Dogma Sentral Genetika Molekuler

Analisis genetik telah semakin maju dengan berkembangnya penelitian-penelitian di

bidang Biologi Molekuler. Penelitian dalam biologi molekuler tidak dapat lepas dari apa
yang dikenal dengan Dogma Sentral Genetika Molekuler.

DNA--------->RNA--------->Protein

Diagram di atas menunjukkan aliran informasi genetik dari DNA sampai bagian yang
sangat berkaitan dengan fenotipe yaitu protein. Tiga proses molekuler utama yang
memiliki peranan penting dalam aliran informasi genetik tersebut adalah replikasi,
transkripsi dan translasi.

Bioinformatika adalah ilmu yang

mempelajari penerapan teknik
komputasional untuk mengelola dan
menganalisis informasi biologis.
Bidang ini mencakup penerapan
metode-metode matematika, statistika,
dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan
menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.
Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis,
penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk
struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis
ekspresi gen. Apakah dogma sentral itu?
Dogma Sentral, prinsip utama dalam biologi molekuler

Prinsip dogma sentral adalah jantung dari setiap modeling/simulasi yang dilakukan
oleh aplikasi bioinformatika. Apakah dogma sentral itu? Penjelasan secara sederhana,
dogma sentral adalah alur informasi genetik. Gambar dibawah ini mendeskripsikan
bagaimana dogma sentral bekerja:

Seperti yang dijabarkan oleh gambar tersebut, dogma sentral melibatkan tiga
biopolimer, yaitu DNA, RNA, dan Protein. DNA dan RNA adalah asam nukleat yang
merupakan materi genetik. Secara biokimia, perbedaan DNA dan RNA terletak pada
keberadaan gugus okso di RNA, namun di DNA tidak ada. Sementara, protein adalah
senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari asam
amino. Ketiga biopolimer tersebut terlibat dalam interaksi dogma sentral, dan memiliki
perannya masing-masing.

dimana terdapat loop di bagan DNA, maka looptersebut adalah langkah replikasi
DNA. Langkah ini sangat diperlukan untuk menduplikasi DNA, dalam rangka
mewariskan materi genetik tersebut kepada anak sel. Kemudian, bagan panah dari DNA
ke RNA, adalah langkah transcripsi. Langkah ini berguna untuk mentransfer informasi
genetik yang masih tersimpan di DNA, kepada messenger RNA (mRNA). Lalu, langkah
yang menjadi ujung tombak bagi proses dogma sentral adalah translasi, yang diwakili di
bagan panah dari RNA ke Protein. Translasi adalah proses yang merupakan manifestasi
informasi genetik kepada sel.. Lalu, bagaimana mengimplementasikan teori ini menjadi
suatu algoritma yang siap pakai pada aplikasi atau skript?

Implementasi Dogma Sentral pada program/script

 Prinsip dogma sentral
telah banyak diaplikasikan
pada berbagai tools dan script
yang tersedia di dunia maya,
dan mayoritas dari mereka
telah dipublikasi pada jurnal
internasional yang peer
reviewed. Salah satunya
adalah BLAST (Basic Local Alignment Search Tools). Sesuai dengan namanya, tools ini
berfungsi sebagai algoritma untuk membandingkan informasi urutan primer biologis,
seperti urutan asam amino dari berbagai protein, atau nukleotida dari urutan DNA.
SearchBLAST dapat membantu peneliti untuk membandingkan queryurutan dengan
kepustakaan atau database urutan-urutan, dan mengidentifikasi urutan kepustakaan sesuai
dengan ambang batas tertentu. Prinsip cara kerjanya serupa dengan search engine pada
umumnya. Hanya saja, di BLAST kita memberi input berupa urutan nukleotida dan asam
amino saja. Situs web nya terdapat di http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

Sebuah contoh lagi, yang merupakan implementasi dari prinsip dogma sentral, adalah
tools translate dari Expasy. Toolsini berfungsi untuk menterjemahkan kode DNA, menjadi
Protein. Aplikasi tersebut telah memiliki daftar kodon, yang merupakan tabel konversi
DNA ke Protein. Situs web nya terdapat di http://www.expasy.ch/tools/dna.html

Tentu saja, ada banyak lagi aplikasi lain yang bersifat lanjutan. Prinsip dogma sentral
telah diimplementasikan dengan menggunakan metode komputasi lainnya, misalnya
hidden markov model, artificial neural network, support vector machine,dan lain-lain.
Implementasi lanjut tersebut akan dibahas pada artikel lain.

Bioinformatika, Suatu langkah ke depan bersama-sama

Bioinformatika, sebagai suatu kajian multidisiplin, merupakan sebuah terobosan baru

dalam dunia biomedis. Berbagai penyakit, seperti flu babi, kanker, aids, dan lainnya
memiliki potensi untuk diatasi dengan bantuannya. Namun, untuk mengoptimalkan
semua keunggulan bioinformatika, konsep-konsep biologi molekuler harus
diimplementasikan dalam aplikasinya. Jika dogma sentral diimplementasikan secara
optimal, maka desain aplikasi bioinformatika tersebut akan bekerja lebih baik. IT, sebagai
tulang punggung bioinformatika, memainkan peran penting dalam hal ini.

Sumber:

http://teknologi.kompasiana.com

http://www.angelfire.com/journal2/merien/bimol/dogmasentral.html
http://pantaihujankereta.blogspot.com/2011_04_01_archive.html