TRANSPOSABLE GENETIC ELEMENTS

Telah dipelajari sebelumnya bahwa gen ada di dalam kromosom, dan penelitian
terdahulu menyabutkan bahwa gen tidak dapat berpindah tempat. Tetapi pada awal tahun
1940 an telah diteliti bahwa sequen DNA sebenarya dapat berpindah tempat. Perpindahan
urutan DNA ini disebut transposable genetic elements atau lebih sederhananya transposon.

A. Ketidakstabilan Genetik dan Penemuan Transposable Elements

Transposable elements ditemukan oleh B. McClintock dengan menganalisis

ketidaksatabilan genetic pada jagung. Dalam analisis McClintock ini, peristiwa kerusakan
terdeteksi dengan mengikuti hilangnya penanda genetik tertentu. Percobaan McClintock
dilakukan dengan menggunakan penanda genetik yang mengendalikan warna biji jagung
untuk mendeteksi peristiwa kerusakan. Ketika penanda tertentu hilang, McClintock
menyimpulkan bahwa segmen kromosom juga telah hilang, hal ini mengdikasikan bahwa
sebuah peristiwa pelepasan segmen telah terjadi. Hilangnya penanda genetic terdeteksi oleh
perubahan pada warna aleuron, lapisan terluar endosperm biji jagung dimana endosperma
adalah triploid, yang diproduksi oleh penyatuan dua inti betina dan satu inti sperma.

McClintock menandai alel lokus C di lengan pendek kromosom 9. McClintock

menyilangkan individu betina CC dan jantan C’C’, di mana C’ adalah alel dominan inhibitor
pewarnaan aleuron, maka hasilnya kernel dengan endosperm C’CC. Walaupun banyak biji
jagung yang tidak berwarna sebagaimana yang diharapkan namun terdapat pula biji jagung
yang berbercak ungu kecoklatan. Berdasarkan analisis ternyata telah terjadi pemecahan
kromosom yaitu terpisahnya fragmen yang mengandung alel C’ tersebut yang menyebabkan
hilangnya alel C’ dalam kromosom dan biji yang dihasilkan menjadi berwarna ungu-coklat
karena tidak ada yang menghambat pigmentasi.

McClintock menemukan bahwa kerusakan ini terjadi di tempat tertentu pada

kromosom 9, kerusakan kromosom ini diakibatkan oleh factor, factor itu dinamai dengan
faktor Ds untuk Dissociation. Namun, faktor ini tidak mampu menginduksi kerusakan
kromosom dengan sendirinya. Faktanya, McClintock menemukan bahwa Ds harus
distimulasi oleh factor lain, yang disebut Ac untuk Activator. Faktor Ac ada di beberapa
jagung tapi tidak ada di tempat lain. Ac bisa digabungkan dengan Ds untuk merusak
kromosom. Sistem Ac / Ds dua faktor ini memberikan penjelasan genetika tentang
ketidakstabilan yang diamati McClintock pada kromosom 9. Baik Ac maupun Ds adalah
anggota dari elemen transposabel, dapat masuk ke lokasi berbeda dalam kromosom dan gen
tertentu sehingga fungsi gen tersebut berubah atau hilang sama sekali. Ac dapat mengaktifkan
diri sendiri disebut autonom sedangkan Ds tidak dapat mengaktifkan diri sendiri, disebut
nonautonom.

B. Transposable Elements Pada Bakteri

Meskipun elemen transposable awalnya ditemukan di eukariota, transposon bakteri

adalah yang pertama dipelajari pada tingkat molekuler. Ada tiga tipe utama yaitu: penyisipan
sekuen, atau elemen IS, transposon komposit, dan elemen seperti Tn3. Ketiga jenis
transposon ini berbeda dalam ukuran dan strukturnya. Elemen IS adalah yang paling
sederhana, hanya berisi gen yang mengkodekan protein yang terlibat transposisi. Transposon
komposit dan elemen Tn3 lebih kompleks, mengandung beberapa gen yang tidak terkait
dengan proses transposisi.
1. Elemen IS (Insertion Sequence) / Penyisipan Sekuen

Transposon bakteri yang paling sederhana adalah penyisipan sekuen, atau

elemen IS, disebut IS karena mereka dapat menyisip di berbagai lokasi di kromosom
bakteri dan plasmid. Elemen IS pertama kali terdeteksi pada mutasi E. coli. Mutasi ini
memiliki sifat yang tidak biasa. Analisis molekuler menunjukkan bahwa mutasi yang
tidak stabil ini memiliki DNA ekstra di dalam atau di dekat lac gen. Dengan demikian,
mutasi genetik yang tidak stabil ini disebabkan oleh sekuens DNA itu telah
dimasukkan ke dalam gen E. coli. IS serupa telah ditemukan di banyak bakteri jenis
lainnya.

Ketika IS elemen masuk dalam kromosom atau plasmid, mereka membentuk

sekuen duplikasi DNA pada sisi insersi (sisipan). Satu salinan dari duplikasi terletak
pada sisi lain dari elemen. Sisi yang pendek (3-12 pasangan nukleotid) merupakan
sekuen ulangan yang disebut target site duplication dan untuk menimbulkan
kerusakan pada jalinan double-DNA. IS elemen mewadahi integrasi episom pada
kromosom bakteri. Proses ini melibatkan rekombinasi homolog antara IS elemen yang
terletak di episom dan pada kromosom.

2. Transposon Komposit

Transposon komposit dibentuk ketika dua elemen IS saling berdekatan.

Akibatnya, dua elemen IS "menangkap" urutan DNA yang bergerak. Tiga contoh dari
transposon komposit, masing-masing dilambangkan dengan simbol Tn. Pada Tn9, IS
 mengapit Elemen berada dalam orientasi yang sama berkenaan satu sama lain,
sedangkan pada Tn5 dan Tn10, orientasinya terbalik. Wilayah antara elemen IS di
masing – masing transposon ini mengandung gen yang tidak ada hubungannya
dengan transposisi. Faktanya, dalam ketiga transposon tersebut, gen antara elemen IS
yang mengapit resisten pada antibiotik dengan signifikansi medis yang jelas.
Gabungan transposon, seperti elemen IS yang menjadi bagiannya, membuat target
duplikasi saat mereka memasukkan DNA. Terkadang elemen IS yang mengapit dalam
transposon komposit tidak begitu identik Misalnya, di Tn5, elemen di sebelah kanan
disebut IS50R, mampu menghasilkan transposase untuk merangsang transposisi, tapi
elemen di sebelah kiri, yang disebut IS50L, tidak. Perbedaan ini disebabkan oleh
sebuah perubahan pada pasangan nukleotida tunggal yang mencegah IS50L dari
pengkodean transposase aktif.

3. Elemen Tn3

Bakteri yang mengandung transposon besar lainnya tidak memiliki unsur IS di

masing-masing ujungnya. Sebaliknya, transposon ini berhenti masuk pengulangan
terbalik sederhana 38 sampai 40 pasangan nukleotida panjang. Namun, mereka
menciptakan duplikasi terhadap target ke dalam DNA. Elemen yang dikenal sebagai
Tn3 adalah contoh utama dari jenis transposon ini. Ada adalah tiga gen, tnpA, tnpR,
dan bla, pengkodean, masing-masing, transposase, resolvase / represor, dan enzim
yang disebut beta lactamase. Beta lactamase resisten terhadap antibiotik ampisilin,
dan dua lainnya. Protein memainkan peran penting dalam transposisi.

Tn3 adalah transposon replikatif yang bergerak dalam proses dua tahap, pada
tahap pertama, transposase memediasi perpaduan dua molekul melingkar misalnya
dua plasmid, satu membawa Tn3 (donor plasmid) dan yang lainnya tidak
membawanya (plasmid penerima). Hasilnya struktur ini disebut kointegrasi. Selama
pembentukan kointegrasi, Tn3 direplikasi, dan satu salinan disisipkan di setiap titik di
mana kedua plasmid tersebut telah menyatu. Dalam kointegrasi, kedua salinan Tn3 ini
berorientasi pada hal yang sama. Pada tahap kedua transposisi, resolvase yang
dikodekan tnpR memediasi rekombinasi spesifik lokasi antara dua salinan Tn3. Hal
ini terjadi pada urutan di Tn3, kointegrasi dipecahkan menjadi dua plasmid
penyusunnya, masing-masing dengan salinan Tn3.
4. Signifikasi Medis dari Transposon Bakteri

Transposon bakteri yang jelas bertanggung jawab atas transposisi gen

mengendalikan resistensi terhadap antibiotik (dan obat-obatan lain) dari satu molekul
ke molekul yang lain. Semua plasmid conjugative memiliki minimal dua komponen,
satu segmen membawa satu set gen yang terlibat dalam transfer DNA conjugative
(mungkin analog dengan gen tra dari plasmid) dan segmen kedua membawa antibiotik
atau resistensi obat gen atau gen. Segmen tersebut membawa gen transfer disebut RTF
komponen (resistensi transfer factor). Element IS hampir bertanggung jawab untuk
evolusi cepat pada plasmid bakteri yang membawa faktor antibiotik dan banyak obat.
Misalnya E. Coli R plasmid yang tahu akan ditransfer ke beberapa genus, termasuk
Proteus, Salmonella, Haemophilus, Pasteurella, dan Shigella, semua yang disebutkan
termasuk spesies patogen. Meningkatnya frekuensi bakteri membawa plasmid dengan
R-determinan, yang menghasilkan resistensi terhadap antibiotik seperti penisilin,
tetrasiklin, streptomisin, kanamisin dan, pada populasi rumah sakit (yang terus
menerus terkena antibiotik) telah banyak didokumentasikan.
Hasil studi ini telah menunjukkan bahwa kita harus membatasi penggunaan
antibiotik untuk infeksi bakteri serius dan tidak menggunakannya untuk setiap infeksi
ringan yang datang bersama. Jika kita tidak membatasi penggunaan, antibiotik dan
obat-obatan yang efektif saat ini, mungkin dapat menurun nilai kegunaannya di masa
depan.

C. Transposable Elements pada Eukariyotic

1. Element in Yeast
Ragi saccharomyces cerevisiae memiliki 35 copi dari elemen transposable
yang disebut dengan Ty pada gen haploidnya. Transposon tersebut sekitar 5900
pasangan nukleotida panjang dan dibatasi pada setiap ujungnya dengan segmen DNA
yakni sekuen δ , yang kira-kira panjangnya 340 pasang. Tiap sekuen δ berorientasi
pada arah yang sama, membentuk apa yang kita ketahui sebagai LTRs. Kadang-
kadang LTR terpisah dari elemen Ty membentuk yang biasanya dikenal solo δ, yang
dihasilkan oleh rekombinasi antara LTRs dari elemen Ty komplit.
Unsur-unsur Ty mirip dengan retrovirus-singlestranded Virus RNA yang
bereplikasi melalui intermediet DNA beruntai ganda. Artinya, saat retrovirus
menginfeksi sebuah sel, genom RNA nya disalin oleh reverse transcriptase, sebuah
 enzim yang memasuki sel sebagai bagian dari partikel virus. Elemen Ty hanya
memiliki 2 gen, A dan B yang analog dengan gen gaga dan pol dari retrovirus. Telah
ditunjukkan bahwa transposisi elemen Ty melibatkan RNA perantara. Setelah RNA di
sintesis dari Ty DNA , produk dari gen TyB menggunakan RNA untuk membuat Stran
dobel DNA. Proses ini dinamakan transkripsi terbalik. Kemudian dna yang baru
disintesis dimasukkan suatu tempat pada genom., membentuk elemen Ty yang baru.
Karena keseluruhan kesamaannya dengan retrovirus, elemen jamur Ty kadang disebut
retrotransposons.

2. Maize Transposons
Elemen transposable telah ditemukan di beberapa tanaman, yang paling menonjol
adalah jagung (Zea mays) dan snapdragon (Antirrhium majus). Penyelidikan secara
mendalam yang melibatkan jagung, yang beberapa family transposonnya telah
teridentifikasi
 Ac dan Ds Elemen
Family Ac/ Ds dari jagung , awalnya ditemukan oleh McClintock,
terdiri dari berbagai elemen yang tersebar di seluruh genom. Ac terdiri 4563
pasang nukleotida dibatasi oleh ulangan 8 pasang nukleotida. Ulangan
langsung ini dibuat saat elemen dimasukkan pada bagian di kromosom.
Sekuen ulangan lainya ditemukan dalam elemen itu sendiri. paling mencolok
dari ini di ujungnya, dimana 11 pasang sekuen nukleotida pada salah satu
ujungnya diulangi pada orientasi yang berlawanan pada ujung yang lain.
Ulangan terminal tang berkebalikan diperkirakan memiliki peran penting pada
transposisi. Seluruh elemen Ac pada genom jagung menunjukkan kesamaan
structural jika tidak identic. Hal ini tidak pada elemen Ds yang secara
 struktural cukup heterogen yang telah diteliti. Salah satu klas dari elemen Ds
berasal dari elemen Ac dengan penghapusan sekuen internalnya.
Telah ditunjukkan bahwa elemen Ds double memiliki tanggung jawab
dalam kerusakan kromosom. Fungsi aktif elemen Ac terkait dengan protein
yang disintesis. Saat protein ini terlibat dalam transposisi, kadang-kadang
disebut transpos dari kelompok Ac / Ds. Penghapusan atau mutasi pada gen
yang mengkodekan protein menghapus sinyal aktif dan menjelaskan mengapa
Ds elemen, tidak bisa aktif sendiri.
Analisis genetik telah memberikan beberapa informasi tentang
mekanisme elemen transpose Ac. Setelah Ac direplikasi sebagai bagian dari
DNA dalam kromosom, dapat keluar dari posisi dan pindah ke yang baru,
biasanya di dekatnya. Ketika proses replikasi selesai, akan ada dua kromatid,
satu dengan salinan Ac (di lokasi saja) dan satu dengan dua salinan (satu di
lokasi baru dan satu di lokasi yang lama). Perlu di perhatikan bahwa dalam
proses ini, elemen Ac tidak mereplikasi dirinya sendiri selama transposisi;
namun, elemen Ac itu disalin oleh mekanisme replikasi normal sebelum dan
sesudah gerakan . Untuk alasan ini, transposisi sebenarnya elemen Ac
dianggap non replikatif.
 Elemen Spm dan dSpm
Kelompok lain, transposon jagung ditemukan oleh Mc-clintock adalah
keluarga suppressor-mutator. Dalam kelompok ini, elemen autonom disebut
Spm dan elemen non autonom disebut dSpm ("d" singkatan dihapus atau
cacat). Elemen Spm adalah 8.287 nukleotida-pasangan lama, termasuk 13-
pasangan-nukleotid ulang terbalik. Ketika Spm masukkan ke dalam
kromosom, mereka membuat 3-pasangan-nukleotida target duplikasi .
Unsur-unsur dSpm lebih kecil dari elemen Spm karena bagian dari
urutan DNA telah dihapus. penghapusan ini mengganggu fungsi gen yang
dibawa oleh elemen Spm lengkap dan karena itu mencegah sintesis produk
gen. karena produk ini penting untuk transposisi, elemen dSpm dihapus tidak
dapat menstimulasi gerakannya sendiri.
Meskipun penambahan dSpm mengurangi ekspresi gen ini, ia tidak
akan meghapuskannya sama sekali. Bagaimanapun, ketika sebuah elemen
Spm autonom dimasukkan ke dalam genome,ekspresi pigmentasi gen benar-
 benar dihambat pada sebagian besar kernel. Hal ini mengindikasikan adanya
peran “penekan” elemen Spm. Sebagai tambahan, elemen ini menstimulasi
pemotongan elemen dSpm pada beberapa sel, yang menyebabkan
penggandaan yang fungsi gennya dikembalikan sebagian. Klon-koln ini, yang
dikenali sebagai pigmentasi sederhana hingga kuat, mendemonstrasikan trans-
acting, fungsi ‘mutator’ elemen Spm.

3. Drosophila Transposons
Elemen transposabel telah ditemukan di banyak hewan, tetapi beberapa informasi
terbaik datang dari penelitian dengan Drosophila, yang mana sebanyak 15 % DNA
berpindah tempat. Beberapa kelas transposons Drosophila telah diidentifikasi
 Retrotransposons
Kelompok terbesar transposons Drosophila meliputi elemen retrovirus,
atau retrotranspons. Elemen ini adalah 5000 hingga 15000 panjang pasangan
nukleotida dan menyerupai bentuk retrovirus. Ketika sebuah retrotransposon
masuk pada sebuah kromosom, akan membuat tempat target duplikasi, dengan
satu salinan pada masing-masing sisi transposon. Ukuran duplikasi ini
merupakan karakteristik masing-masing keluarga transposon. Contohnya,
anggota keluarga copia memproduksi 5 duplikasi 5 pasang nukleotida.
Tidak jelas berapa banyak perbedaan retotransposon famili yang
berada di Drodophila, tetapi tidak lebih dari 30. Penelitian dengan strain yang
berbeda mengindikasi besar dari famili yang bermacam-macam. Seperti
dengan elemen Ty dari ragi, transposition dari drosophila retrotransposons
sepertinya terlibat dengan sebuah RNA intermediet. Mekanisme yang rinci
belum diketahui, tetapi ada gagasan untuk menirukan proses infeksi retroviral.
Misalnya keterangan formasi virus seperti partikel, tetapi untuk hasilnya tidak
mempunyai bukti bahwa dapat untuk meninggalkan satu sel dan memasuki
yang lainnya.

 P elements and Hybrid Dysgenesis

Pada elemen P Drosophila melanogaster. Transposon ini adalah
diidentifikasi melalui kerja sama para ahli genetika yang bekerja di beberapa
bidang yang berbeda di laboratorium. Pada tahun 1977 Margaret dan James
 Kidwell, bekerja di Rhode Island, dan John Sved, yang bekerja di Australia,
menemukan bahwa persilangan antara strain Drosophila tertentu
menghasilkan hibrida dengan bermacam macam sifat menyimpang, termasuk
mutasi yang sering terjadi, kerusakan kromosom, dan sterilitas. Istilah hibrida
disgenesis, berasal dari akar kata Yunani "Penurunan kualitas," digunakan
untuk menunjukkan sindrom kelainan ini.
Kidwell dan rekan-rekannya menemukan bahwa mereka bisa
mengklasifikasikan Drosophila menjadi dua tipe utama berdasarkan apakah
mereka menghasilkan hibrida dysgenic atau tidak, dua jenis strain
dilambangkan M dan P. Hanya persilangan antara strain M dan P
menghasilkan hibrida disgenik. Namun, persilangan antara dua strain P yang
berbeda, atau antara dua strain M yang berbeda, menghasilkan hibrida yang
normal.

D. Genetik dan Evolusi Signifikan dari Perpindahan Elemen

1. Mutasi dan Kerusakan Kromosom
Bukti perpindahan unsur berasal dari Drosophila, di mana banyak alel mutan
yang telah terbukti melibatkan insersi transposon. Namun, eksperimen dengan
berbagai jenis perpindahan unsur menunjukkan bahwa terjadinya mutasi
penyisipan merupakan peristiwa jarang, mungkin karena banyak keluarga
transposon yang ketat diatur. Ledakan transposisi dapat terjadi, menyebabkan
banyak mutasi secara bersamaan. Kadang-kadang unsur berpindah memediasi
peristiwa kombinasi antara molekul DNA. Salah satu contoh adalah penyisipan
dimediasi IS F plasmid ke dalam kromosom E.coli. Temuan lainnya menunjukkan
bahwa transposon mungkin memainkan peran penting dalam evolusi struktur
kromosom.
2. Manfaat dalam Analisis Genetik
Kemampuan alami perpindahan unsur menyebabkan mutasi telah
dimanfaatkan di laboratorium. Dalam beberapa organisme merangsang
transposisi dari elemen tertentu, sehingga meningkatkan tingkat mutasi alami.
Prosedur ini memiliki keuntungan, metode tradisional menginduksi mutasi karena
unsur transposabel yang telah menyebabkan mutasi dengan memasukkan ke
dalam gen dapat berfungsi sebagai landmark untuk studi yang lebih rinci.
Gen yang telah mengalami mutasi melalui penyisipan pada elemen
transposable dikatakan telah ”dilabel”. Kata ini digunakan secara bebas untuk
menyapaikan bahwa gen siap untuk diidentifikasi .Ketika digunakan bersamaan
dengan kloning DNA dan prosedur koloni hybridization, transposon menyediakan
sesuatu yang berguna untuk mengidentifikasi sekuen gen, campuran heterogeneus
pada DNA . Ini adalah teknik standart dalam teknik mesin genetik. Elemen
transposable juga digunakan dalam transformasi genetika pada organisme tingkat
tinggi .
3. Masalah Evolusi
Distribusi luas dari unsur yang berpindah menunjukkan bahwa ada peran
dalam evolusi. satu hipotesis menyatakan bahwa unsur-unsur ini adalah alat alam
untuk materi genetik. Seperti untuk menyalin, transpos, dan mengatur ulang
urutan DNA lain, seperti gen untuk resistensi antibiotik, dapat ditafsirkan sebagai
manfaat bagi organisme yang membawanya. dalam hal ini, elemen transportasi
dapat menyebar karena mereka telah memberikan keuntungan selektif untuk
carriernya. Hipotesis lain menyatakan adalah bahwa unsur-unsur yang di bawa
menyebar karena memiliki kemampuan untuk berkembang biak secara
independen dari mekanisme replikasi normal. Ini mungkin bukan untuk semua
transposon, tapi mungkin berlaku untuk beberapa, seperti unsur-unsur bakteri
yang transportasi melalui mekanisme replikasi. didalamelemen tampilan
transposabel yang sedikit lebih dari parasit- segmen genomik DNA yang meniru
dirinya sendiri , yang kemungkinan dapat merugikan inangnya.
Q&A
Dyah Ayu Pitaloka
160342606236 / Off G
1. Bagaimana hubungan antara ketidakstabilan genetic dan transposable element yang
ditemukan oleh McClintock?
Jawab:
Penelitian terdahulu menyebutkan bahwa gen berada dalam kromosom dan tidak
dapat perpindah tempat, namun penelitian selanjutnya mengemukakan bahwa ternyata
suatu segmen dalam DNA atau materi genetic dapat berpindah, karena materi genetic
dapat berpindah maka hal ini disebut ketidakstabilan genetic. McClintock dalam
penelitiannya menemukan ketidakstabilan genetic pada karnel jagung. Karnel jagung
mengalami kerusakan kromosom sehingga berwarna ungu kecoklatan, kerusakan
kromosom ini disebabkan oleh adanya sebuah gen (Ac) yang mempengaruhi dan
bergabung dengan gen lain (Ds) dalam kromosom jagung sehingga menyebabkan
salah satu segmen kromosom hilang. Penggabungan gen-gen ini dapat terjadi karena
sekuen DNA dapat bergerak, pergerakan ini disebut transposable elements.

2. Bagaimana perbedaan antara 3 elemen transposable pada bakteri yaitu penyisipan

sekuen, atau elemen IS, transposon komposit, dan elemen Tn3?
Jawab:
- Elemen IS merupakan transposon bakteri yang paling sederhana, disebut IS
karena mereka dapat menyisip di berbagai lokasi di kromosom bakteri dan
plasmid. Ketika IS elemen masuk dalam kromosom atau plasmid, mereka
membentuk sekuen duplikasi DNA pada sisi insersi (sisipan).
- Transposon komposit dibentuk ketika dua elemen IS saling berdekatan.
Akibatnya, dua elemen IS menangkap urutan DNA yang bergerak. Gen antara
elemen IS yang mengapit resisten pada antibiotik dengan signifikansi medis yang
jelas. Gabungan transposon, seperti elemen IS yang menjadi bagiannya, membuat
target duplikasi saat mereka memasukkan DNA.
- Elemen Tn3 merupakan transposon bakteri yang paling besar dan tidak memiliki
unsur IS di masing-masing ujungnya. Tn3 menciptakan duplikasi terhadap target
ke dalam DNA. Ada adalah tiga gen, tnpA, tnpR, dan bla. Protein memainkan
peran penting dalam transposisi.