Pada penguran ini pada bakteri digunakan bilik hitung Petroff-ausser, sedangkan untuk mikroorganisme eukariot menggunakan hemositometer. keuntungan menggunakan metode ini adalah mudah, murah, dan cepat, serta bisa memperoleh informasi tentang ukuran dan morfologi mikroorganisme. Namun, pengukuran ini hanya ditujukan untuk mikroorganisme dengan populasi yang banyak ( lebih besar dari 106 CFU/mL). Oleh sebab itu, pengukuran dengan volume dan jumlah yang kecil akan menyulitkan kita dalam membedakan antara sel hidup dengan sel yang sudah mati. Kita juga akan sulit menghitung sel mikroorganisme yang aktif bergerak (motil) seperti Pseudomonas.
2. Pengukuran menggunakan electronic counter.
Pada pengukuran ini, suspense mikroorganisme dialirkan melalui lubang kecil dengan bantuan aliran listrik. Elektroda yang ditempatkan pada kedua sisi orifice mengukur tahanan listrik pada saat bakteri melalui orifice. Pada saat ini sel terhitung. Keuntungan metode ini adalah hasil bisa diperoleh dengan lebih cepat dan akurat, serta dapat menghitung sel dengan ukuran besar. Kerugiannya adalah metode ini tidak bisa digunakan untuk menghitung bakteri karena ada gangguan debris, filament, dan sebagainya serta tidak dapat membedakan antara sel hidup dan sel mati.
3. Pengukuran menggunakan colony counter.
Pengukuran pertumbuhan mikroorganisme menggunakan colony counter merupakan perhitungan langsung jumlah sel yang tampak. Pengukuran pada metode ini didasarkan pada pernyataan setiap sel mikroorganisme yang tumbuh akan membelah yang pada akhirnya akan membentuk sebuah koloni. Oleh sebab itu, satuan perhitungan yang dipakai adalah colony forming unit (CFU). Untuk melakukan perhitungan dengan metode ini, dilakukan seri pengenceran sample pada saat media padat. Pengukuran dilakukan pada plate dengan jumlah koloni berkisar 25-250 sampai 30-300.
4. Pengukuran menggunakan teknik filtrasi membran.
Pada metode ini sampel dialirkan pada suatu system filter membrane dengan bantuan vacum. Bakteri yang terperangkap selanjutnya ditumbuhkan pada media yang sesuai dan jumlah koloni yang dihitung. keuntungan metode ini adalah dapat menghitung sel hidup dan sistem perhitungannya langsung. namun, metode ini membutuhkan biaya yang besar dalam penggunaannya. Pengukuran pertumbuhan mikroorganisme secara tidak langsung.
1. Pengukuran kekeruhan menggunakan spektrofotometer(Kekeruhan).
Bakteri yang bermultiplikasi pada media cair akan menyebabkan media tersebut menjadi keruh. Alat yang digunakan untuk pengukuran adalah spektrofotometer atau kolorimeter dengan cara membandingkan densitas optic antara media blank dengan media dengan pertumbuhan bakteri.
2. Pengukuran aktivasi metabolik.
Metode ini didasarkan pada asumsi bahwa jumlah produk metabolic tertentu seperti asam atau CO2 dapat menggambarkan jumlah mikroorganisme yang terdapat di dalam media.
3. Pengukuran berat sel kering.
Metode ini digunakan untuk mengukur pertumbuhan fungi berfilamen. Miselium fungi dipisahkan dari media dan dihitung sebagai berat kotor. selanjutnya, miselium tersebut dicuci dan dikeringkan dengan alat pengering( desikator) dan ditimbang beberapa kali hingga mencapai berat konstan. Berat konstan yang diperoleh ini disebut dengan berat sel kering. Pemilihan metode pengukuran ini dapat dipengaruhi oleh ketersediaan alat pada suatu laboratorium dan peneliti. Oleh sebab itu, sebagai peneliti, kita jangan terpaku oleh satu metode saja. Kita perlu mempertimbangkan metode-metode lain yang sesuai dengan ketersediaan alat dan dana dengan tidak mengesampingkan kualitas dari tujuan akhir penelitian itu sendiri.