LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA

KOMPUTASI
MODUL 4
A. Tujuan
1. Melakukan analisis struktur primer
2. Menentukan jumlah residu asam amino dan basa suatu protein
3. Melakukan analisis ikatan hydrogen dan jembatan garam suatu protein dan ligannya
B. Prosedur
Analisis struktur dan kestabilan protein
1) Masukkan struktur protein 3r8g_h dengan mengklik file>New Molecule>Browse,cari file
struktur >pilih>klik Load
2) Menganalisis struktur primernya dengan mengklik bagian Extention>Analysis>Sequence
Viewer

3) Untuk membuka TkConsole dengan mengklik Extention>TkConsole,akan muncul seperti

dibawah:

4) Untuk menentukan jumlah residu asam amino yang bersifat asam maupun basa pada protein
yaitu seperti dibawah :

5) Untuk analisis jumlah ikatan hydrogen pada protein dengan mengklik

Extention>Analysis>Hydrogen bond,akan muncul seperti gambar dibawah :
6) Pada bagian input options,isis text box Selection 1 dengan “protein”,dan untuk bagian
calculate detailed info for,pilih “All hbond”
7) Pada bagian output options,nonaktifkan “plot the data with multiplot” ganti dengan
mengaktifkan “write output to file”,isi text boxnya seperti pada gambar diatas
8) Klik Find Hydrogent Bond,maka hasil akan tersimpan di “hbond.dat” dan “hbond-
detailes.dat”
9) Untuk analisis jembatan garam pada protein klik extention>Analysis>Salt Bridges,akan
muncul seperti dibawah :

10) Pada bagian input option,isi text box log file dengan “sbridges.dat”,lalu klik Find salt
bridges,hasil akan langsung tersimpan defile “sbridges.dat”
11) Untuk analisis konformasi Protein dilakukan dengan Plot Ramachandran dengan mengklik
menu Extention>Analysis>Ramachandran Plot
 12) Untuk mengetahui Rigiditas dari struktur protein,yaitu dengan merepresentasikan “New
Cartoon”dengan metode pewarnaan beta.Buat “Color Scale bar” melalui
Extention>Visualization>Color Scale Bar

C. Residu asam Amino (Sequence Viewer)

  Secondary Structure Codes
T (Turn) = 17
E (Extended Conformation) = 11
B (Isolated Bridge) = 6
H (Alpha Helix) = 11
G (3-10 Helix) = 5
I (Pi-Helix) = 0
C (Coil (none of the above)) = 26

D. Jumalah Asam Amino

Asam = 35
Basa = 51
Asam +Basa = 35+51 = 86
E. Jumlah Ikatan Hydrogen Dalam Protein

Jumlah = 0,71

F. Detail Ikatan Hidrogen dalam Protein

Jumlah = 70

G. Jumlah/Detail Jembatan Garam Yang Ada Pada Protein

Jumlah = 12
H. Tampilan Plot Ramachandran

Daerah pada Plot Ramachandran terbagi 3 yaitu berwarna kuning,hijau,dan biru.Kotak-kotak

kecil yang berwarna kuning merupakan asam amino.Asam amino yang terletak pada bagian yang
berwarna biru menunjukkan kestabilan yang paling baik,sedangkan asam amino yang terletak
pada bagian berwarna hijau agak stabil,dan pada bagian putih tidak stabil.dari hasil visualisasi
gambar Plot Ramachandran diatas menunjukkan bahwa protein 3R8G_H stabil,karena banyak
kotak-kotak kuning berada pada bagian yang berwarna biru dan hijau.