Survei molekuler tentang asal-usul Cyperus esculentus (Cyperaceae, Poales): bagai dua sisi mata

uang yang sama (gulma vs tanaman)

Cyperus esculentus L. (kacang kuning atau kacang harimau), Tanaman C4 tahunan yang berasal dari
keluarga sederhana (Cyperaceae), tanaman ini tersebar luas di daerah tropis dan subtropis dan juga
terdapat di daerah yang lebih dingin. Cyperus esculentus L. Dapat disebut sebagai tanaman, tetapi
sangat sering disebut sebagai gulma karena pertumbuhannya yang liar. Cyperus esculentus
menyajikan masalah serius di seluruh dunia pertanian karena merupakan salah satu tanaman paling
invasif yang pernah dikenal. Mulligan dan Junkins (1976) menyatakan bahwa spesies ini tidak ada
varietas hibrida di alam. Meskipun Tayyar dkk. (2003) mengakui kemungkinan hibridisasi dengan
Cyperus rotundus L. Tanaman menghasilkan biji yang melimpah(Stoller dan Sweet, 1987), tetapi
propagasi vegetatif yang kuat melalui rimpang dan umbi jauh lebih penting daripada biji dalam
penyebaran spesies (Mulligan dan Junkins, 1976;Rotteveel et al., 1993; Schippers et al., 1993;
Halvorson danGuertin, 2003). Cyperus esculentus adalah gulma sub-kosmopolitan, mentoleransi
suhu dingin, tetapi menjadi lebih umum di zona hangat(Holm et al., 1977). Tumbuh di beberapa
substrat dengan jumlah yang banyak,habitat biasanya tidak terlalu kering, termasuk ladang dan
manusia-lingkungan yang terkendali (Mulligan dan Junkis, 1976;Defelice, 2002). Sebagai konsekuensi
dari plastisitas ekologisnya dan distribusi luas, C. esculentus sangat bervariasi,dengan beberapa
morfotipe; variabilitas ini dipamerkan sebagai banyak spesifik dan taksa infraspecific.

Menurut analisis morfometrik lengkap yang dilakukan oleh Schippers et al. (1995), yang
tidak diterima oleh Govaertset al. (2014), empat varietas jenis liar saat ini diakui: C. esculentus var.
esculentus, var. heermannii (Buckley) Britton, var. leptostachyus Boeckeler dan var.
macrostachyusBoeckeler. Keempat varietas ini memiliki distribusi dan asal geografis yang pasti.
Cyperus esculentus var. esculentus dianggap sebagai penduduk asli dari Old Word (OW) dan
tersebar luas di Eropa, Afrika dan Asia (Schippers et al., 1995). Informasi tentang pengantar baru-
baru ini ke Americanya utara belum tercatat di Flora of North America (eFloras). FNA; Cyperus
esculentusvar. heermannii adalah yang paling terbatas secara geografis, hanya pernah dilaporkan di
Amerika Serikat bagian selatan (Schippers et al., 1995; eFloras FNA). Varietas ini diperkenalkan ke
Belanda sekitar tahun 1970 menurut ter Borg dan Schippers (1992) .Cyperus esculentus var.
leptostachyus adalah yang paling umum di Amerika Utara dan juga terjadi di Amerika Selatan
(Schippers et al., 1995; eFloras FNA).

Varietas ini juga tercatat di Eropa sejak 1947 (ter Borg dan Schippers, 1992). Menurut
Guillerm (1987), C. esculentus var. Leptostachyus dibawa ke Prancis pada 1947 dan menyebar ke
seluruh Eropa, karena beradaptasi dengan baik pada iklim dingin dan daerah pertanian (yaitu
toleran terhadap herbisida). Akhirnya, C. Esculentus var. macrostachys adalah tersebar dari Amerika
Tengah ke Amerika Selatan bagian selatan (Schippers et al., 1995; eFloras FNA). Itu tidak disengaja
diperkenalkan ke provinsi Zeeland (Belanda) pada sekitar 1972, bersama dengan Gladiolus
cormlings. Dalam penelitian ini, kami menyelidiki posisi filogenetik dan biogeografi C. esculentus
dengan tujuan memberikan kontribusi data baru untuk meningkatkan pemahaman kita tentang
evolusi riwayat spesies invasif ini. Tujuan lateral kita adalah memahami kemungkinan hubungan
antar varietasnya. Untuk mengatasi ini tujuan, kami menggunakan urutan baru penanda molekuler
dan set data seperti yang dipublikasikan oleh Christin et al. (2008) dan Larridon dkk. (2013). Daerah
molekuler dipilih untuk ini studi terletak baik di DNA nuklir biparental [ribosomal nuklir DNA
(nrDNA)] dan dalam DNA plastid uniparental. Itu genom plastid dari kebanyakan Poales diwariskan
secara maternal, mencerminkan aliran gen oleh biji (Harris dan Ingram, 1991); yang terpilih daerah
molekuler termasuk dua gen (rbcL dan nadhF) dan satu intron (rps16), yang telah digunakan di
Cyperus dan filogeni C4 (Muasya et al., 2002; Christin et al., 2008). Dalam genom nuklir, urutan yang
dipilih, yang merupakan sebuah fragmen variabel dari spacer transkrip eksternal 1 (ETS1f), telah
digunakan untuk mempelajari filogenetik C3 dan C4 Cyperus (Larridon et al., 2011, 2013; Bauters et
al., 2014).

METODE

A. Bahan tanaman, perawatan taksonomi dan ekstraksi DNA

B. Amplifikasi PCR dan analisis urutan
C. Jaringan kearsipan statistik
D. Analisis biogeografi
E. Divergence time estimation
F.