Proteolisis

Degradasi protein dalam sel memainkan peran penting, baik oleh modulasi tingkat
intraselular protein tertentu seperti dengan menghapus protein menyimpang. Untuk waktu
yang lama proses degradasi biopolimer telah dianggap lebih dari rasa ingin tahu daripada
mekanisme penting dalam homeostasis seluler. Saat ini diketahui bahwa degradasi protein
tertentu adalah titik kontrol berbagai proses biologis, beberapa yang mendasar sebagai
progresi siklus sel. Ada bukti dalam protein terdegradasi mitokondria dalam kloroplas, dalam
lumen retikulum endoplasma dan endosomes, tetapi dua sistem utama ditandai proteolisis
dalam sitosol dan lisosom. Hal ini diketahui bahwa protein milik membran intraseluler dan
membran plasma cenderung terdegradasi oleh sistem lisosomal. Protein nuklir tampaknya
terdegradasi melalui mekanisme di luar inti lisosomal dan non-lisosomal. Bagian-bagian
sitosol protein dengan tinggi (misalnya, dengan singkat paruh: 10 -120 menit) sering
terdegradasi dalam sitosol oleh salah satu sistem proteolitik yang ada, sementara sebagian
besar paruh protein (24 -72 jam rata-rata) mungkin dibawa ke lisosom. Ada mekanisme yang
berbeda bertanggung jawab untuk pengangkutan protein dari sitosol ke lisosom, sebuah
proses yang umumnya dikenal sebagai autophagy. Protein ekstraseluler juga bisa terdegradasi
dalam lisosom setelah masuk ke dalam interior sel dengan pinositosis atau fagositosis,
endositosis reseptor-mediated untuk membentuk vesikel intraseluler yang sekering dengan
lisosom.

Sinyal untuk proteolisis.

Dalam semua kasus, sel harus mengenali protein tersebut bahwa untuk satu alasan atau
lainnya harus terdegradasi. Ditemukan proteolitik sinyal yang berbeda:

1 Amino-end aturan (rule N-end ') ketika protein eukariotik disintesis selalu hadir pada
residu metionin amino. Selanjutnya, ini metionin awal dapat dihapus meninggalkan asam
amino lain seperti terminal kepala amino. Dalam ragi telah menunjukkan bahwa
serangkaian asam amino mendestabilisasi asam (terutama dasar, asam dan hidrofobik)
amino dan stabilisator lainnya. Selanjutnya, tampak bahwa protein sitosol paling matang
membawa amino diblokir oleh asetilasi.
2 Urutan PEST: merupakan motif protein yang ditemukan dalam sejumlah besar protein
paruh pendek. Daerah ini ditandai dengan menjadi kaya residu prolin (P), glutamat /
aspartat (E / D), serin (S) dan treonin (T) diapit oleh asam amino dasar. Urutan PEST
merupakan enzim kunci dalam kontrol metabolik, faktor transkripsi, protein kinase,
fosfatase dan siklin.
3 Dan kotak kehancuran cyclin: siklin adalah protein yang berhubungan dengan kontrol
siklus sel pada eukariota yang harus terdegradasi untuk sel untuk melanjutkan dari
metafase untuk anafase, itu adalah degradasi yang sangat terkontrol tergantung pada
langkah sebelumnya 'ditandai 'dari yang disebut cyclin polipeptida ubiquitin (lihat di
bawah). Dalam semua siklin terletak urutan sinyal (kotak penghancuran) terdiri dari 9
asam amino (RAALGNISN) hadir antara residu 13 dan 66 dari urutan protein.
4 Alasan KFERQ: urutan peptida diberi label protein sitosol untuk proteolisis lisosomal,
ini menjadi salah satu sinyal menyebabkan protein untuk memasuki lisosom. Urutan ini
 membuatnya rentan terhadap degradasi lisosomal dibandingkan protein hadir dalam
kondisi tertentu stres, seperti penarikan serum dalam sel kultur atau jaringan dan
organisme dalam kelaparan.

Sistem proteolisis intraseluler.

1. Lisosom: adalah organel sel yang mengandung berbagai enzim hidrolitik mampu
menurunkan berbagai makromolekul sel. Enzim mereka jatuh ke dalam dua jenis umum:
endoproteases dan exopeptidases (baik seperti aminopeptidase karboksi) yang bersama-
sama mengurangi protein untuk peptida kecil. Karakteristik lisosom adalah rendahnya
pH di dalam, yang semua protease ini sangat aktif.
2. Ubiquitination: beroperasi sebagai degradasi protein pemersatu, yaitu antara protein
menampilkan berbagai sinyal untuk proteolisis tetapi banyak dari mereka memerlukan
sebelum mengikat ubiquitin untuk langkah terakhir terjadi dari degradasi. Ubiquitin
adalah polipeptida dari 76 asam amino yang dikenal hanya dalam eukariota dan mengikat
protein yang akan ditandai untuk degradasi oleh ikatan isopeptide dengan residu lisin
ditentukan. Pengikatan ubiquitin untuk substrat memerlukan serangkaian langkah
dikatalisis oleh tiga enzim: pertama yang diproduksi ubiquitin mengaktifkan enzim untuk
E1, maka enzim E2 (protein pembawa ubiquitin) bertanggung jawab untuk mentransfer
diaktifkan ubiquitin dari E1 sampai substrat terikat pada enzim E3 (ligase ubiquitin-
protein). Protein mengalami degradasi mungkin monoubiquitinadas atau
polyubiquitinated.
3. Calpain: adalah keluarga protease kalsium bergantung sehubungan dengan pengurusan
berbagai enzim dan protein sitoskeleton. Pemantauan aktivitas protease ini ditentukan
oleh konsentrasi kalsium dan kehadiran calpastatin (yang untuk saat ini adalah inhibitor
endogen hanya dikenal). Calpain penuh adalah kDa molekul heterodimeric 80. Monomer
yang lebih tinggi adalah 50 domain kDa menyajikan proteolisis terjadi dan bervariasi
menurut calpain, sedangkan monomer adalah 30 kDa subunit regulasi dan dilestarikan
dalam semua calpain.
4. 26S: cara sederhana, yang 26S proteasome adalah kompleks multicatalytic dibentuk oleh
20S proteasome dan 19S dua partikel. Para 20S proteasome adalah struktur silinder
terdiri dari banyak subunit berat molekul rendah dirakit dalam empat cincin, yaitu tubuh
katalis kompleks. 19S partikel masing-masing berisi lima ATPase yang berbeda dan situs
mengikat rantai ubiquitin. Partikel-partikel ini ditempatkan di ujung kompleks dan
dianggap bertanggung jawab untuk mengubah konformasi protein dan mengarahkan
mereka ke proteasome. Dikenal berbagai substrat 26S proteasome proses seluler yang
terkait beragam: proliferasi dan diferensiasi sel, regulasi metabolisme, kontrol siklus sel,
respon stres, dan penghapusan protein abnormal. Semua substrat, dengan pengecualian
dekarboksilase ornithine, yang memiliki kesamaan kebutuhan akan ubiquitinated
sebelum terdegradasi di proteasome. Dekarboksilase Ornithine adalah tingkat membatasi
enzim dalam sintesis polyamine (kation organik sangat penting untuk kelangsungan
hidup sel). Ketika tingkat intraselular poliamina melebihi 'batas diperbolehkan'
mengaktifkan terjemahan dari inhibitor spesifik disebut antizima, protein ini mengikat
dekarboksilase ornithine diekspos sehingga urutan HAMA hadir di ujung karboksi dari
enzim, sedang, kemudian, diakui oleh 'terowongan degradasi'.