EVALUASI SEGREGASI TRANSGRESIF QUANTITATIVE TRAIT LOCI

(QTL) PADA TANAMAN PADI VARIETAS UNGGUL NASIONAL

YANG DIGOGO-ORGANIKKAN

Oleh

RANI YOSILIA

Skripsi

sebagai salah satu syarat mencapai gelar

SARJANA PERTANIAN

pada

Jurusan Agroteknologi
Fakultas Pertanian Universitas Lampung

UNIVERSITAS LAMPUNG
BANDAR LAMPUNG
2013
 ABSTRAK

EVALUASI SEGREGASI TRANSGRESIF QUANTITATIVE TRAIT LOCI

(QTL) PADA TANAMAN PADI VARIETAS UNGGUL NASIONAL
YANG DIGOGO-ORGANIKKAN

Oleh

Rani Yosilia

Kebutuhan beras di Indonesia semakin hari semakin meningkat seiring dengan

naiknya jumlah penduduk di Indonesia. Untuk meningkatkan produktivitas padi,

pemerintah menggencarkan program intensifikasi dan ekstensifikasi pertanian

diantaranya pemanfaatan lahan kering dan perbaikan varietas. Salah satu upaya

untuk perbaikan varietas adalah dengan melakukan pemuliaan tanaman

menggunakan seleksi segregrasi transgresif memanfaatkan analisis fenotipe QTL.

Penelitian ini bertujuan untuk (1) menghitung besarnya ragam genetik dan

heritabilitas broad-sense pada padi-padi tersebut; (2) mendapatkan varietas yang

mampu dijadikan sebagai tetua perakitan padi inbrida dan hibrida; (3)

mendapatkan korelasi antar peubah yang mampu meningkatkan produksi

sekaligus sebagai peubah pada seleksi tidak langsung.

Penelitian ini disusun menggunakan rancangan perlakuan kuasi RTS (Rancangan

Teracak Sempurna) karena dalam penelitian ini tidak memungkinkan untuk

 Rani Yosilia

dilakukan pengulangan kelompok tetapi ulangan berada di dalam satu kelompok

yang sama. Masing-masing kelompok ulangan terdiri atas 9 sampel tanaman yang

dibagi menjadi 3 ulangan dan masing-masing ulangan terdapat 3 tanaman. Data

terlebih dahulu dicari rata-ratanya. Selanjutnya dilakukan analisis ragam, data

pengamatan diuji dengan uji Bartlett dan Levene untuk kehomogenan ragam. Bila

hasil analisis uji pada analisis ragam nyata pada P 0,01 atau 0,05 maka

dilakukan pemeringkatan nilai tengah dengan uji Beda Nyata Jujur (BNJ).

Pengujian dan analisis data menggunakan software Statistic Analysis System

(SAS) 9.1 for windows. Besarnya ragam genetik dan heritabilitas broad-sense

diduga berdasarkan kuadrat nilai tengah (KNT) harapan pada analisis ragam

berdasarkan Hallauer dan Miranda, (1986) dalam Hikam (2010).

Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) semua peubah yang diamati mampu

memberikan nilai ragam genetik dan heritabilitas broad-sense; (2) varietas

SarinahJumlahBulir dan SarinahJumlahAnakan dapat dijadikan sebagai sebagai

tetua perakitan padi hibrida dan inbrida; (3) jumlah bulir total berkorelasi dengan

peningkatan produksi sehingga dapat dijadikan sebagai peubah pada seleksi tidak

langsung;

Kata kunci: gogo-organik, heritabilitas broad-sense, padi, quantitative trait loci,

ragam genetik, segregasi transgresif, varietas padi nasional
 DAFTAR ISI

Halaman

ABSTRAK
RIWAYAT HIDUP
SANWACANA ...................................................................................... i
DAFTAR ISI .......................................................................................... iii
DAFTAR TABEL .................................................................................. v

DAFTAR GAMBAR ............................................................................. vi

I. PENDAHULUAN ............................................................................. 1
1.1 Latar Belakang dan Masalah ....................................................... 1
1.2 Tujuan Penelitian ......................................................................... 5
1.3 Kerangka Pemikiran .................................................................... 6
1.4 Hipotesis ...................................................................................... 8

II. TINJAUAN PUSTAKA .................................................................... 9

2.1 Kondisi Lingkungan Padi Gogo .................................................. 9
2.2 Pemanfaatan Bahan Organik Pada Padi Gogo ............................ 10
2.3 Pengembangan Padi Inbrida di Indonesia ................................... 12
2.4 Padi Varietas Unggul Nasional ................................................... 14
2.5 Quantitative Trait Loci (QTL) ..................................................... 15
2.6 Segregasi Transgresif .................................................................. 17
2.7 Fenotipe QTL .............................................................................. 19
2.7.1 Tinggi tanaman .................................................................... 19
2.7.2 Jumlah anakan ..................................................................... 19
2.7.3 Jumlah bulir ......................................................................... 20
2.8 Heritabilitas ................................................................................. 21
2.9 Seleksi Tidak Langsung .............................................................. 22

III. BAHAN DAN METODE ................................................................ 23

3.1 Tempat dan Waktu Penelitian ..................................................... 23
3.2 Bahan dan Alat ............................................................................ 23
3.3 Metode Penelitian ........................................................................ 24
3.4 Pelaksanaan Penelitian ................................................................ 25
3.4.1 Pengolahan lahan ................................................................ 25
3.4.2 Penanaman .......................................................................... 26
3.4.3 Pemeliharaan dan pemupukan ............................................ 26

iii
 Halaman

3.4.4 Penetapan sampel ................................................................ 26

3.4.5 Pemanenan .......................................................................... 27
3.4.6 Pasca panen ......................................................................... 27
3.5. Variabel Pengamatan .................................................................. 28

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ....................................................... 30

4.1 Analisis Kuadrat Nilai Tengah untuk Karakter Vegetatif dan
Generatif ..................................................................................... 30
4.2 Analisis Peringkat pada Varietas-QTL ........................................ 33
4.3 Pendugaan Ragam Genetik, Heritabilitas Broad-sense, dan
Koefisien Keragaman Genetik ..................................................... 37
4.4 Korelasi Antarpeubah Pengamatan ............................................. 40
4.5 Penetapan Peubah untuk Seleksi Tidak Langsung ...................... 43

V. KESIMPULAN DAN SARAN ......................................................... 45

5.1 Kesimpulan .................................................................................. 45
5.2 Saran ............................................................................................ 45

PUSTAKA ACUAN ............................................................................... 46

LAMPIRAN ........................................................................................... 50

iv
 DAFTAR TABEL

Tabel Halaman
1. Berbagai macam kandungan unsur hara yang dikandung oleh
beberapa pupuk kandang. ................................................................ 12
2. Pendugaan ragam genetik dan heritabilitas broad-sense
berdasarkan nilai KNT harapan pada hasil analisis ragam. ............ 24
3. Rekapitulasi kuadrat nilai tengah untuk peubah vegetatif. ............. 30
4. Rekapitulasi kuadrat nilai tengah untuk peubah generatif. ............. 31
5. Rekapitulasi kecepatan berbunga berdasarkan beda jarak tercepat
dengan jarak terlama. ...................................................................... 33
6. Peringkat Varietas-QTL Berdasarkan BNJ0.05. ................................ 34
7. Nilai dugaan ragam genetik, galat baku, koefisien keragaman genetik,
heritabilitas, karakter vegetatif dan generatif. ................................ 38
8. Korelasi untuk karakter vegetatif dan generatif. ............................. 41
9. Rerata data penelitian tiap varietas-QTL untuk setiap ulangan. .... 50
10. Uji Bartlett dan Levene untuk kehomogenan varietas-QTL. .......... 54
11. Analisis ragam untuk jumlah anakan produktif. ............................. 55
12. Analisis ragam untuk jumlah anakan non produktif. ...................... 55
13. Analisis ragam untuk jumlah anakan total. ..................................... 55
14. Analisis ragam untuk tinggi tanaman. ............................................. 55
15. Analisis ragam untuk jumlah malai. ................................................ 56
16. Analisis ragam untuk bobot kering malai. ...................................... 56
17. Analisis ragam untuk bobot bulir isi. .............................................. 56
18. Analisis ragam untuk bobot bulir hampa. ....................................... 56
19. Analisis ragam untuk bobot bulir total. ........................................... 57
20. Analisis ragam untuk bobot 100 bulir isi. ....................................... 57
21. Analisis ragam untuk jumlah bulir isi. ............................................ 57
22. Analisis ragam untuk jumlah bulir hampa. ..................................... 57
23. Analisis ragam untuk jumlah bulir total. ......................................... 58
24. Analisis ragam untuk jumlah bulir per malai. ................................. 58
25. Analisis ragam untuk produksi per meter. ...................................... 58
26. Deskripsi varietas padi Sarinah. ...................................................... 59
27. Deskripsi varietas padi IR64. .......................................................... 60
28. Deskripsi varietas padi Ciherang. ................................................... 61
29. Deskripsi varietas padi Ciliwung. ................................................... 62

v
 DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

1. Penetapan peubah untuk seleksi tidak langsung yang berperan

terhadap seleksi langsung (produksi per m2) menggunakan nilai
2g, h2BS, dan r varietas yang memenuhi persyaratan : r = */**;
2g = */**; h2BS =*/**. .................................................................. 44

Vi
 I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang dan Masalah

Tanaman padi (Oryza sativa L.) merupakan salah satu makanan pokok di

Indonesia. Hampir 90 % masyarakat Indonesia mengonsumsi beras yang

merupakan hasil olahan padi sebagai makanan utamanya. Sehingga padi menjadi

tanaman pangan yang banyak diusahakan di Indonesia. Indonesia dikenal sebagai

negara agraris yang sebagaian besar penduduknya berprofesi sebagai petani.

Tahun 2005 Indonesia merupakan negara peringkat ketiga sebagai produsen padi

terbesar setelah Cina dan India dengan persentase sebesar 9 % yaitu sebanyak 54

juta ton (Prayogi, 2012).

Beras sebagai makanan pokok masyarakat Indonesia sejak tahun 1950 semakin

tidak tergantikan posisinya meski pemerintah telah menggiatkan program

diversifikasi pangan. Hal ini terlihat bahwa pada tahun 1950 konsumsi beras

nasional sebagai sumber karbohidrat baru sekitar 53 % namun pada tahun 2011

telah mencapai sekitar 95 %. Data BPS tahun 2011 menunjukkan bahwa tingkat

konsumsi beras mencapai 139 kg/kapita/tahun lebih tinggi dibanding dengan

Malaysia dan Thailand yang hanya berkisar 65 kg 70 kg/kapita/tahun. Untuk

memenuhi kebutuhan beras tersebut maka Indonesia harus mengimpor sebanyak

24.929 ton beras (BPK, 2012).

 2

Menurut Mulyani (2006), untuk mengantisipasi kondisi tersebut maka

pengembangan produksi padi gogo di lahan tadah hujan perlu mendapatkan

perhatian serius. Rata-rata produktivitas padi gogo 2,56 t/ha, jauh dibawah

produktivitas padi sawah 4,57 t/ha. Luas total daratan Indonesia 188,2 juta ha dan

148 juta ha diantaranya merupakan lahan kering. Sampai saat ini, kontribusi

produksi padi gogo baru mencapai 5 6 % dari kebutuhan beras nasional.

Perbaikan sifat fisik dan kimia tanah untuk meningkatkan produktivitas lahan

kering dapat dilakukan diantaranya dengan penambahan bahan organik. Bahan

organik memiliki peran penting dalam menentukan kemampuan tanah untuk

mendukung tanaman, sehingga jika kadar bahan organik tanah menurun,

kemampuan tanah dalam mendukung produktivitas tanaman juga menurun

(Barus, 2012).

Menurut Sarwono (1987) dalam Al dan Sudarsono (2004), bahan organik

memiliki peran penting di tanah karena: (1) membantu menahan air, sehingga

ketersediaan air tanah lebih terjaga, (2) meningkatkan kapasitas tukar ion sehingga

ketersediaan hara meningkat, (3) menambah hara terutama N, P, dan K setelah

bahan organik terdekomposisi sempurna, (4) membantu granulasi tanah sehingga

tanah menjadi lebih gembur atau remah, yang akan memperbaiki aerasi tanah dan

perkembangan sistem perakaran, dan (5) memacu pertumbuhan mikroba dan

hewan tanah lainnya yang sangat membantu proses dekomposisi bahan organik

tanah.
 3

Selain dengan memanfaatkan lahan kering dan bahan organik, untuk

meningkatkan produktivitas padi dapat pula ditingkatkan dengan mengembangkan

varietas unggul. Menurut Satoto (2004), pengembangan varietas padi dibagi ke

dalam beberapa tipe padi, yaitu padi inbrida (varietas unggul lokal, varietas

unggul baru (VUB), varietas unggul tipe baru (VUTB)) dan padi hibrida. Hal ini

bertujuan untuk meningkatkan produksi beras guna memenuhi kebutuhan pangan

pokok sebagian besar penduduk. Yang berkembang di kalangan petani pada saat

ini adalah VUB yang hasilnya berkisar 7 8 t/ha, kemudian disusul VUTB

dengan hasil antara 8 9 t/ha dan selanjutnya jenis hibrida hasilnya di atas 9 t/ha

(Mudjisihono, 2009).

Alternatif lain dalam pengembangan padi terutama di Indonesia yakni dengan

menggunakan analisis QTL (Quantitative Trait Loci). Pemetaan QTL adalah

upaya untuk mengidentifikasi lokasi di dalam segmen DNA, yang terdapat gen

untuk mengendalikan suatu karakter kuantitatif yang ditargetkan. Karakter-

karakter penting dalam tanaman seperti hasil dan komponen hasil, toleransi

cekaman biotik dan abiotik serta karakter agronomi lainnya pada umumnya

bersifat kuantitatif sehingga karakter kuantitatif menjadi penting dalam pemuliaan

tanaman. Pemetaan QTL memberikan informasi lokasi segmen kromosom yang

mengendalikan suatu karakter (Mohan dkk., 1997 dalam Susanto dkk., 2009).

Analisis QTL membuktikan adanya gen yang berperan didalam segregasi

transgresif. Segregasi transgresif didefinisikan sebagai tampilan zuriat self yang

jauh lebih baik daripada kedua tetuanya. Padi segregan transgresif memiliki

beberapa keunggulan diantaranya: berumur cepat, jumlah bulir yang banyak,

 4

tahan terhadap tanah podsolik merah kuning (PMK), dan tahan terhadap hama dan

penyakit endemik seperti blas Pyricularia dan hawar daun Xanthomonas (Hikam

2011, dalam Suprayogi, 2011).

Analisis QTL yang ingin dilihat pada penelitian ini adalah tinggi tanaman, jumlah

anakan dan jumlah bulir. Namun, ketiga QTL ini yang diharapkan ada pada

varietas padi nasional yang ditanam di lingkungan lahan darat (di-gogo-kan)

sangat mungkin mengalami segregasi fenotipe karena sebelumnya ditanam di tiga

lokasi yang berbeda, yaitu di Way Jepara Lampung Timur dengan kondisi sawah

tadah hujan (Lingkungan I), Tulang Bawang Barat dengan kondisi sawah irigasi

(Lingkungan II), dan pada lahan sawah baru di Politeknik Negeri Lampung atau

yang disebut dengan lingkungan nurseri (Lingkungan III). Segregasi atau

penyimpangan dapat terjadi apabila suatu varietas tertentu ditanam pada kondisi

lingkungan yang suboptimum. Penyimpangan ini dapat menyebabkan keragaman

yang tinggi pada areal pertanaman. Penyimpangan tersebut dapat disebabkan oleh

dua hal, yaitu faktor genetik (menurun ke zuriat) dan faktor lingkungan (tidak

menurun ke zuriat). Menurut Allard (1960), nilai heritabilitas merupakan

pernyataan kuantitatif peran faktor genetik dibanding faktor lingkungan dalam

memberikan keragaan akhir atau fenotipe suatu karakter. Heritabilitas dari suatu

populasi bersegregasi penting diketahui untuk memahami besarnya ragam genetik

yang mempengaruhi suatu fenotipe tanaman.

 5

Berdasarkan identifikasi dan pembatasan masalah, penelitian ini dilakukan untuk

menjawab masalah yang dirumuskan dalam pertanyaan sebagai berikut

(1) Apakah varietas unggul nasional yang digogo-organikkan tersebut mampu

memberikan ragam genetik dan heritabilitas broad-sense yang konsisten

dengan ragam genetik dan heritabilitas broad-sense pada padi varietas unggul

nasional pada Lingkungan I, Lingkungan II, dan Lingkungan III?

(2) Apakah terdapat varietas yang dapat dijadikan sebagai tetua pada perakitan

padi inbrida dan hibrida?

(3) Apakah terdapat korelasi antara QTL tinggi tanaman, jumlah anakan, dan

jumlah bulir pada tanaman padi varietas unggul nasional terhadap peningkatan

produksi padi varietas nasional tersebut sehingga dapat digunakan sebagai

peubah penetapan seleksi tidak langsung?

1.2 Tujuan Penelitian

Berdasarkan identifikasi dan perumusan masalah maka penelitian ini dilakukan

dengan tujuan sebagai berikut

(1) Mendapatkan nilai ragam genetik dan heritabilitas broad-sense pada padi

varietas unggul nasional yang digogo-organikkan, yang konsisten dengan

ragam genetik dan heritabilitas broad-sense pada padi varietas unggul nasional

pada Lingkungan I, Lingkungan II, dan Lingkungan III.

(2) Mendapatkan varietas yang dapat dijadikan sebagai tetua pada perakitan padi

inbrida dan hibrida.

(3) Mendapatkan korelasi antara QTL tinggi tanaman, jumlah anakan, dan jumlah

bulir pada tanaman padi varietas unggul nasional terhadap peningkatan

 6

produksi padi varietas nasional tersebut sehingga dapat digunakan sebagai

peubah pada seleksi tidak langsung.

1.3 Kerangka Pemikiran

Selama ini pengembangan padi varietas unggul nasional untuk peningkatan

produktivitas padi terfokus pada pengembangan padi yang dibudidayakan pada

lahan sawah. Kondisi pada lingkungan sawah tersebut tergenang air sepanjang

waktu terkecuali pada saat menjelang panen. Ketersediaan air yang harus cukup

guna mendukung pertumbuhan dan perkembangan tanaman padi terkadang

menjadi kendala pada lahan sawah. Hal ini disebabkan kurangnya pengelolaan air

sehingga pada musim hujan terjadi kelebihan air yang mengakibatkan banjir

sedangkan pada musim kemarau terjadi kekurangan air yang mengakibatkan

kekeringan.

Pada penelitian yang telah dilakukan sebelumnya, yakni pada Lingkungan I,

Lingkungan II dan Lingkungan III yang ketiganya terdapat pada lahan sawah,

baik sawah irigasi maupun lahan sawah tadah hujan dan sawah baru didapatkan

varietas unggul nasional yang memiliki beberapa QTL yakni tinggi tanaman,

jumlah bulir, dan jumlah anakan yang secara konsisten tersegregasi pada kedua

lingkungan tersebut.

QTL (Quantitative Trait Loci) merupakan suatu bagian pada kromosom yang

saling terkait dengan suatu variasi yang ditunjukkan oleh suatu sifat kuantitatif.

Sifat kuantitatif terbentuk dari banyak gen dengan pengaruh yang kecil dan

masing-masing bersegregasi kepada turunan selanjutnya, sehingga fenotipe yang

 7

diatur oleh gen-gen ini dipengaruhi oleh lingkungan. Segregasi atau

penyimpangan dapat terjadi apabila suatu varietas tertentu ditanam pada kondisi

lingkungan yang suboptimum. Penyimpangan ini dapat menyebabkan keragaman

yang tinggi. Penyimpangan tersebut dapat disebabkan oleh dua hal, yaitu faktor

genetik (menurun ke zuriat) dan faktor lingkungan (tidak menurun ke zuriat).

Untuk melihat pengaruh faktor genetik tersebut maka pada penelitian kali ini,

akan dilakukan uji coba penanaman pada lahan kering (gogo) yang diberi

tambahan bahan organik. Lingkungan gogo mempunyai beberapa kendala yaitu

kurangnya intensitas matahari dan cekaman kekeringan menjadi salah satu faktor

penghambat terpenting pada kondisi lahan ini. Untuk mengatasi hal tersebut

maka pada penelitian kali ini dilakukan penanaman pada lahan terbuka yang tidak

ternaungi dan diberikan tambahan bahan organik yang berasal dari pupuk kandang

sapi. Fungsi pupuk organik terutama pupuk kandang sapi ini memiliki

kemampuan untuk menjaga air sehingga dampak stres tanaman terhadap

kekeringan dapat dikurangi dan mampu memperbaiki sifat fisik, kimia dan biologi

tanah.

Dengan penggunaan bahan organik ini diharapkan segregasi yang terjadi pada tiga

lingkungan sebelumnya kembali terjadi pada lingkungan ini. Sehingga sifat-sifat

atau QTL yang diinginkan mampu terjadi dan konsisten diturunkan ke generasi

selanjutnya. Untuk melihat besar kecilnya peranan faktor genetik tersebut

terhadap fenotipe maka nilai heritabilitas dari penelitian ini perlu diketahui.
 8

1.4 Hipotesis

Berdasarkan kerangka pemikiran yang telah dikemukakan, maka untuk menjawab

rumusan masalah diajukan hipotesis sebagai berikut

(1) Terdapat nilai ragam genetik dan heritabilitas broad-sense pada padi varietas

unggul nasional yang digogo-organikkan, yang konsisten dengan ragam

genetik dan heritabilitas broad-sense pada padi varietas unggul nasional pada

Lingkungan I, Lingkungan II, dan Lingkungan III.

(2) Terdapat varietas yang dapat dijadikan sebagai tetua pada perakitan padi

inbrida dan hibrida.

(3) Terdapat korelasi antara peubah QTL tinggi tanaman, jumlah anakan dan

jumlah bulir pada tanaman padi varietas nasional terhadap hasil produksi

sehingga dapat dijadikan sebagai peubah pada seleksi tidak langsung.

 II. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Kondisi Lingkungan Padi Gogo

Padi gogo dapat dikembangkan di mana saja karena tidak memerlukan

persyaratan tumbuh yang khusus, baik di dataran rendah maupun di dataran

tinggi. Berdasarkan arahan dari Pusat Penelitian dan Pengembangan Tanaman

Pangan (Puslitbangtan), padi gogo akan diarahkan pengembangannya di 7

propinsi yaitu Riau, Sumatera Selatan, Lampung, Jawa Barat, Banten, Nusa

Tenggara Timur, dan Kalimantan Barat. Dari ke tujuh provinsi tersebut,

penyebaran lahan yang terluas terdapat di Kalimantan Barat (2,2 juta ha) dan

Sumatera Selatan (1,4 juta ha). Padi gogo umumnya tidak ditanam secara

monokultur, tetapi berupa tumpangsari dengan komoditas pangan lainnya

(palawija /sayuran), ataupun sebagai tanaman sela pada pertanaman perkebunan /

hortikultura. Di Sumatera Selatan, padi gogo ini sering ditanam sebagai tanaman

sela pada perkebunan karet muda berumur 1 3 tahun (Puslitbang Tanah dan

Agroklimat, 2005).

Seperti yang diungkapkan oleh Prasetyo (2002) dan Yoshida (1975) dalam

Nazirah (2008), padi gogo merupakan salah satu ragam budidaya padi pada lahan

kering. Padi gogo umumnya ditanam satu kali dalam setahun yakni pada
 10

saat awal musim hujan. Para petani menanam padi gogo varietas lokal yang

berumur panjang. Varietas tersebut memiliki beberapa kelemahan yaitu tidak

tahan rebah, mudah rontok, berdaya hasil rendah dan kurang toleran terhadap

kekeringan. Masalah lainnya pada budidaya padi gogo adalah tanaman lebih

pendek, jumlah anakan produktif lebih sedikit, luas daun lebih kecil, pembungaan

lebih lambat, persentase gabah hampa tinggi dan indeks panen yang rendah jika

dibandingkan dengan padi sawah.

Selain kendala tersebut padi gogo juga mengalami berbagai macam kendala lain,

yakni intensitas cahaya rendah, karena biasanya padi gogo ditanam sebagai

tanaman sela; kekeringan; pH rendah dengan kadar Al yang tinggi; serta

meningkatnya serangan blast yang diakibatkan oleh kelembaban tinggi yang

terjadi di lingkungan gogo. Dari semua kendala tersebut, intensitas cahaya dan

kekeringan merupakan faktor pembatas terpenting. Seperti yang diungkapkan

oleh Suparyono dan Setyono (2007), air untuk tanaman padi gogo sangatlah sulit

diatur karena sumber air berasal dari curah hujan yang datangnya tidak menentu

tergantung cuaca. Pada saat musim hujan, air cenderung berlimpah bahkan

terkadang menyebabkan banjir, sedangkan pada musim kemarau, seringkali

mengalami kekurangan air bahkan terjadi kekeringan.

2.2 Pemanfaatan Bahan Organik Pada Padi Gogo

Rendahnya tingkat produktivitas padi gogo salah satunya dipengaruhi oleh

kesuburan tanah yang rendah. Pemupukan yang tepat dan seimbang merupakan

salah satu cara untuk memperbaiki kesuburan tanah. Namun akhir-akhir ini
 11

timbul permasalah akibat dampak negatif dari pupuk terutama pupuk anorganik.

Menurut Sahiri (2003), pemakaian pupuk anorganik yang berlebihan akan

menambah tingkat polusi tanah yang akhirnya berpengaruh juga terhadap

kesehatan manusia. Sehingga muncullah alternatif dari permasalahan tersebut

yaitu pupuk organik yang sekarang sedang giat dikembangkan.

Pupuk kandang sapi berasal dari kotoran padat dan cair (urin) ternak sapi

yang telah bercampur dengan sisa-sisa makanan dan material alas kandang

(Musnamar, 2004). Pupuk kandang sapi dapat memperbaiki sifat kimia tanah

mengandung unsur hara makro maupun unsur hara mikro walaupun jumlahnya

lebih rendah jika dibandingkan dengan pupuk anorganik.

Pupuk kandang sapi sebagai sumber bahan organik memiliki kelebihan

jika dibandingkan dengan pupuk anorganik seperti (1) pupuk kandang sapi dapat

meningkatkan kadar bahan organik tanah, (2) meningkatkan nilai tukar kation, (3)

memperbaiki strutur tanah, (4) meningkatkan aerasi dan kemampuan tanah dalam

memegang air dan (5) menyediakan lebih banyak macam unsur hara seperti

nitrogen, fosfor, kalium dan unsur mikro lainnya (Tisdale dan Nelson, 1991 ) serta

(6) penggunaannya tidak menimbulkan dampak negatif terhadap lingkungan.

Selain kelebihan tersebut pupuk kandang sapi juga memiliki kekurangan

antara lain : (1) kandungan unsur haranya yang rendah, (2) tersedia bagi tanaman

secara perlahan-lahan sehingga membutuhkan waktu yang lebih lama, (3)

membutuhkan biaya transportasi yang besar (Sarief, 1986 ).

 12

Berikut ini disajikan berbagai macam kandungan unsur hara yang dikandung oleh

beberapa pupuk kandang (pukan) dalam Tabel 1.

Tabel 1. Berbagai macam kandungan unsur hara yang dikandung oleh beberapa
pupuk kandang.

Sumber Pukan N P K Ca Mg S Fe
Ppm
Sapi perah 0,53 0,35 0,41 0,28 0,11 0,05 0,004
Sapi pedaging 0,65 0,15 0,30 0,12 0,10 0,09 0,004
Kuda 0,70 0,10 0,58 0,79 0,14 0,07 0,010
Unggas 1,50 0,77 0,89 0,30 0,88 0,00 0,100
Domba 1,28 0,19 0,93 0,59 0,19 0,09 0,020
Sumber: Tan (1993).

Kandungan unsur hara yang bervariasi diatas berasal dari berbagai macam pupuk

kandang yang dipengaruhi oleh beberapa hal yaitu: jenis ternak, makanan dan air

yang diberikan (jenis makanan), umur dan bentuk fisik ternak, alas kandang,

penyimpanan / pengelolaan.

2.3 Pengembangan Padi Inbrida di Indonesia

Ada beberapa tipe padi yang dikembangkan saat ini, yaitu padi inbrida (varietas

unggul lokal, varietas unggul baru (VUB), varietas unggul tipe baru (VUTB)) dan

padi hibrida. Yang berkembang di kalangan petani pada saat ini adalah VUB

yang hasilnya berkisar 7 8 t/ha, kemudian disusul VUTB dengan hasil antara

8 9 t/ha dan selanjutnya jenis hibrida hasilnya di atas 9 t/ha. Hal ini bertujuan

untuk meningkatkan produksi beras untuk memenuhi kebutuhan pangan pokok

sebagian besar penduduk Indonesia (Satoto, 2004).

 13

Pengembangan padi inbrida dimulai dengan rekombinasi untuk menghasilkan

zuriat hibridaF1 yang disebut breeder seed (BS). Zuriat hibrida selanjutnya

menjalani penggenerasian self sampai dengan S6-S9 untuk menjadi foundation

seed (FS). Sebagian dari benih FS yang ditanam akan disertifikat menjadi benih

certified seed (CS) sehingga dapat diturunkan menjadi extension seed (ES). Padi

inbrida di Indonesia tidak membuat FS karena genotipe ES sama dengan FS

sehingga dibuat stock seed (SS). Benih ES yang dicari berasal dari seleksi di

lapangan dan dijadikan FS untuk perbanyakan benih. Dengan demikian

perbanyakan benih tidak menjadi masalah dan dapat dilakukan pada generasi self

> 9. Kelemahan perakitan kultivar inbrida terutama pada potensi genetik yang

tidak melebihi tetua terbaik dan kerentanan populasi terhadap serangan hama-

penyakit tanaman pada generasi self > 9 (Hikam 2011 dikutip oleh Suprayogi,

2011).

Penelitian yang ada selama ini membuktikan bahwa sifat-sifat interest

dikendalikan secara genetik. Sejak tahun 1990-an analisis QTL (Quantitative

Trait Loci) membuktikan adanya lokus untuk gen-gen yang secara bersama

mengendalikan tampilan fenotipik baik berupa aditif, dominan, epistasis, maupun

interaksi antara genetik dan lingkungan (Rieseberg dkk., 2003).

Lini padi tipe baru (PTB) pada dasarnya merupakan rekombinasi padi komersial

Indonesia dengan padi introduksi dan/atau wild relatives (gene-pool II).

Rekombinasi antarspesies yang telah dilakukan oleh Aswidinnoor pada tahun

1996, antara O. sativa dengan O. australia meningkatkan ketahanan zuriat

terhadap kekeringan dan pH rendah tetapi morfologi true-type O. sativa dan

 14

kemampuan produksinya tidak dapat dipulihkan dengan silang-balik (backcross).

Walaupun demikian, pemuliaan inbrida terbukti telah menginkorporasi QTL ke

dalam bermacam-macam populasi padi (Hikam, 2011 dalam Suprayogi, 2011).

2.4 Padi Varietas Unggul Nasional

Varietas unggul memberikan manfaat teknis dan ekonomis yang banyak bagi

perkembangan suatu usaha pertanian, diantaranya pertumbuhan tanaman menjadi

seragam sehingga panen menjadi serempak, rendemen lebih tinggi, mutu hasil

lebih tinggi dan sesuai dengan selera konsumen, dan tanaman akan mempunyai

ketahanan yang tinggi terhadap gangguan hama dan penyakit serta daya adaptasi

yang tinggi terhadap lingkungan sehingga dapat memperkecil penggunaan input

seperti pupuk dan pestisida (Suryana dan Prajogo, 1997 dalam Manrapi dan

Ratule, 2010).

Daradjat dkk., (2001) menggolongkan varietas padi sawah ke dalam empat tipe,

yaitu tipe Bengawan, tipe PB5, tipe IRxx, serta tipe IR64 yang tahan hama dan

penyakit utama serta bermutu baik. Perkembangan tipe varietas tersebut

berpengaruh terhadap produktivitas padi sawah nasional. Menurut Suwarno

(2000), sampai dengan tahun 1970-an, program pengembangan varietas unggul

padi sawah lebih ditekankan pada perbaikan varietas lokal, terutama untuk

memperpendek umur tanaman, sehingga dalam satu tahun dapat dilakukan panen

dua sampai tiga kali. Untuk memenuhi kecukupan pangan, mulai tahun 1970-an

dikembangkan padi yang memiliki sifat potensi hasil tinggi (tipe PB5). Kemudian

pada tahun 1975 1985 dikembangkan varietas padi dengan sifat produktivitas
 15

tinggi serta tahan terhadap hama dan penyakit tanaman seperti IR36, dan IR42

(tipe IRxx). Selanjutnya, untuk memenuhi kebutuhan domestik maupun ekspor,

mulai tahun 1985 dikembangkan varietas padi yang memiliki rasa enak seperti

IR64.

Karakteristik padi tipe baru menurut Peng dkk., (1994) dan Khush (1996) dalam

Susanto dkk., (2003) adalah potensi hasil tinggi, malai lebat ( 250 butir gabah

/malai), jumlah anakan produktif lebih dari 10 dengan pertumbuhan yang

serempak, tanaman pendek ( 90 cm), bentuk daun lebih efisien, hijau tua,

senescence lambat, tahan rebah, perakaran kuat, batang lurus, tegak, besar, dan

berwarna hijau gelap, sterilitas gabah rendah, berumur genjah (100 130 hari),

beradaptasi tinggi pada kondisi musim yang berbeda, indeks panen (IP) mencapai

0,60, efektif dalam translokasi fotosintat dari source ke sink (biji), responsif

terhadap pemupukan berat, dan tahan terhadap hama dan penyakit.

2.5 Quantitative Trait Locy (QTL)

Molecular assisted selection (MAS) adalah pencarian markah molekuler melalui

peta genetik dan fisik dari sekuensing genom yang secara kuat terpaut dengan

suatu sifat yang menjadi target dalam pemuliaan tanaman. Teknik MAS memiliki

kelebihan antara lain sifatnya yang stabil dan tidak terpengaruh lingkungan. MAS

dapat diujikan terhadap tanaman, bahkan pada saat tanaman masih muda, baik

tanaman di rumah kaca maupun di lapangan tanpa terpengaruh oleh musim.

Beberapa kelebihan tersebut menyebabkan seleksi berdasarkan markah molekuler

berpotensi memberikan hasil yang lebih akurat dibandingkan dengan seleksi

 16

berdasarkan fenotipe tanaman yang terpengaruh oleh musim, iklim mikro, spesifik

organ, dan fase pertumbuhan tanaman (Susanto dkk., 2009).

Identifikasi markah molekuler untuk MAS dapat diupayakan melalui pemetaan

QTL, gene tagging (penanda gen), dan analisis syntheni. Karakter-karakter

penting dalam tanaman seperti hasil dan komponen hasil, toleransi cekaman biotik

dan abiotik serta karakter agronomi lainnya pada umumnya bersifat kuantitatif

sehingga karakter kuantitatif menjadi penting dalam pemuliaan tanaman.

Pemetaan QTL memberikan informasi lokasi segmen kromosom yang

mengendalikan suatu karakter. Namun, sering kali dugaan lokasi tersebut masih

terlalu panjang sehingga diperlukan fine mapping untuk mencari lokasinya secara

detail beserta dengan markah penandanya. Fine mapping dapat dilakukan dengan

menggunakan populasi near isogenic lines (NIL) atau overlapping substitution

lines (Galur Substitusi Overlap). Fine mapping pada taraf yang detail dapat

dilanjutkan dengan DNA sekuensing untuk melakukan map based cloning

(klonalisasi gen berdasarkan pemetaan) (Mohan dkk., 1997 dalam Untung dkk.,

2009).

Konsep sederhana dari identifikasi QTL dengan pautan lokus marker yakni

individu dinilai berdasarkan genotipenya pada lokus marker, sedangkan

fenotipenya untuk sifat kuantitatif. Bila terdapat perbedaan pada fenotipe rata-rata

antarkelas marker genotipe, dapat disimpulkan bahwa keberadaan QTL terpaut

dengan marker gen. Aplikasi marker dapat terjadi satu demi satu ataupun

serempak. Jumlah QTL yang terdeteksi oleh pautan gen marker selalu lebih

sedikit disebabkan oleh dua QTL terpaut dekat satu sama lain dan muncul sebagai
 17

satu kesatuan, atau juga malah tidak muncul akibat adanya dispersi (Daniel,

2009).

2.6 Segregasi Transgresif

Pelaksanaan persilangan bertujuan untuk merakit kombinasi gen-gen baru dari

sifat-sifat penting yang berada pada dua atau lebih varietas berbeda. Zuriat

pertama (F1) dari suatu hasil persilangan umumnya homogen dan heterozigot,

dengan homogenitas dan heterozigositas maksimum tercapai pada hasil

persilangan tunggal. Heterozigositas persilangan tunggal ditemukan pada semua

lokus. Hasil perkawinan sendiri (selfing) zuriat F1, menghasilkan zuriat F2 yang

umumnya merupakan populasi hasil segregasi yang heterogen, dengan campuran

individu yang mengandung genotipe homozigot, kombinasi homozigot dan

heterozigot, dan genotipe heterozigot (Stoskopf dkk., 1993). Diantara genotipe

yang yang heterogen ini, terdapat genotipe hasil segregasi yang bersifat

transgresif (Poehlman dan Sleper, 1996).

Pelaksanaan seleksi setelah persilangan untuk pemuliaan galur bertujuan untuk

meningkatkan frekuensi genotipe segregan transgresif yang dikehendaki dari

dalam populasi homozigositas dan heterozigositas pada setiap generasi, hingga

diperoleh genotipe segregran transgresif homozigot untuk semua gen yang telah

mengalami fiksasi. Adanya pengaruh genotipe dan interaksi antara genotipe dan

lingkungan ini akan mengaburkan penarikan kesimpulan mengenai nilai fenotipe

tanaman. Oleh sebab itu, suatu individu tanaman dengan keragaan terbaik dalam

suatu populasi bersegregasi belum tentu akan menghasilkan populasi zuriat atau
 18

famili dengan keragaan yang sama seperti induknya, apabila keragaan terbaik

pada induknya itu berasal dari kontribusi pengaruh lingkungan yang lebih besar.

Keadaan inilah yang menyebabkan setiap metode seleksi memerlukan waktu

paling sedikit enam generasi seleksi (S6), atau hingga mencapai sedikitnya

generasi kawin sendiri F7, untuk menghasilkan suatu galur harapan (Jambormias

dan Riry, 2009).

Segregasi transgresif adalah segregasi gen pada sifat-sifat kuantitatif dari zuriat

hasil persilangan dua tetua yang memiliki jangkauan sebaran yang melampaui

jangkauan sebaran kedua tetuanya (Poehlman dan Sleper, 1996). Bila tidak ada

pengaruh lingkungan yang besar, maka secara teoritis suatu segregan transgresif

telah ada pada generasi segregasi F2 atau pada generasi seleksi S0.

Segregasi transgresif membentuk dua gugus segregan transgresif dalam spektrum

sebaran, yaitu lebih kecil dari sebaran tetua dengan keragaan rendah, dan lebih

besar dari sebaran tetua dengan keragaan tinggi. Bila menggunakan seleksi

positif, misalnya seleksi untuk memperoleh varietas yang produksi bijinya tinggi,

kandungan protein biji tinggi, dan berbagai sifat yang ingin ditingkatkan nilai

fenotipenya, maka gugus segregan transgresif dengan keragaan yang lebih besar

dari keragaan tetua tertinggi yang akan ditingkatkan frekuensi genotipenya,

sedangkan gugus segregan trasgresif dengan sebaran yang lebih kecil dari

keragaan tetua rendah dibuang. Keadaan sebaliknya berlaku untuk seleksi negatif,

misalnya seleksi untuk memperoleh varietas berumur genjah (Jambormias dan

Riry, 2009).
 19

2.7 Fenotipe QTL

2.7.1 Tinggi tanaman

Tanaman yang tinggi dengan batang yang lemah akan rebah pada masa permulaan

tumbuh dan menjadi rebah pada pemupukan N dosis tinggi. Tanaman rebah

menyebabkan pembuluh xilem dan floem menjadi rusak sehingga menghambat

pengangkutan hara mineral dan fotosintat. Selain itu, susunan daun menjadi tidak

beraturan dan saling menaungi sehingga akhirnya banyak menghasilkan gabah

hampa. Tingginya hasil pada padi varietas unggul baru disebabkan oleh

ketahanannya terhadap kerebahan (Yoshida, 1981).

Lin dkk., (2011) melaporkan bahwa terdapat 10 QTL yang mempengaruhi tinggi

tanaman (plant height) yakni pada kromosom pertama berada diantara E60551

dan RM1387, pada kromosom keenam yang berada diantara R3879 dan RM30

yang merupakan interval yang berdekatan dengan Qph6.2, RM30 dan RM340.

2.7.2 Jumlah anakan

Kapasitas anakan merupakan salah satu sifat utama yang penting pada varietas-

varietas unggul. Yoshida (1981) menyebutkan tanaman bertipe anakan banyak

cocok untuk berbagai keragaman jarak tanam, mampu mengompensasi rumpun-

rumpun yang mati dan mencapai indeks luas daun (ILD) dengan cepat. Sistem

anakan juga menjadi salah satu peubah potensi hasil. Menurut Tsunoda (1964);

Yoshida (1981) dalam Makarim dan Suhartatik (2009), menguraikan bahwa

sistem anakan yang tekumpul (tegak) akan lebih produktif daripada anakan
 20

terserak hal ini disebabkan pada takaran N tinggi dan jarak tanam yang lebih

rapat, maka anakan yang lebih tegak akan lebih produktif. Namun sebaliknya,

anakan yang terserak akan lebih produktif pada pemupukan N dosis rendah dan

jarak tanam yang lebih lebar.

Pada analisis QTL, fenotipe jumlah anakan terdeteksi pada marker RZ730-RZ801

(tn1-4) di kromosom 1, antara marker CDO686-Amy1 A/C (tn2-2) di kromosom

2, dan antara marker CDO87-RG910 (tn3-4) di kromosom 3 (Yan dkk., 1998).

Sedangkan untuk ketahanan terhadap blas Pyricularia dikendalikan pada lokus

qBLASTa dan qBLASTads (Tabien dkk., 2002), r11a dan r11b dua QTL mayor

yang berada pada kromosom 11 (Li dkk., 2008).

2.7.3 Jumlah bulir

Jumlah bulir per malai merupakan komponen penting dalam sifat hasil padi.

Pemetaan QTL untuk jumlah bulir menggunakan data 3 musim pada set

rekombinan galur inbrida yang berasal dari persilangan antara Pusa 1266 bulir

tinggi) dan Pusa Basmati 1 (jumlah bulir rendah) mengidentifikasi satu gen yang

konsisten yaitu QTL qGN4-1 pada lengan panjang dari kromosom 4 yang

berpengaruh besar terhadap jumlah bulir. QTL ini bekerja sama dengan QTL

lokal tanaman padi tersebut dengan QTL utama untuk cabang primer dan

sekunder per malai, dan jumlah malai per tanaman. Interval QTL dipersempit

menjadi 11,1 cM (0,78 Mbp) dengan enam penanda tambahan. Microarray

transcriptome profile mengungkapkan delapan gen dalam qGN4-1 wilayah

 21

diferensial dinyatakan antara dua tetua selama pengembangan awal malai

(Deshmukh dkk., 2010)

2.8 Heritabilitas

Besar kecilnya peranan faktor genetik terhadap fenotipe dinyatakan dengan

heritabilitas atau sering disebut dengan daya waris. Heritabilitas merupakan

perbandingan atau proporsi ragam genetik terhadap ragam total (varian fenotipe),

yang biasanya dinyatakan dengan persen (%). Menurut Bahar dan Zein (1993)

dalam Sudarmadji dkk., (2007) variasi genetik akan membantu dalam

mengefisienkan kegiatan seleksi. Apabila variasi genetik dalam suatu populasi

besar, ini menunjukkan individu dalam populasi beragam sehingga peluang untuk

memperoleh genotip yang diharapkan akan besar.

Heritabilitas merupakan pernyataan kuantitatif dari faktor keturunan dibandingkan

dengan faktor lingkungan dalam memberikan penampilan akhir. Heritabilitas

mengacu kepada peranan faktor genetik dan lingkungan terhadap pewarisan suatu

karakter tanaman (Allard, 1960). Pendugaan nilai heritabilitas yang tinggi

menunjukkan bahwa faktor genetik lebih besar terhadap penampilan fenotip bila

dibandingkan dengan lingkungan. Semakin besar pengaruh lingkungannya maka

nilai heritabilitas akan semakin kecil (rendah). Untuk itu informasi sifat tersebut

lebih diperankan oleh faktor genetik atau faktor lingkungan, sehingga dapat

diketahui sejauh mana sifat tersebut dapat diturunkan pada generasi berikutnya.
 22

2.9 Seleksi Tidak Langsung

Seberapa besar suatu sifat berhubungan dengan sifat yang lain dinyatakan dengan

angka korelasi. Pengetahuan korelasi antara sifat-sifat yang diperbaiki sangat

penting dalam pemuliaan tanaman; perubahan satu sifat akan membawa

perubahan atau diikuti oleh perubahan sifat yang lain. Dengan pengetahuan

mengenai korelasi, pemulia tanaman dapat melakukan seleksi secara tidak

langsung (indirect selection). Seleksi tidak langsung dapat diartikan sebagai

pemilihan secara tidak langsung genotipe-genotipe terbaik berdasarkan karakter-

karakter yang dinilai memiliki hubungan dengan tujuan akhir program pemuliaan,

misalnya karakter daya hasil, ketahanan terhadap penyakit, dan lain sebagainya.

Falconer dan Mackay (1997) membedakan adanya korelasi fenotipik dan genetik;

korelasi genetik yang merupakan korelasi antara nilai pemuliaan antara dua sifat

mempunyai arti lebih penting.

 III. BAHAN DAN METODE

3.1 Tempat dan Waktu Penelitian

Penelitian ini dilaksanakan di Politeknik Negeri Lampung dan Laboratorium

Benih Fakultas Pertanian, Universitas Lampung mulai dari bulan Desember 2012

sampai April 2013.

3.2 Bahan dan Alat

Pada penelitian ini bahan yang digunakan adalah 10 varietas-QTL padi unggul

nasional yakni Sarinah-tinggi tanaman, Sarinah-jumlah anakan, Sarinah-jumlah

bulir, IR64-tinggi tanaman, IR64-jumlah anakan, IR64-jumlah bulir, Ciliwung-

jumlah anakan, Ciliwung-jumlah bulir, Ciherang-jumlah anakan, Ciherang-jumlah

bulir, dan pupuk kandang sapi.

Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah bambu yang diberi label sebagai

penanda padi yang diamati, kamera digital, irigasi springkel, alat tulis, meteran,

alat pembersih benih, amplop, plastik, alat penghitung benih, jala net dan

timbangan analitik.
 24

3.3 Metode Penelitian

Untuk menjawab pertanyaan dalam perumusan masalah dan untuk menguji

hipotesis maka penelitian ini disusun menggunakan rancangan perlakuan kuasi

RTS (Rancangan Teracak Sempurna) karena dalam penelitian ini tidak

memungkinkan untuk dilakukan pengulangan kelompok tetapi ulangan berada di

dalam satu kelompok yang sama. Masing-masing kelompok ulangan terdiri dari 9

sampel tanaman yang dibagi menjadi 3 ulangan dan masing-masing ulangan

terdapat 3 tanaman. Data terlebih dahulu dicari rata-ratanya.

Selanjutnya dilakukan analisis ragam, data pengamatan diuji dengan uji Bartlett

dan Levene untuk kehomogenan ragam. Bila hasil analisis uji pada analisis ragam

nyata pada P 0,01 atau 0,05 maka dilakukan pemeringkatan nilai tengah dengan

uji Beda Nyata Jujur (BNJ). Besarnya ragam genetik dan heritabilitas broad-

sense diduga berdasarkan kuadrat nilai tengah (KNT) harapan pada analisis ragam

berdasarkan Hallauer dan Miranda (1986) yang dalam Hikam (2010) dengan

analisis ragam seperti Tabel 2.

Tabel 2. Pendugaan ragam genetik dan heritabilitas broad-sense berdasarkan nilai

KNT harapan pada hasil analisis ragam.

Sumber Keragaman Db KNT KNT Harapan

Varietas-QTL v-1 KNT 2 2 + u2g
Galat Residual KNT 1 2
Total (u.v)-1
 25

Luas sempitnya nilai keragaman genetik suatu karakter ditentukan berdasarkan

ragam genetik (2g) dan standar deviasi ragam genetik (GB) 2g menurut rumus

berikut

Sedangkan rumus heritabilitas broad-sense (h2bs) dan standar deviasi heritabilitas

broad-sense (GB)h2BS menjadi

2g dan akan nyata apabila nilainya 1 GB (Hallauer dan Miranda, 1986).

Dengan koefisien keragaman genetik (KKg):

3.4 Pelaksanaan Penelitian

3.4.1 Pengolahan lahan

Sebelum digunakan untuk penanaman, lahan terlebih dahulu diolah dengan

menggunakan bajak. Kemudian dibuat bedengan untuk tiap varietas seluas 2 x 1

meter. Antarbedengan dibuat saluran sedalam 20 cm yang berfungsi sebagai

saluran drainase. Pada prinsipnya pengolahan tanah dilakukan untuk menciptakan

kondisi yang optimal bagi pertumbuhan tanaman, yaitu menciptakan

keseimbangan antara padatan, aerasi dan kelembaban tanah.

 26

3.4.2 Penanaman

Tugal tanah sedalam 5 cm dengan jarak tanam 25 x 25 cm. Kemudian masukkan

benih padi sebanyak 2 butir dalam satu lubang. Tutup kembali lubang tersebut.

3.4.3 Pemeliharaan dan pemupukan

Pemeliharaan tanaman berupa pemupukan, pengendalian hama dan penyakit, dan

penyiangan gulma. Pemupukan pertama menggunakan pupuk kandang sapi

sebanyak 5 t/ha yang diberikan saat pengolahan tanah. Pemupukan kedua

diberikan setelah 3 minggu setelah tanam (MST) dengan dosis 5 t/ha diberikan

dengan cara ditaburkan disekitar tanaman padi. Pengendalian hama dan penyakit

dilakukan dengan cara manual, yakni dengan membuang tanaman yang terserang

penyakit dan membuang hama yang terdapat pada pertanaman. Selain itu juga

untuk mencegah serangan burung pemakan padi maka dilakukan pemasangan jala

net agar burung tidak dapat masuk ke areal pertanaman. Untuk pengendalian

gulma pun dilakukan dengan cara manual, yaitu dengan cara mencabut gulma

yang terdapat di areal pertanaman.

3.4.4 Penetapan sampel

Penetapan sampel dilakukan pada saat masa vegetatif. Bambu yang sudah diberi

label ditancapkan pada 9 tanaman padi secara acak dalam satu blok yang dipilih

dari 28 tanaman yang berada dalam satu blok.

 27

3.4.5 Pemanenan

Kriteria siap panen adalah daun bendera dan 90 % bulir padi telah menguning dan

butir gabah terasa keras bila ditekan. Apabila dikupas, tampak isi bulir gabah

berwarna putih dan tidak mengeluarkan cairan berwarna susu lagi. Panen

dilakukan dengan cara diarit hingga ke pangkal bawah batang. Kemudian malai

beserta bulir padi dipisahkan dari batang dan daun. Malai dan bulir padi

dimasukkan ke dalam kantong-kantong kertas yang sudah diberi label sebagai

sampel.

3.4.6 Pasca panen

Padi yang telah dipanen kemudian dikeringkan dengan cara dijemur selama

beberapa hari hingga kadar air mencapai 14 %. Kemudian benih yang telah

dirontokkan dari malainya selanjutnya dilakukan pengamatan di laboratorium.

Gabah yang telah kering kemudian ditimbang bobot keringnya. Benih padi berisi

dipisahkan dengan bulir padi hampa menggunakan alat pembersih benih, setelah

dipisahkan antara benih isi dan benih hampa masing masing ditempatkan dalam

kantong berbeda dan masing masing ditimbang menggunakan timbangan digital.

Setelah menimbang bobot benih, selanjutnya menimbang bobot 100 butir dari

benih padi yang berisi. Setelah menimbang bobot 100 butir, menghitung jumlah

benih yang terdapat pada tiap tiap kantong menggunakan alat penghitung benih.
 28

3.5 Variabel Pengamatan

Untuk menguji kesahihan kerangka pemikiran dan hipotesis dilakukan

pengamatan terhadap fase vegetatif, generatif dan produksi yang dihasilkan, maka

variabel pengamatan dalam penelitian ini :

(1) Tinggi tanaman. Tinggi tanaman dengan satuan centimeter (cm) diukur dari

pangkal batang hingga ujung daun bendera pada tiap rumpun.

(2) Jumlah anakan per rumpun. Jumlah anakan dihitung pada tiap-tiap rumpun

tanaman padi.

(3) Umur berbunga. Umur berbunga dilihat pada saat tanaman dalam

petakan/bedengan minimal telah mencapai 50 % fase berbunga.

(4) Jumlah anakan produktif per rumpun. Jumlah anakan produktif ditentukan

dari jumlah anakan yang menghasilkan malai pada tiap rumpunnya.

(5) Jumlah gabah total per rumpun. Jumlah gabah total ditentukan dengan cara

menghitung keseluruhan jumlah gabah tiap rumpun.

(6) Jumlah gabah isi per rumpun. Jumlah gabah isi ditentukan dengan cara

memisahkan antara gabah isi dan gabah hampa menggunakan alat pembersih

benih kemudian dihitung menggunakan alat hitung benih.

(7) Jumlah gabah hampa per rumpun. Jumlah gabah hampa ditentukan dengan

cara menghitung jumlah gabah hampa per rumpun menggunakan alat

penghitung benih.

(8) Bobot gabah isi per rumpun. Bobot gabah isi dengan satuan gram (g)

ditentukan dengan cara menimbang gabah isi tiap kantong.

(9) Bobot gabah hampa per rumpun. Bobot gabah hampa dengan satuan gram (g)

ditentukan dengan cara menimbang gabah hampa tiap kantong.

 29

(10) Bobot kering malai per rumpun. Bobot kering malai dengan satuan gram (g)

ditentukan dengan cara menimbang malai yang telah dikeringkan.

(11) Bobot 100 bulir isi. Bobot 100 bulir isi dengan satuan gram (g) ditentukan

dengan mengambil 100 butir gabah isi/bernas dan kemudian ditimbang.

(12) Produksi per meter. Produksi per meter dengan satuan gram (g) ditentukan

dengan rumus sebagai berikut

Jarak tanam
R
I
Z 25 cm
O
S
F
E 25 cm
R

Jarak tanam
Jarak tanam

Jarak antara 3 tanaman adalah : ( 25 cm + 25 cm) = 50 cm = meter

Produksi per meter adalah: bobot tanaman 1 + bobot tanaman 2 + bobot

tanaman 3

Produksi per meter adalah : (produksi per meter x 2)

Produksi per m2 adalah: (produksi per meter/ m x m)

: produksi per meter x 8

 V. KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan

Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan, maka dapat disimpulkan:

1. Semua peubah yang diamati mampu memberikan perbedaan ragam genetik

dan heritabilitas broad-sense meskipun memiliki koefisien keragaman yang

cukup tinggi dan di tanam pada lingkungan gogo.

2. Varietas Sarinah-jumlah bulir dan Sarinah-jumlah anakan dapat dijadikan

sebagai salah satu tetua untuk perakitan padi inbrida dan hibrida

3. Korelasi yang menunjukkan peningkatan pada produksi per meter ditunjukkan

dengan fenotipe jumlah bulir total, sehingga jumlah bulir total dapat

digunakan sebagai peubah pada seleksi tidak langsung.

5.2 Saran

Berdasarkan kegiatan penelitian yang telah dilakukan diperoleh saran sebagai

berikut

1. Varietas-QTL padi yang sesuai ataupun melebihi standar komersial dapat

dijadikan sebagai salah satu tetua tanpa direkombinasi.

2. Peubah jumlah bulir total dapat digunakan sebgai QTL untuk seleksi tidak

langsung yang berkaitan dengan produksi per m2.

 PUSTAKA ACUAN

Al, S., dan Sudarsono. 2004. Pengaruh jenis dan dosis pupuk kandang terhadap
pertumbuhan kangkung darat (ipomoea sp) dan caisim (brassica juncea)
pada tanah pasir kawasan Pantai Samas, Bantul Yogyakarta. Makalah.
Disajikan dalam Seminar Nasional Penelitian, Pendidikan dan Penerapan
MIPA, FMIPA UNY : Hotel Sahid Raya, Senin 2 08 2004.

Allard, R.W. 1960. Principles of Plant Breeding. John Wiley & Sons, Inc. New
York. 485 hlm.

Barus, J. 2012. Pengaruh aplikasi pupuk kandang dan sistim tanam terhadap hasil
varietas unggul padi gogo pada lahan kering masam di lampung. bptp
lampung. Jurnal Lahan Suboptimal. 1(1): 102-106. ISSN2252-6188.

BPK. 2012. Kebijakan pemerintah dalam pencapaian swasembada beras pada

program peningkatan ketahanan pangan. http://jdih.bpk.go.id/wp-
content/uploads/2012/03/tulisan-hukum-ketahanan-pangan.pdf diakses
pada 2 Desember 2012.

Daniel. 2009. Quantitative Trait Loci (QTL).

http://dansboom.blogspot.com/2009/08/quantitative-trait-loci-qtl.html.

Daradjat, A.A., Suwarno, Abdullah B., Soewito T., Ismail B.P., dan Simanullang
Z.A. 2001. Status penelitian pemuliaan padi untuk memenuhi kebutuhan
pangan masa depan. Balai Penelitian Tanaman Padi, Sukamandi.

Deshmukh, R., Singh A., Jain N., Anand S., Gacche R., Singh A., Gaikwad
K., Sharma T., Mohapatra T., dan Singh N. 2010. Identification of
candidate genes for grain number in rice (Oryza sativa L.). Funct Integr
Genomics. 10(3):339-47.

Falconer, D. S., and T. F. C. MacKay. 1996. Introduction to quantitative genetics.

Prentice Hall, Harlow, England.

Hikam, S. 2010. Buku Ajar : Teknik Perancangan dan Analisis Pemuliaan

Tanaman. Universitas Lampung. Bandar Lampung. (dalam persiapan)
 47

Jambormias, E. dan J. Riry. 2009. Penyuaian data dan penggunaan informasi

kekerabatan untuk mendeteksi segregan transgresif sifat kuantitatif pada
tanaman menyerbuk sendiri (Suatu pendekatan dalam seleksi). Universitas
Pattimura Ambon. Jurnal Budidaya Pertanian. 5 (1): 11-18.

Li, Y., C. Wu, Y. Xing, H. Chen, Y. He. 2008. Dynamic QTL analysis for rice
blast resistace under natural infection conditions. Australian Journal of
Crop Science. 2 (2): 73-82. ISSN: 1835-2707.

Lin, Y.R., S.C. Wu, S.E. Chen, T. H. Tseng, C.S. Chen, S.C. Kuo, H.P. Wu,
Y.I.C. Hsing. 2011. Mapping of quantitative trait loci for plant height and
heading date in two inter-subspecific crosses of rice and comparison
across Oryza genus. Molecular Biology Journal of Botanical Studies. 52:
1-14.

Makarim, A. K., E. Suhartatik. 2009. Morfologi dan fisiologi tanaman padi. Balai
Besar Penelitian Tanaman Padi Sukamandi. Jawa Barat.

Manrapi, A., M.T. Ratule. 2010. Keragaan hasil beberapa varietas unggul baru
(VUB) padi sawah irigasi dalam kegiatan perbanyakan benih mendukung
SLPTT padi di Sulawesi Tenggara. Prosiding Pekan Serealia Nasional,
2010. ISBN : 978-979-8940-29-3.

Mudjisihono, R. 2009. Padi non hibrida vs padi hibrida. Balai Pengkajian

Teknologi Pertanian (BPTP) Yogyakarta. http://c-
tinemu.blogspot.com/2009/02/padi-non-hibrida-vs-padi-hibrida.html.
Diakses pada 10 Desember 2012.

Mulyani, A. 2006. Perkembangan potensi lahan kering masam. Balai Besar

Penelitian dan Pengembangan Sumberdaya Lahan Pertanian.

Musnamar, E. I. 2004. Pupuk Organik Cair dan Padat, Pembuatan, Aplikasi.

Jakarta. Penebar Swadaya.

Nazirah, L. 2008. Tanggap beberapa varietas padi gogo terhadap interval dan
tingkat pemberian air. Tesis. Universitas Sumatera Utara. Medan.

Prayogi, T. 2012. Sebuah perjalanan: Perkembangan produksi beras Indonesia.

http://tomyprayogie.blogspot.com/2012/02/perkembangan-produksi-beras-
indonesia.html. Diakses pada 17 Desember 2012.

Puslitbang Tanah dan Agroklimat. 2005. Bab VI arah pengembangan pertanian

bedasarkan kesesuaian lahan. prospek dan arah pengembangan
agribisnis: Tinjauan aspek kesesuaian lahan. Hlmn 21-32

Puslitbang Tanaman Pangan. 2012. Peluang menuju swasembada beras

berkelanjutan. Warta Penelitian dan Pengembangan Pertanian. 27(5): 12 -
14.
 48

Poehlman, J.M. dan D.A. Sleper. 1996. Breeding Field Crops (Ed 4). Iowa State
University Press, Iowa.

Rachmawati, A.A., M. Syukur., M. Surachman. TT. Pendugaan nilai heritabilitas

dan korelasi genetik beberapa karakter agronomi tanaman semangka
(Citrullus lanatus (Thunberg) Matsum dan Nakai). Prosiding Departemen
Agronomi dan Hortikultura Fakultas Pertanian. Institut Pertanian Bogor.
Bogor.

Rahayu, A.T., dan T. Harjoso. 2010. Karakter agronomis dan fisiologis padi gogo
yang ditanam pada media tanah bersekam pada kondisi air di bawah
kapasitas lapang. Universitas Jendral Soedirman. Akta Agrosia. 13(1) : 40
- 49. ISSN 1410-3354.

Ramadhana, R. 2013. Evaluasi Fenotipe Quantitative Trait Loci (QTL) yang

Tersegregasi Transgresif Pada Padi Varietas Lokal di Lingkungan Sawah
Baru. Skripsi. Universitas Lampung.

Rieseberg, L.H., A. Widmer, A.M. Arntz, J.M. Burke. 2003. The genetic
architecture necessary for transgressive segregation is common in both
natural and domisticated populations. The Royal Society. Phil. Trans. R.
Soc. Lond. B. DOI 10.1098/rtsb.2003.1283.

Sahiri, N. 2003. Pertanian organik: prinsip daur ulang hara, konservasi air dan
interaksi antar tanaman. Makalah Individu Pengantar Falsafah Sains.
Institut Pertanian Bogor.

Saputri, T.Y., S. Hikam, P.B. Timotiwu. 2013. Pendugaan Komponen Genetik,

Daya Gabung dan Segregasi Biji Pada Jagung Manis Kisut. Jurnal Agrotek
Tropika. 1 (1) : 25-31. ISSN 2337-4993.

Sarief. S. 1986. Kesuburan Tanah dan Pemupukan Tanah Pertanian. Bandung.

Pustaka Buana.

Satoto. 2004. Status perkembangan program pembentukan varietas padi hibrida.

Makalah Disampaikan pada Lokakarya Program Litkaji Pemuliaan
Partisipatif dan Pengelolaan Tanaman Terpadu (PTT). Sukamandi, 18-20
Januari 2004. Balai Penelitian Tanaman Padi. 16 hlm.

Stoskopf, N.C., D.T. Tomes dan B.R. Christie. 1993. Plant Breeding. Theory and
Practice. Boulder, USA.

Sudarmadji, Mardjono, R. Sudarmo, H. 2007. Variasi genetik, heritabilitas, dan

korelasi genotipik sifat-sifat penting tanaman wijen (Sesamum indicum L.)
Balai Penelitian Tanaman Tembakau dan Serat. Malang. Jawa Timur.
Jurnal Littri. 13 (3): 88-92. ISSN 0853-8212.
 49

Sumarno. 2006. Mengapa hibrida padi tidak sesukses hibrida jagung?. Tabloid
Sinar Tani. 21 Juni 2006. Hlm 1 4.

Suparyono, dan Setyono. 1997. Mengatasi permasalahan budidaya padi. Penebar

Swadaya. Jakarta.

Suprayogi, L. 2011. Evaluasi Plasma Nutfah Padi yang Tersegregasi Transgresif

Sebagai Tetua Inbred pada Perakitan Padi Hibrida dan Inbrida. Skripsi.
Universitas Lampung. Bandar Lampung.

Susanto, U., A.A. Daradjat, dan B. Suprihatno. 2003. Perkembangan pemuliaan

padi sawah di Indonesia. Jurnal Litbang Pertanian. 22 (3): 125-131.

Susanto, U., Sutrisno dan H. Aswidinnoor. 2009. Pemanfaatan teknik markah

molekuler untuk perbaikan varietas padi. Balai Besar Penelitian Tanaman
Padi Sukamandi. Subang. Jawa Barat.

Suwarno. 2000. Orientasi penelitian plasma nutfah dan pemuliaan untuk

menyongsong tantangan perpadian masa depan. Apresiasi Seminar Hasil
Penelitian Tanaman Padi. Balai Penelitian Tanaman Padi, Sukamandi,
Jawa Barat, 1011 November 2000.

Suwantike, I.K.T. 2011. Evaluasi Fenotipe QTL 6 Varietas Padi Tersegregasi

Transgresif untuk Koleksi Plasma Nutfah pada Perakitan Padi Inbrida.
Skripsi. Universitas Lampung. Bandar Lampung.

Tabien, R.E., Z.Li, A.H. Paterson, M. A. Marchetti, J.W. Stansel, and S.R.M.
Pinson. 2002. Mapping QTLs for field resistance to the rice blast pathogen
and evaluating their individual and combined utility in improved varieties.
Theor. Appl. Genet. 105: 313-324.

Tisdale, S.L., Nelson W.L. 1991. Soil Fertility and Fertilizer. New York. The Mc
Millan Company.

Wikipedia 2012. Lokus Sifat Kuantitatif.

http://id.wikipedia.org/wiki/Lokus_sifat_kuantitatif . Diakses pada 10
Desember 2012.

Yoshida, S. 1981. Fundamentals of Rice Crop Science. International Rice

Research Institute (IRRI). Los Banos. Philippines