RANGKUMAN BIOLOGI MOLEKULER

REPLIKASI DNA
KELOMPOK 3

M. Audry (1606828053) Luthfi Meizar P. (1606837852)

M. Afif ( 1606831142) Faturrohman (1606881494)
Kevin Priyono (1606831930) Felix Subakti (1606895253)
1. Replikasi DNA Semikonservatif

Seperti yang telah kita ketahui, terdapat 3 macam metode replikasi DNA. Namun metode
replikasi DNA yang diakui oleh para ahli adalah metode Semikonservatif. Model
penggunaan replikasi semikonservatif ini berlaku untuk organisme prokariotik dan
eukariotik sebab terdapat perbedaan jenis dan jumlah enzim yang terlibat, sedangkan pada
metode konservatif dan dispersive tidak berlaku hal tersebut.

Percobaan cara replikasi DNA semikonservatif muncul pada tahun 1958 dari M.
Meselson dan F. Stahl. Mereka menggunakan kenyataan bahwa bila sel ditumbuhkan dalam
medium yang mengandung 15N, isotop berat nitrogen, DNA sel akan menjadi lebih berat
daripada DNA biasa, dan perbedaan bobot ini dapat diketahui dengan sentrifugasi dalam
gradien CsCl (lihat ini juga yee). Dengan menumbuhkan E. coli dalam isotop 15N sampai
beberapa generasi, Meselson dan Stahl memperoleh populasi sel yang berisi molekul-
molekul berlabel 15N seluruhnya. DNA dari sel-sel ini ternyata menunjukkan kepadatan
elastis seperti yang diharapkan dari DNA berlabel 15N. Kemudian sel-sel tersebut
dipindahkan ke medium yang berisi 14N sebagai sumber nitrogen.

Diketahui bahwa sesudah satu kali putaran replikasi, DNA pada sel-sel anak tidak
mempunyai kepadatan baik 15N asli ataupun 14N murni. Justru ditemukan satu jenis
tunggal dengan kepadatan pertengahan bastar 15N-14N, tepat seperti yang diharapkan dari
replikasi yang diajukan oleh Watson dan Crick. Bila anak sel kemudian dibiarkan untuk
membelah diri lagi, dua jenis DNA timbul di dalam gradien: kira-kira setengah DNA
menunjukkan kepadatan Bastar 15N-14N, sedangkan sisanya menunjukkan kepadatan 14N
murni. Sementara sel terus membelah diri di dalam medium 14N, perbandingan DNA
menunjukkan makin meningkatnya kepadatan 14 dalam populasi, tetapi untuk banyak
generasi, gelang samar-samar terlihat pada posisi DNA 15N-14N di dalam gradien.
 Berikut merupakan mekanisme Replikasi DNA:

• Pembukaan rantai double helix

Enzim helicase membuka rantai double helix tersebut secara progresif yang dibantu oleh
suatu protein spesifik yaitu SSbs dengan unwiding molekul yang memberati setiap rantai
DNA sehingga DNA yang telah terurai tidak berpilin kembali. Diperlukan molekul swivel
untuk memutuskan rantai polinukleotida sehingga pilinan heliks ganda akan terurai. Rantai
yang putus tersebut akan segera disambung kembali dan enzim yang berperan pada
pemutusan maupun penyambungan kembali rantai yang putus tadi adalah enzim DNA
topoisomerase.

• Replikasi DNA

Replikasi dimulai saat double helix telah membuka. Proses replikasi berjalan dari ujung
5’-3’. Enzim primase akan membentuk RNA primer. Setelah terbentuk RNA primer, DNA
polymerase III akan menempel pada untaian tunggal DNA dan kemudian bergerak
sepanjang rantai untuk membentuk salinannya. Akibat proses replikasi DNA berlangsung
dari 5’-3’ maka nantinya, salah satu untaian DNA akan selesai membentuk salinannya
terlebih dahulu yang disebut Leading Strand Template. Sedangkan untaian DNA yang lain
akan memiliki bagian yang kosong, sehingga primase akan mensintesis RNA primer
kembali dan melakukan replikasi lagi, akibatnya akan terbentuk fragmen-fragmen yang
disebut Fragmen Okazaki. Untaian DNA yang terdiri dari fragmen okazaki itu dinamakan
Lagging Strand Template. RNA primer yang sudah tidak dipakai lagi akan dibuang oleh
DNA polymerase I dari ujung-ujung yang terpisah akan disatukan oleh enzim Ligase.

ENZIM DALAM PROSES REPLIKASI DNA

I. Helicase
a. Mengurai/memotong gulungan yang ada pada awal untaian DNA. Helicase
juga memotong ikatan ganda yang ada pada DNA menjadi ikatan tunggal;
untuk bekerja, enzim helicase mengonsmsi energi dalam bentuk ATP.
Selain Helicase pada DNA juga ada enzim helicase Pada RNA, dimana
helicase RNA terlibat dalam menentukan bentuk molekuler RNA dalam
transkripsi dan translasi
b. Secara struktur, enzim helicase dibagi menjadi jenis SF1, SF2 dan SF3.
SF1 dan SF2 sudah diketahui memiliki struktur seperti kristal. Kemudian
enzim helicase juga ada yang mengurai dengan arah 5-3 dan arah 3-5.
II. Topoisomerase
a. Berfungsi untuk melemaskan gumpalan supercoil padat yang dimiliki oleh
DNA sebelum proses replikasi dimulai.Menggulung Dna kembali menjadi
bentuk supercoil memerlukan ATP.
b. Ada dua golongan toposiomerase, salah satu anggota golongan kedua,
enzim gyrase bisa memingkatkan kepadatan dari gulungan supercoil DNA.
c. Topoisomerase terdiri dari dua subunit yang disebut rep. Enzim
topoisomerase juga bisa memotong supercoil yang terbentuk terlalu
panjang didepan pecabangan saat proses replikasi DNA.
III. DNA Polymerase
 a. Berfungsi untuk menggandakan genome dengan akurat untuk emmastikan
keamanan replikasi DNA.
b. Ada 4 golongan dalam enzim dna polymerase A, B, X, dan Y
IV. DNA ligase
Ciri-ciri enzim ligase:
a. Berupa rantai polipeptida tunggal BM 77000
b. Memerlukan gugus OH pada ujung 3’ bebas dan gugus fosfat pada ujung
5’ rantai yang lain, pembentukan ikatan fosfodiester ini berupa reaksi
endergoni (butuh tenaga)
c. Menyambung 2 mol rantai DNA yang merupakan bagian dari DNA double
helix (tidak dapat menyambung 2 mol rantai tunggal)
Fungsi enzim ligase sebagai berikut:
a. Memperbaiki rantai yang putus pada DNA dupleks
b. Menyambung ujng DNA dupleks untuk menghasilkan DNA sirkuler
c. Menyambung sintesa DNA pada proses rekombinasi
d. Bekerja sama dengan polimerase DNA pada replikasi

V. Enzim primase
a. DNA beraktivitas dengan arah 5’-3’ (hanya terdiri atas 10 nukleotida).
Kemudian pada ujung 3’ ditambahkan dioksiribonukleosida trifosfat (oleh
enzim polimerase DNA III) satu demi satu sehinga lengkap 1000-2000
nukleotid. Nukleotida pada RNA pemula/RNA primer dihilangkan/diputus
satu demi satu oleh aktivitas 5’-3’ exonuclease.

2. Mekanisme Replikasi DNA Sel Prokariotik

1. Inisiasi
Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi, yang
memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator DnaA.
Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk perakitan
protein lain dan enzim penting untuk replikasi DNA. Sebuah enzim yang disebut
helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses penguraian/seperti membuka
resleting) heliks dalam alur tunggal.
Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang
tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu
replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi). Setelah heliks yang terbuka, protein yang disebut untai tunggal
mengikat protein (SSB) mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk
menempel kembali. Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan
dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.
2. Sintesis Primer
Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi.
Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara independen, dan
membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida
komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang
merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan pendek
RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri dari 9-12
nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan untuk
mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua untai, DNA
polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti spiral
yang mengganggu) di wilayah garpu berikutnya. Ini superkoil DNA dibuka oleh
enzim khusus yang disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA depan
garpu replikasi. Ini menciptakan memotong pada untai DNA dalam rangka untuk
meringankan supercoil tersebut.
3. Sintesis leading strand
DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3′ dari untai
yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3′ saja. Tapi untai
DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis DNA pada satu untai
dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian pengawal (leading strand).
Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3′ OH ujung RNA primer, dan
menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi berlangsung,
nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga menghasilkan untai
baru.
4. Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)
Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan
serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3’. Fragmen ini disebut
fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus
menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak
proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.
Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai terbuka.
DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida baru, dan jatuh
ketika bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian, perlu untuk
melepaskan untai DNA, lalu bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk memulai
perluasan primer RNA lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di tempatnya
ketika bergerak melalui proses replikasi.
5. Penghapusan Primer
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru
terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA
polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA melalui ‘5→ 3’
aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida
baru dengan 5 ‘→ 3’ aktivitas polimerase DNA.
6. Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah antara
fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan menyumbat celah
 tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3’ gugus
hidroksil fragmen yang berdekatan.
7. Terminasi (pemutusan)
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan nukleotida
yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus yang
mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase. Ketika
helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan untai tunggal protein pengikat
terdekat.

3. Mekanisme Replikasi DNA Sel Eukariotik

• Pengenalan titik ORI (titik awal replikasi) Titik awal replikasi dinamakan Ori C,
dapat dikenali oleh enzim DNA A yang dihasilkan oleh gen DNA A (pada E.coli).
Terdapat berbagai jenis DNA A dan jenis Ori pada berbagai organisme, sehingga
Satu jenis DNA dari satu organisme belum tentu dapat bereplikasi pada organisme
lain, karena tidak cocok Ori dengan DNA A.

• Penguraian pilinan heliks ganda Memutuskan ikatan hidrogen antara basa-basa dari
utasan yang berpasangan, memisahkan kedua utasan pada heliks ganda. Mencegah
utasan tunggal yang terbentuk berpasangan kembali membentuk heliks ganda.
Melindungi dari kerusakan akibat enzim nuklease yang banyak terdapat dalam sel.
Semua pekerjaan ini dilakukan oleh enzim

• helikase, girase DNA, dan protein SSB (single strand Binding protein). Helikase
merupakan Kelompok protein yang berfungsi menghilangkan ikatan hidrogen heliks
ganda dan memisahkan menjadi utas tunggal. Jenis-jenis helikase lain yaitu Helikase I
(hasil gen tra I pada plasmid F) berperan dalam replikasi plasmid dan Helikase II, III.

• Girase menghilangkan tegangan superheliks Enzim ini merupakan topoisomerase tipe

II berfungsi untuk menghilangkan tegangan pada superheliks positif dengan cara
membuka pilinan kearah negatif. Girase disusun oleh 2 jenis subunit protein yaitu:
Sub unit A oleh gen gyr A dan Sub unit B oleh gen gyr B.

• Protein SSB melindungi utas tunggal Kelompok protein khusus menempel dan
berasosiasi dengan DNA utas tunggal, melindungi DNA dari serangan nuklease, yang
dapat menghalangi transkripsi.Peran utamanya: Menstabilkan dan melindungi utas
tunggal yang terbentuk selama replikasi DNA, perbaikan DNA dan rekombinasi

• Sintesis rantai polinukleotida baru Proses penggabungan mononukleotida menjadi

rantai, enzim yang berperan adalah Polimerase RNA, Polimerase DNA dan Ligase.

• Inisiasi Sintesis oleh polimerase RNA atau primase Proses replikasi semua fragmen
okazaki diawali oleh RNA primer. Selanjutnya polimerase DNA memperpanjang
 rantai yang sudah ada. RNA primer dibentuk oleh primase (dihasilkan oleh gen DNA
G atau oleh polimerase RNA.

• Sintesis perpanjangan rantai oleh polimerase DNA Bertanggung jawab atas proses
sintesis DNA baru dengan cara membentuk ikatan fosfodiester yang merangkaikan C
ke 5 satu nukleotida terhadap C ke 3 dari nukleotida lain.

• Penyambungan berbagai fragmen okazaki menjadi satu rantai polinukleotida utuh.

Enzim ligase yang berperan untuk menyambung dua ujung rantai polinukleotida
menjadi rantai yang lebih panjang. Ligase terdapat dimana-mana didalam sel dan
bentuk berbeda-beda sesuai sumber energi yang dimanfaatkan.

Perbedaan Mekanisme Replikasi DNA Sel Prokariotik dan Eukariotik

Aspek Sel Prokariotik Sel Eukariotik
Tempat Sitoplasma Nukleus
Enzim Inisiasi DNA Girase dan DNA B Topoisomerase I & II, dan
Helikase
Titik Replikasi 1 per kromosom >1 per kromosom
Cabang Replikasi (bergantung 1 per kromosom >1 per kromosom
pada banyak titik replikasi)
Fragmen Okazaki Panjang (1000-2000 nukleotida) Pendek (100-200 nukleotida)
Kecepatan Replikasi Cepat Lambat
(bergantung pada fragmen
okazaki)
DAFTAR PUSTAKA

Apa Perbedaan. (2017). Sel Prokariotik dan Eukariotik. [online] Available at:
http://apaperbedaan.com/prokariotik-dan-eukariotik/ [Accessed 27 Oct. 2017].

Budisma.net. (2017). Perbedaan Replikasi DNA Prokariotik dan Eukariotik | Budisma.

[online] Available at: http://budisma.net/2015/03/perbedaan-replikasi-dna-
prokariotik-dan-eukariotik.html [Accessed 27 Oct. 2017].

Cooper, G. (2017). Heredity, Genes, and DNA. [online] Ncbi.nlm.nih.gov. Available at:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9944/ [Accessed 27 Oct. 2017].

Dnareplication.info. (2017). Steps of DNA Replication. [online] Available at:

http://www.dnareplication.info/stepsofdnareplication.php [Accessed 30 Oct.
2017].

Meselson, M. and Stahl, F.W. (1958). "The Replication of DNA in Escherichia coli".
PNAS 44: 671–82. PMID 16590258. doi:10.1073/pnas.44.7.671