Hingga akhirnya pasukan Ciung Wanara terdesak ke wilayah terbuka di area persawahan
dan ladang jagung di kawasan Kelaci, Desa Marga. Dalam kondisi terdesak itu Ngurah Rai
mengeluarkan perintah Puputan atau pertempuran habis-habisan. Dalam pandangan pejuang Bali
itu, lebih baik berjuang sebagai kesatria daripada jatuh ke tangan musuh. Akhirnya malam itu, 20
November 1946 Gusti Ngurah Rai gugur bersama pasukannya. Peristiwa inilah yang kemudian
dicatat sebagai peristiwa Puputan Margarana