Sebagai sistem / M R, restriksi endonuklease dan modifikasi methylase gen bekerja dengan

menempel satu sama lain pada bakteri DNA dan dapat berorientasi transcriptionally baik secara
konvergen, divergen, atau cara berurutan. Kedekatan gen ini tampaknya bersifat universal dan
digunakan dalam metode kloning umum yang disebut sebagai "Trick Hungaria" (10). Pada dasarnya,
endonuklease yang digunakan untuk mencerna DNA genomik dari bakteri yang berisi sistem R/M
yang kemudian menyatu membentuk duplikat/klon. Ekspresi vektor yang digunakan harus
mengandung sistem R/M. Plasmid yang sudah dimurnikan dari klon, maka kemudian enzim yang
menarik in vitro. Jika plasmid mengandung gen methylase, maka akan tahan terhadap terjadinya
pembelahan. Seringkali, endonuklease teraktifasi tanpa perlu terjadi subcloning.

Hal ini diasumsikan bahwa metilasi harus terjadi sebelum aktivitas restriksi untuk
melindungi DNA inang. Salah satu bakteri digunakan untuk membatasi kemungkinan terjadinya
restriksi secara signifikan mengurangi jumlah genom mereka. Atau, ekspresi methylase mungkin
mendahului endonuklease tersebut. Salah satu cara yang dapat dicapai adalah melalui pembacaan
lebih dekat yang terletak di ujung gen endonuklease encoding "C" atau protein kontrol dalam
beberapa sistem R / M. Protein C ini positif mengatur endonuklease gen yang memungkinkan untuk
terjadinya aktivitas konstitutif methylase yang mendahului ekspresi endonuklease (11). Gen C sering
ditemukan dalam situasi di mana methylase dan endonuklease gen dalam orientasi transkripsi
divergen atau konvergen . Menggunakan sistem R / M cloning pada gen C yang terganggu untuk
BamHI, SmaI, PvuII, dan EcoRV R / M, berbagai gen C dengan plasmid yang terpisah. BamHI gen
C menstimulasi aktivitas restriksi PvuII juga sebagai gen PvuII C (12). Alasan mengapa beberapa
gen C merangsang ekspresi endonuklease alternatif tidak sepenuhnya dipahami, tetapi fenomena
mungkin memiliki implikasi evolusi untuk sistem R / M.

3. Struktur, Spesifitas dan Mekanisme

3.1. Klasifikasi dan Mekanisme Umum

Restriksi Endonuklease diklasifikasikan menurut struktur mereka, lokasi ditemukan, tempat

pembelahan, kofaktor (s), dan aktivator (s). Kriteria ini digunakan untuk menentukan jenis (I, II, III,
dan IV) dan subclass (IIe, IIF, IIs, dll), yang dijelaskan secara rinci pada Tabel 1. Beberapa subunit
dan holoenzyme majelis yang mungkin untuk mencapai diperlukan restriksi, methylase, dan
spesifisitas domain. Ketiga domain mungkin hadir pada tiga polipeptida terpisah, dua polipeptida,
atau polipeptida tunggal. Minimal, semua sistem R / M berbagi syarat mutlak Mg2+ untuk kegiatan
endonuklease dan AdoMet (juga disebut sebagai S-adenosyl metionin) sebagai donor metil untuk
aktivitas methylase. Pada umumnya, restriksi Tipe I memerlukan Mg2+, AdoMet, dan ATP (yang
menjadi dihidrolisis). Restriksi tipe II hanya membutuhkan Mg2+, meskipun lokasi ditemukan
keduanya atau AdoMet dapat distimulasi. Restriksi tipe III memerlukan Mg+ dan ATP (yang tidak
dihidrolisis) dan dapat dirangsang oleh AdoMet dan lokasi ditemukan kedua. Jenis Restriksi IV
memerlukan Mg dan AdoMet, serta memiliki sifat yang tidak biasa membelah kedua DNA helai di
kedua sisi tempat yang dikenalinya. Endonuklease homing adalah berbagai perbedaan dari Jenis I-IV.
Perlu dicatat bahwa Eco57I dan seperti enzim, sebelumnya diklasifikasikan sebagai Tipe IV (25,26),
telah direklasifikasi sebagai Tipe IIG (16). Selain itu, itu baru diusulkan dalam artikel ini bahwa
enzim yang sebelumnya diklasifikasikan Type IIb, termasuk BcgI, Bsp24I, BaeI, CjeI, dan CjePI,
menjadi pindah ke Tipe IV klasifikasi karena sifat unik mereka seperti disebutkan di atas. Sebagian
besar site ke empat, enam, atau delapan basis panjang dan palindromic. Beberapa enzim mengenali
situs dengan tingkat terbatas