ENZIM

PENDAHULUAN

Sebagai enzim, protein berperan sebagai biokatalis yang mengatur laju rekasi-reaksi di dalam
sel, dan dengan demikian mengendalikan aliran lalu lintas molekuler yang diperlukan untuk
kelangsungan hidup sel, enzim dicirikan dengan akhiran ase, memfasilitasi banyak reaksi
biokimiawi dan ikut serta dalam metabolisme yang terjadi dalam substrat. Untuk itu
diharapkan setelah mengikuti kuliah ini, mahasiswa dapat :

Menjelaskan fungsi dan cara kerja enzim

Memahami arti dan kegunaan persamaan Michaelis-Menten

Menerangkan faktor-faktor yang mempengaruhi kerja enzim

POKOK MATERI

Pengenalan Enzim

Enzim adalah golongan protein yang paling banyak terdapat di dalam sel hidup, berperanan
penting sebagai biokatalisator reaksi-reaksi biokimia dalam sel. Dalam jumlah yang kecil,
enzim dapat mengatur reaksi tertentu sehinga dalam keadaan normal tidak terjadi
penyimpangan-penyimpangan hasil akhir reaksinya. Enzim akan kehilangan aktivitasnya
akibat panas, asam atau basa kuat, pelarut organik, atau hal yang menyebabkan terjadi
denaturasi protein.

Enzim mempunyai sifat khusus, sebab akan bekerja pada suatu substrat yang khusus dengan
reaksi tertentu, umpamanya enzim urease, substratnya tentu urea dan bentuk reaksi adalah
mengubah substrat menjadi ammonia dan karondioksida.

Dengan sifat khusus/khas dari enzim, ini diartikan bahwa suatu jenis enzim hanya mampu
berperan sebagai biokatalisator untuk reaksi tertentu saja. Tapi pada masalah tertentu ada
substrat yang dapat dikatalisis oleh beberapa enzim, misalnya pada substrat glukosa 6-fosfat
(gambar 5.1).

Keterangan
Reaksi 1 dikatalisis oleh glukosa 6-P dehidrogenase

Reaksi 2 dikatalisis oleh fosfoglukomutase

Reaksi 3 dikatalisis oleh fostatase

Reaksi 4 dikatalisis oleh fosfoheksosa isomerase

Gambar 5.1. Hasil Katalisis Glukosa 6-fosfat

Beberapa enzim mempunyai bentuk stereospesifik terhadap substrat, di antaranya spesifik

untuk isomer optik D dan L. Enzim L dari asam amino oksidase hanya bekerja pada L-asam
amino dan D-asam amino oksidase hanya bekerja pada isomer D-asam amino.

Selain itu beberapa enzim memerlukan suatu kofaktor yang bukan dari protein dimana
berikatan agak longgar dengan enzim, kofaktor dikenal sebagai koenzim. Sedangkan yang
berikatan erat dengan enzim disebut gugus prostetik.

Penggolongan Enzim

Pemberian nama enzim secara trivial (non sistimatik), misalnya pepsin, tripsin tidak dapat
menjelaskan sifat dan macam reaksi kimia yang terjadi, tetapi nama trivial kadang-kadang
masih digunakan jika penamaan secara sistimatik terlalu panjang. Penamaan dan klasifikasi
secara sistimatik telah diatur oleh Commission on Enzymes of the International Union of
Biochemistry(CEIUB) dimana enzim dibagi menjadi 6 golongan utama.

Berdasarkan gugus substrat yang diserangnya, maka enzim dibagi menjadi :

Oksido reduktase

Tipe reaksi yang dikatalisis antara lain Oksidasi dan reduksi, pendonor hidrogen atau
elektron adalah salah satu substratnya. peranannya dalam oksidasi reduksi, maka enzim
golongan ini terdiri dari dehidrogenase dan oksidase

Transferase

Transfer gugus kimia dari bentuk umum dan berperan dalam pemindahan gugus tertentu,
misalnya enzim metiltransferase,

Pembentukan glisin dari serin terjadim pemindahan gugus hidroksil metal, gugus ini terlepas
dari serin dengan bantuan enzim hidroksi-metiltransferase
Salah satu subgolongan enzim ini adalah transaminase yang berfungsi memkindahkan gugus
amino dari suatu asam amino kepada senyawa lain.

Hidrolase

Untuk pemotongan hidrolitik peranannya dalam reaksi hidrolisis, arginase adalah suatu
hidrolase yang ada dalam hati organisme penghasil urea (ureoteles), enzim ini mengkatalisis
reaksi seperti :

Liase

Pemotongan nonhidrolitik, kadang terjadi penambahan gugus pada suatu ikatan rangkap,
peranan utama dalam mengkatalisis reaksi adisi atau pemecahan ikatan rangkap dua, enzim
piruvat dekarboksilase yang bekerja pada dekarboksilasi asam piruvat yang menghasilkan
aldehida.

Enzim fumarat hidratase berfungsi dalam penggabungan satu molekul air kepada molekul
assam fumarat dan membentuk asam malat,

Isomerase

Terjadi perubahan penataan geometris (spasial) suatu molekul, peranannya dalam

mengkatalisis reaksi isomerisasi, seperti kerja enzim glukosa fosfat isomerase dibawah ini

Ligase

Ligasi (menghubungkan) dua molekul dengan mengikutsertakan hidrolisis senyawa yang

memiliki ∆G yang besar untuk proses hidrolisis atau berperan dalam katalisis reaksi
pembentukan ikatan dengan dengan bantuan pemecahan ikatan dalam ATP, enzim glutamin
sintetase merupakan biokatalis reaksi pembentukan glutamine dari sam glutamate.

Selain itu, enzim karboksilase bekerjan untuk pembentukan asam oksaloasetat dari asam
piruvat yang merupakan bagian dari metabolisme karbohidrat.

Peningkatan Laju Reaksi dan Energi Aktivasi

Suatu reaksi kimia dapat berlangsung karena molekul-molekul reaktan dari A pada suatu
waktu tertentu mengalami keadan aktif, yakni apabila energi molekul tersebut dalam keadan
energi pengaktifan. Dalam keadaan ini ikatan kimia dalam molekul dapat berpisah sehingga
memungkinkan terbentuknya produk baru (P), keadaan ketika molekul A dalam keadan aktif
dikenal sebagai keadaan transisi , dan energi pengaktifan dikenal sebagai jumlah energi
(dalam kalori) yang dibutuhkan oleh satu mol zat pada temperatur tertentu, untuk membawa
semua molekul ke keadaan aktif, sehingga kecepatan reaksi akan berbanding lurus dengan
konsentrasi senyawa keadan transisi (gambar 5.2).

Jika terjadi kenaikan temperature, maka jumlah molekul yang dapat masuk ke keadaan
transisi akan bertambah. Disini fungsi katalisator adalah mempercepat reaksi kimia dengan
cara menurunkan energi bebas pengaktifan, dimana katalisator akan bergabung dengan
reaktan untuk menghasilkan keadaan transisi yang mempunyai energi bebas lebih rendah
daripada keadaan transisi reaksi tanpa katalisator. Setelah hasil reaksi terjadi (produk),
katalisator kembali ke keadaan semula.

Gambar 5.2. Alur Energi Reaksi Kiimia

Pengaruh Konsentrasi Substrat

Konsentrasi Substrat

Kecepatan reaksi sangat bergantung pada konsentrasi enzim, terjadi hubungan antara
konsentrasi enzim dengan laju kecepatan reaksi apabila terjadi pergeseran konsentrasi
substrat (konsentrasi substrat berlebihan). Dengan banyaknya substrat yang
ditransformasikan harus sesuai dengan tingginya konsentrasi ensim yang digunakan. (gambar
5.3)

Gambar 5.3. Pengaruh Konsentrasi Enzim Terhadap Laju Reaksi

Jika konsentrasi enzim yang digunakan tetap, sedangkan konsentrsi substrat dinaikkan, maka
hubungan yang terjadi seperti pada gambar 5.4. berikut ini,

Gambar 5.4. Pengaruh Konsentrasi Substrat Terhadap Laju Reaksi

Michaelis-Menten menyatakan bahwa reaksi yang dikatalisis oleh enzim pada berbegai
konsentrasi substrat mengalami dua fase yaitu (a) jika konsentrasi substrat masih rendah,
daerah yang aktif pada enzim tidak semuanya terikat dengan substrat dan (b) jika jumlah
molekul substrat meningkat, maka yang aktif terikat seluruhnya oleh substrat dan pada
keadaan ini enzim bekerja dengan kapasitas penuh.

Suhu
Karena reaksi kimia sangat dipengaruhi oleh suhu, maka reaksi yang dikatalisis oleh enzim
juga peka terhadap suhu (gambar 5.5). Enzim sebagai protein juga mengalami denaturasi
pada waktu temperatur naik, akibatnya daya kerja akan enzim menurun. Suhu lebih dari
45 0C terjadi denaturasi termal dan fungsi katalitik enzim hilang.

Gambar 5.5. Pengaruh Suhu Terhadap Kecepatan Reaksi

pH

Aktivitas enzim juga dipengaruhi oleh perubahan pH, ini disebabkan adanya gugus amino
dan karboksil. Kurva pengaruh pH di bawah ini menunjukkan pH optimum enzim (gambar
5.6). Dalam sel dan lingkungan, pH dalam keadaan normal harus tetap sebab perubahan akan
menyebabkan pergeseran aktivitas enzim. Akibatnya sistim anabolisme dan katabolisme
dalam sel akan terpengaruh.

Gambar 5.6. Pengaruh pH Terhadap Kecepatan Reaksi

Inhibisi Enzim/Inhibitor

Enzim sangat peka terhadap gugus senyawa yang diikatnya, sehingga jika aktivitas enzim
terhambat oleh senyawa yang diikat, maka senyawa/gugus tersebut disebut inhibitor (tidak
semuanya merugikan).

1. Inhibitor Kompetisi

Pada inhibitor kompetisi terjadi penambahan substrat dapat mengurangi daya hambatnya,
karena inhibitor bersaing dengan substrat untuk mengikta bagian aktif enzim. Misalnya
enzim suksinat dehidrogenase yang berfungsi mengkatalisis reaksi oksidasi asam uksinat
menjadi fumarat, jika dalam proses ini dutambahkan asam malonat, maka enzim suksinat
dehidrogenase akan menurun aktivitasnya.

Tetapi jika diberikan lagi asam suksinat sebagai substrat reaksi akan normal kembali (gambar
5.7). Sehingga aktivitas inhibitor ini sangat bergantung pada konsentras inhibitor, konsentrasi
substrat, dan afinitas rlatif inhibitor dan substrat.

Gambar 5.7. Kecepatan Reaksi dengan Konsentrasi Substrat

2. Inhibitor Nonkompetisi
Inhibitor nonkompetisi pengauhnya tdak dapat dihilangkan dengan adanya penambahan
substrat lain, dimana inhibitor ini akan berikatan dengan permukaan enzim tanpa lepas dan
lokasinya tidak dapat diganti oleh substrat. Sehingga daya kerja inhibitor sangat tergantung
dari konsentrasi inhibitor dan afinitas inhibitor terhadap enzim. (gambar 5.8)

Gambar 5.8. Kecepatan Reaksi dan Konsentrasi Substrat

(terjadi pergeseran)

Koenzim

Sejumlah besar enzim membutuhkan suatu komponen lain (kofaktor) yang dapat berfungsi
sebagai biokatalis, adapun kofaktor terdiri atas tiga golongan yakni (1) gugus prostetik, (2)
koenzim, dan (3) aktivator.

Gugus prostetik adalah grup kofaktor yang terikat pada enzim dan sukar terlepas dari
enzimnya. Pada gambar 5.9. Flavin Adenin Dinukleotida (FAD) adalah gugus prostetik yang
terikat pada enzim suksinat dehidrogenase.

Gambar 5.9. FAD

Contoh yang lain misalnya NAD, NADP, Asam tetra hidrofosfat, Tiamin pirofofat, dan ATP.

Gambar 5.10. Koenzim I dan II

Koenzim NAD+ dan NADP+ adalah koenzim pada enzim dehidrogenase dengan tugas
sebagai katalis pada reaksi redoks, misalkan alkohol dehidrogenase merupakan katalis pada
reaksi oksidasi alkohol.

CH3CH2 + NAD+ ⇄ CH3CHO + NADH+ + H+

Reaksi di atas menghasilkan ion H+ sangat cocok pada keadaan basa.

Gambar 5.11. Bentuk Teroksidasi dari NAD dan NADP

Molekul NAD+ dan NADP+ merupakan bentuk teroksidasi dari Nikotinamida Adenin
Dinukleotida (NAD), bentuk tereduksi adalah NADH dan NADPH.

G. Sifat Mengatur Diri Sendiri

Beberapa sistim multi enzim mempunyai sifat untuk mengatur sendiri kecepatan reaksinya,
dimana kadang produk akhir dapat menjadi inhibitor untuk reaksi awal, kecepatan
keseluruhan reaksi sangat bergantung pada konsentrsi produk akhir. Untuk konversi dari L-
treonin ke L-isoleusin mempunyai lima tahap reaksi dengan menggunakan lima jenis enzim
yang berbeda (gambar 5.12).

Gambar 5.12. Konversi dari L-treonin ke L-isoleusin

Jika L-isoleusin terdapat dalam konsentrasi yang tinggi dalam sistim, maka reaksi langkah
pertama akan dihambat.

Pada kebanyakan reaksi enzim, sistim pengaturan diri sendiri, basanya enzim yang
mengkatalisis reaksi tahap pertama dihambat olh hasil metabolisme tahap akhir, enzim ini
dikenal sebagai enzim alosterik dan metabolit dan yang menghambat disebut efektor atau
modulator.

Sebagian besar enzim yang diatur secara alosterik dibangun dari dua atau lebih rantai atau
subunit polipeptida. Setiap subunit mempunyai tempat aktifnya sendir, dan tempat alosterik
umumnya berlokasi di mana subunit-subunit itu menyatu. Keseluruhan kompleks akan
berganti-ganti di antara dua keadaan konformasi, satu keadan secara katalitik aktif dan yang
satunya lagi inaktif. Pengikatan activator ke suatu tempat alosterik akan mengstabilkan
konformasi yang mempunyai tempat aktif yang fungsional, sementara pengikatan inhibitor
alosterik akan mengstabilkan bentuk inaktif enzim tersebut. (gambar 5.13)

Daerah kontak antqara subunit-subunit suatu enzim alosterik berhubunga sedemikian rupa
sehingga perubahan konformasi dalam satu subunit akan diteruskan atau ditransmisikan ke
semua subunit lainnya. Melalui interaksi subunit-subunit ini, suatu molekul aktivator atau
inhibitor tunggal yang berikatan dengan salah satu tempat alosterik itu akan mempengaruhi
tempat aktif semua subunit.

Gambar 5.13. Pengaturan Alostrik

Pengaturan alosterik, pada gambar 5.13. bagian a sebagian besar enzim alosterik tersusun
dari dua atau lebih subunit polipeptida yang masing-masing memiliki tempat aktif. Enzim ini
akan berganti-ganti di antara dua keadaan konformasi, aktif dan inaktif. Jauh dari tempat aktif
terdapat tempat alosterik, reseptor spesifik untuk pengaturan enzim itu, yang dapat berfungsi
sebagai activator atau sebagai inhibitor. Pada gambar …bagian b, di sini dapat dilihat efek
berlawanan dai inhibitor alosterik dan aktivator alosterik pada konformasi keempat substrat
suatu enzim.

Kinetika dan Sifat Enzim Regulator

Enzim regulator termasuk enzim yang besar dan kompleks sehingga sukar dimurnikan,
mempunyai sifat anomaly dan hanya stabil pada suhu kamar, terdapatnya banyak pada rantai
polipeptida.

Dari daya kerja, enzim in dogolongkan atas :

Homotropik, molekul substrat tidak hanya berperanan sebagai substrat tapi juga sebagai
modulator untuk peningkatan aktivitas katalisis enzim.

Heterotropik, dihambat atau dirangsang aktivitasnya oleh modulator lain dari substrat.

Homotropik dan Heterotropik, mempunyai lebih dari dua modulator.

Kecepatan reaksi enzim sangat tergantung pada enzim regulatornya. Pada enzim regulator
homotropik memperlihatkan konsentrasi yang menurun dengan kecepatan tidak berubah,
sedangkan pada enzim regulator heterotropik modulator dapat menghambat atau
meningkatkan kecepatan reaksi konsekuensinya dapat mengubah konsentrasi maupun
kecepatan. (gambar 5.14)

Gambar 5.14. Kinetika Enzim Regulator

LATIHAN

Diskusikan fungsi dan cara kerja enzim

Diskusikan dan menjelaskan arti dan kegunaan persamaan Michaelis-Menten.

Diskusikan faktor-faktor yang mempengaruhi kerja enzim

RANGKUMAN

Pendahuluan

Enzim (protein) berfungsi untuk mengkatalisis berbagai reaksi biokimia, dalam sel berada
dalam konsentrasi rendah, tetapi dapat meningkatkan kecepatan suatu reaksi tanpa terjadi
perubahan kesetimbangan.
Lebih dari 2500 yang berbeda berlangsung dengan bantuan enzim spesifik sesuai yang sesuai
untuk meningkatkan kecepatan reaksinya. Masing-masing enzim dicirikan oleh spesifitasnya
untuk substrat (reaktan). Molekul lain juga dapat mengatur aktivitas enzim, molekul ini
dikenal sebagai efektor (bersifat sebagai aktivator dan inhibitor bahkan keduanya sekaligus).

Rantai samping asam amino pada enzim mempunyai susunan tertentu, susunan inilah yang
menentukan jenis molekul yang diikat dan reaksinya. Banyak juga enzim mempunyai
molekul nonprotein kecil yang bergabung dan menentukan spesifitas substrat. Molekul
seperti ini disebut kovaktor jika teikat secara nonkovalen dengan protein dan disebut gugus
prostetik jika terikat secara kovalen.

Penggolongan Enzim

Biarpun semua enzim mempunyai nama berdasarkan sistim penggolongan yang didasarkan
pada jenis reaksi yang dikatalisisnya, banyak juga enzim yang dkenal dengan nama umum.
Nama-nama enzim ini biasanya diturunkan dari nama spesifik utama dengan tambahan
akhiran ase. Beberapa golongan enzim utama seperti oksidoreduktase, transferase, hidrolase,
liase, isomerase, dan ligase.

Pemutusan Ikatan

Mekanisme dasar yang digunakan enzim untuk meningkatkan kecepatan reaksi atau cara
untuk meningktkan pemutusan ikatan, dapat dikelompokkan menjadi empat golongan yakni :
(1) fasilitasi proksimitas (efek kedekatan), (2) katalisis kovalen, (3) katalisis asam basa, dan
(4) regangan, distorsi molekul dan perubahan bentuk.

Kecepatan dan Energi Aktivasi

Perbedaan antara ketidakstabilan kinetik dengan ketidakstabilan termodinamika dapat

dijelaskan dengan konsep energi bebas aktivasi yang diperlukan untuk mengubah substrat
menjadi keadaan transisi. Agar substrat dapat membentuk produk, energi bebas internalnya
harus melebihi suatu penghalang energi. Penghalang energi adalah suatu energi bebas pada
keadaan transisi (∆G). Teori keadaan transisi pada laju reaksi menghubungkan kecepatan
reaksi dengan besarnya nilai ∆G. Setiap molekul yang cebderung un tuk menstabilkan
keadaan transisi akan menurunkan nilai ∆G, dengan demikian akan meningkatkan kecepatan
reaksi.

Pengaruh Konsentrasi Substrat

Pengaruh konsentrasi substrat terhadap kecepatan reaksi dapat diketahui dengan cara
mencatat kemajuan reaksi yang dikatalisis oleh enzim, dengan konsentrasi enzim dibuat tetap
dan konsentrasi substrat divariasikan. Kecepatan awal (v0), diukur sebagai kemiringan garis
singgung kurva kemajuan reaksi pada waktu t = 0. Kecepatan awal digunakan karena
degradasi enzim selama reaksi berlangsung atau inhibisi oleh produk reaksi dapat saja terjadi,
sehingga memberikan hasil yang mungkin sulit diinterpretasikan.

Inhibisi Enzim

Kecepatan reksi enzimatik sangat dipengaruhi oleh zat-zat yang bukan merupakan reaktan,
bilamana terjadi perurunan kecepatan reaksi yang disebabkan oleh suatu senyawa, maka
senyawa ini dikenal sebagai inhibitor, dan kebalikannya, kecepatan reaksi bertambah oleh
suatu aktivator.

Terdapat tiga macam inhibisi : (1) inhibisi nonkompetitif (derajat inhibisi tidak dipengaruhi
oleh konsentrasi subtrat), (2) inhibisi kompetitif (derajat inhibisi menurun dengan
meningkatnya konsentrasi subtrat), dan (3) inhibisi antikompetitif (derajat inhibisi meningkat
dengan meningkatnya konsentrasi substrat)