Jurnal Docking 4 PDF
Jurnal Docking 4 PDF
MOLECULAR DOCKING
EMPAT TURUNAN ISONICOTINOHYDRAZIDE PADA MYCOBACTERIUM
TUBERCULOSIS ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE (InhA)
Ruswanto
ABSTRAK
Mycobacterium tuberculosis enoil-ACP reduktase (InhA) adalah target yang menarik untuk
pengembangan obat baru terhadap TBC. InhA adalah target pertama obat isoniazid untuk pengobatan
infeksi tuberkulosis. Senyawa yang secara langsung bekerja pada InhA, tidak memerlukan aktivasi
oleh mikobakteri katalase-peroksidase katG adalah kandidat yang menjanjikan untuk mengobati
infeksi yang disebabkan oleh strain yang resisten terhadap isoniazid (Luckner, 2010). Baru-baru ini,
telah dilakukan studi interaksidan toksisitas beberapa senyawa turunan isoniazid
(isonicotinohydrazide) dengan InhA dengan metode molecular docking. Semua senyawa di-docking-an
menggunakan aplikasi ArgusLab 4.0.1. Proses docking yang dilakukan dengan memilih metode
ArgusDock. Validasi docking dengan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) yang diperoleh
1,9457. Analisis hasil docking menunjukkan bahwa senyawa 2,5-Dimethyl-2H-pyrazole-3-carboxylic
acid N'-(pyridine-4-carbonyl)-hydrazide (senyawa 4) dapat diprediksi memiliki interaksi yang paling
baik daripada senyawa pembanding isoniazid. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa
senyawa (4) memiliki aktivitas penghambatan terhadap reseptor InhA. Hasil uji toksisitas
menggunakan program ECOSAR (Ecological Structure Activity Relationships) semua senyawa
turunan isonicotinohydrazide memiliki nilai LC50 dan EC50 > 100 mg/ L sehingga termasuk dalam
kategori rendah karena > 100 mg/ L.
2002; Scior, 2006; Bernardes, 2013; Tujuan dari penelitian yang telah
Judge, 2012). peneliti lakukan mempelajari interaksi
Malhotra et all (2011) juga telah empat turunan isonicotinohydrazide (1-
mensintesis dan mengevaluasi beberapa isonicotinoylsemicarbazide (senyawa 1),
derivat baru dari 2-propoxybenzy 1-isonicotinoylthiosemicarbazide
lideneisonicotinihydrazide sebagai (senyawa 2), N'-(1,3-dimethyl-1H-
senyawa anti bakteri. Senyawa 2- pyrazole-5-car bonyl)isonico
propoxybenzyli deneisonicotinihydrazide tinohydrazide (senyawa 3), dan N'-(1,2,3-
dibuat dengan mereaksikan isoniazid thiadiazole-4-carbonyl)isoni
dengan 2-propoxybenzaldehyde cotinohydrazide (senyawa 4) pada
menggunakan pelarut etanol. Evaluasi Mycobactarium Tuberculosis Enoyl-Acyl
senyawa dilakukan menggunakan metode carrier Protein Reductase (InhA) dan
elemental dan spektral (IR, H-NMR, C- mempelajari toksisitas secara in silico.
NMR). Dari sepuluh senyawa yang
disintesis, diperoleh dua senyawa METODOLOGI PENELITIAN
(senyawa yang mempunyai gugus Alat
diethylamino dan methylpiperazine) yang Alat yang digunakan dalam
sangat aktif menghambat aktifitas penelitian ini yaitu berupa perangkat keras
mikrobakteri dan senyawa ini juga dan lunak komputer. Perangkat tersebut
memperlihatkan sitotoksis dengan nilai berupa Laptop Acer Aspire E1-471
konsentrasi IC-50 mulai dari 2,84-8,55 dengan spesifikasi Intel® Core i3 dengan
dan 0,007-0,030 mM. spesifikasi processor @ 2,3 GHz, 4MB
Menariknya, banyak penelitian RAM dan perangkat lunak seperti,
yang menunjukkan bahwa anti kegiatan argusLab, MarvinSketch versi 5.2,
mikobakteri dari InhA dapat ditingkatkan Chemoffice, MMV, dan ECOSAR.
terhadap M. tuberkulosis serta M. avium Bahan
complex dengan menambah INH Bahan yang digunakan dalam
hidrofilik dengan rantai samping penelitian ini yaitu reseptor InhA (kode :
hidrofobik/lipofilik (Rastogi, 1990, 1988; 2X23) dan native ligand (5-hexyl-2-(2-
Singh 2011). methylphenoxy)phenol) dan empat
Secara umum tujuan penelitian ini struktur senyawa berikut ini :
adalah untuk mempelajari interaksi O S
H
senyawa isoniazid yang dimodifikasi O N O
H
N
N NH2
dengan urea, tiourea, tiazol ataupun H N
H
NH2
136
Jurnal Kesehatan Bakti Tunas Husada
Volume 13 Nomor 1 Februari 2015
137
Jurnal Kesehatan Bakti Tunas Husada
Volume 13 Nomor 1 Februari 2015
Tabel 1. Grid Box, RMSD, Nilai Binding Affinity, Ligan Alami (5-hexyl-2-(2-methyl
phenoxy)phenol) dan Isoniazid
Binding Binding
Kode Affinitas Affinitas Ligan
Grid Box RMSD
PDB Isoniazid Alami
(kcal/mol) (kcal/mol)
X : 13,25
2X23 Y : 13,25 1,591 -7,1034 -12.4738
Z : 14,75
dengan ligan semakin rendah. Grid box kkal/mol lebih besar dari isoniazid. Tapi
dan Binding Affinity dari ligan alami jika dibanding dengan nilai binding
(TCU) dan pembanding isoniazid dapat affinity ligan alami (TCU), semua
dilihat pada tabel 1. senyawa mempunyai binding affinity yang
Berdasarkan hasil docking nilai lebih besar dari pada TCU (-12,8804
binding affinity berturut-turut dari kkal/mol).
senyawa (2), (3) dan (4) adalah -7,4103; - Visualisasi Hasil Docking
7,9785; -8,1931 kkal/mol lebih rendah Visualisasi hasil docking dilakukan
dari isoniazid (-7,1034 kkal/mol) yang dengan menggunakan software Molegro
berarti ketiga senyawa tersebut Molecular Viewer (MMV). Hal ini
mempunyai interaksi yang lebih baik dilakukan untuk mengetahui interaksi
daripada isoniazid. Sedangkan binding antara ligan dengan residu asam amino
affinity senyawa (1) adalah -6,9559 dari reseptor tuberculosis.
Tabel 2. Data Binding Affinity (G), Jumlah ikatan hidrogen dan asam amino
Binding Asam amino
Ligan/senya Jumlah Ikatan
Affinity
wa Hidrogen
(Kkal/mol)
TCU 2 (Met-199; Thr- Met-103; Ile-202;Tyr-158;Leu-218;Ile-
-12,8804
196) 215;Thr-196;Met-199;Ala-198;Val-203
(1) -6,9559 3 (Pro-156) Gln-214;Pro-156;Phe-149;Tyr-158;Leu-218
(2) Gln-214;Pro-156;Met-155;Val-203;Tyr-
-7,4103 1 (Pro-156)
158;Phe-149
(3) 4 (Gln-214; dan Gln-214;Pro-156;Met-155;Leu-218;Try-
-7,9785
3(Pro-156) 158
(4) Phe-149;Tyr-158;Val-203;Met-161;Met-
-8,1931 1 (Tyr-158)
98;Met-103;Ile201
Isoniazid -7,1034
138
Jurnal Kesehatan Bakti Tunas Husada
Volume 13 Nomor 1 Februari 2015
139
Jurnal Kesehatan Bakti Tunas Husada
Volume 13 Nomor 1 Februari 2015
keluar lagi yang akan menyebabkan obat dapat berpengaruh terhadap aktivitas
tersebut toksik karena bertahan lebih lama biologis senyawa.
di dalam tubuh. Hidrofobisitas juga Refractory molar merupakan
berperan dalam menentukan kemana obat suatu nilai total polarisabilitas dari
akan didistribusikan di dalam tubuh molekul obat yang sangat bergantung pada
setelah absorpsi dan seberapa cepat obat suhu, indeks bias dan tekanan.
akan mengalami metabolisme dan di Polarisabilitas adalah kemudahan suatu
ekskresikan oleh tubuh. molekul untuk membentuk dipol sesaat
Nilai donor dan akseptor ikatan atau untuk mengimbas suatu molekul.
hidrogen berhubungan dengan aktivitas
biologis dari suatu molekul obat. Ikatan Uji Toksisitas
hidrogen dapat mempengaruhi sifat-sifat Uji Toksisitas Menggunakan Program
kimia-fisika senyawa, seperti titik didih, ECOSAR
titik lebur, kelarutan dalam air, Uji toksisitas menggunakan program
kemampuan dalam pembentukan kelat dan ECOSAR ini digunakan untuk mengetahui
keasaman. Perubahan sifat-sifat tersebut toksisitas terhadap organisme yang ada
dalam air.
140
Jurnal Kesehatan Bakti Tunas Husada
Volume 13 Nomor 1 Februari 2015