VI.

Metabolisme Karbon

A. Oksidasi Laktat Menjadi Asetat melalui pyruvate

Laktat adalah sumber karbon dan energi yang paling umum digunakan sebagai media
untuk bakteri pereduksi sulfat. Ia menjadi teroksidasi menjadi asetat, namun sifat dehidrogenase
laktat dari bakteri pereduksi sulfat tidak pernah dijelaskan sejauh ini, terutama karena
ketidakstabilannya. Barton dan Peck (1971) mengamati bahwa L (+) dehidrogenase laktat dari
Desulvibrio gigas adalah aktif hanya ketika terikat dengan persiapan membran; laporan ini
adalah demonstrasi pertama dehidrogenase laktat aktif dalam ekstrak bakteri pereduksi sulfat.

Reaksi fosforoklastik piruvat dari Desulfotomaculum nigrificans telah dipelajari oleh

Akagi (1964). Ekstrak kasar membutuhkan piruvat, koenzim-A, buffer fosfat dan metil viologen
untuk reaksi. Tiamin difosfat (TPP) tidak dapat sepenuhnya dipisahkan dari ekstrak, tetapi
presipitasi oleh amonium sulfat memberikan ekstrak dirangsang 33% dengan penambahan TPP.
Reaksi dihambat 96% oleh EDTA (Ethylenediaminetetraacetic), tetapi aktivitas dapat dipulihkan
dengan Co2 +, Be2 + atau Mg2 + klorida. Ini

Reaksi dipelajari lebih lanjut oleh Akagi (1965). Ferredoxin diisolasi yang bisa
berpasangan antara dehidrogenase piruvat dan hidrogenase, keduanya dari Clostridium
pasteurianum. Bisa juga pasangan dehidrogenasi dari piruvat dengan sulfit sebagai akseptor
elektron, tetapi tidak dari piruvat menjadi hidrogenase dalam ekstrak Dm. nigrijcans.

Suh dan Akagi (1966) menunjukkan bahwa reaksi pertukaran piruvat-karbon dioksida di
Desulvibrio vulgaris (NCIB 8303) membutuhkan kehadiran fosfat dan koenzim-A, tetapi
persyaratan untuk fosfat menghilang jika konsentrasi koenzim-A meningkat. Lewat ekstrak
melalui DEAE dan Amberlite untuk menghilangkan ferredoxin dan cytochroine c3 menghasilkan
pengurangan aktivitas pertukaran. Penuh aktivitas dipulihkan dengan penambahan persiapan
ferredoxin atau sitokrom c3. Reaksi distimulasi oleh Fe2 + atau Co2 +.

Akagi dan Verna (1966), kemudian Akagi (1967), melaporkan bahwa, dalam reaksi
fosforoklastik D. vulgaris, ferredoxin saja sudah cukup untuk pasangan dehidrogenase piruvat
menjadi hidrogenase sampai batas tertentu, tetapi penambahan cytochrome c3 diperlukan untuk
memulihkan aktivitas sepenuhnya. Diskusi tentang efek dari operator ini akan ditemukan di
bagian tentang transpor elektron (hlm. 97).

Acetokinase telah dimurnikan oleh Brown dan Akagi (1966). Itu enzim, dengan pH
optimum 7,4, diperlukan Mg2 +, Mn2 +, Co2 + atau Fe2 +. Itu khusus untuk asetat dan tidak
aktif dengan propionate, format, butirat dan suksinat. Adenosin trifosfat dapat digantikan oleh
ITP; GTP atau UTP memberi sedikit aktivitas; p-chloromercuribenzoate menghambat reaksi.
ATP itu menstimulasi fosforoklasma piruvat bakteri pereduksi sulfat telah ditunjukkan oleh
Pates (1967).

B. FUMARATASI DAN DISMUTASI MALAT

Resting sulfat-mengurangi bakteri dapat mencemarkan fumarat atau malat tanpa

pertumbuhan (lihat Postgate, 1959). Miller dan WakerIey (1966) menemukan bahwa D. gigas
dan beberapa strain D. desulfuricans mampu tumbuh sambil memudarkan fumarate. Selama
pertumbuhan, malat, suksinat dan asetat terbentuk. Pengurangan sulfat oleh D. desulfuricans,
tapi bukan oleh D. gigas, dihambat oleh fumarat. Fakta bahwa D. gigas punya nilai QH2 jauh
lebih tinggi di hadapan sulfat dibandingkan dengan fumarat sebagai akseptor elektron dapat
menjelaskan perilaku abnormalnya. Demikian pula, pertumbuhan oleh malate dismutation
dilaporkan oleh Miller dan Neumann (1970) dalam sembilan strain Desulfovibrio milik empat
spesies. Suksinat, fumarat dan asetat adalah produk akhir. Dua penghinaan strain D.
desulfuricans dan dua strain dari D. vulgaris, semuanya tumbuh di media yang mengandung
laktat, menunjukkan hidratase fumarat kegiatan dari urutan ma yang sama, kesalehan. Strain
yang memudar menunjukkan aktivitas dehidrogenase suksinat tinggi tetapi, dalam non-
dismutation lain saring, aktivitasnya rendah dan, dalam D. vulgaris strain Hildenborough, nya
Kehadiran tidak dapat dibuktikan secara meyakinkan.

Enzim dari jalur dismutasi fumarat di D. gigas adalah dipelajari oleh Hatchikian aiid Le
Gall (1970, a, b). Sebuah hidratase fumarat terdeteksi, dan malat didekarboksilasi menjadi
piruvat oleh enzim malat; pembentukan laktat langsung dari malat tidak dapat ditunjukkan.
Enzim malate sebagian dimurnikan; itu khusus untuk NADP dan dirangsang oleh ion Mn2 + dan
K +. Itu tidak memiliki suatu aktivitas dekarboksilase oksaloasetat. Reaksi phosphorocIastic
piruvat juga terjadi dengan produksi dari asetil fosfat, karbon dioksida dan hidrogen molekuler.
Sejak membran-linked fumarate reductase juga hadir, para penulis mengusulkan skema berikut
untuk dismutasi fumarat:

Kesimpulan tentang rantai transfer elektron terkait dengan ini metabolisme dilaporkan di bagian
yang sesuai (hal. 100).

C. FORMATE OXIDATION

Suatu dehidrogenase format dari strain D. vulgaris dimurnikan 40 kali lipat oleh Yagi
(1969). Enzim itu dihambat oleh potasium sianida tetapi tidak p-chloromercuribenzoate atau o-
phenanthroline. Akseptor NAD, NADP, FAD dan FMN tidak dikurangi dengan format di
kehadiran persiapan enzim. Karena cytochrome c3 tidak berkurang dan enzim tampaknya
spesifik untuk berat molekul rendah sitokrom, cSs3 (berat molekul 6500 dalton), nama baru
adalah diusulkan untuk Desulfovibrio format dehidrogenase: formate ferricyto- krom cSs3 (berat
molekul 6500 dalton) oksido-reduktase. Sebaliknya, dehidrogenase format dari D. gigas,
dimurnikan 50 kali lipat oleh Riederer- Henderson dan Peck (1970), masih mampu mengurangi
sitokrom c3 baik dari D. gigas atau D. vulgaris strain Hildenborough. Benzil viologen atau
metilen biru juga berkurang.

Bahan mirip dengan persiapan Yagi digunakan oleh Ambler dkk. (1971b): the persiapan
enzim mengurangi baik sitokrom c3 dan cytochrome css (berat molekul 9000 dalton) dari D.
vulgaris strain Hildenborough. Selanjutnya, mengandung aktivitas hidrogenase. Tampaknya
kemudian pra- matang untuk menghubungkan Desulfovibrio memformat dehidrogenase dalam
nama ke sitokrom yang telah ditemukan sejauh ini hanya dalam satu strain tertentu D. vulgaris.
 D. sintesis sitrat

Gottschalk dan Barker (1966, 1967) menemukan bahwa beberapa anaerob yang ketat,
seperti Clostridium kluyveri atau D. vulgaris, mengandung sitrat atipikal sintase: ia membentuk
[1-14C] sitrat dari oksaloasetat dan [1-'4C] acetyl-CoA ketika sintase sitrat biasa (S-sitrat
sintase) terbentuk [5-I4C] sitrat dari substrat ini. Enzim atipikal dirujuk sebagai (R) -kompit
sintase. Gottschalk (1965) kemudian menemukan bahwa kedua tipe enzim hadir dalam bakteri
pereduksi sulfat, (S) -tipe di D. salexigens, D. gigas dan Dm. ruminis, dan jenis (R) dalam dua
strain D. desulfuricans dan dua strain D. vulgaris. Saat dewasa piruvat dan karbon dioksida
radioaktif, protein dari dua yang terakhir spesies berisi glutamat [5-14C]. Penulis beralasan
bahwa kehadiran sintase (R) -kompatibilitas pada beberapa bakteri anaerobik bisa dijelaskan
oleh fakta bahwa enzim ini muncul secara historis ketika mikro-organisme menjadi prototropik
berkenaan dengan glutamat, dan bahwa hanya beberapa organisme yang tersisa yang mampu
mempertahankannya niche ekologi berhasil.
O'Brien dan Stern (1969) menyatakan bahwa stereospecificity citrate sintase dari Cl.
kluyveri tidak dapat diubah dari (R) -tipe ke (S) -jenis oleh p-chloromercuribenzoate. Para
penulis ini mengusulkan itu gugus sulfhidril sangat penting untuk jenis (R) dan bahwa mereka-
oksidasi lengkap bisa menjelaskan pola pelabelan campuran sitrat. Dittbrenner et al. (1969) tidak
dapat mengkonfirmasi pengamatan ini, dan diusulkan sebagai penjelasan yang mungkin bahwa
Cl. kluyveri mengandung genetik informasi untuk kedua sintase atau beberapa budaya mungkin
terkontaminasi dengan mikroba yang mensintesis p-chloromercuribenzoate- tidak sensitif (S)
sintase.
E. CARBON DIOXIDE FIXATION DAN MIXOTROPHY
Dalam serangkaian artikel, Sorokin (1966a, b, c, d) menunjukkan bahwa a strain D.
desulfuricans diisolasi dari air strata dari minyak deposit dapat tumbuh dengan oksidasi hidrogen
molekul atau format. Biosintesis hanya terjadi pada keberadaan sejumlah kecil asetat yang,
bersama dengan karbon dioksida, sepenuhnya menyediakan karbon yang dibutuhkan- bak
bakteri. Sorokin mencatat fakta yang sangat menarik bahwa asetat dan karbon dioksida yang
terbentuk selama oksidasi asam format dan etanol harus dikeluarkan dari sel sebelum asimilasi
mereka. Dia kemudian mendalilkan bahwa proses oksidasi dan biosintesis adalah spasial
dipisahkan dalam sel dan mengusulkan jalur yang ditunjukkan Fig. 2.
 ARA. 2. Jalur yang terlibat dalam mixotrophy di Desulfovibrio desulfuricans; setelah

Sorokin (1966 a, b, c, d).

F. XIDASI DAN FORMASI HIDROKARBON; PORMASI METHANE

Detail tentang pentingnya reduksi sulfat dalam minyak mikro biologi tidak dapat
dimasukkan dalam ulasan ini; buku oleh Davis (1967) memberikan informasi lebih lanjut.
Postgate (1969b) tidak dapat memperoleh bukti untuk pemanfaatan metana oleh D. desulfuricun
strain Berre-sol, tetapi Davis dan Yarbrough (1966) memiliki hasil yang dipublikasikan
menunjukkan bahwa 14C dimasukkan ke dalam strain D. desuilfuricuns ketika hidrokarbon
radioaktif ditambahkan ke media pertumbuhan. Mereka juga menunjukkan bahwa oksidasi etana
adalah akselerasi. diciptakan dengan penambahan sulfat. Data enzimatik belum dilaporkan
namun. Kehadiran NAD: rubredoxin oxido-reductase di D.gigus (Le Gall, 1968)) mirip dengan
enzim yang dilaporkan oleh kelompok Coon (lihat Peterson et al., 1966) dalam Pseudomonas
oleovorans, bisa menjadi indikasi dari sistem oksidasi karbon (lihat bagian tentang transpor
elektron, hal. 99, untuk diskusi).

Dalam sebuah artikel yang menarik, Oppenheimer (1965) mendemonstrasikan Kehadiran

"hidrokarbon-seperti" senyawa dalam campuran kultur bakteri. Ketika sebuah budaya murni
pengencer sulfat digunakan, organisme mengandung 0,8% dari bahan seperti hidrokarbon dan,
setelah perlakuan panas, 4% dari bahan yang sama.

Postgate (1969a, b) melaporkan bahwa metana adalah produk minor dari metabolisme
piruvat di D. desulfuricans strain Berre-sol dan lainnya bakteri pereduksi sulfat seperti halnya
Clostridium pasteurianum. Pro- pengisapan metana oleh ekstrak diperlukan piruvat, nukleotida
adenin, asetil fosfat, koenzim-A, tiamin pirofosfat, vitamin B dan Mg2 + ion. Dalam kondisi
optimum, 0,1-0,02 mol% piruvat diubah menjadi metana. Berbeda dengan bakteri metana yang
normal, metana berasal dari metil-karbon piruvat dan, sesuai dengan mempertimbangkan, etana
terbentuk dari a-ketobutyrate. Metana tidak diproduksi dalam jumlah yang cukup untuk
memperhitungkan stimulasi ATP dari pyorvate phosphoroclasm dicatat oleh Yates (1967). Si
penulis beralasan bahwa formasi metana di spesies Desulfovibrio dan non-metana lainnya
Bakteri mungkin merupakan proses biokimia “vestigial” dari jenis yang diusulkan oleh Kelly
(1968) untuk Thiobacillus neapolitanus dan Gottschalk (1968) untuk Desulfovibrio dan clostridia
tertentu.

G. GLUKOSA METABOLISME DALAM DESULFOTOMACULUM

Degradasi glukosa dengan proliferasi Dm. nigrificans diperiksa oleh Akagi dan Jackson (1967).
Glukosa terdegradasi menjadi asetat, ethanoI dan karbon dioksida, The Embden-Meyerhof dan
Entner-Doudoroff jalur terbukti beroperasi. Asam amino yang disediakan oleh ragi ekstrak atau
pepton dalam medium fermentasi juga berkontribusi pada pembentukan asetat dan karbon
dioksida.