species organisme yang berlainan. Jika gen-gen ini digabungkan dalam sel
telur atau sel sperma supaya maklumat genetik ini boleh diturunkan kepada progeni,
maka hasil daripada gabungan ini dinamakan organisme transgenik.
Penghasilan DNA rekombinan melibatkan tiga proses:
1. Manipulasi DNA in vitro (luar sel organisma)
2. Gabungan, atau rekombinasi DNA sesuatu organisma dengan DNA bakteria dalam
plasmid atau bakteriofak
3. Pengklonan, atau teknik untuk mereplikasi progeni yang membawa DNA
rekombinan.
Proses-proses diatas pertama kali dilakukan oleh Paul Berg dan A.D. Kaiser pada
tahun 1972. Mereka berjaya memasukkan DNA prokariot kedalam bakteria, kemudian oleh
S.N. Cohen dan Herbert Boyer yang berjaya menggabungkan DNA organisme eukariot
bersama plasmid bakteria.
Komponen yang digunakan dalam teknik DNA rekombinan diantaranya enzim
restriksi untuk memotong DNA, enzim ligase untuk menyambung DNA dan vektor untuk
menyambung dan mengklonkan gen di dalam sel hidup, transposon sebagai alat untuk
melakukan mutagenesis dan untuk menyisipkan penanda, pustaka genom untuk menyimpan
gen atau fragmen DNA yang telah diklonkan, enzim transkripsi balik untuk membuat DNA
berdasarkan RNA, pelacak DNA atau RNA untuk mendeteksi gen atau fragmen DNA yang
diinginkan atau untuk mendeteksi klon yang benar. Vektor yang sering digunakan diantarnya
plasmid, kosmid dan bakteriofag. Enzim restriksi, digunakan untuk memotong DNA. Enzim
restriksi mengenal dan memotong DNA pada sekuens spesifik yang panjangnya empat
sampai enam pasang basa. Enzim tersebut dikenal dengan nama enzim endonuklease
restriksi.
Ada dua bagian terpenting yang selalu digunakan dalam rekayasa genetika yaitu
sebagai berikut :
1. Enzim seluler/Cellular Enzymes
Enzim yang dipakai dalam memanipulasi DNA diantaranya adalah :
 a. enzim Endonuklease, yaitu enzim yang mengenali batas-batas sekuen
nukleotida spesifik dan berfungsi dalam proses restriction atau pemotongan
bahan-bahan genetik. Penggunaan enzim ini yang paling umum antara lain
pada sekuen palindromik. Enzim ini dibentuk dari bakteri yang dibuat
sedemikian rupa sehingga dapat menahan penyusupan DNA, seperti genom
bacteriophage.
b. DNA polimerisasi, yaitu enzim yang biasa dipakai untuk meng-copy DNA.
Enzim ini mengsintesis DNA dari sel induknya dan membentuk DNA yang
sama persis ke sel induk barunya. Enzim ini juga bisa didapatkan dari
berbagai jenis organisme, yang tidak mengherankan, karena semua organisme
pasti harus meng-copy DNA mereka.
c. RNA polimerisasi yaitu enzim yang berfungsi untuk membaca sekuen DNA
dan mengsintesis molekul RNA komplementer. Seperti halnya DNA
polimerisasi, RNA polimerisasi juga banyak ditemukan di banyak organisme
karena semua organisme harus merekam gen mereka.
d. DNA ligase merupakan suatu enzim yang berfungsi untuk menyambungkan
suatu bahan genetik dengan bahan genetik yang lain. Contohnya saja, enzim
DNA ligase ini dapat bergabung dengan DNA atau RNA dan membentuk
ikatan phosphodiester baru antara DNA atau RNA yang satu dengan lainnya.
e. Reverse transcriptases adalah enzim yang berfungsi membentuk blue-print
dari molekul RNA membentuk cDNA (DNA komplementer). Enzim ini dibuat
dari virus RNA yang mengubah genom RNA mereka menjadi DNA ketika
mereka menginfeksi inangnya. Enzim ini biasa dipakai ketika bertemu dengan
gen eukariotik yang biasanya terpisah-pisah menjadi potongan kecil dan
dipisahkan oleh introns dalam kromosom.
2. Vektor natural/ Natural Vectors
Sebagai salah satu cara untuk memanipulasi DNA di luar sel, para ilmuwan dalam
bioteknologi harus bisa membuat suatu tempat yang keadaannya stabil dan cocok dengan
tempat DNA yang dimanipulasi. Sekali lagi, alam telah memberikan solusi dari masalah ini.
Vektor disini bisa diartikan sebagai alat yang membawa DNA ke dalam sel induk barunya.
Agar suatu metode dalam rekayasa genetika dianggap berhasil, di dalam vektor, DNA hasil
rekombinan seharusnya benar-benar hanya dibawa setelah sebelumnya DNA rekombinan
digabungkan dengan DNA vektor melalui enzim ligase. Namun di dalam vektor, DNA
rekombinan tidak termutasi lagi membentuk DNA dengan sifat baru. Contoh dari vektor
natural dari alam adalah plasmid dan virus atau bacteriophage (Witarto, 2005).
 Adapun teknik pembuatan DNA rekombinan adalah sebagai berikut:
1. Teknik mengisolasi DNA
2. Teknik memotong DNA dengan menggunakan enzim retriksi endonuklease
3. Teknik menggabung/ menyambung DNA dengan menggunakan enzim ligase
4. Teknik memasukkan DNA kedalam sel hidup (vektor)
5. Vektor berkembang dengan seleksi DNA yang direkayasa.
Gambar 1: mekanisme DNA Rekombinan

1. Isolasi DNA yang diawali dengan melakukan perusakan serta penghilangan dinding
sel. Dalam proses ini dapat dilakukan secara mekanis ataupun dengan cara enzimatis.
Setelah perusakan sel telah dilakukan, langkah selanjutnya adalah pelisisan sel hal ini
dapat dilakukan dengan menggunakan buffer nonosmotik, serta deterjen yang kuat
seperti triton X-100 atau dengan sodium dodesil sulfat (SDS). Remukan sel yang
diakibatkan oleh lisisnya sel dibuang dengan melakukan sentrifugasi sehingga bias
dibedakan antara bagian yang rusak serta organel target yang pada akhirnya
didapatlkan DNA yang nantinya dilakukan pemurnian dengan penambahan amonium
asetat dan alcohol.
2. Pemotongan molekul DNA, baik genomik maupun plasmid dilakukan dengan enzim
restriksi. Ada dua macam enzim restriksi yaieu enzim restriksi tipe I dan enzim
restriksi tipe II. Enzim restriksi tipe II mempunyai sifat-sifat umum yang penting
sebagai berikut:
a. mengenali urutan tertentu sepanjang empat hingga tujuh pasang basa di dalam
molekul DNA.
 b. memotong kedua untai molekul DNA di tempat tertentu pada atau di dekat
tempat pengenalannya.
c. menghasilkan fragmen-fragmen DNA dengan berbagai ukuran dan urutan basa.
Berdasarkan tempat hasil pemotongan, fragmen-fragmen DNA memiliki dua macam
ujung yaitu:
Ujung lengket (sticky end) atau ujung kohesif, terjadi jika tempat pemotongan pada kedua
untai DNA terpisah sejauh beberapa pasang basa, sehingga menghasilkan fragmen-fragmen
dengan ujung 5 yang runcing karena masing-masing untai tunggalnya menjadi tidak sama
panjang. Dua fragmen DNA dengan ujung yang runcing akan mudah disambungkan satu
sama lain.
Ujung tumpul (blunt end), terjadi jika tempat pemotongan DNA pada posisi yang sama.
Kedua fragmen hasil pemotongannya akan mempunyai ujung 5 yang tumpul karena
masing-masing untai tunggalnya sama panjangnya. Penyatuan dua fragmen DNA ujung
tumpul sulit dilakukan sehingga memerlukan perlakuan tambahan, misalnya pemberian
molekul linker, molekul adaptor, atau penambahan enzim deoksinukleotidil transferase.
3. Tahap selanjutnya adalah penyambungan molekul DNA. Ada tiga cara yang dapat
digunakan untuk meligasi fragmen-fragmen DNA secara in vitro. Pertama, ligasi
menggunakan enzim DNA ligase dari bakteri. Kedua, ligasi menggunakan DNA
ligase dari sel-sel E. coli yang telah diinfeksi dengan bakteriofag T4 atau lazim
disebut sebagai enzim T4 ligase. Ketiga yaitu pemberian enzim deoksinukleotidil
transferase untuk menyintesis untai tunggal homopolimerik 3. Suhu optimum bagi
aktivitas DNA ligase sebenarnya 37C. Akan tetapi, pada suhu ini ikatan hidrogen
yang secara alami terbentuk di antara ujung-ujung lengket akan menjadi tidak stabil
dan kerusakan akibat panas akan terjadi pada tempat ikatan tersebut. Oleh karena
itu, ligasi biasanya dilakukan pada suhu antara 4 dan 15C dengan waktu inkubasi
(reaksi) yang diperpanjang (sering kali hingga semalam).
4. Setelah tahap penyambungan molekul DNA, dilakukan analisis terhadap hasil
pemotongan DNA genomik dan DNA vektor serta analisis hasil ligasi molekul-
molekul DNA tersebut. menggunakan teknik elektroforesis. Jika hasil elektroforesis
menunjukkan bahwa fragmen-fragmen DNA genomik telah terligasi dengan baik
pada DNA vektor sehingga terbentuk molekul DNA rekombinan, campuran reaksi
ligasi dimasukkan ke dalam sel inang agar dapat diperbanyak dengan cepat.
Tahap memasukkan campuran reaksi ligasi ke dalam sel inang dinamakan
transformasi karena sel inang diharapkan akan mengalami perubahan sifat tertentu
setelah dimasuki molekul DNA rekombinan.
 5. Tahap selanjutnya adalah seleksi transforman dan seleksi rekombinan. Oleh karena
DNA yang dimasukkan ke dalam sel inang bukan hanya DNA rekombinan, maka
kita harus melakukan seleksi untuk memilih sel inang transforman yang membawa
DNA rekombinan. Selanjutnya, di antara sel-sel transforman yang membawa DNA
rekombinan masih harus dilakukan seleksi untuk mendapatkan sel yang DNA
rekombinannya membawa fragmen sisipan atau gen yang diinginkan. Pada dasarnya
ada tiga kemungkinan yang dapat terjadi setelah transformasi dilakukan, yaitu:
1. Sel inang tidak dimasuki DNA apa pun atau berarti transformasi gagal.
2. Sel inang dimasuki vektor religasi atau berarti ligasi gagal, dan
3. Sel inang dimasuki vektor rekombinan dengan/tanpa fragmen sisipan atau gen yang
diinginkan.
Seleksi sel rekombinan yang membawa fragmen yang diinginkan dilakukan
dengan mencari fragmen tersebut menggunakan fragmen pelacak (probe), yang
pembuatannya dilakukan secara in vitro menggunakan teknik reaksi polimerisasi
berantai atau polymerase chain reaction (PCR). Pelacakan fragmen yang diinginkan
antara lain dapat dilakukan melalui cara yang dinamakan hibridisasi koloni
(Tjahjoleksono, 2009).
Transfer DNA atau perpindahan DNA ke dalam bakteri dapat melalui tiga cara yaitu:

1. Transformasi : transfer DNA yang umumnya berasal dari satu sel bakteri ke dalam sel
yang berbeda. Prosesnya adalah ketika sebuah sel bakteri pecah atau lisis maka DNA sirkular
akan terlepas ke lingkungan. Efisiensi transformasi bergantung pada kompetensi sel.
2. Konjugasi : merupakan pemindahan materi genetik berupa plasmid secara langsung
melalui kontak sel dengan membentuk struktur seperti jembatan diantara dua sel bakteri yang
berdekatan. Umumnya terjadi pada bakteri gram negatif.
3. Transduksi : transfer materi genetik dari satu bakteri ke bakteri lainnya dengan
menggunakan virus bakteri sebagai vektor. Transfer ini menggunakan prinsip dasar dari galur
donor yang menyediakan DNA bagi galur resipien. Perbedaan utamanya dengan transfer
DNA lainnya adalah DNA ditransfer melalui perantaraan bakteriofag.

2.3 Manfaat Teknologi DNA Rekombinan

Berbagai penelitian tentang DNA rekombinan banyak gunakan dan dimanfaatkan dalam
berbagai bidang, diantaranya :
1. Bidang industri
Penelitian rekayasa genetika di bidang industry sedang meningkat dengan cepat.
Berbagai usaha yang telah giat dilakukan misalnya :
a. Menciptakan bakteri yang dapat melarutkan logam-logam langsung dari dalam bumi
b. Menciptakan bakteri yang dapat menghasilkan bahan kimia
 Mencipatkan bakteri yang dapat menghasilkan bahan mentah kimia seperti etilen yang
diperlukan untuk pembuatan plastic
2. Bidang Pertanian
Beberapa manfaat rekayasa genetika dalam bidang pertanian diantaranya adalah:
a. Mengganti pemakaian pupuk nitrogen yang banyak dipergunakan tapi mahal
harganya, oleh fiksasi nitrogen secara alamiah. Bakteri tanah Rhizobium sp dapat
mengadakan infeksi ke dalam akar dari tanaman family Leguminosae. Infeksi ini
menghasilkan bintil akar dan bakteri yang terdapat di dalamnya dapat mengikat zat
lemas bebas dari udara untuk di ubahnya menjadi nitrogen yang dapat diambil dan
digunakan oleh tanaman tersebut.
b. Teknik rekayasa genetika mengusahakan tanaman-tanaman (terutama yang
mempunyai arti ekonomi) yang tidak begitu pekah terhadap penyakit yang
disebabkan oleh bakteri, jamur dan cacing.
c. Mengusahakan tanaman-tanaman yang mampu menghasilkan peptisida sendiri.

3. Bidang Peternakan

a. Telah diperoleh vaksin-vaksin untuk melawan penyakit mencret ganas yang dapat
mematikan anak-anak babi
b. Sudah dipasarkan vaksin yang efektif terhadap penyakit kuku dan mulut, yaitu
penyakit ganas dan sangat menular pada sapi, domba, kambing, rusa dan babi

4. Bidang Kedokteran
Gen-gen bagi beberapa protein yang dibutuhkan dalam bidang kedokteran yang
dibutuhkan dalam bidang kedokteran yaitu pembuatan insulin manusia oleh bakteri
Eschrechia coli untuk pengobatan penyakit diabetes (Wikipedia.org).
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Berdasarkan pembahasan pada makalah ini maka dapat ditarik beberapa kesimpulan
sebagai berikut :
1. DNA rekombinan adalah DNA yang mengalami perubahan karena penyisipan suatu
sekuens deuksinukleotida yang sebelumnya tidak terdapat dalam molekul DNA yang
sudah ada dengan cara enzimatik atau kimiawi.
2. Komponen yang terlibat dalam Dna rekombinasi yaitu Enzim restriksi untuk
memotong DNA, DNA polymerase, enzim ligase, enzim DNA ligase, Vektor untuk
menyambung dan mengklonkan gen di dalam sel hidup, Transposon, Pustaka genom,
Enzim transkripsi balik, Pelacak DNA atau RNA
3. Tahapan-tahapan teknologi DNA rekombinan adalah isolasi DNA kromosom yang
akan diklon, pemotongan molekul DNA menjadi sejumlah fragmen dengan berbagai
ukuran, isolasi DNA vektor, penyisipan fragmen DNA ke dalam vektor untuk
menghasilkan molekul DNA rekombinan, transformasi sel inang menggunakan
molekul DNA rekombinan, reisolasi molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan
analisis DNA rekombinan.

3.2 Saran
Makalah ini masih jauh dari kesempurnaannya dan informasinya pun terbatas. Oleh
karena itu, penyusun menyarankan agar pembaca mencari dari sumber lain yang membahas
mengenai judul dari makalah ini.
 DAFTAR PUSTAKA

ppku.ipb.ac.id/materi-kuliah/category/8-bio?download=91%3Ateknologi-dna-rekombian
dikutip pada tanggal 27 aggustus 2017

ppku.ipb.ac.id/materi-kuliah/category/9-genetika?download=109%3Adna-rekombinan
dikutip pada tanggal 27 aggustus 2017

http://staff.uny.ac.id/sites/default/files/pendidikan/lili-sugiyarto-ssi-msi/insulin.pdf dikutip
pada tanggal 27 aggustus 2017

file:///C:/Users/User/AppData/Local/Temp/textdnarekombinanpdf.pdf dikutip pada tanggal

27 aggustus 2017

Istamar syamsuri, DKK. (2007) biologi (Erlangga, Malang) dikutip pada tanggal 27 aggustus
2017