Soal UTS Biologi Molekuler Par/PI 2017/2018

1. Explain by figure the mechanism of DNA Replication in Prokaryotes

2. Explain the function of nucleic acid to make the better of living cell

3. Different of protein strucuture between primary, secondary, tertaru, and quartenary

4. Tools to analyse primer, 2nd, 3rd, and 4th structure

Jawab

1. sintesis dna = replikasi dna

- Ada konservatif, semi konservatif, dispersif

- Mekanisme di prokariot: (6 tahap)

• 1. Inisiasi = membuka double straind menjadi single

- daerah origin

- oleh enzim helikase = membuka double strand jadi single strand

- Helikase nempel di daerah origin (di single strand yang atas)

- Single site binding protein (single strand yang bawah)

• 2. Sintesis Primer

- Replikasi dari 5 ke 3

- Enzim primase = mensintesis DNA baru

- Yang atas searah (leading), yang bawah berlawanan arah (lagging)

• 3. Sintesis Lagging strand

- arahnya dari 3 ke 5

- Cenderung pendek pendek —> membuat fragment okazaki

• Sintesis Leading strand

- membentuk untai panjang

• 4. Penghapusan primer

- Enzim Primase keluar, Masuk DNA Polimerase 1 dan 3

• 5. Ligasi

- Fragment okazaki di tempel menjadi 1 strain yang panjang

• 6. Terminasi

- Berkahir di daerah Tus (tus = nama protein), enzim DNA polimerase keluar

- Dearah tempat adanya tus = termination site

2. Fungsi Asam nukleat tergantung jenisnya

- DNA

• Fungsi berdasarkan tempat penyusun:

- DNA Inti

• membawa kode gedentik untuk pembentukan sel baru

- DNA Mitokondria

• bertanggung jawab untuk respirasi

• umurnya panjang

• bisa untuk forensik

• untuk membentuk mitokondira/pembelahan mitokondria

- DNA Plastida

• ada di kloroplas

• untuk pembelahan kloroplas

• Fungsi berdasarkan x:

- DNA A

• DNA B yang mengalami dehidrasi

• Sehingga arinya keluar

• gepeng

• penyebab penyakit ketidakstablian DNA

- DNA B

• untuk replikasi

 • DNA yang biasa/normal

- DNA Z

• Cikal bakal azeimer

- RNA

• tRNA

• rRNA

• mRNA

• nicroRNA

• siRNA = Small interfering RNA. alat untuk mendorong short term silencing, agar tidak ada
sintesis lanjutan

• RNAi

• Small Nuclear RNA = pematangan transkrip RNA

3. Perbedaan dari struktur, pembentukan, ikatannya apa saja, apakah mengalami denaturasi
atau tidak.

Stuktur Pembentukan Ikatan Mengalami

denaturasi atau
tidak

primer paling tidak bisa

skunder

tersier

quartener paling mudah

4.

- Primer: sequencing asam amino, lcms (liquid chromatography mass spectroscopy)

- skunder: CD spectroscopy

- tersier dan quartener: Kristaliasi X ray, spektroskopi NMR

Aplikasi DNA dalam Forensik

- DNA Fingerprint

• Langkah:

- Ngambil sampel dari DNA sel orang

- Ekstraksi DNA

- Potong dengan enzim Restriksi

- Masukin ke agaros

- Elektroforesis

- analisis southern blotiting

- Probin, diberi flouresence

- Penambangan x-ray, x-ray membuat pita-pita DNA

- analisis = cocokkan analit dan standar

PCR (polymeration chain reaction)

- Komponen:

• Tag DNA Polymerase

• Template

• Primer = 50 bp pertama

• Buffer

• Nucleotide (dNTP)

- Langkah umum untuk analisis

• Ekstraksi

- dinding sel di lisis dulu dengan di blender

- Ditambahkan enzim pemisah dna dan komponen lain

- Sentrifuge

- nanti dna terpisah terus di analisis

• amplifikasi (PCR)

- Denaturation

• pada suhu 90 - 98 celcius

- Annealing

• penempelan primer (yang kita buat)

• 45 - 60 celcius

- Plimerisasi

• 72 celcius

• mensintesis seperti biasa (tidak ada lagging) dibantu oleh dNTP

• separasi

- pemisahan DNA

- dengan elektrofoleris gel agarose

- mesin pada proses PCR = thermal cycler

GMO: jagung-BT

- jagung yang ditambah protein bt-endonuklease dan pacillus thuringrensis

- Bertujuan untuk memberantas hama

- Langkah:

• ekstraksi DNA

• pemisahan GOI

- GOI = Gen of Interest

- GOI di ekstrak terus di perbanyak di plasmid bakter

- Kloning dengan PCR

- Plasmid yang banyak itu dipindah ke agrobakterium tumersefiens

- dipindah ke medium

• insersi gen

- masuk ke kultur kalus jagung

- kalus = jaringan yang belum terdiferensiasi