Analisis Molekuler dan interaksi Molekul Sistein

Putri Fatimah
Jurusan kimia, Fakultas matematika dan Ilmu pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang
email : putrifatimah565@gmail.com

ABSTRAK

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis interaksi molekul Sistein dalam pelarut Air.
Metoda yang digunakan adalah pemodelan komputasi dengan Chemdraw dan Chem3D. Data
penelitian ini adalah analisis 2D yang menjelaskan sifat kimia dan formula kimia, sedangkan
analisis akan digambarkan bagaimana pasangan elektron bebas disekitar atom, dianalisis
surface molekul C3H7NO2S. Optimasi molekul C3H7NO2S menggunakan Molecular Mechanic
(MM2) dan Extended Hucle Charges. Data dikumpulkan dengan menggunakan pemodelan
dengan menggunakan aplikasi (Software) ChemOffice 2015 (ChemDraw versi 15 dan Chem3D
versi 15), perangkat Lenovo Ideapad 120S dengan Intel Dual Core N3350 (1.1 GHz up to 2.4
GHz (2 MB cache)), memory 2GB RAM DDR4 Onoard, 500GB HDD).
Keywords : Sistein, Interaksi molekul, Pemodelan, Optimasi

PENDAHULUAN
Kepolaran suatu senyawa dapat dipengaruhi oleh adanya perbedaan keelektronegatifan
antar atom-atom yang berkaitan dengan bentuk molekul. Senyawa dikatakan bersifat polar
apabila selisih keelektronegatifan antaratom penyusunnya semakin besar. Dan selain itu
ketidaksimetrisan bentuk molekul juga mengakibatkan senyawa bersifat polar. Dengan adanya
muatan electron yang tidak seimbang antaratom yang tidak seimbang antaratom dalam
senyawa polar mengakibatkan terjadinya suatu kutub (dipole). Maka dari itu pasangan electron
yang digunakan untuk membentuk ikatan kovalen polar lebih kuat tertarik pada salah satu atom
(1).

Molekul-molekul umumnya berinteraksi satu sama lainnya. Gaya tarik-menarik

antarmolekul ini terjadi dan merupakan jenis interaksi antarmolekul (gaya antar
molekul-molekul yang berbeda). Interaksi ini bertanggung jawab terhadap sifat fisik suatu zat,
seperti titik didih, titik leleh, serta fasa (wujud) zat. Berbeda dengan interaksi
antarmolekul, interaksi intramolekul (ikatan kimia) merupakan ikatan yang terbentuk saat
atom-atom bergabung membentuk molekul. Ikatan kimia berperan dalam menjaga kestabilan
molekul sekaligus dapat digunakan dalam meramalkan bentuk suatu molekul. Interaksi
antarmolekul lebih lemah dibandingkan ikatan kimia (2).
 Sebagian besar kimia medis didasarkan pada pengoptimalan atau pengurangan interaksi
antara molekul kecil dan berbagai biomolekul, hal ini dapat meningkatkan afinitas ligan untuk
reseptor atau mengurangi afinitas untuk beberapa interaksi off-target yang tidak diinginkan
seperti HERG atau CYP450. Sementara sifat fisikokimia keseluruhan molekul dapat memiliki
pengaruh besar, kemungkinan spesifitas tersebut dapat didorong oleh optimalisasi kekuatan
dan geometri interaksi molekuler tertentu (3).

Salah satu cara yang mudah untuk menganalisis dan memprediksi sifat dan fenomena
yang menarik dalam skala nano adalah metode komputasi yang berdasarkan pada dinamika
molekular dan/atau teori struktur elektronik (termasuk di dalamnya adalah teori kerapatan
fungsional) (4).

Dinamika molekular pada dasarnya memecahkan persamaan gerak dengan

menggunakan mekanika klasik (persamaan Newton). Karena persamaan yang terlibat sangat
besar (bergantung dari ukuran sistem yang diteliti) persaman ini diselesaikan dengan
menggunakan algoritma numerik yang diimplementasi pada komputer (4).

Metode dinamika molekuler diterapkan untuk mempelajari struktur gugus air asam sulfat
stabil sebagai berbagai komposisi. Juga antarmuka cairan-uap planar dipelajari. Dua model
potensial yang berbeda digunakan. Dalam model yang lebih sederhana, asam sulfat tetap
berada dalam keadaan tidak terdisosiasi (5).
Sistein adalah asam amino yang secara umum dapat diproduksi oleh tubuh, di antara
banyak fungsinya, salah satu fungsi sistein adalah membantu menciptakan anti-oksidan dalam
tubuh, sehingga dapat melawan radikal bebas dalam tubuh dan sistem kekebalan tubuh
menjadi lebih kuat (11).

Sistein antioksidan alami diproduksi dalam tubuh untuk melawan aktivitas radikal bebas.
Tanpa glutathione, sistem kekebalan tubuh Anda akan sangat terganggu, dan meninggalkan
dengan sedikit pertahanan terhadap racun dan penyakit(11).

Salah satu manfaat dari Sistein mungkin efektif dalam mencegah dan mengatasi penyakit
kanker, keracunan logam berat, batuk yang terjadi akibat rokok, bronkitis, penyakit jantung,
fibrosis kistik, serta keracunan asetamenofen. Sistein juga dapat membantu detoksifikasi
tubuh serta melindungi tubuh dari stres oksidatif (11).

Sistein ditemukan dalam beta-keratin yaitu protein utama yang ditemukan dalam dalam
kuku, kulit dan rambut. Sistein bermanfaat dalam membantu menjaga kesehatan organ
tersebut, agar tetap tampak muda dengan mendorong produksi kolagen serta menjaga
elastisitas kulit (11).

METODA PENELITIAN
Penelitian ini menggunakan pemodelan dengan menggunakan aplikasi (Software)
ChemOffice 2015 (ChemDraw versi 15 dan Chem3D versi 15), perangkat Lenovo Ideapad
120S dengan Intel Dual Core N3350 (1.1 GHz up to 2.4 GHz (2 MB cache)), memory 2GB
RAM DDR4 Onoard, 500GB HDD).

Penelitian dilakukan beberapa tahapan, yaitu (1) Analisis 2D molekul C3H7NO2S secara
dua dimensi menggunakan ChemDraw 2D; (2) Analisis molekul C3H7NO2S, secara 3 dimensi
menggunakan Chem 3D.

Molekul C3H7NO2S dilukis dengan menggunakan ChemDraw dengan cara pilih

Structure dan Convert Name to Structure. Pada layar kerja, tulis cysteine untuk molekul
C3H7NO2S, lalu pilih OK. Setelah Rumus Molekul terbentuk, lakukan analisis senyawa.
Proses analisis dilakukan dengan pilih pada bagian view, dengan optional show analysis
window dan show chemical properties windows.

Pada analisis 3D dilakukan dengan mentransformasikan molekul 2D ke Chem 3D. Pada

bagian Chem3D, struktur C3H7NO2S akan berubah menjadi bentuk 3 dimensi dan kemudian
dilakukan beberapa analisis, seperti :

1. Menghitung MM2 dari molekul yang terdiri atas MM2 minimization, MM2 dynamics
dan MM2 properties dengan cara pilih pada bagian calculation, klik MM2 minimization
kemudian pilih minimize energy dan klik run. Begitu juga dengan molecular dynamics
dan compute properties.

2. Analisis keberadaan pasangan elektron bebas dengan cara pilih bagian structure, pilih
lone pair kemudian pilih add, maka akan tampil pasangan elektron bebas dari molekul.

3. Analisis surface masing molekul, diantaranya Surface Solvent Accesible dengan model
solid, wire mesh dan tranculent. Kemudian Surface Connolly Molecular dengan model
solid, wire mesh dan tranculent.

4. Analisis jarak antara masing-masing atom pada molekul dengan cara pilih bagian
structure, lalu pilih measurement dan centang semua kotak pada bagian display.
HASIL DAN PEMBAHASAN

Analisis Molekul C3H7NO2S

a. Analisis 2D pada Molekul C3H7NO2S
Molekul C3H7NO2S dibuat dengan menggunakan Chemdraw 2D kemudian dilihat sifat
dan formula kimia dari molekul C3H7NO2S tersebut sehingga dihasilkan karakterisasi sebagai
berikut:

Chemical Formula: C3H7NO2S Boiling Point: 548,7 [K]

Exact Mass: 121,02 Melting Point: 388,39 [K]
Molecular Weight: 121,15 Critical Temp: 752,43 [K]
m/z: 121.02 (100.0%), 123.02 Critical Pres: 60,28 [Bar]
(4.5%), 122.02 (3.2%) Critical Vol: 304,5 [cm3/mol]
Elemental Analysis: C, 29.74; H, Gibbs Energy: -276,13 [kJ/mol]
5.82; N, 11.56; O, 26.41; S, 26.46 Log P: -0,92
MR: 28,21 [cm3/mol]
Henry's Law:
Heat of Form: -388,53 [kJ/mol]
tPSA: 63.32
CLogP: -2.3474
CMR: 2.9326
LogS: 1.5
pKa: 9.851, 2.097
Gambar 1. Struktur Sistein Istimewa (Fatimah,Putri. ChemOffice 2015).

b. Analisis 3D pada Molekul C3H7NO2S

Molekul C3H7NO2S dibuat dengan menggunakan Chemdraw 2D dan kemudian
dipindahkan kedalam bentuk 3 dimensi menggunakan Chem 3D. Proses ini akan membantu
untuk melihat pola pergerakan molekul secara optimal dan kemungkinan dinamika air selama
berinteraksi di lingkungan saat proses splitting berlangsung. Dengan bantuan Chem3D dapat
dilihat bentuk surface dari molekul C3H7NO2S. Selain itu Jarak antar atom dalam molekul
C3H7NO2S juga dapat diketahui, dimana jarak antara O-H adalah 0.943Å, jarak S-O adalah
1.666Å, jarak H-O-S adalah 113.177Å, jarak O-S-O adalah 112.491Å dan jarak antara atom
O-H adalah 2.000 Å. Berikut ini adalah gambar dari penerapan Chem3D terhadap molekul
C3H7NO2S.
 a b c

Gambar 2. Analisis 3D pada molekul C3H7NO2S model Ball and Stick. (a) molekul
C3H7NO2S terdiri dari 7 atom H (bola Putih), 2 buah atom O (bola merah) 3 atom
C (bola abu-abu), 1 atom N (bola kuning) (b) molekul C3H7NO2S dengan 4 pasang
Elektron Bebas (PEB, bola pink) dan (c) penampang girasi molekul C3H7NO2S
pada permukaan molekul pada sisi positif (merah) dan pada sisi bermuatan
negative (biru) (Fatimah, Putri. ChemOffis 2015).

a b c

d e f

Gambar 3. Analisis 3D Surface C3H7NO2S , (a) Surface Solvent Accessible molekul

C3H7NO2S,(b) Surface Solvent Accessible molekul C3H7NO2S Display
Mode Wire Mesh (c) Surface Solvent Accessible molekul C3H7NO2S
Display Mode Translucent, (d)Surface Connolly Molecular molekul
C3H7NO2S, (e) Surface Connolly Molecular molekul C3H7NO2S Display
Mode Wire Mesh,(f) Surface Connolly Molecular molekul C3H7NO2S
Display Mode Translucent (Fatimah, Putri. ChemOffis 2015).
Gambar 4. Jarak antar atom pada molekul C3H7NO2S menggunakan measurement
window (Fatimah, Putri. ChemOffis 2015).

Optimasi Molekul NaOH menggunakan Molecular Mechanic (MM2)

Optimasi molekul AgOH dilakukan dengan Molekular Mekanik (MM2) dan
menghasilkan output data dalam bentuk data geometri atom atom dalam molekul dan
Energi optimumnya. Hasil output yang dioleh dapat dilihat sebagai berikut :
1. Optimasi MM2 Minimization
2. Optimasi MM2 Dynamics
3. Optimasi MM2 Properties
Output MM2 Minimization, Dynamics dan Properties

------------MM2 Minimization------------
Warning: Some parameters are guessed (Quality = 1).
Iteration 675 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.018 RMS Move 0.0001
Iteration 676 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.026 RMS Move 0.0001
Iteration 677 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.020 RMS Move 0.0001
Iteration 678 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.019 RMS Move 0.0002
Iteration 679 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.023 RMS Move 0.0001
Iteration 680 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.015 RMS Move 0.0001
Iteration 681 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.016 RMS Move 0.0001
Iteration 682 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.018 RMS Move 0.0001
Iteration 683 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.018 RMS Move 0.0001
Iteration 684 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.015 RMS Move 0.0001
Iteration 685 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.017 RMS Move 0.0001
Iteration 686 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.013 RMS Move 0.0001
Iteration 687 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.011 RMS Move 0.0001
Iteration 688 Steric Energy -1.781 RMS Gradient 0.008 RMS Move 0.0000
 Iteration 688 : Minimization terminated normally because the gradient norm is less than the
minimum gradient norm
Stretch : 0.1630
Bend : 2.2218
Stretch-Bend : 0.0937
Torsion : -3.1421
Non-1,4 VDW: -1.0898
1,4 VDW : 1.6092
Dipole/Dipole : -1.6366
Total Energy : -1.7809 kcal/mol
Calculation ended
-------------------------------------------
------------MM2 Dynamics------------
Warning: Some parameters are guessed (Quality = 1).
Iteration Time Total Energy Potential Energy Temperature
----------------------------------------------------------------------
9975 19.950 32.404 ± 0.000 14.814 ± 0.000 310.59 ± 0.00
9976 19.952 30.368 ± 0.000 14.460 ± 0.000 280.89 ± 0.00
9977 19.954 31.044 ± 0.000 15.857 ± 0.000 268.16 ± 0.00
9978 19.956 30.533 ± 0.000 15.111 ± 0.000 272.30 ± 0.00
9979 19.958 30.034 ± 0.000 12.388 ± 0.000 311.58 ± 0.00
9980 19.960 30.793 ± 0.000 17.758 ± 0.000 230.16 ± 0.00
9981 19.962 32.005 ± 0.000 12.966 ± 0.000 336.17 ± 0.00
9982 19.964 31.281 ± 0.000 18.925 ± 0.000 218.17 ± 0.00
9983 19.966 30.271 ± 0.000 14.325 ± 0.000 281.55 ± 0.00
9984 19.968 32.256 ± 0.000 13.381 ± 0.000 333.28 ± 0.00
9985 19.970 33.058 ± 0.000 15.591 ± 0.000 308.41 ± 0.00
9986 19.972 31.025 ± 0.000 17.157 ± 0.000 244.88 ± 0.00
9987 19.974 31.541 ± 0.000 11.309 ± 0.000 357.24 ± 0.00
9988 19.976 32.904 ± 0.000 18.669 ± 0.000 251.35 ± 0.00
9989 19.978 31.973 ± 0.000 13.338 ± 0.000 329.05 ± 0.00
9990 19.980 31.122 ± 0.000 11.373 ± 0.000 348.70 ± 0.00
 9991 19.982 31.685 ± 0.000 13.421 ± 0.000 322.48 ± 0.00
9992 19.984 32.012 ± 0.000 14.877 ± 0.000 302.56 ± 0.00
9993 19.986 30.054 ± 0.000 10.606 ± 0.000 343.39 ± 0.00
9994 19.988 31.024 ± 0.000 16.004 ± 0.000 265.21 ± 0.00
9995 19.990 29.983 ± 0.000 11.574 ± 0.000 325.05 ± 0.00
9996 19.992 30.799 ± 0.000 13.260 ± 0.000 309.69 ± 0.00
9997 19.994 29.758 ± 0.000 17.440 ± 0.000 217.50 ± 0.00
9998 19.996 31.833 ± 0.000 11.371 ± 0.000 361.32 ± 0.00
9999 19.998 30.759 ± 0.000 16.710 ± 0.000 248.07 ± 0.00
10000 20.000 30.229 ± 0.000 13.566 ± 0.000 294.22 ± 0.00
Translational Kinetic Energy: 0.0000 Rotational Kinetic Energy: 0.0000
Calculation ended
-------------------------------------------
------------MM2 Properties------------
Warning: Some parameters are guessed (Quality = 1).
Stretch : 6.2725
Bend : 10.2510
Stretch-Bend : 0.2864
Torsion : -3.2867
Non-1,4 VDW : -1.2148
1,4 VDW : 2.3287
Dipole/Dipole: -1.0709
Total Energy : 13.5663 kcal/mol
The total energy for this frame: 13.566 kcal/mol
Calculation ended
-------------------------------------------
Extended Hucle Charges
C 0.595 [C(1)]
N 0.039 [N(2)]
C -0.280 [C(3)]
C -0.045 [C(4)]
S -0.193 [S(5)]
O 0.107 [O(6)]
O 0.027 [O(7)]
H -0.013 [H(8)]
H -0.618 [H(9)]
H 0.105 [H(10)]
H 0.209 [H(11)]
H 0.012 [H(12)]
H 0.027 [H(13)]
H 0.030 [H(14)]

KESIMPULAN
Molekul C3H7NO2S mengalami interaksi dengan air. Proses interaksi mempengaruhi
jarak atom yang berikatan dan sudut ikatan, dibuktikan dengan terjadinya perbahan nilai
setelah molekul di optimasi. Molekul sistein dioptimasi, dengan jarak antara O-H adalah
0.943Å, jarak S-O adalah 1.666Å, jarak H-O-S adalah 113.177Å, jarak O-S-O adalah
112.491Å dan jarak antara atom O-H adalah 2.000 Å. Selain energi, proses interaksi antara
molekul dengan air juga dipengaruhi oleh muatan dan medan gaya antar molekul yang
berpengaruh terhadap jarak dari masing-masing atom yang berpengaruh terhadap tarikan antar
molekul yang berinteraksi.

REFERENSI
2. Swain,Chris. 2012. https://ww.cambridgemedchemconsulting.com/resources/
Molecular interactions.html. Diakses 15 desember 2017.
1. Adom,Andy. 2009. https://andykimia03.wordpress.com/2009/08/20/ikatan-kimia-
interaksi-antarmolekul-bentuk-molekul-dan-hibridisasi-orbital-atom/.Diakses 20
Agustus 2009.

3. Min,Mas.2015.http://www.pelajaran.co.id/2015/29/penjelasan-gaya-antarmolekul-
menurut-para-ahli.html.Diakses 29 November 2015.

4. Faturrahman, Fadjar. Simulasi Dinamika Molekuler Proses Adhesi pada Model

Nanopartikel 2D (PDF Download Available). Available
from:https://www.researchgate.net/publication/265116781_Simulasi
Dinamika_Molekular_Proses_Adhesi_pada_Model_Nanopartikel_2D. Diakses 14
Desember 2017.
5. Toivolla, dkk. 2009. Stucture Of Water-Sulfuric Acid Clusters From Molecular Dynamic
Simulations. Vol.14, No: 654-66.
11.Sugeng,Mas.2014.http://www.referensisehat.com/2015/11/defnisi-sistein-sumber-
fungsi-manfaat-dosis-efek-samping.pdf.html.