LAPORAN RESMI PRAKTIKUM

BIOLOGI MOLEKULER

DOSEN : 1. APRILIA INDRASARI K.S.Pd, M.Biotech

2.

Nama : Santika Kusumawardani

Nim : G1C016010

Prodi : D4 Analis Kesehatan/ SMT 5

DIV ANALIS KESEHATAN

FAKULTAS ILMU KEPERAWATAN DAN KESEHATAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SEMARANG
TAHUN AJARAN 2018/2019
Hari/tanggal : Sabtu 06 Oktober 2018

Judul : ISOLASI DNA KROMOSOM BAKTERI

Tujuan : Mahasiswa mampu dan terampil mengisolasi DNA kromosom Bakteri.

Sampel : Koloni Bakteri Salmonella Typhi

A. Dasar Teori
DNA (Deoxyribonucleic acid) adalah master (molekul utama) yang mengkode
semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap
organisme. DNA tersusun atas 3 komponen utama yaitu gugus fosfat, gula
deoksiribosa, dan basa nitrogen (nukleobasa).
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA, salah satu prinsip isolasi
DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai
berat molekul besar akan berada dibagian bawah tabung dan molekul ringan akan
berada pada bagian atas tabung. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuam umtuk
memisahkan DNA dari bahan lainseperti protein lemak dan karbohidrat.
Prinsip utama dalam isolasi DNA ada 3 yaitu penghancuran (lisis), ekstraksi atau
pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein serta pemurnian
DNA.
B. Metode : Sentrifugasi
C. Alat dan bahan
Alat : bahan :
1. Mikropipet 1. Koloni bakteri pada media plate
2. Tip 2. Media BHI
3. Tabung konicel 3. Buffer lysis
4. Waterbath 4. Proteinase K
5. Centrifuge 5. Enzim RNAse
6. Vortex 6. Ethanol absolut
7. Elektroforesis kit 7. Ethanol 70%
8. Rotator 8. Enzim Lysozim
9. Blue tip, white tip, yellow tip
D. Cara Kerja isolasi kromosom bakteri :
1. Tumbuhkan satu koloni bakteri dalam 15ml LB medium/BHI , lalu digojog
pada suhu 37⁰C semalam.
2. 15 ml kultur disentrifuge 3000 rpm, selama 15 menit pada suhu 4⁰C
3. Supernatan dibuang, pellet ditambah 750µl buffer lysis divortex
4. Tambahkan 10µl (10mg/ml) proteinase K
5. Gojog kuat-kuat selama 15 menit
6. Inkubasi pada suhu 55⁰C selama 30 menit
7. Sentrifuge pada kecepatan 3000rpm, selama 15 menit pada suhu 4⁰C
8. Pindahkan supernatant pada tabung ependrof 1,5 ml
9. Rambahkan phenol CIAA 700µl
10. Gojog pelan-pelan selama 30 menit
11. Sentrifuge 12000rpm selama 10 menit pada suhu 4⁰C
12. Pindahkan lapisan atas ke dalam tabung ependrof 1,5 ml
13. Tambahkan etanol absolut 96% dingin 1:1
14. Campur pelan-pelan hingga timbul benang-benang halus
15. Ambil benang-benang DNA, cuci dengan ethanol 70% sebanyak 2×
16. Supernatan dibuang pellet dikeringkan
17. Tambahkan TE, 200µl untuk melarutkan DNA
18. DNA dapat digunakan untuk PCR, atau disimpan dalam frezer.

E. Cara kerja pembuatan gel agarose :

1. Disiapkan buffer TAE sebanyak 1 kali
2. 1 gram agarose dilarutkan dengan 1ml TAE 1 kali
3. Dimicrowave sampai mendidih hingga larutan jernih
4. Ditambah pewarna 4µl (sybersafe)
5. Dituang pada cetakan
6. Lalu masukan sisiran/comb pada cetakan
7. Ketika gel sudah mengeras comb/sisiran diambil
F. Cara kerja pembuatan buffer lysis bakteri :
1. 100 ml mM Tris HCl pH 8
2. 100 ml mM Nacl
3. 50 ml mM EDTA
4. 2% SDS
G. Cara kerja elektroforesis :
1. Hasil isolasi DNA dari bakteri tersebut ditambah loading buffer 1:1
2. Dihomogenkan dan dimasukan kedalam sumuran gel agarose
3. Kemudian di aliri listrik dengan tegangan 100 volt
H. Hasil praktikum

Keterangan :

Hasil dianalisi pada alat UV transminator hasil isolasi bakteri dapat terbentuk,
karena sampel bersih tidak tercampur dengan dcbris DNA, RNA maupun Fenol.

Sumuran
No. loading DNA Sumuran loading DNA
buffer 1:1 ada tidak buffer ada tidak
1. ikan - Salmonella +
2. BC4 + Ayam -
3. Ayam - Jaringan 2 +
4. WB 1 + Jaringan ikan -
5. BC 3 - Jaringan sapi -
6. Bakteri + Whoold blood -
CIAA K
7. Bakteri + Whoold blood 2 -
chloroform
8. WB 2 + Bakteri -
9. Ikan Smear Jaringan +
10. BC 4 + Bakteri phenol -
11. Ayam Smear Babi -
12. Bakteri + Sapi -
CIAA K
13. WB 1 + Jaringan -
14. BC 3 - Darah -
15. Bakteri - Blood -
chloroform
16. WB 2 + Bakteri +

I. Pembahasan :

Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain
seperti protein, lemak dan karbohidrat. Prinsip utama pada isolasi DNA ada 3 tahap
yaitu:

1. Penghancuran
2. Ekstraksi
3. Pemisahan DNA

Hal yang perlu diperhatikan dalam isolasi DNA yaitu

1. Menghasilkan DNA tanpa adanya kontaminasi seperti adanya protein dari DNA.
2. Metode yang digunakan harus efektif dan bisa dilakukan untuk semua spesies,
metode yang dilakukan tidak boleh mengubah struktur dan fungsi molekul DNA.
3. Metode yang digunakan harus sederhana dan cepat.

Elektroforesis adalah proses migrasi molekul bermuatanb dalam medium yang

dialiri listrik arus listrik. Prinsip dasar elektoforesis adalah molekul dan partikel yang
bermuatan akan bergerak ke arah elektroda yang memiliki muatan berlawanan
dibawah pengaruh medan listrik, elektroforesis umumnya menggunakan metode gel
agarose.
J. Kesimpulan :
Pada praktikum ini dengan mengisolasi DNA bakteri CIAA dan bakteri
chloroform didapatkan hasil adanya DNA murni yang dilihat menggunakan uv
transluminator pada elektroforesis dan di beberapa sampel terdapat hasil smear seperti
ayam dan ikan. Dimana hal itu terjadi mungkin karena adanya pengganggu atau
kontaminasi protein dan RNA sehingga belum sepenuhnya yang berbentuk adalah
DNA murni.
Hari/tanggal : Sabtu, 20 Oktober 2018
Judul : PCR ( Polymerase Chain Reaction )
Tujuan : Untuk mengamplifikasi atau memperbanyak fragmen DNA hasil
isolasi.
Prinsip : Penggunaan metode PCR diperlukan untuk komponen utama yaitu
a. Sebagai DNA cetakan
b. Oligonukleutida primer
c. Deoksinukleotida trifospat DNTP yang terdiri dari dATP, dCTP,
dGTP, dTTP
d. Enzim polimerase yang digunakan untuk mengkatalisis reaksi
sintesis rantai DNA

A. Dasar Teori
PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan
(amplifikasi) potongan DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi
oleh dua buah primer oligonukleotida. PCR memungkinkan adanya perbanyakan
DNA antara dua primer, hanya di dalam tabung reaksi, tanpa perlu
memasukkannya ke dalam sel (in vivo). Pada proses PCR dibutuhkan DNA untai
ganda yang berfungsi sebagai cetakan (template) yang mengandung DNA-target
untuk pembentukan molekul DNA baru, enzim DNA polimerase,
deoksinukleosida trifosfat (dNTP), dan sepasang primer oligonukleotida. Pada
kondisi tertentu, kedua primer akan mengenali dan berikatan dengan untaian DNA
komplemennya yang terletak pada awal dan akhir fragmen DNA target, sehingga
kedua primer tersebut akan menyediakan gugus hidroksil bebas pada karbon 3’.
Setelah kedua primer menempel pada DNA templat, DNA polimerase
mengkatalisis proses pemanjangan kedua primer.

B. Alat dan Bahan

Alat : Bahan :
1. Mikropipet 1. Nuklease free water
2. Microtube 2. Master mix
3. Tip 3. Primer reverse
4. PCR 4. Primer forward dan sampel
C. Cara kerja
1. Disiapkan 4 microtube
2. Dipipet 7,5 ml Nuklease free water pada masing-masing microtube
a. Microtube (1) :
- Ditambah 12 µl master mix atau Go taq
- Ditambah 2µl primer reserve
Primer tgl 4
- Ditambah 2µl primer forward
- Ditambah 1µl DNA chloroform (Bakteri Salmonella Thypi)
b. Microtube (2) :
- Ditambah 12µl master mix atau Go taq
- Ditambah 2µl primer reserve
Primer tgl 10
- Ditambah 2µl primer forward
- Ditambah 1µl DNA bakteri
c. Micotube (3) :
- Ditambah 12µl master mix atau Go taq
- Ditambah 2µl primer reserve
- Ditambah 2µl primer forward
- Ditambah 1µl DNA Bakteri Salmonella Thypi
d. Microtube (4) :
- Ditambah 12µl master mix atau Go taq
- Ditambah 2µl primer reserve
- Ditambah 2µl primer forward
- Ditambah 1µl DNA Bakteri CIAA

3. Disentrifugasi/spindown sampai homogen dan tidak cairan pada dinding

tersebut
4. Dimasukkan kedalam alat PCR dengan volume kecil dimasukan ke lubang
kecil karena akan terkena besi & besi dapat memainkan suhu (naik/turun)
 5. Tahapan PCR
Langkah Suhu ( ⁰C ) waktu Siklus (kali)
Hot start 95⁰C 4 menit 1
Denaturasi 95⁰C 30 detik
Annealing 48⁰C 30 detik 35
Elongasi 72⁰C 2 menit

Ekstra ektensi 72⁰C 10 menit 1

Cooling down 4⁰C 10 menit 1

6. Setelah itu dibaca menggunakan elektroforesis.

D. Cara kerja elektroforesis

Pembuatan gel agarose :
1. Disiapkan buffer TAE sebanyak 1 kali
2. 1 gram agarose dilarutkan dengan 1ml TAE 1 kali
3. Dimicrowave sampai mendidih hingga larutan jernih
4. Ditambah pewarna 4µl (sybersafe)
5. Dituang pada cetakan
6. Lalu masukan sisiran/comb pada cetakan
7. Ketika gel sudah mengeras comb/sisiran diambil
8. Rendam dengan TAE di aliran arus listrik 100 volt, baca dengan UV
elektroforesis

Tahap elektroforesis gel :

1. Dipipet 5µl marker, dimasukan kedalam sumuran gel (1)
2. Dipipet 7µl sampel (hasil PCR) lalu dimasukan kedalam sumuran gel (2-8)
3. Dialiri listrik 100 volt sampai cairan (sampel dan marker) turun ke bawah
4. Dibaca menggunakan UV Transluminator
E. Hasil Praktikum

a. Sumuran 1 = marker f. Sumuran 6 = sampel (3)

b. Sumuran 2 = sampel (41 A) g. Sumuran 7 = sampel (4)
c. Sumuran 3 = sampel (41 B) h. Sumuran 8 = sampel (S . Thypi)
d. Sumuran 4 = sampel (41 C)
e. Sumuran 5 = sampel (41 D)

F. Pembahasan
DNA yang terbentuk pada baris ke 4 yaitu sesuai marker 1520bp sehingga
DNA tersebut ada sequens DNA spesifik Salmonella Thypi karena primer yang
dipakai memiliki start position 2011172, end position 2012692 dan leght 1521bp.

G. Kesimpulan
Berdasarkan hasil praktikum diperoleh hasil sama dengan bp target yaitu 1500
dengan terget 1520, yang artinya semua sampel isolasi DNA bakteri positif (+)
mengandung Salmonella Thypi.
Hari/Tanggal : Sabtu, 6 Oktober 2018

Judul : ISOLASI DNA (Whole Blood)

Tujuan : Agar Mahasiswa mampu dan terampil dalam mengisolasi DNA whole blood

Prinsip : Penghancuran (lisis), ekstraksi, dan pemisahan DNA

Dasar Teori :

DNA merupakan bahan pembawa informasi genetik pada setiap organisme

kecuali pada beberapa virus tertentu (Suwanto, 1992). Informasi genetika terletak
pada inti sel yang tersusun membentuk kromosom. DNA penyusun kromosom inilah
yang memberikan/ menentukan warna rambut warna kulit dan sifat-sifat khusus
yang berbeda antara satu individu dengan lainnya.
Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain
seperti protein, lemak dan karbohidrat. Isolasi/ ekstraksi DNA dapat melalui
elektroforesis. Prinsip isolasi DNA yaitu menghancurkan (lisis), ekstraksi atau
pemiahan DNA dari bahan pedat seperti : selulosa dan protein, serta pemurnian
DNA .
Beberapa yang harus diperhatikan dalam proses isolasi DNA antaranya harus
menghasilkan DNA tanpa kontaminasi protein dan RNA, metodenya harus efektif
dan bisa dilakukan untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh merubah
struktur dan fungsi molekul DNA, dan metode harus sederhana dan cepat.

A. Alat dan Bahan

Alat : Bahan :
1. Elektroforesis 1. Darah whole blood 7 ml
2. UV Transilluminator 2. Buffer lysis
3. Rotator 3. Proteinase K
4. Spet 4. Phenol
5. Tabung reaksi 5. Ethanol 96%
6. Pipet 6. Ethanol 70%
7. Tabung conical 7. TE buffer
8. Mikrotube 8. Gel agarose
 9. Centrifuge 9. Loading buffer
10. Mikropipet 10. Alkohol 70%
11. Tip

B. Cara Kerja Whole Blood:

1. Siapkan spet, kapas alkohol 70%, hepafix dan lakukan pengambilan darah
(7mL).
2. Masukkan darah tersebut ke dalam tabung reaksi secara perlahan melalui
dinding tabung.
3. Pindahkan darah tersebut ke dalam tabung conical, tabung conical ke-1 berisi
3 mL dan tabung ke-2 berisi 4 mL darah.
4. Tambahkan buffer lysis sebanyak 1:1 ke dalam masing-masing tabung conical.
5. Setelah itu tambahkan proteinase k sebanyak 20 µL (10 mg/mL).
6. Kocok/homogenkan selama kurang lebih 1 jam dengan menggunakan rotator,
agar dapat tercampur secara sempurna.
7. Setelah 1 jam penghomogenan, ditambahkan phenol sebanyak 1:1 lalu
homogenkan kembali selama 15 menit menggunakan rotator.
8. Setelah homogen, kemudian centrifuge dengan kecepatan 2.800 rpm selama
20 menit.
9. Setelah dilakukannya centrifuge, akan terbentuk aquose dan supernatant.
10. Larutan aquose dipindahkan ke dalam tabung conical volume 15 mL.
11. Lalu tambahkan ethanol 96% sebanyak 1:1 (dingin).
12. Kocok secara perlahan agar benang DNA dapat terbentuk, lalu benang DNA
yang telah tebentuk dipindahkan ke dalam mikrotube.
13. Centrifuge dengan kecepatan 12.000 rpm selama 10 menit, dan tambahkan
ethanol 70% 350 µL.
14. Kering anginkan.
15. Tambahkan dengan TE buffer 100 µL.
16. Lalu lakukan pembacaan dengan menggunkaan alat Elektroforesis.
 C. PEMBACAAN ELETROFRESIS
Cara Kerja :
1. Siapkan erlenmeyer, masukkan 1 gr agarose dan ditambahkan 100 µL TAE
(Tri Acid EDTA).
2. Masukkan ke dalam microwave, biarkan sampai mendidih / sampai jernih.
3. Diamkan hingga hangat dan tambahkan sybsafe.
4. Lalu tuang pada cetakan, dan masukkan sisiran.
5. Tunggu hingga mengeras, lalu sisiran dilepas.
6. Masukkan ke chamber yang sudah berisi loading buffer.
7. Masukkan ke gel elektroforesis, masukkan marker lalu aliri dengan arus
listrik + (positif) & - (negatif).
8. Rendam, lalu lihat pada UV Transilluminator.

D. Hasil Praktikum

a. Sumuran 1 : Ikan i. Sumuran 9 : ikan

b. Sumuran 2 : Buffycoat 4
c. Sumuran 3 : Ayam
d. Sumuran 4 : Whole blood 1
e. Sumuran 5 : Buffycoat 3
f. Sumuran 6 : Bakteri CIAA
g. Sumuran 7 : Bakteri chloroform
h. Sumuran 8 : Whole blood 2
j. Sumuran 10 : ikan
k. Sumuran 11: Buffycoat
l . Sumuran 12: Bakteri CIAA
m. Sumuran 13: Whole blood
n. Sumuran 14 : buffycoat 3
o. Sumuran 15 : bakteri chloroform b
p. Sumuran 16 : whole blood 2
 E. Kesimpulan
Pada praktikum yang telah dilakukan dengan mengisolasi DNA darah (whole
blood) didapatkan hasil adanya DNA murni yang dilihat dengan menggunkan UV
pada elektroforesis. Di beberapa sampel terdapat sampel denga hasil smear seperti
ayam dan ikan dimana hal ini terjadi berkemungkinan karena adanya pengganggu /
kontaminan protein dan RNA, sehingga belum sepenuhnya yang terbentuk adalah
data murni.
Hari/Tanggal : Sabtu, 06 Oktober 2018

Judul : ISOLASI DNA PADA JARINGAN

Tujuan : Agar mahasiswa mampu memahami dan terampil dalam mengisolasi DNA
dalam sampel jaringan ayam, sapi dan ikan bandeng.

Sampel : Ayam, sapi, dan ikan bandeng

A. Alat dan Bahan

Alat : Bahan :
1. Mikropipet 1. Daging ayam
2. Tip 2. Daging sapi
3. Tube 3. Ikan bandeng
4. Tabung conical 4. Buffer Lysis jaringan
5. Centrifuge 5. Proteinase K
6. Vortex 6. Phenol CIAA
7. Elektroforesis 7. Ethanol absolut
8. UV Transilluminator 8. Ethanol 70%
9. Waterbath 9. TE buffer
10. Mortir 10. Loading buffer
11. Rotator 11. Sybrsafe

B. Cara Kerja

Cara kerja pembuatan gel agarosa

Pembuatan gel agarose :
1. Disiapkan buffer TAE sebanyak 1 kali
2. 1 gram agarose dilarutkan dengan 1ml TAE 1 kali
3. Dimicrowave sampai mendidih hingga larutan jernih
4. Ditambah pewarna 4µl (sybersafe)
5. Dituang pada cetakan
6. Lalu masukan sisiran/comb pada cetakan
7. Ketika gel sudah mengeras comb/sisiran diambil
8. Rendam dengan TAE di aliran arus listrik 100 volt, baca dengan UV
elektroforesis

Cara kerja pembuatan Buffer Lysis pada jaringan

1. 50 mM Tris HCL pH 8
2. 100 mM EDTA
3. 100 Mm NaCL
4. 1% SDS
C. Cara Kerja Isolasi DNA pada Jaringan

1. Haluskan 3 gram jaringan (ayam,ikan,sapi) dengan mortir

2. Dipindahkan jaringan ke dalam tabung conical yang berbeda
3. Tambahkan buffer lisis 1:1 (sampai terendam semua)
4. Tambahkan 20 µL proteinase k
5. Divortex, lalu inkubasi 55°C selama 1 jam, digojok kuat setiap 10 menit
6. Ditambahkan phenol CIAA 1:1, dirotator 30 menit
7. Di centrifius 3000 rpm selama 20 menit pada suhu ruang
8. Dipindahkan lapisan atas / aquose ke dalam tabung conical 15 mL
9. Ditambahkan ethanol 96% 1:1
10. Dipindahkan benang-benang DNA ke mikrotube, diberi ethanol 70% 350 µL
dengan pencucian 2x
11. Kering anginkan
12. Tambahkan TE Buffer 100 µL
13. DNA siap digunakan

D. Cara Kerja Elektroforesis

1. Hasil isolasi DNA jaringan ditambah loading buffer 1:1
2. Homogenkan, setelah homogen ambil dengan menggunakan mikropipet
3. Masukkan ke dalam sumuran gel agarosa
4. Setelah sumuran agarosa terisi semua aliri dengan tegangan listrik 100 volt
dengan menggunakan amper meter
5. Ditunggu kurang lebih 1 jam, setelah DNA turun, matikan aliran listrik dan
baca pada alat UV Transilluminator

E. Pembacaan UV Transilluminator
1. Disiapkan alat UV Transilluminator
2. Diletakkan gel pada UV Transilluminator
3. Dihidupkan UV Transilluminator dengan menekan tombol on
4. Dilihat dan dibaca hasilnya dengan terbentuknya warna
5. Setelah selesai dimatikan kemudian diambil gel agarosnya

F. Hasil Praktikum
a. Sumuran 1 : Ikan
b. Sumuran 2 : Buffycoat 4
c. Sumuran 3 : Ayam
d. Sumuran 4 : Whole blood 1
e. Sumuran 5 : Buffycoat 3
f. Sumuran 6 : Bakteri CIAA
g. Sumuran 7 : Bakteri chloroform
h. Sumuran 8 : Whole blood 2
i. Sumuran 9 : ikan
j. Sumuran 10 : ikan
k. Sumuran 11 : Buffycoat 4
l. Sumuran 12 : bakteri CIAA
m. Sumuran 13 : whole blood
n. Sumuran 14 : buffycoat 3
o. Sumuran 15 : bakteri Chloroform
p. Sumuran 16 : whole blood 2

G. Pembahasan
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada
(ekstraksi/lisis), biasanya dilakukan dengan homogenisasi dan menambahkan buffer
lisis untuk mencegah DNA rusak. Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahap-tahap :
Preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA.
Setelah DNA diisolasi dilakukan elektroforesis yaitu proses migrasi molekul
bermuatan dalam medium yang dialiri arus listrik. Prinsip dasar elektroforesis adalah
molekul dan partikel bermuatan akan bergerak kearah elektroda yang memiliki
muatan berlawanan dibawah pengaruh medan listrik.
PCR merupakan teknik penggandaan gen target dengan menggunakan primer tertentu.
Prinsip utama PCR adalah DNA yang memiliki sifat spesifik mengalami amplifikasi
(dengan thermocyler) dan dibantu oleh enzim polymerase untuk melipat ganda.

H. Kesimpulan
Pada praktikum ini dengan mengisolasi DNA jaringan daging sapi,ayam dan
ikan bandeng didapatkan hasil daging sapid an ayam tidak ada DNA dan ikan
terlihat smear yang dilihat dengan menggunakan UV transilluminator. Hasil terlihat
smear karena adanya pengganggu atau adanya kontaminasi dengan protein / RNA
sepenuhnya terbentuk DNA murni.
 Hari,tnggal : Sabtu,06 oktober 2018

Judul : ISOLASI DNA PADA BUFFYCOAT

Tujuan : Mahasiswa mampu dan terampil mengisolasi DNA Buffycoat

A. Dasar teori :
DNA (deaxyribonucleic acid) merupakan asam nukleat pembawa genetika
dalam kehidupan.informasi genetik terletak didalam inti sel dan terkarakteristik sifat
atau jenis rambut ,warna kulit dan sifat-sifat khusus yang berada antara satu individu
dengan lainya.perbedaan DNA yang dimiliki oleh seseorang inilah yang menjadi
alasan metode sisik DNA menjadi slah satu alat pembuktian yang cukup akurat saat
ini.Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai
macam keperluan seperti amplifikasi dana analisis DNA melalui elektroforesis ,isolasi
DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti
protein ,lemak dan karbohidrat.prinsip utama dalam isoslasi DNA ada 3 yakni :
penghancuran (lisis),ekstraksi atau pemisahan DNA.

B. Alat dan Bahan

Alat Bahan
 Rak tabung  Darah EDTA
 Tabung reaksi  Buffer liis
 Centrifuge  Ss phenol/CIAA
 Mikropipet  Etanol absolut
 Tabung conical  Etanol 70%
 Pipet pasteur  TE buffer
 Kapas alkohol 70% dan
hepafik
 Spuit
 Vortex
 Mikrotube
 Tip (yellow,blue,white)
 Tissue
 Isolasi
C. Cara kerja membuat gel agarose
1. Disiapkan buffer TAE 1 kali
2. 1 gram agarose dilarutkan dalam 1ml TAE 1 kali
3. Dimicrowave sampai mendidih sehingga larutan jernih
4. Ditambahkan pewarna 4 µl (sybrsafe/ETBR)
5. Dituang kecetakan
6. Sisiran dimasukan
7. Ketika gel sudah mengeras camb/sisiran diambil

D. Cara kerja membuat buffer lisis bufficoat

1. 10 mM Tris HCL- Ph 8
2. 100 mM NaCl
3. 1 mM EDTA
4. 0,5% SDS

E. Cara Kerja isolasi DNA buffycoat

1. 6ml darah EDTA
2. Disentrifugasi 3000 rpm 15 menit
3. Ambil buffycoat,pindahkan ketabung conical
4. Ditambahkan buffer lisis volume 5 ml,gojok kuat selama 15 menit
5. Ditambahkan SS phenol / CIAA dengan perbandingan 1:1 gojok kuat 10 menit
6. Disentrifugasi dengan kecepatan 3000 rpm selama 15 menit
7. Pindahkan lapisan aquose
8. Ditambahkan etanol absolut dengan perbandingan 1:1
9. Digojok pelan sampai terbentuk benang DNA
10. Dipimdahkan benang DNA kemicrotube berisi 350 µl etanol 70%
11. Desentrifuge dengan kecepatan 12000 rpm selama 10 menit 2x
12. Keringkan pelet,tambahkan 100 µl TE buffer
F. Elektroforesis
1. Hasil isolasi DNA dari bakteri tersebut,ditambah loading buffer 1:1
2. Dihomogenkan dan dimasukan kedalam sumuran gel agarose
3. Kemudian dialuri dengan tegangan listrik 100 volt
G. Hasil praktikum
 Sumuran 1 = ikan  Sumuran 9 = ikan
= tidak ada = ada DNA
DNA  Sumuran 10 = BC 4
 Sumuran 2 = buffycoat 4 = ada DNA
= ada DNA  Sumuran 11 = ayam
 Sumuran 3 = ayam = Smear
= tidak ada DNA  Sumuran 12 = bakteri
 Sumuran 4 = WB1 CIAA
= ada DNA = ada DNA
 Sumuran 5 = BC 3  Sumuran 13 = WB 1
= tidak ada DNA = Ada DNA
 Sumuran 6 = Bakteri CIAA  Sumuran 14 = BC 3
K = tidak ada
= ada DNA DNA
 Sumuran 7 = Bakteri  Sumuran 15 = bakteri
chloroform chloroform
= ada DNA = tidak ada
 Sumuran 8 = WB 2 DNA
= ada DNA  Sumuran 16 = WB 2
= ada DNA

H. Pembahasan
Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain
seperti protein ,lemak dan karbohidrat,prinsip utama pada isolasi DNA ada 3 tahap
yaitu : penghancuran (lisis),ekstraksi dan pemisahan DNA. Elektroforesis merupakan
proses migrasi molekul bermuatan dalam medium yang dialiri arus listrik.prinsip
dasar elektroforesis adalah molekul dan partikel bermuatan akan bergerak kearah
elektroda yang memiliki muatan berlawanan dibawah pengaruh medan
listrik.elektroforesis umumnya menggunakan metode elektroforesisi gel agarose.
I. Kesimpulan
Pada praktikum dengan mengisolasi DNA buffycoat didapatkan hasil adanya
DNA murni ysng dilihat menggunakan UV. Dan di beberapa sampel terdapat sampel
dengan hasil smear seperti ayam dan ikan.dimana hal itu bisa terjadi karena adanya
pengganggu atau terkontaminasi protein dan RNA sehingga belum sepenuhnya yang
terbentuk adalah RNA murni.
Lampiran :