ELLI ELMATIANA

M0315021
Tugas Elusidasi Struktur Senyawa Anorganik (ESSA)

(SYNTHESIS, CRYSTAL STRUCTURE, DNA BINDING AND MOLECULAR DOCKING

STUDIES OF ZINC(II) CARBOXYLATES)

Analisis Kristalografi dari Struktur [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n

Data kristalografi dari struktur [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n atau {[Zn(fpaa)]n}
diperoleh dari CCDC (Cambridge Crystallographic Data Carier) yang memuat beberapa
informasi mengenai struktur kristal [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n . Rumus empiris dari struktur
kristal [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n yaitu ZnC16H12O4F2. Rumus empiris kristal diperoleh
melalui analisis unsure pada kristal yang diperoleh. Hasil dari analisis unsure kristal adalah
kristal [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n terdiri atas C, 51,707% ; H, 3,255% ; O, 17,29% ; F,
10,224% dan Zn, 17,59%. Ligan yang terlibat dalam kristal [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n adalah
ligan asam asetat 3-fluorofenil (H-fpaa). Hasil analisis unsur pada ligan terdiri atas C=
62,34%, O= 20,76%, H= 4,58%, dan F= 12,33%. Rumus empiris dari struktur ligan yaitu
C8H7FO2. Sehingga pada saat larutan Zn(CH3COO)2·2H2O direaksikan dengan ligan asam
asetat 3-fluorofenil (H-fpaa), maka akan terbentuk kompleks berupa kristal [Zn(3-F-
C6H4CH2COO)2]n atau {[Zn(fpaa)]n}.
Data kristalografi lainnya yang dapat diperoleh dari CCDC adalah berat molekul
kristal sebesar 371,63 g mol-1 ; temperature 170 K ; dan panjang gelombang sebesar 0.71073
Å. Sistem kristal dari [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n adalah orthorombik. Sistem kristal

orthorombik mempunyai 3 sumbu, dimana ketiga sumbu tersebut membentuk sudut 90∘dan

ketiga sumbu simetri yang saling tegak lurus satu dengan yang lainnya. Akan tetapi panjang
masing-masing sumbu yaitu tidak sama. Sistem kristal orthorombik ditunjukkan pada
Gambar 1.

Gambar 1. Sistem kristal orthorombik

Sistem kristal orthorombik memiliki perbandingan sumbu a≠b≠c ( 9.6485 Å ≠4.8751 Å

≠30.544 Å), yang artinya panjang setiap sumbunya berbeda satu dengan yang lainnya dan

juga memiliki sudut kristalografi α = β = γ = 90∘, yang artinya sudut α, β, γ saling tegak lurus

satu dengan yang lain.

Space group bertujuan untuk mengelompokkan kristal dengan huruf besar sebagai
tipe kisi, dimana pada kristal [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n memiliki space group Pna21 . Pada
kristal [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n memiliki space group dengan huruf besar P yang
menunjukkan tipe kisi primitive pada kisi Bravais (3 dimensi). Penggambaran umum dari
space group Pna21 ditunjukkan pada Gambar 3.

Gambar 2. Penggambaran umum space group Pna21

Volume kristal dari [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n diperoleh dari perhitungan dengan
menggunakan persamaan 1.
V= a b c (1- Cos2α – Cos2β –Cos2γ + 2 Cos α . Cos β . Cos γ )1/2 ……………..(1)
Maka, diperoleh volume kristal dari [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n melalui persamaan 1 yang
sesuai dengan data CCDC yaitu sebesar 1436.7 Å3. Sedangkan, massa jenis kristal [Zn(3-F-
C6H4CH2COO)2]n diperoleh dari perhitungan menggunakan persamaan 2.
(𝑍.𝐹𝑤𝑡)
ρ= ………… (2)
(𝑁.𝑉)

Keterangan, Z= jumlah molekul dalam unit sel, Fwt= berat molekul, N= tetapan Avogadro
(6,02x1023), dan V = volume unit sel (Å3). Berdasarkan nilai Z (4), Fwt (371,63 g mol-1), dan
V (1436.7 Å3) dari CCDC maka dapat diperoleh nilai massa jenis kristal dari perhitungan
(Persamaan 2) yang mendekati dengan hasil CCDC yaitu sebesar 1.72. Nilai Z yang merupakan
jumlah molekul dalam unit sel juga dapat dihitung dengan persamaan 3.
 (𝜌.𝑉.𝑁)
Z= ………… (3)
(𝐹𝑤𝑡)

Keterangan, Z= jumlah molekul dalam unit sel, Fwt= berat molekul, N= tetapan Avogadro
(6,02x1023), ρ= massa jenis, dan V = volume unit sel (Å3). Maka dari perhitungan diperoleh
nilai Z yang sesuai dengan CCDC yaitu sebesar 4,0029 ≈ 4. Selain itu terdapat beberapa
informasi lain yang dapat diperoleh dari CCDC yaitu range θ (o) yaitu sebesar 4,0 -25,6o .
Range θ diperlukan dalam penentuan sudut analisis karakterisasi XRD (X-Ray Diffraction).

Panjang dan Sudut Ikatan dari Kristal [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n

Berdasarkan dari jurnal diperoleh beberapa panjang ikatan dan sudut ikatan pada
kompleks [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n . Sedangkan berdasarkan perhitungan menggunakan
persamaan 4 untuk panjang ikatan dan persamaan 5 untuk sudut ikatan diperoleh nilai
panjang ikatan dan sudut ikatan pada kompleks [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n .
(r12)2= (X2-X1)2a2 + (Y2-Y1)2b2 + (Z2-Z1)2c2 + 2(Y2-Y1) (Z2-Z1) b.c.cos α + 2(X2-X1)
(Z2-Z1) a.c.cos β + 2(X2-X1) (Y2-Y1) a.b.cos γ …(4)

Sehingga panjang ikatan dan sudut ikatan pada kompleks [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n yang
diperoleh dari jurnal dan perhitungan menggunakan persamaan 4 dan 5 dapat dibandingkan
satu dengan yang lainnya. Perbandingan untuk panjang ikatan ditunjukkan pada Tabel 1 dan
perbandingan pada sudut ikatan ditunjukkan pada Tabel 2. Sehingga dapat disimpulkan
berdasarkan percobaan dan perhitungan diperoleh nilai panjang ikatan dan sudut ikatan yang
mendekati atau hampir sama satu dengan yang lainnya.
Tabel 1. Perbandingan panjang ikatan pada kompleks [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n

Ikatan Perhitungan (Å) Eksperimental (Å)

C1-C2 1.507413 1.507 (9)
C1-O1 1.25217 1.252 (7)
C1-O2 1.272341 1.272 (7)
C2-H2A 0.990239 0.99
C2-H2B 0.989944 0.99
C2-C3 1.506085 1.506 (9)
C3-C4 1.396695 1.4 (1)
C3-C8 1.367441 1.37 (1)
C4-H4 0.94967 0.95
C4-C5 1.377016 1.38 (1)
C5-C6 1.368963 1.37 (1)
C5-F1 1.347391 1.347 (8)
C6-H6 0.951684 0.952
 C6-C7 1.388682 1.39 (1)
C7-H7 0.949928 0.95
C7-C8 1.384814 1.38 (1)
C8-H8 0.949009 0.949
C9-C10 1.521884 1.522 (9)
C9-O3 1.250369 1.25 (7)
C9-O4 1.25158 1.251 (8)
C10-H10A 0.990035 0.99
C10-H10B 0.989967 0.99
C10-C11 1.497714 1.498 (9)
C11-C12 1.378802 1.38 (1)
C11-C16 1.387184 1.39 (1)
C12-H12 0.95001 0.95
C12-C13 1.381963 1.38 (1)
C13-C14 1.354289 1.35 (1)
C13-F2 1.351647 1.35 (1)
C14-H14 0.951479 0.951
C14-C15 1.388992 1.39 (1)
C15-H15 0.949855 0.95
C15-C16 1.377446 1.38 (1)
C16-H16 0.949776 0.95
O1-Zn1 1.942888 1.943 (4)
O2-Zn1 1.952508 1.953 (4)
O3-Zn1 1.960658 1.961 (4)
O4-Zn1 1.953077 1.953 (5)
Zn1-O2 1.952508 1.953 (4)
Zn1-O4 1.953077 1.953 (5)

Tabel 2. Perbandingan sudut ikatan pada kompleks [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n

Sudut Ikatan Eksperimental (o) Perhitungan (o)
C2 C1 O1 118.8 (5) 118.8060978
C2 C1 O2 119.5 (5) 119.4786965
O1 C1 O2 121.6 (5) 121.5678624
C1 C2 H2A 108.7 108.7026215
C1 C2 H2B 108.6 108.6451611
C1 C2 C3 114.3 (5) 114.3438022
H2A C2 H2B 107.6 107.5686415
H2A C2 C3 108.7 108.6558102
H2B C2 C3 108.7 108.7205887
C2 C3 C4 120.3 (6) 120.2996034
C2 C3 C8 120.6 (6) 120.6486605
C4 C3 C8 119 (6) 119.0282338
C3 C4 H4 120.9 120.8824605
C3 C4 C5 117.9 (7) 117.916224
H4 C4 C5 121.2 121.2012731
C4 C5 C6 124 (7) 123.9552609
C4 C5 F1 117.9 (7) 117.9225775
C6 C5 F1 118.1 (7) 118.0971915
C5 C6 H6 121.2 121.182819
 C5 C6 C7 117.4 (8) 117.4225298
H6 C6 C7 121.4 121.394669
C6 C7 H7 120 120.027559
C6 C7 C8 119.7 (7) 119.6865061
H7 C7 C8 120.3 120.285823
C3 C8 C7 122 (6) 121.9843541
C3 C8 H8 119 119.0378652
C7 C8 H8 119 118.9778035
C10 C9 O3 118.9 (5) 118.9126828
C10 C9 O4 117.9 (6) 117.8972562
O3 C9 O4 123.2 (6) 123.2777529
C9 C10 H10A 108.4 108.3783111
C9 C10 H10B 108.3 108.2651323
C9 C10 C11 116 (6) 115.9617396
H10A C10 H10B 107.4 107.4322068
H10A C10 C11 108.2 108.1751958
H10B C10 C11 108.3 108.1266377
C10 C11 C12 120 (6) 119.9786602
C10 C11 C16 120.7 (6) 120.7424899
C12 C11 C16 119.3 (7) 119.2745022
C11 C12 H12 120.8 120.814011
C11 C12 C13 118.7 (7) 118.6776368
H12 C12 C13 120.5 120.5081905
C12 C13 C14 123 (9) 122.9569741
C12 C13 F2 117.9 (8) 117.8827066
C14 C13 F2 119.2 (8) 119.1560646
C13 C14 H14 120.8 120.7659913
C13 C14 C15 118.3 (8) 118.3280424
H14 C14 C15 120.9 120.9059582
C14 C15 H15 120 120.0438433
C14 C15 C16 120 (8) 119.9985468
H15 C15 C16 120 119.9575517
C11 C16 C15 120.8 (7) 120.7569166
C11 C16 H16 119.7 119.6658244
C15 C16 H16 119.6 119.5771675
C1 O1 Zn1 121 (4) 121.0002919
C1 O2 Zn1 134.1 (4) 134.0987242
C9 O3 Zn1 129.9 (4) 129.884939
C9 O4 Zn1 118.5 (4) 118.4897245
O1 Zn1 O3 110.6 (2) 110.5540135
O1 Zn1 O2 110.6 (2) 110.8649508
O1 Zn1 O4 111.4 (2) 111.3633071
O3 Zn1 O2 101.6 (2) 101.5604956
O3 Zn1 O4 109.1 (2) 109.0722122
O2 Zn1 O4 113.2 (2) 113.2224261
Hibridisasi Kristal [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n

Berdasarkan data-data yang diperoleh dapat diketahui bahwa bentuk geometri kristal
yang dihasilkan oleh logam Zn(II) adalah adalah tetrahedral, dimana pada logam pusat
terjadi koordinasi 2 molekul ligan asam asetat 3-fluorofenil (H-fpaa) secara simetris.
Hibridisasi dari logam Zn adalah sebagai berikut:
30 Zn = 1s2 30Zn
2+
= 1s2
2s2 2p6 2s2 2p6
3s2 3p6 3d10 3s2 3p6 3d10
4s2 4s0

3d 4s 4p
Elektron pada orbital 4s melepas dua elektronnya yang semula 4s2dikarenakan atom Zn2+.

3d 4s 4p
Terhibridisasi menjadi sp3

Berdasarkan hibridisasi tersebut, diperoleh kompleks dengan logam Zn(II) membentuk

geometri segi tetrahedral yaitu dengan hibridisasi sp3. Struktur molekul kompleks [Zn(3-F-
C6H4CH2COO)2]n ditunjukkan pada Gambar 2.

Gambar 3. Struktur molekul kompleks [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n

Karakterisasi Ligan dan Kompleks asam asetat 3-fluorofenil (H-fpaa) dan kompleks
[Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n
Analisis FTIR. Analisis FTIR (Fourier Transform Infra Red) dari kompleks [Zn(3-F-
C6H4CH2COO)2]n dilakukan pada range bilangan gelombang 4000-400 cm-1 dan
menggunakan pellet KBR. Spektra IR mengandung karakterisasi ikatan yaitu pada 3200 dan 2500
cm-1 yang menunjukkan gugus OH dari asam karboksilat bebas dalam kompleks, spektra menegaskan
deprotonasi asam ; C=O pada 1686 cm−1 dan 1260 cm-1 dan C-Ostrech masing-masing dalam
asam bebas digantikan oleh vibrasi peregangan COOasy / COOsym dari ligan karboksilat
terkoordinasi dengan sinyal pada rentang 1588–1529 cm−1 dan 1390–1361 cm−1. Kompleks
[Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n untuk vibrasi COO asimetric dan COO symetric diamati pada
tahun 1529 dan 1390 dengan perbedaan Δν =139 menunjukkan suatu modus koordinasi
bidentat yang juga dikonfirmasi oleh struktur kristal pada Gambar 2.
Analisis NMR. Analisis terhadap spektroskopi 1H dan 13
C{1H}-NMR dari semua
kompleks seng yang disintesis menjelaskan perluasan dan perubahan dalam pergeseran kimia
yang dibandingkan dengan asam induk. Dalam kompleks [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n
pergeseran kimia diamati untuk semua proton dengan sedikit perpindahan dan pemisahan
13
karena kopling fluorin. Spektrum C{1H}-NMR dari senyawa yang sama menunjukkan
posisi yang diharapkan dari atom karbon kecuali untuk karbon karboksilat yang diamati pada
nilai yang lebih rendah sekitar −5 hingga −8 ppm dari spektrum asam bebas. Data yang
diperoleh dari analaisis NMR memberikan data sebagai berikut, pada 1H-NMR (DMSO-d6,
ppm), 2.51 (s, 2H, CH2), 6.98 (m, 1H, Ar-H8), 7.04 (m, 1H, Ar-H4), 7.10 (m, 1H, Ar-H6),
7.29 (m, 1H, Ar-H7). Sedangkan analisis 13C{1H}-NMR (DMSO-d6, ppm), 42.6 (CH2, C2),
112.9 (CH, C7), 116.4 (CH, C6), 125.8 (CH, C4), 140 (C, C3), 160.8 & 164 (C, C5), 176.3
(C, C1).
Analisis X-ray Single Crystal. Kompleks [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n dikategorikan
ke dalam system kristal orthorombik dengan space group Pna21. Seng memiliki geometri
tetrahedral dengan ligan karboksilat yang diatur sebagai pemberi 3 polimer yang berikatan
"tak terbatas" secara simetris. Semua sudut yang mengelilingi atom seng dalam kompleks
[Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n yaitu 109,5° dekat dengan nilai geometri tetrahedral. Torsi dari
ligan karboksilat di sekitar pusat seng dibuktikan dengan sudut 83,16 ° antara bidang yang
dibentangkan oleh C10-C9-O3-Zn1 dan Zn1-O1-C1. Empat ligan karboksilat disusun di
sekitar satu pusat seng dalam μ4-η1: η1: η1: η1. Semua jarak ikatan Zn-O terletak pada kisaran
1.960–1.943 Å. Pengepakan kristal untuk senyawa [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n juga
menunjukkan interaksi ikatan hidrogen antara F2 dan H6 dari cincin karboksilat. Panjang
ikatan ini ditemukan menjadi 2,481 Å dengan sudut ikatan CH-F 165,96 °.
Gambar 3. Menunjukkan ikatan hydrogen untuk pengepakan kristal pada [Zn(3-F-
C6H4CH2COO)2]n.

Gambar 3. Ikatan hydrogen untuk packing kristal pada [Zn(3-F-C6H4CH2COO)2]n.

Muhammad,N.,Ikram,M.,Wadood, A., Rehman, S., Shujah, S., Erum.,Ghufran, M., Rahim,

S., Shah, M. dan Schulzke,C. 2018. Synthesis, crystal structure, DNA binding and
molecular docking studies of zinc(II) carboxylates. Spectrochimica Acta Part A:
Molecular and Biomolecular Spectroscopy, 190:368–377.