C.

Replikasi DNA
Setiap organisme mempunyai asam nukleat dan akan melakukan duplikasi
baik itu pada DNA maupun RNA. Bahan genetik yang ada pada setiap organisme
akan mengalami proses perbanyakan sebagai salah satu tahapan terpenting dalam
proses pertumbuhan sel. Replikasi adalah kemampuan DNA untuk dapat menggandakan diri.
Proses-proses yang terjadi saat terjadinya replikasi yaitu ikatan hidrogen membuka sehingga
kedua pita akan memisah, pita saling memisah dengan basa nitrogen pada masing-masing
pita berfungsi sebagai cetakan yang mengatur pengikatan basa komplementer (basa
pelengkap) pada pita baru yang dibentuk, serta masing-masing pita lama membentuk pita
baru sehingga menghasilkan dua pita double helix. Proses yang terjadi tersebut dipengaruhi
oleh enzim helikase, enzim polimerase, dan ligase. Replikasi DNA dapat terjadi melalui tiga
kemungkinan yaitu konservatif, semikonservatif, dan dispersif. Replikasi konservatif ini
melalui cara, yaitu pita double heliks DNA induk tetap tidak berubah, kemudian digunakan
untuk mencetak dua pita double heliks DNA yang baru. Replikasi semikonservatif ini melalui
cara, yaitu pita double heliks DNA induk terpisah, kemudian mensintesis pita DNA yang
baru dengan cara melengkapi (komplementasi) pada masing-masing pita DNA induk
tersebut. Dispersif ini melalui cara, yaitu kedua pita double heliks induk terputus membentuk
segmen-segmen pita DNA yang baru, kemudian segmen pita DNA induk akan disambung
dengan segmen pita DNA baru. Sehingga pada peristiwa ini hasil akhirnya adalah segmen
pita DNA induk dengan segmen pita DNA yang baru yang tersebar pada pita double heliks
DNA yang terbentuk (Wahyu 2009).

DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gugus fosfat, gula
deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga
komponen tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida.
Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang
terangkai seperti rantai. Misalnya, kromosom terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta
nukleotida. Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-
seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua
gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga
pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama
DNA dan RNA adalah gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa. DNA terdiri atas dua
untai yang berpilin membentuk struktur heliks gkamu. Pada struktur heliks gkamu, orientasi
rantai nukleotida pada satu untai berlawanan dengan orientasi nukleotida untai lainnya. Hal
ini disebut sebagai antiparalel. Masing-masing untai terdiri dari rangka utama, sebagai
struktur utama, dan basa nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada heliks.
Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa-basa yang
terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang ditemukan pada DNA adalah adenin
(dilambangkan A), sitosin (C, dari cytosine), guanin (G), dan timin (T). Adenin
berikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanin berikatan dengan sitosin (Wahyu 2009).

Proses replikasi ini diperlukan ketika sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel
gamet, pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan
memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta
bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu merupakan “konjugat” dari rantai
pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai
pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan
bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi. Salah satu teori yang paling populer menyatakan
bahwa pada masing-masing DNA baru yang diperoleh pada akhir proses replikasi; satu rantai
tunggal merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya, sedangkan rantai pasangannya
merupakan rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNA sebelumnya
tersebut bertindak sebagai “cetakan” untuk membuat rantai pasangannya. Proses replikasi
memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu yang terpenting dikenal dengan nama
DNA polimerase, yang merupakan enzim pembantu pembentukan rantai DNA baru yang
merupakan suatu polimer. Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian gkamu DNA
pada titik-titik tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu
oleh beberapa jenis protein yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan juga protein yang
mampu membuka pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan
untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang
sudah terbuka secara lokal tersebut (Wahyu 2009).

Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA
polimerase mengikuti arah membukanya rantai. Monomer DNA ditambahkan di kedua sisi
rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh
rantai telah benar-benar terpisah. Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit
namun teliti. Proses sintesis rantai DNA baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah
terjadinya kesalahan pemasukan monomer yang dapat berakibat fatal. Karena mekanisme
inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis sangat kecil (Wahyu 2009).

Repilakasi DNA berlangsung dengan sangat cepat, replikasi DNA pada tingkat polimerisasi
menghasilkan sekitar 500 nukleotida per detik pada bakteri dan sekitar 50 nukleotida per
detik pada mamalia. Jelas, protein yang mengkatalisis proses ini harus akurat dan cepat.
kecepatan dan akurasi yang dicapai dengan cara kompleks multienzim yang memandu proses
dan merupakan suatu "mesin replikasi." Dalam tahap pembentukan garpu replikasi
(replication fork) oleh enzim helikase terbentuk dua sisi yang disebut Leading strand dan
Lagging strand, tahap repliakasi berupa sintesis untaian DNA pada kedua bagian ini berbeda
secara proses. Pada bagian leading strand DNA disentesis secara kontinu/ berkesinambungan
oleh ezim DNA Polimerase karena berada pada urutan rantai karbon 5’ menuju rantai karbon
3’. Arah tersebut merupakan arah yang dapat menyebabkan kontinuitas sintesis DNA.
Sedangkan arah sintesis pada bagian lagging strand berkebalikan dengan bagian leading
strand, sehingga diperlukan cara khusus untuk mensintesis DNA yang pada akhirnya juga
akan menghasilkan rantai baru namun dengan arah sintesis yang diskontinu. Dalam proses
sintesis inilah akan dikenal istilah “Okazaki fragments”, sebagai pragmen yang membantu
jalannya sintesis pada sisi lagging strand.

Wahyu P.P.
APAKAH DNA?
Penyusun : Wahyu P.P.
Editor : Edi Warsidi & Reissa Y.
Design Sampul : Andri Sheva
Lay Out : Rahmat Deedat
Cetakan Pertama : Tahun 2009
Cetakan Kedua : Tahun 2013
Penerbit:
PT. PURI DELCO
Jl. Terusan Martanegara No. 12 Bandung 40275 – INDONESIA

Komponen-komponen Penting dalam Replikasi

Replikasi bahan genetik ditentukan oleh beberapa komponen sebagai
berikut (tertuang pada Gambar 8):
a. DNA template (cetakan), yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.
b. Molekul deoksi ribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP. Deoksi ribonuleotida
terdiri atas tiga komponen yaitu: (i) basa purin atau pirimidin, (ii) gula 5-karbon
(deoksiribosa), dan (iii) gugus fosfat.
c. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim uatama yang mengkatalisis proses polimerisasi
nukleotida menjadi untaian DNA. Pada bakteri Eschericia colli terdapat tiga macam DNA
polimerase yaitu DNA polimerase I, DNA polimerase II, dan DNA polimerase III. Pada jasad
eukaryot terdapat lima macam DNA polimerase yaitu DNA polimerase alva, gama, beta,
delta, epsilon.
d. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai replikasi
DNA. Pada bakteri E. colli komplek enzim ini disebut primosom yang terdiri atas beberapa
macam protein.
e. Enzim pembuka untaian DNA induk, yaitu enzim helikase dan enzim lain yang membantu
proses tersebut yaitu enzim girase.
f. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka, yaitu protein SSB
(single strand binding protein).
g. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk mengambung fragmen-
fragmen DNA.
Faktor keturunan dan kesalahan dalam replikasi gen juga dapat memicu timbulnya kanker,
sebagai akibat dari teraktivasinya proto-onkogen menjadi onkogen (Suryohudoyo, 2004).