TUGAS TEKNOLOGI DNA

GEN CYP1A2*1F

RANI KHOIRIYAH
G851180021

DOSEN PENGASUH:
Dr. I Made Artika, M.App,Sc

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2019
 Dalam jurnal penelitian yang berjudul Identifikasi Studi Pendahuluan Polimorfisme
Genetik Gen CYP1A2*1F pada Pasien Asma dan Nonasma di Indonesia (2015) dijelaskan
bahwa Polimorfisme genetik CYP1A2 berkaitan dengan metabolisme teofilin sehingga dapat
memengaruhi kadar obat dalam darah serta berpengaruh terhadap kejadian adverse drug
reaction (ADR) dan outcome klinis terapi asma. Frekuensi polimorfisme CYP1A2 diketahui
bervariasi antar etnis. Diduga populasi Indonesia memiliki frekuensi varian gen CYP1A2*1F
yang tinggi. Gen CYP1A2*1F sendiri dapat diketahui sekuensnya menggunakan NCBI.
NCBI (National Center for Biotechnology Information/NCBI) merupakan server yang
memuat data base tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Data base terus menerus di
update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa
aktif dan taksonomi. Disamping data base, ncbi juga menyediakan berbagai macam software
untuk analisis DNA, protein 3D, pencarian primer, pencarian conserve doamain dan lain
sebagainya. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya
dibidang kesehatan yang terlengkap dan di acu oleh para peneliti didunia.

Gambar 1a

Gambar 1b
 Hal yang pertama kali dilakukan untuk mencari sekuens dari suatu gen adalah
membuka website www.ncbi.nlm.nih.gov seperti pada gambar 1a. Selanjutnya dapat di
masukan gen yang ingin diidentifikasi, disini dimasukkan gen rpoB dan disearch seperti pada
Gambar 1b.

Gambar 2

Selanjutnya akan keluar data seperti Gambar 2 yang menunjukkan berbagai gen yang
berkaitan dengan gen Gen CYP1A2*1F . Dari 6, dipilih salah satu gen, seperti N-
acetyltransferase 2 [Homo sapiens(human)], salah satu gen CYP1A2*1F dengan ID gen 1577.

Gambar 3
 Maka akan keluar informasi Gen tersebut seperti Gambar 3.

Gambar 4

Apabila di scroll kebawah maka akan diperoleh tampilan seperti Gambar 4. Diklik link
FASTA untuk memperoleh sekuen gen yang diinginkan dalam bentuk FASTA.

Gambar 5
Format FASTA yang diperoleh adalah seperti Gambar 5, selanjutnya dicopy ke
Notepad.
 Gambar 6

Selanjutnya kembali ke menu utama dan pilih BLAST. BLAST (Basic Local Alignment
Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang
mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui
GenBank DNA database dalam waktu singkat.

Gambar 7

Selanjutnya untuk mencari gen suatu sekuen nukleotida dari database nukleotida pilih
Nucleotide BLAST (blastn).
 Gambar 8

Setelah tampilan muncul, upload file yang sebelumnya telah disimpan di Notepad
seperti pada gambar 8.

Gambar 9

Lalu di scroll kebawah dan klik ”BLAST” untuk memulai proses searching seperti pada
Gambar 9.
 Gambar 10

Hasil BLAST akan didapat seperti gambar 10, selanjutnya di scroll kebawah untuk
mencari sekuen yang bersesuaian.

Gambar 11

Terlihat pada Gambar 11 terdapat banyak sekuen yang bersesuaian, dipilih 6 sekuen
yang memiliki keidentikan hingga 100%.
 Gambar 11

Apabila discroll lebih jauh maka akan ditemukan data seperti gambar 11.

Gambar 12

Selanjutnya 6 sekuen identic (100%) yang telah dipilih, diklik dan dicopy FASTA nya
kembali untuk memperoleh sekuen gennya.
 Gambar 13

Didapatkan sekuen gen seperti Gambar 13 untuk tiap sekuen yang dicari, selanjutnya
dicopy ke Notepad.

Gambar 14

Langkah berikutnya adalah membuka aplikasi MEGA 5, yang akan memberikan

tampilan awal seperti Gambar 14. MEGA 5 dapat digunakan untuk mencari kekerabatan
spesies dengan melihat DNA nya dan ditentukan berdasarkan analisis filogeniknya. Langkah
pertama adalah mengklik menu Aligh di sudut kiri atas dan memilih Edit/ Build Alingment.
 Gambar 15

Akan muncul kotak dialog Select an options seperti pada gambar 15, selanjutnya pilih
Create a new untuk mulai membuat halaman baru.

Gambar 16

Selanjutnya akan muncul pilihan DNA atau protein sebagai datatype yang akan
dianalisis keragaman filogeniknya, karena yang akan dianalisis adalah DNA maka yang dipilih
adalah DNA.
 Gambar 17

Kemudian masukkan data yang akan dianalisis dengan cara memilih menu Edit

Gambar 18

Selanjutnya pilih Insert Sequence from File, pilih file dari komputer seperti pada
Gambar 17
 Gambar 18

Kemudian akan muncul seperti Gambar 18.

Gambar 19

Selanjutnya klik Alignment, dan Align by ClustalW

 Gambar 20

Lalu simpan dalam format MEGA dengan cara Klik Data-Export-MEGA format.

Gambar 21

Selanjutnya membuat pohon filogeniknya.

 Gambar 22

Maka akan timbul tampilan seperti Gambar 22.

Gambar 23

Tampilan pohon filogenik untuk gen CYP1A2*1F dapat dilihat pada Gambar 23. Pada
pohon filogenik di atas, terdapat 6 sekuens yang identik 100%.
Apabila sekuen yang ada pada Gambar 11 diambil lebih banyak, dengan kata lain tidak
hanya sekuen yang identik 100% saja, melainkan sekuen 99,07%, 98,61%, 96,15%, 94,51 dan
93,12% juga diambil, dan dilakukan pembuatan pohon filogenik dengan cara yang sama
dengan pembuatan pohon filogenik yang sebelumnya, maka akan didapatkan keterangan
seperti dalam gambar 24 berikut.

Gambar 24

Selanjutnya di compute sehingga dihasilkan pohon filogenik seperti gambar 25 berikut:

Gambar 25

Tampilan pohon filogenik yang tidak homolog dapat dilihat pada gambar diatas untuk
gen CYP1A2*1F dengan 11 sekuen.