Proc. Nat. Acad. Sci. Amerika Serikat Vol. 69, No. 6, hlm. 1408-1412, Juni 1972
Pemurnian biologis aktif globin Messenger RNA dengan kromatografi pada Oligothymidylic
asam-Selulosa (p.ly (A) -richi inRNA / kelinci globin niRN A / asites tumiior bebas sel systelml)
HAIM AVIV ANI) PHILIP LEI) ER Laboratorium Genetika Molekuler, Institut Nasional
Kesehatan Anak dan Pembangunan Manusia, Institut Kesehatan Nasional, Bethesda,
Maryland 20014 Coinnmunicatel BYE. IR. Stadtrnan, 22 Maret 1972
ABSTRAK
Teknik yang mudah digunakan untuk parsial pemurnian jumlah besar fungsional, poli
(adenylic asam) -rich mRNA dijelaskan. Metode ini tergantung anil poli (asam adenylic) -rich
mRNA ke oligothymi- kolom selulosa asam dylic dan elusi dengan buffer kekuatan
ion penerbangan. Biologis aktif kelinci globin mRNA telah dimurnikan dengan prosedur ini
dan diuji kemampuannya untuk mengarahkan sintesis globin kelinci di a ekstrak bebas
sel dari ascites tumnor. Karena beragamnya mRNA mamalia tampak kaya poli (adenylic
asam) dan dapat kemungkinan besar akan diterjemahkan dalam ascites bebas sel ekstrak,
pendekatan ini harus membuktikan umumnya berguna sebagai i -itial langkah dalam isolasi
mRNA spesifik. Berbagai pertanyaan mengenai ekspresi INFORMATION genetik
tion pada organisme yang lebih tinggi tergantung pada deteksi dan isola-
tion gen spesifik messenger RNA (mRNA). Berbeda dengan sistem bakteri, di
mana transducing fag menyederhanakan ini prosedur, isolasi dan deteksi sel hewan mRNAin
telah mengandalkan sebagian besar pada studi tentang kinetika radioaktif pelabelan RNA
polisomal dan pada teknik yang mengeksploitasi perbedaan berat molekul
mereka. Sementara teknologi ini- tehnik berguna, metode yang
mengambil keuntungan dari lainnya Sifat unik dari mRNA harus membuktikan nilai juga. MiR
putatif yang diisolasi dari sel binatang berbeda dari spesies RNA lain di bahwa mereka
mengandung relatif lama membentang dari residu asam adenylic (1-4). Peran yang tepat
poli ini (A) -rich daerah dalam metabolisme mRNA adalah tidak diketahui, tetapi
telah menyarankan bahwa mereka terlibat dalam pengangkutan mRNA dari inti
sel ke sitoplasma, di mana sintesis protein terjadi (4-5). beberapa pekerja
telah menggunakan pengikatan poli (A) -rich RNA ke oligo (dT) -cellulose (6), dengan poli (U)
-cellulose (7), Ohito nitroselulosa filter (4, 8) untuk mendeteksi poli (A)
daerah atau mRNA diduga. Karena kelinci globin mRNA mengandung poli (A) -rich daerah (1,
8, 9), tampaknya mungkin bahwa fitur ini, bersama-sama dengan alat tes yang sangat
sensitif untuk biologicalactivity dari mRNA (10), akan membuktikan
berguna dalam purifica- preparatif tion ini dan mRNA biologis aktif lainnya. Pada penelitian
ini, kami menunjukkan bahwa oligo (dT) -cellulose
kromatografi dapat beused mudah untuk globin terpisah mRNA dari sebagian besar RNA
ribosom di polysomal mentah ekstrak. Oligo (dT) -cellulose tampaknya memiliki
beberapa ad- unik vantages untuk tujuan ini. Pemurnian pesan globin dalam langkah-
langkah andsubsequent ini sangat difasilitasi oleh sensi- assay tive untuk sintesis in vitro
kelinci globin. BAHAN DAN METODE Sumber dari banyak reagen yang digunakan dalam
penelitian ini memiliki telah ditunjukkan (10). Untuk sintesis oligo (dT) -cellulose, Whatman
selulosa bubuk CC 41 diperoleh dari Reeve Malaikat; timidin-5'-monofosfat, dari Schwarz-
Mann; dan NN'-diciklohexylearbodiimide, dari Aldrich. [3H] - Leusin (aktivitas spesifik, 26 Ci /
mmol); ['4C] leusin (spesifik aktivitas, 263 Ci / mol) dan [14C] valin (aktivitas spesifik, 219 Ci /
mol), dari New England Nuclear; [14C] lisin (spesifik aktivitas, 312 Ci / mol), dari Amersham,
['4C] alanin (spesifik aktivitas, 160 Ci / mol) dari Schwarz penelitian Bio. Kelinci hati transfer
RNA (tRNA) didapati General Biochem- ical Trypsin ("chymotrypsin-free") diperoleh dari
Worthingtoii. Chromo-Beads resin pertukaran kation, jenis P, diperoleh dari Technicon.
Persiapan Oligo (dT) -Cellulose. Oligo (dT) -cellulose itu
disusun sesuai dengan Gilham, menggunakan N, N'-dicyclohexyl- Reaksi carbodiimide
untuk polimerisasi timidin-5' monofosfat pada selulosa (11). Satu gram (berat kering) dari
oligo (dr) -cellulose disiapkan dengan cara ini dipertahankan dan jenuh sekitar 160-200,
ug poli (A) di bawah menderita penyakit tersebut tions mencatat bawah. Persiapan mRNA
Rabbit Globin. Kelinci retikulosit -lolysomes diisolasi dengan prosedur yang
dijelaskan (12). RNA diekstraksi dari polysomes oleh modifikasi dari prosedur yang
dijelaskan oleh Lee, Mendecki, dan Brawerman (4). The polysomes dihentikan pada 0,1
M Tris-HCl (pH 9.0) - 0,1 M NaCl-1 mM EI) TA pada konsentrasi 20 A 260 unit / ml dan
kemudian dibuat 1% sodium dodesil sulfat (SDS). Volume yang sama dari fenol-kloroform-
isoamil alkohol 50: 50: 1 ditambahkan, campuran dikocok dengan kuat selama 10
mill pada suhu kamar dan dingin untuk 50, dan fase dipisahkan dengan
sentrifugasi pada 12.000 X g selama 10 menit. Fase air telah dihapus, diekstrak lagi seperti di
atas, dan membuat 2% di CH3COOK (pH 5,5). RNA polysomal mentah diendapkan
dengan penambahan dua volume etanol dan diizinkan untuk berdiri di - 20 °
semalam. RNA adalah kumpulkan lected dengan sentrifugasi pada 12.000 X g pada -20
° selama 20 menit. RNA pelet dicuci dua kali dengan etanol-0,2 M NaCl 2: 1 dan dilarutkan
dalam H20 atau, jika oligo (dT) -cellulose chromatog- raphy wasto beused, di 0,01 M
Tris HCl (pH 7,5) -0,5 M KCl. 1408 Singkatan: SDS, natrium dodesil sulfat.
Halaman 2
Halaman 3
Halaman 4
Proc. Nat. Acad. Sci. USA 69 (1972) 500 400 Saya 300 E 0 _ - 200 -fi RI mak ~ Oligo (dT) -
Cellulose Chromatography 1411 500 400 _ 300; B 200 3 saya o 70 80 90 100 110 120 130
140 150 160 FRAKSI NOMOR ARA. 4. kromatografi kation-tukar protein yang berasal dari
peptida tryptic disintesis in vitro. (0 0), [3H] leusin di pro duct disintesis
dalam menanggapi RNA dimurnikan pada oligo (dT) -cellulose (peak C, Gambar 1.)
dalam sistem sel-bebas tumor asites; (0-O), [14C] leusin dalam produk disintesis secara
endogen pada polysomes kelinci retikulosit. RNA. Sebaliknya, RNA ditahan oleh kolom dan
dielusi pada termurah kekuatan ion (peak C) mengandung komponen utama yang sesuai
dengan RNA 9S (Gambar 6, gel 4). RNA yang tidak ditahan oleh oligo yang (dT) kolom -
cellulose (Gambar 6, gel 3) terdiri dari 18 dan 28S, yang terakhir
hampir memasuki fraksi 4% poliakrilamida gel.Two dari RNA
diserap yang sukrosa fractionatedby lanjut sentrifugasi gradien (Gambar.
5) ditunjukkan pada Gambar. 6, gel 1 dan 5. Bahan 9S (gel 5) bermigrasi sebagai satu homo-
komponen geneous dan dapat dibandingkan dengan bahan 18S (gel
1). Bahan 9S digunakan sebagai template dalam penelitian lain diarahkan sintesis DNA
complementaryto kelinci globin mRNA (18). DISKUSI Dua kesulitan utama telah rumit isolasi
gen spesifik mRNAin organisme yang lebih tinggi. Yang pertama dari ini
telah kurangnya cukup sensitif, assay fungsional untuk 9S 12S 18S 2BS R saya ZLI LO 9 ' 5.0 0
0 z 1 0 ' 2.5 : 0 ~~~~~~ 0,50 0,25 mRNA spesifik Kedua telah menjadi kesulitan yang terlibat
dalam membebaskan sebagian kecil RNA yang merupakan Pesan gen spesifik dari sebagian
besar utuh dan sebagian RNA ribosom
terdegradasi. Untuk mengatasi kesulitan pertama, kita telah menggunakan sistem sel-
bebas protein sintesis berasal dari ascites sel-sel tumor (10). Di bawah kondisi kami
menjelaskan, sistem ini baik alat sensitif dan nyaman
untuk mendeteksi sesedikit 0,25 pmol dari dimurnikan mRNA (Gambar. 5)
dan pameran sejumlah diabaikan asam amino endogen penggabungan
(Gambar. 3). Selanjutnya, sistem tampaknya menerjemahkan baik virus dan tuan rumah
mRNA, menghasilkan otentik produk translation (10, 14, 19-23), (Gambar. 3 dan 4). Masalah
isolasi sejumlah kecil tertentu mRNA dari sebagian besar RNA selular kurang mudah diatasi.
Namun, pengamatan yang beberapa mRNA diduga adalah 2 I @ .... 4 3 g >! * Pa ,; '' MU, r
begitu ...: S ': ::.; :; ' SEBUAH: .: '. :: .. 3 4 5 _ _ gg ........ -NEg .: g ...... . sebagai _ - <. .... 9R w
Sk. ... ... D 0 0 3 0 l 0 t 10 20 30 40 Puncak NOMOR FRACTION ARA. 5. Protein aktivitas
sintetis RINA dimurnikan pada oligo (dT) -cellulose setelah sukrosa gradien sentrifugasi. (0
0), [3H] leusin dimasukkan dalam menanggapi alikuot 0,005-ml masing-masing fraksi
dalam sistem bebas sel tumor asites; (0 0), A 260 / RNL. ARA. 6. Polyacrylamide (4% 7
,,) elektroforesis gel dari reticulo- fraksi RNA cyte. 1, 18S RNA (fraksi 21-22, Gambar 5); 2,
total retikulosit polisomal RNA; 3, RNA tidak dipertahankan oleh
globin mlRNA dimurnikan pada oligo (dT) -cellulose (peak C, Gambar 1.);
5, 9S globin mRNA (pecahan 10, 11, Gambar. 5). saya 18S
Halaman 5
1412 Biokimia: Aviv dan Leder kaya poli (A) urutan (1-4, 9) dan bahwa properti ini dapat
digunakan untuk mendeteksi mRNA semacam itu cukup alami sug- gested kegunaannya
untuk tujuan preparatif juga (4, 7, 8). Dalam hal ini, oligo (dT) -cellulose column
chromatography memiliki kelebihan tertentu. Oligodeoxynucleotide adalah chemi- stabil
dan bisa digunakan berulang kali setelah perawatan alkali. Kolom ini memiliki kapasitas dan
kemampuan yang relatif tinggi digunakan untuk mengisolasi beberapa miligram poli (A) -
mRNA dari beberapa ratus miligram RNA polisomal mentah. Dengan tindakan pencegahan
yang tepat untuk menghindari kontaminasi nuklease, Prosedur bisa dilakukan pada suhu
kamar. Selain itu, Produk yang terisolasi dalam kondisi ini tetap berfungsi aktivitas dan
mudah diterapkan pada gradien sukrosa kecil untuk langkah pemurnian lebih lanjut dan
sangat berbeda. Sementara itu tidak jelas bahwa semua mRNA mamalia mengandung poli
(A) - regionls, masuk akal untuk mengharapkan agar prosedur ini dilakukan
membuktikan umumnya berguna dalam isolasi berbagai mam- mRNA malia Kami) penelitian
reliminer telah indi- berdedikasi kegunaannya dalam penyusunan unggas dan manusia
globia mRNA. Perbaikan lebih lanjut dari kromatografi yang Prosedur yang melibatkan suhu
dan ion gradien kekuatan Elusi juga bisa bermanfaat. Selama penelitian ini, ada beberapa
pengamatan menarik muncul. Sentrifugasi sukrosa gradien oligo (dT) - I)
urified globin mRNA mengungkapkan (16-17S) puncak berat RNA dengan aktivitas
messenger (Gambar 5). Dalam pengalaman- awal meints, kita menemukan
bahwa protein disintesis dengan mRNA ini identik dengan yang disintesis di hadapan RNA
9S. Meskipun dimungkinkan bahwa bahan ini merupakan gabungan bentuk RNA 9S, juga
mungkin bahwa itu merupakan tinggi bentuk molekul dari pesan globin. Maroun,
Driscoll dan Nardone (24) baru-baru ini menunjukkan cepat label, 17S RNA spesies yang
terakumulasi selama burung kelaparan reticulocyte. Eksperimen mereka menunjukkan hal
ini RNA bukan merupakan bentuk gabungan dari 9S RNA dan bahwa, pada Kelegaan
kelaparan, spesies ini bertindak sebagai pendahulu 9S RNA. Bukti kami
untuk aktivitas biologis yang mirip RNA spesies dalam kelinci menunjukkan
bahwa globin kelinci mRNA mungkin ada dalam bentuk berat molekul tinggi yang relevan
dengan metabolisme mRNA. Selain itu, kami telah menemukan bahwa kurang
dari 5% dari produk disintesis di hadapan globin dimurnikan mRNA terdiri
dari discretepolypeptides dari berat molekul kurang dari thatof kelinci globin
(Gambar. 3). Meskipun dimungkinkan bahwa protein ini
tidak terkait dengan globin, tampaknya lebih mungkin bahwa mereka repre-
mengirim produk degradasi diskrit dari protein globin atau prematur
dihentikan rantai globin yang baru lahir. Viewis ini konsisten dengan fakta
bahwa kita belum melihat protein minor dari berat molekul lebih besar
dari globin saat menggunakan
mRNA dimurnikan dari sumber mamalia atau burung. Selain itu, Gesteland (komunikasi
pribadi) sering mengamati diskrit, produk penghentian prematur selama trans- tersebut lasi
mRNA fag pada sistem bakteri. Seperti prematur penghentian mungkin timbul sebagai
akibat dari perpecahan diskrit di mRNA selama protein reaksi sintetik, atau dari
penangkapan di kodon tertentu dalam mRNA globin. Dalam setiap kasus, batas yang
sangat terbatas untuk yang ini terjadi dan diskrit sifat produk utama
terbentuk, menunjukkan bahwa tRNA- Sistem tumor asites tergantung dalam
hubungannya dengan dimurnikan globin mRNA harus berguna untuk menguji potensi tRNA
penekan dari kodon terminasi mamalia. Kami berterima kasih l) r. Peter Gilham nasihatnya
dalam persiapan oligo (dT) -cellulose, Barbara Loyd untuk bantuan yang berharga di studi
ini, dan Catherine Kunkle untuk bantuan herexpert di penyusunan naskah ini. 1. Lim, L. &
Canellakis, ES (1970) Sifat 227, 710-712. 2. D) Arnell, JE, Wall, R. & Tushinski, 1t. J. (1971)
Proc. Nat. Sebuah cad. Sci. USA 68, 1321-1325. : 3. Edmonds, MI., Vaughan, AI. H., Jr &
Nakazato, H. (1971) Proc. Nat. Acad. Sci. USA 68, 1336-1340. 4. Lee, S. Y., 'Mendecki, J. &
Brawerman, G1. (1971) Proc. Nat. Sebuah cad. Sci. USA 68, 1.331-133,5). 5. Darnell, JE,
Philipson, L., Wall, R. & Adesnik, AI. (1971) Ilmu 174, 507-510. 6. Edmonds, Al. &
Caramela, MI. G. (1969) J. Riol. Chem.244, 1314-1324. 7. Kates, J. (1970) Cold
Spring Harbor Symp. Bergalah. Biol. 35, 743-752. 8. Brawerman, GJ., Mendecki, J. & Lee, SY
(1972) Biochem- istry 11, 637-641. 9. Bnrr, H. & Lingrel, JB (1971) Nature New Biol. 233, 41-
43. 10. Aviv, H., Boime, I. & Leder, P. (1971) Proc. Nat. Acad. Sci. USA 68, 2303-2307.
11. Gilham, P. (1964) J. Amer. Cheyl. Soc. 86, 4982-4985. 12. Evans, M. J. & Lingrel, JB (1969)
Biokimia 8, 3000 3005. 13. Adler, AJ & Kaya, A. (1962) J. Amnter. Chem. Soc. 84, 3977- 3979.
14. Boime, I., Aviv, H. & Leder, P. (1971) Biochen. Biofis. Res. Komunal 45, 788-795.
15. Maizel, JV (1971) dalam Metode dalam Virologi, eds. MIaramo- Rosch, K. dan
Koprowski, H. (Academic Press, New York), 5, hal. 180-247. 16. Lane, C. D., MIarbaix, J. &
Gordon, B. (1971) J. Mol. Biol. 61, 73-91. 17. Merak, A. C. & D) Ingman, C. W. (1968)
Biokimia, 7, 668-674. 18. Ross, J., Aviv, H., Scolnick, E. & Leder, P. (1972) Proc.
Nat. Acad. Sci. USA 69, 264-268. 19. MIathews, MI. B. & Korner, A. (1970)
Eur. J. Biochem. 17, 328-343. 20. Smith, AE, Marcker, KA & Mathews, MI. B. (1970) Nature
225, 184-187. 2 1. Kerr, I. MI. & AMartin, E. M. (1971) J. Viorl. 7, 438-447. 22. Housman, D.,
Pemberton, R. & Taber, R. (1971) Proc. Nat. Acad. Sci. USA 68, 2716-2719.
23. Miathews, MB, Osborn, MI. & Lingrel, JB (1971) Alam Baru Biol. 233, 206-209. 24. -
Maroun, L. E., Driscoll, BF & Nardone, R. M \. (1971) Alam Biol Baru. 231, 270-271.
Proc. Nat. Acad. Sci. USA 69 (1972)